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DR ALEXANDRE GAYMARD
PLACE DES TESTS DE DÉPISTAGE DU SARS-COV-2 : QUEL EXAMEN RÉALISER À QUEL MOMENT ?
16/12/2020
VIRUS SARS_COV-2 hCoV saisonniers: 220E, OC43, NL63, HKU1
SARS-CoV MERS-CoV
ANNEEd’EMERGENCE
2019-… Découvert en 1960
2003 2012-…
TAUX DE MORTALITE
2,3% 0-0,1% 10% 37%
RESERVOIRZOONOTIQUE
Pangolin chauves- souris civette dromadaire
NB DE CAS / NB DE DECES
65 millions / 1,5 millions de DC
Des milliards! 8000 cas / 800 DC dans le monde
1219 cas / 449 DC
SARS-CoV-2
MERS-CoV
Na Zhu et al. NEJM 2020 Jan
Zhou P et al. Nature 2020 Feb
N. Petrosillo et al. CMI 2020 Mar
Xiao K et al. Nature 2020 May
SARS-CoV-2
SARS-CoV-2 = Virus à ARN enveloppé appartenant à la famille des Coronaviridae, genre betacoronavirus
LE VIRUS : SARS-COV-2
hCoV
• Virus très épidémiogène = forte capacité à se
disséminer rapidement
• R0 = le taux de reproduction de base du virus /
Nb d’individus qu’une personne porteuse va
infecter pendant la durée de son infection au
début de l’épidémie
• L’ampleur de l’épidémie dépend du R0 et du
Reffectif:• objectif des mesures sanitaires : Reffectif < 1
• Reffectif actuel (15/12/2020 / 2ème confinement ) = 0,83
https://www.visualcapitalist.com/history-of-pandemics-deadliest/
TRANSMISSION
• Durée médiane d’incubationo 5 jours
• Risque de transmissiono Débute 2 jours avant les symptômeso Pic d’excrétion 1 jours avant le début des
symptômeso Les asymptomatiques sont contagieux ++
• Contagiosité très faible au delà de 7jours après le début des symptômes siCOVID non grave & patientimmunocompétent
EXCRÉTION VIRALE
Néant N et al. 2020 in press
Début des symptômes
Infectiosité faible
4
ASYMPTOMATIQUES VS SYMPTOMATIQUES 5
●Aucune différence de charge virale lors du diagnostic dans les prélèvements NP
●Excrétion virale plus longue chez les asymptomatiques (19 vs 14 jours)
Q.X Long et al ; Nat.Med. 2020
6EXCRÉTION VIRALE
Excrétion dans les selles possible et prolongée mais pas ou peu de virus infectieux
Virémie possible / lien avec la gravité
Négativation des RT-PCR sur prélèvements respiratoires environ 10j après le début des symptômes
Lescure X et al, Lancet ID 2020
7
● Diagnostic direct : on cherche le virus
• Dans un prélèvement respiratoire (ANP)
• Avec une technique sensible : biologie moléculaire (RT-PCR, TMA, LAMP…)
• Avec un technique moins sensible :
• Détection d’Ag (immunochromatographie)
• Culture cellulaire (labo spécialisé)
● Diagnostic indirect : on cherche les anticorps
• Avec un test rapide (immunochromatographie)
• Avec un test « classique » type ELISA
DIAGNOSTIC VIROLOGIQUE
8
● L’écouvillonnage nasopharyngé est la référence
● Alternative possibles :• Oro-pharyngé => Si contre indication au NP
• Salive => Etude en cours (COVISAL / SALIVCOV)
• 80% de sensibilité en comparaison du prélèvement NP perte significative de sensibilité (<40%) chez les asymptomatiques Temps d’analyse augmenté
● Autres prélèvements possibles :• LBA, ATB, expectoration
• Sang, Selles
• Autres : biopsies, LCR…
LES PRÉLÈVEMENTS POUR LA RT-PCR
Avis de la SFM publié le 29/09/2020
« 1 narine&
1 tour »
https://www.youtube.com/watch?v=DVJNWefmHjEhttps://www.sfm-microbiologie.org/wp-content/uploads/2020/09/Fiche-COVID-19_V6.0.pdf (actualisation 25/09/2020)https://apps.who.int/iris/bitstream/handle/10665/330374/WHO-2019-nCoV-laboratory-2020.1-eng.pdf
9
● Technique de référence diagnostic et suivi avec bonne performance
● Evaluation semi-quantitative possible
EXAMENS BIOLOGIQUES : BIOLOGIE MOLÉCULAIRE
RT-PCR routine4h
RT-PCR Rapide 1h
LAMP-PCR15 min
Qu’est ce que le Ct ?
