0
Laporan Praktikum Genetika Molekuler
KARAKTERISASI Ananas comosus (L.) Merr. BERBASIS MARKA RAPD
(Random Amplification of Polymorphic DNA)
Oleh:
MUHAMMAD NUR KHOLIS
P051120071
PROGRAM STUDI BIOTEKNOLOGI
SEKOLAH PASCASARJANA
INSTITUT PERTANIAN BOGOR
TAHUN 2012
1
Laporan Praktikum Genetika Molekuler
KARAKTERISASI Ananas comosus (L.) Merr. BERBASIS MARKA RAPD
(Random Amplification of Polymorphic DNA)
I. PENDAHULUAN
A. LATAR BELAKANG
DNA tanaman, seperti halnya DNA pada eukariotik yang lain merupakan DNA
linier dengan ukuran yang bervariasi pada tiap jenis tanaman. DNA tanaman
mengandung gen-gen yang essensial bagi pertumbuhan dan kelangsungan hidup individu
tanaman yang bersangkutan. Oleh karena itu, berbagai teknik molekuler telah
dikembnagkan untuk memperoleh DNA tanaman agar dapat digunakan untuk lebih dapat
memehami karakter biologis darai suatu tanaman dari sudut pandang genetis.
Isolasi DNA buah nanas merupakan salah satu upaya untuk mengetahui berbagai
kultivar tanaman nanas yang ada di Indonesia. Tanaman nanas yang tumbuh di Indonesia
sangat beragam. Keragaman ini merupakan sumber plasma nutfah yang besar manfaatnya
terhadap program pemulian tanaman nanas yang akan menghasilkan jenis tanaman nanas
dengan kualitas buah yang tinggi. Karakter nanas yang dilakukan berdasarkan diskripsi
morfologi sperti ang telah dilakukan oleh Irfandi (2005) dapat terjadi kesalahan karena
deskripsi tersebut dipengaruhi oleh lingkungan dan pertimbangan manusia selain analisis
secara morfologi dapat dianalisis karakter isozym dari berbagai jenis nanan (Hadiati dan
Sukmadjaja, 2002). Namun karakter tersebut kurang dapat menggambarkan kondisi
sebenarnya dari berbagai jenis nanas sehingga program pemuliaan yang hanya didasarkan
pada karakter morfologi ataupun isozym akan didapatkan jenis tanaman nanas yang
kurang maksimal.
Salah satu pendekatan yang dapat dilakukan adalah pendekatan secara molekular
yaitu analisis berbasis marka molekular. Salah satu marka yang dapat digunakan untuk
menganalisis karakter genetik hubungan kekerabatan adalah marka RAPD (Random
Amplified Polymorphic DNA). Metode RAPD merupakan kombinasi teknik PCR
menggunakan primer-primer dengan sekuen acak untuk keperluan amplifikasi lokus acak
dari genom (Rafalski et al., 1991). Teknik ini digunakan untuk mengidentifikasi genotipe
2
tumbuhan, karena memiliki kelebihan dalam pelaksanaan dan analisisnya.
Dibandingkan dengan penanda DNA yang lain, seperti restriction fragment length
polymorphisms (RFLP) dan simple sequence repeats(SSR), teknik RAPD lebih murah,
mudah dilakukan, cepat memberikan hasil, menghasilkan polimorfisme pita DNA dalam
jumlah banyak, tidak memerlukan pengetahuan tentang latar belakang genom yang
dianalisis dan mudah memperoleh primer acak yang diperlukan untuk menganalisis
genom semua jenis organisme (Tingey et al., 1994 dalam Poerba and Martanti, 2008).
Teknik ini telah digunakan untuk menganalisis hubungan kekerabatan berbagai jenis
Cucumis sativus L. (Julisaniah et.al., 2008), kerabatan Durio zibethinus (Ruwaida et.al.,
2009), dan Camellia (Wang et.al.,2011)
B. TUJUAN
Tujuan dari praktikum kali ini adalah untuk mengisolasi DNA tanaman nanas
(Ananas comosus (L.) Merr.) serta mengetahui karakter molekular berbagai jenis
berdasarkan marka marka RAPD (Random Amplification of Polymorphic DNA).
II. METODOLOGI
A. Waktu dan Tempat
Praktikum ini dilakukan di Laboratorium Biorin Pusat Antar Universitas Institut
Pertanian Bogor pada tanggal 11 dan 18 September 2012.
