Analuse Globalisée des Données d ’Imagerie Radiologique
Analyse Globalisée des Données d’Imagerie Radiologique
Cécile Germain-Renaud
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Images Médicales
• Images 3D : tomodensitométriques, IRM, PET, échographie 3D
• Volume de données important : 20-500MB par image• Formats complexes, méta-données : DICOM > 1GB
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Images médicales et grille
• La grille peut être exploitée à tous les niveaux de traitement des images médicales– Partage de données et travail collaboratif– Partage des ressources : adaptation au mode d’accès médical– Sécurité, authentification : confidentialité
Dossier médical
EpidémiologieSanté Publique
Recherche clinique et algorithmique
Collections ad hoc
Analyse IndividuellePratique Clinique
E-Learning
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Les thématiques
Cardiological images
SegmentationI. Magnin
Humanitarian Medical
DevelopmentV. Breton
Image registration in oncologyX. Pennec
Dissem
ination C. G
ermain
Services for InteractivityC. Germain
Middleware evaluation E. Jeannot
Medical data ManagementJ. Montagnat
Medical data access
protocols J-M. Moureaux
CoreGrid
MedicalServices
AlgorithmGridification
Medical applications evaluation P-Y Bondiau
Interactive volume
reconstuctionA. Osorio
Workflow Management J. Montagnat
MedicalApps.
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Les participants
AlGorilleCRAN
LPCCHRU Clermont-Ferrand
CREATIS
RainbowEpidaureCentre Antoine Lacassagne
LRI – coll LALLIMSI - St Anne Tenon FMP
14 chercheurs informatique6 médecins6 thésards4 ingénieurs
10 temps plein
Collaborations
EGEE Grid5000
CNRS-STIC
CNRS-IN2P3
INRIA
INSERM
Hôpitaux
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Les objectifs
• Programme 3 ans : 2004 - 2007• Recherche en Informatique
– Passage à l’échelle systèmes distribués Scheduling : QoS + best effort Données et méta-données réparties
– Algorithmique applicative Méthodes nouvelles / évaluations en traitement d’images Intégration méthodes multi-échelle et compression
– Protocoles Accès à distance intelligent en temps et en espace
• Réalisations– Déploiements en recherche médicale et clinique– Démonstrateurs
• Interaction avec les projets de grilles régionaux, nationaux et internationaux
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Les thématiques
Cardiological images
SegmentationI. Magnin
Humanitarian Medical
DevelopmentV. Breton
Image registration in oncologyX. Pennec
Dissem
ination C. G
ermain
Services for InteractivityC. Germain
Middleware evaluation E. Jeannot
Medical data ManagementJ. Montagnat
Medical data access
protocols J-M. Moureaux
CoreGrid
MedicalServices
AlgorithmGridification
Medical applications evaluation P-Y Bondiau
Interactive volume
reconstuctionA. Osorio
Workflow Management J. Montagnat
MedicalApps.
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Interactivité
Cécile Germain-Renaud, Romain Texier LRI et LAL
Angel Osorio et al. LIMSI
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Interactivity
• Complex interface: optimized graphics and medically-oriented interactions
• Human interaction is required at and inside each step– Poorly discriminant data, pathologies, medical windowing,…
Interaction
RenderExplore Analyse InterpretAcquire
Local Data Remote ComputationRemote Data Remote Computation
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Interactivité : les enjeux
• Modèle de production– La grille pour les masses– Ressources virtuellement surabondantes
IMAGE’04 report: http://www.nesc.ac.uk/technical_papers/UKeS-2004-02.pdf
• LDRC – Intégrer les contraintes de temps de réponse dans la pile des
protocoles de scheduling de grille– Partage avec les applications batch– Soft Real-Time Scheduling et/ou endpoint admission control– Le modèle de réservation (GGF GRAAP) est-il suffisant ?
• RDRC– Progressivité– Streaming– Algorithmes multi-échelles
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gPTM3D
• Goal: Grid-enable PTM3D on EGEE– PTM3D is
A medical images analysis software developped at LIMSI (CNRS)
With clinical usage: CHU Tenon, Sainte Anne, FMP,…, InfoRad RSNA Certificates of Merit (2000, 2002,2003)
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gPTM3D
• Goal: Grid-enable PTM3D on EGEE– PTM3D is
A medical images analysis software developped at LIMSI (CNRS)
With clinical usage: CHU Tenon, Sainte Anne, FMP,…, InfoRad RSNA Certificates of Merit (2000, 2002,2003)
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gPTM3D
• Goal: Grid-enable PTM3D on EGEE– Step1 (done): interactive
response time for CPU-intensive volume reconstruction
– Next steps: interactive response time for all components
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Architecture
Application LevelScheduler
Worker
PTM3D Front-end
EGEEUser Interface
CE
Interaction Bridge
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Use case
Percutaneous nephrolithotomy
RSNA 2003, entretiens de Bichat 2004
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Use case
Percutaneous nephrolithotomy
RSNA 2003, entretiens de Bichat 2004
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Les thématiques
Cardiological images
SegmentationI. Magnin
Humanitarian Medical
DevelopmentV. Breton
Image registration in oncologyX. Pennec
Dissem
ination C. G
ermain
Services for InteractivityC. Germain
Middleware evaluation E. Jeannot
Medical data ManagementJ. Montagnat
Medical data access
protocols J-M. Moureaux
CoreGrid
MedicalServices
AlgorithmGridification
Medical applications evaluation P-Y Bondiau
Interactive volume
reconstuctionA. Osorio
Workflow Management J. Montagnat
MedicalApps.
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Images Médicales et Grilles
• Images 3D : tomodensitométriques, IRM, PET, échographie 3D
• Volume de données important : 100-500MB par image
• Formats complexes, méta-données : DICOM
Dossier médical
Collections ad hoc
Analyse Individuelle
Interactivité
Protocoles d’accès distant
Gestion de données
réparties
Algorithmique
répartie
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Next step: scheduling
Application LevelScheduler
Worker
PTM3D Front-end
CE
Interaction Bridge
• Stage input and output data
• Negociate for interactive vs batch
• Admission control• Schedule interactive
jobs• No reservation
• Soft real-time scheduling
• Stage input and output data
• Fine-grain scheduling