Ct > 37 = excrétion
extrêmement faible / nulle
10PERFORMANCE DE LA BIOLOGIE MOLÉCULAIRE
https://www.lemonde.fr/les-decodeurs/article/2020/09/09/covid-19-l-
hypersensibilite-des-tests-pcr-entre-intox-et-vrai-debat_6051528_4355770.html
11
● La référence est la RT-PCR sur prélèvement nasopharyngé
• Sensibilité > 95%
• Spécificité 99,9%
● Performance sur personnel soignant
PERFORMANCE DE LA BIOLOGIE MOLÉCULAIRE
Serology a V5
pos neg
PCR
a V1
pos 67 0
neg 6 183
Value 95% CI
Sensitivity 0,92 0,83 to 0,97
Specificity 1,00 0,98 to 1,00
Bal A, et al. 2020, in press
Kim H, et al. A Meta-Analysis. Radiology. 2020
12TEST ANTIGÉNIQUE
• Jusqu’à J4 / DDS• Pas de confirmation des positifs
• Si > 65 ans et/ou FR : faire PCR si négatifNON OUI
OUI
INDICATIONS DE LA HAS AU 28 NOVEMBRE 2020
Place des tests antigéniques NP10-15 min
13
● Performances analytiques des tests Ag et leur rapidité (OMS)
• Sensibilité : 80%
• Spécificité : 97%
● Revue JM PAWLOTSKY et al. , AP-HP HENRI MONDOR (09/20)
PERFORMANCE DES TESTS ANTIGÉNIQUES
634 échantillons - 297 positifs (2020)
• Gravité infection• Strates valeurs Ct• DDS
- 337 négatifs (2019)
SpécificitéSensibilité
globale
Coris 100% 35,3%
Biosensor 93,2% 60,1%
Abbott 100% 55,3%
Biosynex 98,5% 59,6%
NG Biotech 100% 32,3%
AAZ 100% 61,7%
Ct ≤ 33 Excrétion virale significative
SpécificitéSensibilité
globale
Sensibilité
sympto <4 j
Coris 100% 35,3% 53,6%
Biosensor 93,2% 60,1% 80,4%
Abbott 100% 55,3% 79,4%
Biosynex 98,5% 59,6% 81,4%
NG Biotech 100% 32,3% 52,6%
AAZ 100% 61,7% 81,4%
SpécificitéSensibilité
globale
Sensibilité
sympto <4 j
Sensibilté
Ct ≤ 33
Coris 100% 35,3% 53,6% 42,6%
Biosensor 93,2% 60,1% 80,4% 71,8%
Abbott 100% 55,3% 79,4% 65,7%
Biosynex 98,5% 59,6% 81,4% 71,3%
NG Biotech 100% 32,3% 52,6% 38,9%
AAZ 100% 61,7% 81,4% 73,5%
14
● Revue JM PAWLOTSKY et al. , AP-HP HENRI MONDOR (12/20)
PERFORMANCE DES TESTS ANTIGÉNIQUES302 échantillons
- 152 positifs (2020)• Gravité infection• Strates valeurs Ct• DDS
- 150 négatifs (2019)
Ct ≤ 33 Excrétion
virale significative
SpécificitéSensibilité
globale
AAZ 100% NR
CerTest 100% NR
GenBody 100% NR
Nadal 100% NR
Gensure 100% NR
AMP 100% NR
QuickProfile 100% NR
Novel 100% NR
Toda 100% NR
Sofia 99% NR
SpécificitéSensibilité
globale
Sensibilité
sympto <4 j
AAZ 100% NR 69,6%
CerTest 100% NR 50,0%
GenBody 100% NR 48,1%
Nadal 100% NR 55,4%
Gensure 100% NR 45,5%
AMP 100% NR 69,1%
QuickProfile 100% NR 47,3%
Novel 100% NR 69,6%
Toda 100% NR 46,4%
Sofia 99% NR 77,3%
SpécificitéSensibilité
globale
Sensibilité
sympto <4 j
Sensibilté
Ct ≤ 33
AAZ 100% NR 69,6% 63,3%
CerTest 100% NR 50,0% 45,3%
GenBody 100% NR 48,1% 41,0%
Nadal 100% NR 55,4% 47,7%
Gensure 100% NR 45,5% 35,7%
AMP 100% NR 69,1% 66,9%
QuickProfile 100% NR 47,3% 40,2%
Novel 100% NR 69,6% 62,7%
Toda 100% NR 46,4% 38,9%
Sofia 99% NR 77,3% 67,0%
15
• Se : 30% - Cut-off / Genexpert ≈ Ct 25
• Économie de tests moléculaires : 7%
• Gain temps : données CHLS Benjamin Touchon