B. Alat dan Bahan
Alat-alat yang digunakan dalam praktikum ini antara lain : Alat pemusing
(centrifuge) berpendingin (refrigerated), microfuge (5.000 x g), pengocok (Shaker) 37 oC,
tabung reaksi atau erlenmeyer, Eppendorff, Mikropipet ( P2, P20, P200 dan P 1000),
PCR tube, PCR-rak water-bath, elenmeyer, pemanas (microwave), seperangkat alat
elektroforesis, gel doc uv transiluminator dan Thermocycler ABI-Biosystem.
Bahan-bahan yang digunakan dalam praktikum ini terdiri dari 7 jenis jenis
tanaman nanas (Ananas comosus (L.) Merr.) yang berasal dari Ps. Bioteknologi
Laboratorium Biorin PAU IPB, CTAB, 0.2 % mercapto etanol,2 % PVP
3
(polyvinylpyrrolidone) , Cloroform Isoamilalkohol (C:I;24:1), PCI (Phenol Cloroform
Isoamilalkohol (P:C:I;25:24:1), 2 M NaOH pH 5.2 , EtOH 10% , EtOH 70%, ddH2O
,RNAse , Buffer TAE 1X (Tris HCl pH 8.3, Asam Asetat Pekat 0.99 M, EDTA 50mM),
Loading dye Bromphenol biru dan Ethidium Bromida.
C. Cara Kerja
1. Isolasi DNA Genom Tanaman
Sebanyak 0.1 gr daun digerus dengan bantuan nitrogen cair dengan menggunakan
mortar sampai sampel berbentuk serbuk putih. Sampel dimasukkan kedalam 600 µl
CTAB 0.2 % mercapto etanol 2 % PVP (polyvinylpyrrolidone) dan diinkubasi pada suhu
65oC selama 15 menit. Sampel didinginkan pada es selama 10 menit. Ditambahkan
Cloroform Isoamilalkohol (C:I;24:1) kemudian tabung eppendorf dibolak-balik secara
perlahan. Sampel disentrifugasi pada 10.000 rpm 4oC selama 10 menit. Supernatan
diambil dan ditambahkan 600 µl PCI (Phenol Cloroform Isoamilalkohol (P:C:I;25:24:1)
kemudian dibolak-balik secara perlahan. Sampel disentrifugasi pada 10.000 rpm 4oC
selama 10 menit. Supernatan diambil dan ditambahkan 0.1 vol 2 M NaOH pH 5.2 dan 2
vol EtOH 10% kemudian disimpan dalam freezer selama 30 menit. Sampel disentrifugasi
pada 10.000 rpm 4oC selama 15 menit. Pellet diambil dan ditambahkan EtOH 70%.
Sampel disentrifugasi pada 10.000 rpm 4oC selama 5 menit. Pellet diambil dan divakum
selama 10 menit. Ditambahkan 15 µl ddH2O dan 0.2 vol RNAse kemudian dinkubasi
pada suhu 37 4oC selama 10 menit. RNAase diinaktifkan dengan pemanasan pada suhu
70oC selama 10 menit. Hasil isolasi DNA dicek dengan menggunakan elektroforesis.
2. Analisis Marka RAPD
Analisis RAPD dibuat dengan volume 10 µl reaksi PCR yang mengandung ±
100 µg DNA dari setiap jenis nanas, 0.2 µl primer DNA, 1 µl 2mM dNTP, 5 Unit (0.2
µl) Taq polimerase 10x buffer PCR, 6.3 µl ddH2O. Primer OPA 2, OPA 3 dan OPA 4
dari Operon Technologies (Alameda, CA) digunakan dalam percobaan ini. Reaksi
amplifikasi DNA dilakukan menggunakan Perkin Thermocycler ABI-Biosystem.
Program PCR terdiri dari 1 siklus pada 94°C selama 5 menit (PreDenaturasi); 40 siklus
pada: 94°C selama 1 menit (Denaturasi), 32°C selama 3 menit (Annealing), 72°C
4
selama 2 menit (Ekstension); 1 siklus pada 72°C selama 7 menit (Postekstension);
diakhiri dengan inkubasi pada 25°C. Produk PCR kemudian dielektoforesis dengan
agarose 1% (Promega) dan divisualisasikan di atas UV transilumimator kemudian
didokumetasikan dengan alat Geldoc.
3. Analisis
Polimorfisme dari pola pita yang terbentuk diukur kemiripan genetiknya
berdasarkan ada tidaknya pita. Rumus kemiripan genetik yang digunakan adalah
kemiripan genetik Dice. Klasterisasi dilakukan dengan Unweighted Pair Group With
Arithmatic Mean (UPGMA) yang dihitung melalui SHAN pada program NTSYSpc
version 2.0.
