BLAT alignment

RAP transcripts

MSU transcripts

O. sativa japonica FL-cDNAs

mRNAs (Oryza)

SwissProt plant division

SSR markers

Repeat regions

RNA-Seq (Root)

RNA-Seq (Leaf)

RAP-DB：イネアノテーションプロジェクトデータベース○川原善浩1, 2)、岸川（広実）朋子2)、王暁輝1)、脇本泰暢3)、伊藤剛2) 1)農業・食品産業技術総合研究機構次世代作物開発研究センター　2)農業・食品産業技術総合研究機構高度解析センター　3)ビッツ株式会社

イネは世界で最も重要な作物のひとつであり、2004年に作物では最も早くゲノム解読が完了した。そして、農業上重要な形質に関係する様々な遺伝子の単離や機能解析、DNAマーカー等を利用した分子育種等が精力的に進められている。このような研究において、ゲノム配列や遺伝子アノテーション情報はもっとも重要な基盤情報である。イネアノテーションプロジェクトデータベース（RAP-DB）は2006年よりイネのリファレンスゲノム配列やアノテーション情報の提供を開始し、10年以上が経った現在でも国内外の数多くの研究者から参照される基盤データベースとして利用されている。近年は

Oryzabase（NBRP、遺伝研）とも連携し、日々公表される学術論文を研究者が精査し、遺伝子構造や機能情報等の追加、修正を行う遺伝子情報キュレーションに取り組み、最新のイネの遺伝子情報を提供するよう努めている。本発表では、RAP-DBが提供する遺伝子アノテーション情報や解析ツール、昨年より公開している300種以上のイネ品種のゲノム多様性情報を提供するブラウザについても紹介する。

RAP-DB has been provided the rice reference genome and annotation for more than 12 years from 2006.

Many accesses from various countries, especially from Japan and China.

Catalogue of agronomically important genes（Coming soon!!）TASUKE provides genome-wide variations among more than 300 rice accessions

GBrowse provides genomic coordinates of transcripts and various genomic features (e.g. repeats, markers, etc).

Various types of functional annotation and links to external databases were provided.

ペー

ジビ

ュー

0

125,000

250,000

375,000

500,000

訪問

数

0

5,500

11,000

16,500

22,000

2016

年 0

1月 02月

03月

04月

05月

06月

07月

08月

09月

10月

11月

12月

2017

年 0

1月 02月

03月

04月

05月

06月

07月

08月

09月

10月

11月

12月

2018

年 0

1月 02月

03月

04月

05月

06月

07月

訪問数ページビュー

https://rapdb.dna.affrc.go.jp @rapdbjprapdb@ml.affrc.go.jp

遺伝子アノテーションの更新、新機能の追加についてはこちらに掲載しています。

Twitterはじめました。最新のイネ遺伝子に関する研究情報やサーバのメンテナンス情報についてつぶやいています。

遺伝子ID、遺伝子シンボル、遺伝子名などで検索できます。

ゲノムブラウザやBLAST＆BLAT検索、データダウンロード、様々なドキュメントにはこちらのメニューから。

BLAST & BLAT search

ID Converter (RAP⇔MSU)

Batch Retrieval

Italy0.5%

France0.5%

Brazil0.6%

Taiwan1.5%

Philippines2.0%

United States3.5%

South Korea5.3%

India6.2%

Japan31.7%

China48.1%

様々な農業形質関連遺伝子について、 形質の品種間差に関わる多型や文献情報を提供。

SD1についての情報

Trait ontology ”plant height” で検索

既知の機能多型についての情報

温帯 ジャポニカ

熱帯 ジャポニカ

インディカ

Aus

アロマ

野生稲

Admixture

Fig 1 from Sasaki et al.2002 Nature

公開されている300品種以上のイネゲノムリシーケンスデータを収集、ゲノムワイドな多型情報を検出し、公開している。

cDNAとゲノムのアラインメントにはBLATが便利

IDリストや、ゲノム座標やマーカー情報によって指定された領域、に含まれる遺伝子のアノテーションや配列情報を一括取得可能。

RiceXPro 葯特異的に発現

Oryzabase 様々な遺伝子情報や文献情報が提供されている。

bZIP transcription factor 46 (BZIP46)

遺伝子名やシンボル

機能、産物情報

根拠となる転写産物配列

根拠となるタンパク質配列

文献情報

マニュアルキュレーションされた日

GO情報

InterProドメイン情報

外部DB（Oryzabase、KEGG）へのリンク

Cytochrome P450 hydroxylase (CYP703A3)

CDS, UTR, Intron配列情報

Transcript, CDS, Protein 配列情報

月間ページビュー数と訪問数の遷移 月間20万ページビューを上回るアクセスを維持し続けており、訪問数も2万近くに達している。

国別アクセス数（2016年01月以降） 数多くの国の研究者に参照されている。特に日本、中国からのアクセス数が多く、全アクセス数の8割近くを占める。

概 要

NEW!!

完全長cDNAクローン情報

発現DB（RiceXPro、TENOR）へのリンク

Gene function, gene expression, functional variation and other information.

Positions of functional variations on genome, transcript and protein sequences

Oryzabase（NBRP、遺伝研）と連携し、遺伝子ID、遺伝子名、遺伝子構造、文献、オントロジー等の情報を共有している。

TENOR 乾燥、ABA処理によって遺伝子発現が誘導

KEGG ABAを介した乾燥ストレス応答に関与する転写因子。 気孔の閉鎖を誘導。

Licensed under CC-BY 4.0 ©2018 Yoshihiro Kawahara (NARO)