• TROD + : - 6 min
• TROD - : + 20 min
RETOURS D’EXPÉRIENCEEN DÉPORTÉ POUR LES URGENCES DES HCL
Période d’étude : 10 au 20 novembreSites : Sud, Est et NordSupport RH : étudiants 5 AHU PharmacieTest Ag respiratoire : Panbio™ Abbott
Nb demandes Ag pos % Ag + Test Moleculaire +* % totale
GHC 167 11 6,6 43 32,3
GHN 107 5 4,7 14 17,8
GHE 63 3 4,8 16 30,2
GHS 253 24 9,5 26 19,2
Total 590 43 7,3 99 24,1* Test Genexpert ou Biofire
Sérologie routine : 30 minTROD: 10 minSEROLOGIE SARS-COV-2
Q.X Long et al ; Nat.Med. August 2020
Taux d’IgG significativement plus élevé chez les sujets symptomatiquesPas de différence observée du taux d’IgM
Comparaison entre le patient symptomatique vs. asymptomatique
SEROLOGIE SARS-COV-2
Q.X Long et al ; Nat.Med. April 2020
18
● Chute des anticorps au cours du temps (90% des patients)
PERSISTANCE DES ANTICORPS
● Négativation IgG chez 40% des patients asymptomatique après 8 semaines
Q.X Long et al ; Nat.Med. 2020
19PERFORMANCE DES TESTS SÉROLOGIQUESManufacturer
(platform)Abbott (Architect)
DiaSorin (Liaison®)
Siemens(Atellica®)
Bio-Rad WantaibioMérieux
(Vidas®)
Assay name SARS-CoV-2 IgGSARS-CoV-2 S1/S2
IgGSARS-CoV-2
TotalPlatelia SARS-CoV-
2 Total AbSARS-CoV-2
Total AbSARS-CoV-2 IgG
Assay type CMIA CLIA CLIA ELISA ELISA ELFAAntigen N S1+S2 RBD N RBD RBD
Sensitivity vs SARS-CoV-2 RT-PCR [95%CI]days after symptom onset
(n)
[1-7] (61) 9.84 [5.17-17.91] 6.56 [2.98-13.83] 6.56 [2.98-13.83]18.03 [11.35-
27.43]22.95 [15.36-32.84] 8.20 [4.05-15.90]
[8-14] (63)59.68 [49.23-
69.31]32.26 [23.41-
42.59]41.94 [32.18-
52.37]74.19 [64.18-
82.19]79.03 [69.41-86.23]
39.68 [30.17-50.04]
[15-21] (59)91.53 [83.60-
95.81]83.05 [73.61-
89.59]89.83 [81.52-
94.65]96.61 [90.26-
98.87]100.00 [95.62-
100.00]86.44 [77.50-
92.19]
[22-28] (59)93.22 [85.73-
96.92]86.44 [77.50-
92.19]93.22 [85.73-
96.92]94.92 [87.94-
97.95]100.00 [95.62-
100.00]93.22 [85.73-
96.92]
[29-35] (65)86.15 [77.66-
91.76]92.31 [85.03-
96.21]93.85 [86.98-
97.21]92.19 [84.81-
96.15]100.00 [96.00-
100.00]90.77 [83.13-
95.15]
[36-42] (59)89.83 [81.52-
94.65]93.22 [85.73-
96.92]98.31 [92.75-
99.62]91.53 [83.60-
95.81]100.00 [95.62-
100.00]94.92 [87.94-
97.95]
[43-85] (73)89.04 [81.58-
93.71]89.04 [81.58-
93.71]95.89 [90.15-
98.35]88.89 [81.34-
93.62]100.00 [96.38-
100.00]87.67 [79.97-
92.68]
Bal A, et al. 2020, in press
20CONCLUSION
Sérologie SARS-CoV-2 Diagnostic rétrospectif
Statut immunitaire
RT-PCR routine
Examen de référence pour le diagnostic d’une infection en cours
Evaluation du risque de transmission à l’entourage
Evaluation du contrôle de l’infection par le patient (suivi)
Tests antigéniques NP
Diagnostic chez le patient symptomatique < 4 jours
Pas de place à l’hôpital sur une population à J7 DDS
Dépistage de masse uniquement si PCR impossible
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MERCI
https://myhclpro.sante-ra.fr/webinaires.aspxhttps://www.youtube.com/playlist?list=PLOL9Y1jpXhkYiNZC5Tehxau5oimj5lzbP