III. HASIL DAN PEMBAHASAN
A. Isolasi DNA
DNA berbagai jenis nanas diisolasi dengan menggunakan campuran metode
nitrogen cair dan metode PCI (Phenol:Clroroform:Isoamilalkohol). Daun nanas
ditimbang 0,1 gr dan dipilih yang paling muda, hal ini dimaksudkan agar didapatkan sel
yang masih muda sehingga DNA akan mudah untuk diisolasi. Daun kemudian
dihancurkan dengan nitrogen cair sampai berubah menjadi bubuk. Fungsinya adalah
untuk mempermudah penggerusan dan menjaga agar DNA tidak mengalami kerusakan.
Hal ini dilakukan sampai didapatkan daun tanaman nanas yang telah hancur menjadi
bubuk. Selanjutnya dilakukan penambahan buffer ekstrak berupa CTAB 0.2%
mercaptoetanol 2% PVP (polyvinylpyrrolidone) yang berfungsi untuk melisiskan
membran sel dan membran fosfolipid bilayer. Kemudian dilakukan inkubasi pada suhu
65oC yang berfunngsi untuk optimasi kerja buffer ekstrak. Selanjutnya ditambahkan
Cloroform Isoamilalkohol (CI;24;1) dan dibolak-balik secara perlahan. Selanjutnya
dilakukan sentrifugasi sampel dengan kecepatan 10000 rpm pada suhu 4 oC selama 10
menit. hal ini dilakukan untuk memisahkan debris dan komponen sel lain yang menjadi
pengotor dengan DNA. Hasilnya didapatkan bahwa supernatan berwarna hijau sedangkan
pelet berwarna putih kehijauan.
5
Supernatan yang telah diperoleh selanjutnya diambil dan ditambahkan dengan
larutan Phenol:Chloroform:Isolamyl Alkohol (PCI;25:24:1). Hal ini dilakukan untuk
mengekstraksi DNA dari kontaminan. Fenol merupakan pelarut organik yang dapat
melarutkan protein, lipid dan molekul lain seperti polisakarida sehingga diharapkan akan
didapatkan supernatan yang berisi DNA bebas kontaminan. Setelah dicampur, campuran
tersebut dibolak-balikkan perlahan untuk optimalisasi homogen. Selanjutnya dilakukan
sentrifugasi dengan PCI tersebut dengan kecepatan 10000 rpm pada suhu 4 oC selama 10
menit. Hasil yang didapatkan adalah supernatan dan pelet yang berada pada tiga lapisan
lapisan atas berwarna hijau jernih, lapisan tengah berwarna hijau keruh dan pelet yang
berwarna hijau tua. Kemudian diambil supernatan, yang perlu diperhatikan jangan sampai
ikut diambil bagian yang lain karena dikhawatirkan akan menghambat kerja enzim lain
yang digunakan untuk analisis lebih lanjut.
Presipitasi DNA dilakukan dengan penambahan 2M NaOH dan EtOH 10 % untuk
menghilangkan phenol maupun kontaminan lain. Untuk optipasi presipitasi, diinkubasi
pada frezer. Kemudian setelah presipitasi dilakukan sentrifugasi 10000 rpm pada suhu 4
oC selama 15 menit untuk mendapatkan pelet. Pelet dipresipitasi ulang dengan
penambahan EtOH 70% untuk membersihkan kembali kontaminan yang masih tersisa.
Kemudian dilakukan sentrifugasi dengan kecepatan 10000 rpm pada suhu 4 oC selama 5
menit sampai didapatkan pelet kembali. Pelet yang didapatkan kemudian dikering
anginkan dan di vakum untuk menghilangkan EtOH yang masih tersisa kemudian untuk
pengenceran DNA pelet di encerkan dengan ddH2O. Untuk menghilangkan RNA
digunakan RNAse yang dinkubasi pada suhu 37oC selama 10 menit dan untuk meng
inaktifkan RNAse diinkubasi ulang pada suhu 70oC selama 10 menit. DNA hasil isolasi
kemudian di elektroforesis pada tegangan 100 volt selama 30 menit untuk mengetahui
kualitas DNA yang dihasilkan dari proses isolasi tersebut. Hasil isolasi DNA tergantung
dari tahapan proses isolasi mulai dari preparsi, lisis sel dan presipitasi DNA, jika dalam
tahapan itu ada kekeliruan akan mengakibatkan hasil isolasi yang didapatkan juga
kurang maksimal sehingga untuk anallisis lebih lanjut juga tidak maksimal. Hasil isolasi
DNA didapatkan band DNA yang diingikan.
