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Activités Rhône-Alpes Genopole / bioinformatique

Rhône-Alpes

Genopole

SITRANS – Système d’information Transcriptome

pour la plate-forme de la Genopole

Rhône-AlpesDaniel CRISAN

http://liris.cnrs.fr/~sitrans

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Rhône-Alpes

Genopole

Contexte

Dessin de la puce

Hybridation

Analyse des données

Préparation des cibles

P. M

arc

– E

NS

- 1

999

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Genopole

Besoins informatiques

• Saisie/Consultation des données• Bibliothèques de techniques utilisées

au cours d’une expérience• Sauvegarde/importation des fichiers

externes (spotter report, images, données brutes, etc.…)

• Consultation d’une banque de gènes/oligonucléotides

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Genopole

SITRANS - spécifications• Objectif : Suivi des expériences « puces à

ADN »– Saisie

• « Cahier de laboratoire » électronique– Publication

• Diffusion Web• Compatibilité avec le format MIAME

– Consultation• Valorisation des informations

• Caractéristiques– Ergonomie– Importation des fichiers externes– Gestion des profils utilisateurs (chercheur,

étudiant, visiteur, administrateur)

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Genopole

Architecture n-tiers

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Rhône-Alpes

GenopoleSchéma UML de la Base de Données

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Genopole

Les couches applicatives

E E

E E

E

ES

S

S

S

Servlet

Servlet

Servlet

Servlet

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Genopole

La couche présentation

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Genopole

Etat d’avancement• Fait

– Choix de l’architecture de SITRANS– Conception de la Base de Données– Conception des couches applicatives « Saisie données »

• En cours– Développement des couches applicatives «Saisie données»

(échéance nov. 2003)

• A faire– Conception et développement des couches applicatives

«Consultation données» (échéance fév. 2004)– Tests de SITRANS (échéance mars 2004)– Formation des utilisateurs (échéance mars 2004)– Installation et configuration de SITRANS (échéance avril 2004)

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Genopole

Gestion du projet

• Réunions de projet– Bimensuelles avec l’équipe « Informatique »– Mensuelles avec l’équipe « Biologie »

• Site Web : http://liris.cnrs.fr/~sitrans– Documents en accès public : description du

projet, description d’une expérience « puces à ADN »…

– Documents en accès restreint, limité aux membres du projet : maquette de l’interface, compte-rendu des réunions de projet, documents de développement, code source…

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GenopoleConclusion et perspectives

• CDD– Finalisation du développement et mise en

exploitation de SITRANS

• Poursuite– Une thèse débute

• visualisation de données de gros volumes

– Un dépôt de projet à l ’ACI ImpBio :TransParNet• schéma commun pour le partage de données du

transcriptome et d’outils de traitement• spécification d’une architecture de médiation

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Genopole

INSA-LyonUCBL

Pédagogie

Ingénieurs Bioinformatiqueet Modélisation

Recherche

Bioinformatiquedu transcriptome

SITRANS

TransParNet

ROSODesign de sondes oligo

pour puces à ADNhttp://pbil.univ-lyon1.fr/roso/Home.php

Data Mining données puce et SAGE

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Genopole

Biologie des Systèmes et Modélisation Cellulaire

BSMC (http://prisma.insa-lyon.fr/bsmc)

Problématiques biologiques :- Symbiose et Evolution- Autorenouvellement Cellulaire

UMR 203 INRA/INSA, BF2I Biologie FonctionnelleUMR CNRS/UCBL 5534, CGMC Biologie Cellulaire et MoléculaireUMR CNRS/UCBL/INSA/ECL 5585, MAPLY Mathématiques AppliquéesLaboratoire INSA/UCBL/ULL PRISMa Informatique Bioinspirée et Vie ArtificielleFRE CNRS/INSA/UCBL/ULL/ECL 2672, LIRIS Systèmes d’Information et Data Mining

Outils bioinformatiques et de modélisation :- Puce à ADN (6400 plots) dédiée à Buchnera

(DTAMB/ECL)- Base de données SAGE - Identitag- Data mining des données d’expression- Etude qualitative des réseaux : Emergence de la

complexité- Modèle RBF-Gene : Evolution structurelle des génomes

bactériens- Modèle SMA : Emergence de structures multiprotéiques