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Guide d’utilisation du site

www.atlas-ornitho.fr

pour l’installation d’une mise à jour automatique et semi-automatique


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Choix du type de mise à jour :

• Semi-automatique : Si vous disposez d’une base de donnée locale et vous souhaitez préparer un export que vous pourrez ensuite charger sur le site www.atlas-ornitho.fr

• Automatique : Si vous disposez d’un système de saisie en ligne et que vous voulez le connecter au site www.atlas-ornitho.fr de manière à n’avoir plus aucune manipulation à faire pour transmettre vos données


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Procédure de mise à joursemi-automatique


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Préparation des fichiers• Vous devez préparer 3 fichiers :

– Un pour les statuts de nidification– Un pour les classes d’abondance– Un pour la pression d’observation

Ces fichiers sont de simples fichiers texte tabulé dont chaque ligne est séparée par un retour à la ligne. Ces fichiers seront encodé en UTF-8. Le nom est sans importance.


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Fichier : statuts de nidification

Numéro (ID) de l’espèce (Un fichier excel avec la liste complète disponible sur la page http://www.atlas-ornitho.fr/index.php?m_id=120 , s’il manque une espèce, contactez la coordination nationale)

Année de prospectioncomplète sur 4 chiffres

Numéro de la mailleSelon les références officielles

Statut de nidification possible, probable, certainou - pour retirer une espèce

tabulations retour à la ligne


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Fichier : classes d’abondance

Numéro (ID) de l’espèce (Un fichier excel avec la liste complète disponible sur la page http://www.atlas-ornitho.fr/index.php?m_id=120 , s’il manque une espèce, contactez la coordination nationale)



Classe d’abondance I, II, III, IVou - pour retirer une espèce



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Fichier : pression d’observation



Pression d’observation A,B,C,Dou - pour retirer une espèce



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Envoi des fichiers

Un fois les fichiers préparés, vous devez suivre la procédure suivante pour les transmettre sur le site et les intégrer à l’atlas


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Etape 1 : inscription sur le site

• Avant toute opération, il faut être reconnu par le site, donc inscrit.

• L’opération se fait depuis la page : http://www.atlas-ornitho.fr/inscription/


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Formulaire d’inscription

Choix personnalisé du tri des espèces dans les différentes pages du site

Votre email sert de nom d’utilisateur unique pour que le système vous reconnaisse d’une visite à l’autre.

Pour éviter des fautes d’inattention, le système demande 2x votre email pour comparaison, avant de vous envoyer votre mot de passe par ce mail.


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Etape 2 : connexion

• Connectez-vous au site en utilisant l’email utilisé à l’inscription (Etape 1) et le mot de passe que vous avez reçu sur cet email.

Cochez la case « mémoriser le mot de passe » pour que le système ne vous le demande plus lors de vos prochaines visites, tant que vous utilisez la même machine.

Si vous avez perdu votre mot de passe, le système peut vous en générer un nouveau. Pour ce faire, cliquez sur le lien « J’ai perdu mon mot de passe »


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Etape 3 : saisie

Une fois connecté, une nouvelle entrée apparaît dans le menu : « Transmettre mes données ». Elle vous permet d’accéder à la saisie en ligne.


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Premier accès

Lors de votre première connexion (vous recevez votre mot de passe dans les minutes qui suivent votre inscription), vous n’avez accès à rien. C’est normal. Il faut maintenant laisser le temps au coordinateur régional/départemental/national de vous donner les droits d’accès sur les mailles/départements auquel vous allez travailler. Cela peut prendre quelques jours, contactez votre coordinateur si nécessaire.


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Au fond de la page de chacun des trois onglets « Statut par maille », « Classes d’abondance » et « Pression d’observation » se trouve une ligne permettant de sélectionner un fichier. Choisissez le fichier correspondant que vous avez créé en suivant la procédure décrite précédement et cliquez sur « Importer »

Import


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Gestion des erreures

Lors de l’import, le système vérifie tout d’abord les données du fichier. Tant que le fichier n’est pas 100% correct, aucune donnée n’est modifiée et une synthèse des erreurs est présentée. Pour des raisons pratiques, le nombre d’erreurs affichés est limité à un maximum de 20.