6
B. Analisis RAPD (Random Amplification of Polymorphic DNA)
Analisis RAPD (Random Amplification of Polymorphic DNA) merupakan analisis
marka molekular yang berbasis pada PCR (Polmeration Chain Reaction). PCR adalah
suatu metode in vitro yang digunakan untuk mensintesis sekuens tertentu DNA dengan
menggunakan dua primer oligonukleotida yang menghibridisasi pita yang berlawanan
dan mengapit dua target DNA. Pada dasarnya reaksi PCR adalah tiruan dari proses
replikasi DNA in vivo, yaitu dengan adanya pembukaan rantai DNA (denaturasi) utas
ganda, penempelan primer (annealing) dan perpanjangan rantai DNA baru (extension)
oleh DNA polimerase dari arah terminal 5’ ke 3’. Hanya saja pada teknik PCR tidak
menggunakan enzim ligase dan primer RNA. Secara singkat, teknik PCR dilakukan
dengan cara mencampurkan sampel DNA dengan primer oligonukleotida,
deoksiribonukleotida trifosfat (dNTP), enzim termostabil Taq DNA polimerase dalam
larutan DNA yang sesuai, kemudian menaikkan dan menurunkan suhu campuran secara
berulang beberapa puluh siklus sampai diperoleh jumlah sekuens DNA yang diinginkan
(Brown, 2002).
Teknik RAPD merupakan suatu cara untuk menganalisis variabilitas genetik
melalui amplifikasi genom suatu tanaman dengan menggunkan primer acak tunggal.
variabilitas genetik tanaman dilihat berdasarkan polimorfisme pita DNA yang berhasil
diamplifikasi. Prinsip dasar RAPD adalah komplementasi urutan basa primer dengan
urutan basa cetakan. jika terdapat adanya komplementasi urutan basa antara primer dan
DNA template (cetakan), maka akan menempel pada kedua ujung 3’OH utas DNA
cetakan. Apabila kedua situs penempelan primer berada dalam jarak yang dapat
diamplifikasi, maka produk PCR akan diperoleh berupa fragmen atau pita DNA (Tingey
et.al., 1992). Pada praktikum kali ini digunakan 3 jenis primer aitu OPA 2, OPA 3 dan
OPA 4.
Tabel 1. Karakteristik Primer pada Analisis RAPD
NO Primer code Sequnce (5’-3’) BM (bp)
1 OPA-2 CAGGCCCTTC 2964
2 OPA-3 TGCCGAGCTG 3044
3 OPA-4 AGTCAGCCAC 2997
(Talebi et.al., 2011)
7
Gambar 1. Hasil elektroforesis gel agarosa Amplifikasi DNA oleh Primer OPA-2
(M : Marka, 1 : DNA nanas kel. 1, 2 : DNA nanas kel. 2, 3 : DNA nanas
kel.3, 4 : DNA nanas kel.4, 5 : DNA nanas kel.5, 6 : DNA nanas kel.6, 7 :
DNA nanas kel.7, 8 : DNA nanas Kalimantan, 9: DNA nanas Makasar,
10:DNA nanas Irian)
Amplifikasi DNA genom dengan menggunakan primer OPA 2 (Gambar 1) dapat
teramplifikasi dengan baik karena menunjukkan adanya polimorfisme band DNA.
dengan jumlah total band DNA sebanyak 40 band. Namun variabilitasnya relatif sama
Pada kelompok 2 tidak didapatkan produk amplifikasi DNA , hal itu disebabkan karena
DNA memiliki konsentrasi DNA yang terlalu kecil dan banyaknya pengotor atau
kontaminan sehingga akan mengganggu proses amplifikasi. Dari visualisasi tersebut juga
dapat diketahui proses elektroforesis yang dilakukan kurang baik karena band DNA yang
dihasilkan tidak berada pada garis lurus
8
Gambar 2. Hasil elektroforesis gel agarosa Amplifikasi DNA oleh Primer OPA-3
(M : Marka, 1 : DNA nanas kel. 1, 2 : DNA nanas kel. 2, 3 : DNA nanas
kel.3, 4 : DNA nanas kel.4, 5 : DNA nanas kel.5, 6 : DNA nanas kel.6, 7 :
DNA nanas kel.7, 8 : DNA nanas Kalimantan, 9: DNA nanas Makasar,
10:DNA nanas Irian)
Hasil amplifikasi DNA genom dengan menggunakan primer OPA 3 didapatkan
jumlah band DNA paling banya bila dibandingkan amplifikasi yang dilakukan oleh OPA-
2 dan OPA-4 aitu sebanyak 49 band DNA. Jumlah DNA paling banyak terdapat pada
sampel nanas kelompok 6, sedangkan jumlah band DNA paling sedikit terdapat pada
kelompok 1. Sampel DNA kelompok 2 tidak mampu menghasilkan produk amplifikasi.
