iGEM Chiba 2009
E. Coli Time Manager Since 2008
・別々の入力であるため、 同一系内での時間の流れを表現することができない。・1通りの時間差しか生み出せていない。
‘ 09 CHIBA は流れと精確性のある時間差スイッチをつくる!
’08Chiba
・周期を系全体であわせるため、シンクロシステムを考える必要がある。・ Paris/NYMU/Melbourne どのiGEM チームもデバイスができていない。
他チーム周期時計
シンクロシステムが必要ない’ 08Chibaタイマーの計れる時間の種類・正確性を増すことができれば、周期時計を使わなくとも時間の流れを表現できる!
時限装置の集合で流れを作る
直列型並列型
並列・直列の精確性面の特徴
・順番を追い越さない
・1部分に入力が入ることで全てのスイッチが連動する。
・全てのスイッチを初めに起動させる必要がないので、出力の時間間隔が、最初の入力によって左右されることがない。
・順番を追い越す。・入力が全てのスイッチに入らなければ、全てのスイッチが動くということはない。
・初めの入力で全てのスイッチを起動することができれば、出力の時間間隔は一定の時間を保つ事ができる。・逆に初めの入力で全てのスイッチを起動できなかった場合、出力の時間感覚は一定の値を保つことができない。
直列型並列型
並列型: LuxR Mutant
pTet-LuxRpLux-GFP
pTet-LuxRpLux-GFP
pLac-LuxI
◎→ Σ① !◎→ Σ② !
◎→
Σ① !
Σ② !
並列型: Mutant parts 作成
Wild type よりも 30 分以上蛍光強度上昇の様子が早まった or 遅れたモノだけ PCR で biobrick 仕様の制限酵素サイトをつけ、 p15A のプラスミドにのせる。
P15A
LuxR mutant
↑
◎→ Σ① !◎→ Σ② !
直列型: Lux-Las カスケード
Σ① !→
◎→ Σ② !
pTet-LuxRpLux-LasI-RFP
pLac-LuxI pTet-LasRpLas-GFP
◎→Σ① !→ Σ② !
↑直列型: Las Check
K091118 : 注文中です
LasR plas GFP
K091118 : 千葉にあります
Plac LasI
◎→Σ① !→ Σ ② !
昨年度動作を確認していない Lasの Checkをします。
直列型: パーツ作成実験 ◎ : LuxI(Sender)
① : LuxR(Receiver ) + Reporter + LasI(Sender)
②: LasR(Receiver) + Reporter
plac LuxI
ptet LuxR plux GFP LasI
ptet LasR plas GFP LasI
BBa_K084012を使用。
作成が必要。
作成が必要。
◎→Σ① !→ Σ② !
↑直列型:パーツ① LuxR-pLux-RFP-LasI
初号機 : LuxR(Receiver ) + Reporter + LasI(Sender)
ptet LuxR plux RFP LasI
I731012 : 注文中です
ptet LuxR plux RFP
C0178
LasI
1, T9002 から PCR でターミネーターを取り除く。( Reverse プライマーデザイン必要)2, C00178 を作成して完成
◎→Σ① !→ Σ② !
↑直列型:パーツ②LasR-pLas-GFP
弐号機 : LasR(Receiver) + Reporter
ptet LasR plas GFP
K091118 : 注文中です
LasR plas GFP
1, R0040 をつなげる。
R0040
pTet
◎→Σ① !→ Σ② !
ほしいデータデモンストレーション
• 野澤&山本がホワイトボードで説明します。
優先順位
1, LuxR Mutant 選別 / データーとり1, LasI-LasR 稼働実験
3, Mutant の Biobrick 化 / データとり4, デモンストレーション用データとり4, 直列型作成
各種〆切日09/18 ・ Jamboree attendance fee due ・ Request for variance due ・ Track selection due ・ Project abstracts due ・ Team rosters due10/21 ・ Project and part documentation due ・ BioBrick Part DNA needs to be
received ・ Judging form due ・ Wiki FREEZE
具体的なスケジュール
画面切り替えます