Modifiez le fichier en fonction des erreurs présentées et retentez un import. En cas de soucis, envoyez votre fichier à la coordination nationale pour vérification.


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Mise à jour• Lors de l’envoi successif de plusieurs fichiers, les données du dernier

fichier remplacent les données précédentes.

• Pour supprimer une ligne, indiquez - dans la dernière colonne (statut de nidification, pression d’observation ou classe d’abondance). Sans - la donnée concernée reste inchangée.

• Vous pouvez aussi corriger à la main les données en suivant la procédure de mise à jour manuelle. Toutefois, si vous réimportez ensuite un fichier après vos modifications, celles-ci seront perdues.


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Procédure de mise à jourautomatique


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Fichier XML

• La mise à jour automatique se base sur un fichier XML que votre système doit produire. L’URL de ce fichier doit être transmis à la coordination nationale pour être intégré dans l’atlas


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Format de fichier• Le fichier XML doit respecter la DTD (Data Type Definition) ci-

contre. (exemple page suivante)

• La branche « users » (facultative) sert à établir la liste des observateurs ayant contribué à l’atlas. L’adresse email sert à discriminer un utilisateur actif sur plusieurs régions/départements.

• Il n’est pas possible de transmettre la classe d’abondance par ce biais.

• Le fichier doit contenir en permanence toutes les données car le système remplace le contenu de toutes les mailles par les nouvelles données. Les mailles absentes du fichier XML sont retirées de la synthèse atlas.

• Le fichier doit être encodé en UTF-8.

• Le fichier peut-être compressé en bz2 pour réduire la bande passante.

• Contactez la coordination pour plus d’info si vous êtes intéressé par cette procédure.

<!ELEMENT cell ( specie+ ) >

<!ATTLIST cell name ID #REQUIRED >

<!ATTLIST cell pressure ( A | B | C | D ) #REQUIRED >

<!ELEMENT cells ( cell+ ) >

<!ELEMENT data ( msg, year ) >

<!ELEMENT msg EMPTY >

<!ELEMENT specie EMPTY >

<!ATTLIST specie atlas ( confirmed | possible | probable ) #REQUIRED >

<!ATTLIST specie id NMTOKEN #REQUIRED >

<!ELEMENT user EMPTY >

<!ATTLIST user anonymous ( 0 | 1 ) #REQUIRED >

<!ATTLIST user email CDATA #REQUIRED >

<!ATTLIST user id NMTOKEN #REQUIRED >

<!ATTLIST user name CDATA #REQUIRED >

<!ATTLIST user surname CDATA #REQUIRED >

<!ELEMENT users ( user+ ) >

<!ELEMENT year ( users?, cells ) >

<!ATTLIST year value NMTOKEN #REQUIRED >


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Exemple de fichier XML valide


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Problème des mailles limitrophes• Les mailles qui sont à cheval sur deux (ou plusieurs) régions /

départements peuvent poser problème. Il y a 2 cas de figure :

– Mailles automatiques : Au moins une des zones limitrophe est mise à jour automatiquement par une base de donnée en ligne (compatible biolovision)

– Mailles manuelles ou semi-automatiques : Toutes les zones touchées sont mises à jour manuellement ou semi-automatiquement par un ou plusieurs responsables de maille.

Pour le cas ou toutes les zones d’une maille sont mise à jour automatiquement par une base de donnée en ligne, le logiciel synthétise les résultats de toutes les zones.


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Mailles automatiques• Par défaut, toutes les mailles touchées (même à 1%) par un département

doté d’une base de donnée en ligne compatible sont mises à jour automatiquement et la mise à jour manuelle ou semi-automatique est impossible.

• Pour pouvoir faire une mise à jour manuelle ou semi-automatique, vous devez demander à la coordination nationale de désactiver la mise à jour automatique pour la maille concernée. Les données provenant de votre voisin sont dès lors ignorées et vous devez vous-même les intégrer dans votre synthèse si souhaité ou souhaitable.


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Mailles manuelles ou semi-automatique

• Les mailles sans mise à jour automatique sont accessibles pour tous les coordinateurs de maille concernés. Vous devez vous mettre d’accord pour savoir qui va gérer la maille.