Hal ini dimungkinkan urutan basa nukleotida yang menusun primer tersebut tidak
komplemen dengan pasangan basa yang menusun sampel nanas. Gambar 2. juha
menjukkan adanya variabilitas yang tinggi bila dibandingkan dengan amplifikasi yang
dilakukan oleh OPA-2 dan OPA-4.
9
Gambar 3. Hasil elektroforesis gel agarosa Amplifikasi DNA oleh Primer OPA-4
(M : Marka, 1 : DNA nanas kel. 1, 2 : DNA nanas kel. 2, 3 : DNA nanas
kel.3, 4 : DNA nanas kel.4, 5 : DNA nanas kel.5, 6 : DNA nanas kel.6, 7 :
DNA nanas kel.7, 8 : DNA nanas Kalimantan, 9: DNA nanas Makasar,
10:DNA nanas Irian)
Gambar 3. merupaka hasil amplifikasi genom dengan menggunakan primer OPA
4, hasil amplifikasi didapatkan jumlah total band DNA paling kecil jika dibandingkan
dengan amplifikasi yang dilakukan olah OPA-2 dan OPA-3 aitu sebanyak 36 band DNA.
Letak band DNA dari seluruh sampel adalah sama, hal ini mennjukkan tidak ada
variabilitas polimorfisme band DNA yang dihasilkan dari amplifikasi oleh OPA-4.Hanya
sampel DNA kelompok 2 tidak dapat teramplifikasi dengan baik dengan tidak adanya
band DNA sama sekali, hal itu disebabkan karena DNA memiliki konsentrasi DNA yang
terlalu kecil dan banyaknya pengotor atau kontaminan sehingga akan mengganggu proses
amplifikasi karena proses amplifikasi DNA merupakan proses yang sangat sensitif.
Berikut merupakan tabel variabilitas hasil amplifikasi dengan menggunakan
primer OPA-2, OPA-3 dan OPA-4.
10
Tabel. 2 Variabilitas Amplifikasi DNA Genom Berbagai Jenis Nanas
dengan menggunakan Prmer OPA-2, OPA-3 dan OPA-4
Sampel OPA-2 OPA-3 OPA-4
D E F G H A B C D E F G H E F G H
Kel 1 0 1 1 1 1 0 0 0 0 1 1 1 1 1 1 1 1
Kel 2 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0
Kel 3 1 1 1 1 1 0 0 1 0 1 1 1 1 1 1 1 1
Kel 4 1 1 1 1 1 0 0 0 1 1 1 1 1 1 1 1 1
Kel 5 0 1 1 1 1 0 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1
Kel 6 0 1 1 1 1 1 0 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1
Kel 7 1 1 1 1 1 0 0 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1
Kalimantan 1 1 1 1 1 0 0 1 0 1 1 1 1 1 1 1 1
Makasar 0 1 1 1 1 0 0 1 0 1 1 1 1 1 1 1 1
Papua 0 1 1 1 1 0 0 0 0 1 1 1 1 1 1 1 1
Ket : Scoring 1 : jika terdapat band DNA, Scoring 0 : jika tidak terdapat band DNA
Tabel diatas merupakan gambaran hasil amplifikasi oleh OPA-2, OPA-3 dan
OPA-4, OPA-3 mampu mengamplifikasi dengan jumlah total DNA polimorfisme paling
banyak bila dibandingkan amplifikasi yang dilakukan oleh OPA-2 dan OPA-4, hal ini
disebabkan karena basa urutan nukeotida yang menyusun primer memiliki tingkat
komplemen yang relatif besar.
Polimorfisme hasil amplifikasi oleh primer OPA-2, OPA-3 dan OPA-4 kemudian
kemiripan genetik yang digunakan adalah kemiripan genetik Dice dan klasterisasi
dilakukan dengan Unweighted Pair Group With Arithmatic Mean (UPGMA) yang
dihitung melalui SHAN pada program NTSYSpc version 2.0 (Gambar 4).
11
Gambar 4. Dendrogram analisis klustering berbagai jenis nanas dengan UPGMA
dengan Program NTSYSpc version 2.0 berdasar polimorfisme OPA-2,
OPA-3 dan OPA-4
Dari gambar dendogram diatas dapat diketahui 10 jenis nanas yang dianalisis
terbagi menjadi dua kluster besar yaitu Cluster A terdiri dari sampel nanas kelompok 1,
papua, makasar, kelompok 3, kalimantan dan sampel nanas kelompok 4 dan kelompok 4.
Cluster B yang terdiri dari sampel nanas kelompok 5 dan kelompok 6. Cluster A terbagi
menjad 2 yaitu cluster A.1 yang terdiri dari sampel nanas keelompok 1 dan makasar,
sedangkan cluster A.2 terdiri dari sampel nanas kelmpok 3, kalimantan, kelompok 7 dan
kelompok 4. Dendogram tersebut menunjukkan kekerabatan terdekat dari sampel nanas
yang digunakan adalah sampel nanas kelompok satu dengan papua dan sampel kelompol
3 dan kalimantan karena memiliki tingkat kesamaan paling besar dibanding dengan yang
lain. Dendogram tersebut dapat dijadikan sebagai dasar pemuliaan jenis nanas baru
dengan berdasar pada nilai kemiripan serta hubungan kekerabatan yaitu persilangan
dengan menggunakan jenis nanas yang memiliki kesamaan kecil dan hubungan
kekerabatan jauh. Sampel nanas kelompok 2 tidak dianalisis klustering karena tidak ada
produk amplifikasi polimorfisme OPA-2, OPA-3 dan OPA-4.
12
IV. KESIMPULAN
Sampel nanas yang dianalisis polimorfik berdasar amplifikasi OPA-2, OPA-3 dan
OPA-4, terbagi menjadi dua kluster besar yaitu Cluste A (t.d Cluster A.1 dan Cluster A.2
dan Cluster B. Sampel nanas kelompok satu dengan papua dan sampel kelompol 3 dan
kalimantan kekerabatan terdekat dari sampel nanas yang digunakan adalah karena
memiliki tingkat kesamaan paling besar dibanding dengan yang lain.
DAFTAR PUSTAKA
Hadiati S. dan Sukmadjaja D. 2002. Keragaman Pola Pita Beberapa Nenas Berdasarkan
Analisis Isozim. Jurnal Bioteknologi Pertanian 7 (2) : 62-70
Irfandi. 2005. Karakterisasi Morfologi Lima Populasi Nanas (Ananas comosus
(L.).Merr.). Skripsi. Program Studi Hortikultura Fakultas Pertanian IPB.
Julisaniah N.I., L. Sulistyowati and A. N. Sugiharto. 2008. Analisis Kekerabatan
Mentimun (Cucumis sativus L.) menggunakan Metode RAPD-PCR dan Isozim.
Biodiversitas 9 (2) : 99-102
Poerba Y.S. and D. Martanti. 2008. Keragaman Genetik berdasarkan Marka Random
Amplified Polymorphic DNA pada Amorphophallus muelleri Blume di Jawa.
Biodiversitas 9 (4) : 245-249
Rafalski, J.A., S.V. Tingey and J.G.K.Williams. 1991. RAPD markers-a new technology
for genetic mapping and plat breeding. AgBitech News and Information 3: 645-
648.
Ruwaida I.P., E. Yuniastuti and Supriyadi. 2009. Analisis Keragaman Tanaman Durian
Sukun (Durio zibethinus) Berdasarkan Penanda RAPD. Bioteknologi 6 (2): 96-
105.
Talebi E., M. Khademi and G. Subramaya. 2011. RAPD Markers for Understanding of
the Genetic Variabilit among the Four Silkworm Race and Their Hybrids. Middle-
East Journal of Sciencetific Research 7 (5) : 789-795.
Tingey S. V. and J. P. Tufo. 1993. Genetic analisys with RAPD Markers . Plant
Physiology 101: 349-352
Wang X.F., H.Y. Zheng, W.H. Zheng, C.Q. Ao, H.Y. Jin, L.H. Zhao, N. Li and L.R. Jia.
2011. RAPD-based Genetic Diversities and Correlation with Morphological
Traits Camelia (Theaceae) Cultivars in China. Genetic and Molecular Research.
10 (2): 849-859