Réflexion NGS SBR Mai 2012

Historique Les acteurs du marché Contexte régional Contexte financier Contexte local

PF Genomer depuis 2001 : 2001 : 1er séquenceur 2004 : 2nd séquenceur 2009 : 3ème séquenceur

Séquencage et génotypage capillaire

Demande d’équipement ngs « moyen débit » depuis 3 ans

Historique

Les acteurs du marché

Roche GS Junior

Illumina MiSeq

Life ION PGM

Les acteurs du marché

GS Junior

Throughput = 35 million high quality bases per run

Average Read Length = 400bp

Reads Per Run = 70,000-100,000

Accuracy = 99% at 400bp

Sample Input = gDNA, amplicons, cDNA, & BACs

Illumina MiSeq

Life ION PGM

Mc Gill university : 1800$ + 307$ (rnaseq : 120 millions de reads en pair end)Biogenouest Nantes : env . 5000€ une puce 300Gb sur HiSeq1000

Illumina genome network :4500 EUR / 30x human genome

Fasteris :15 millions de reads SR , 50 ou 100pb : 1150 euros120 millions de reads PR = 4 echant/chanel) , 2x100pb : 9800 euros180 millions de reads SR = 4 echant/chanel) , 1x100pb : 9000 euros

MGX Montpellier : Digital Gene Expression (/échantillon) 754 € 1173 €Chip-Seq (/échantillon) 450 € 721 €Small-RNA (/échantillon) Seq 507 € 778 €RNA-Seq (/échantillon) 404 € 656 €ADN Génomique (/échantillon) 378 € 583 €

La suite …

Les technologies « SMS » pour « Single Molecule Sequencing » peuvent être regroupées selon trois catégories:

- Technologies de séquençage en temps réel impliquant la synthèse du brin d’ADN complémentaire via une ADN polymérase.

- Technologies de séquençage par détection des bases successives d’une molécule d’ADN au travers de nanopores.

- Technologies de séquençage basées sur des techniques de microscopie.

- PacBio, Helicos … Noblegen, Starlight, Cracker Bio, NABSys, Halcyon

Oxford Nanopore Le MinION (dont le prix serait inférieur à 900 $) est un consommable et séquenceur (les deux à la fois) jetable qui devrait permettre de générer 1 Gb de donnéesLe GridION permet quant à lui de générer, par module,  plusieurs dizaines de Gb / jour

Contexte régional

Rennes Beaulieu

Rennes Villejean

Nantes (Brest)

Equipements

GS-FLX Micro-arraysHi-Seq 1000Mi-Seq

Micro-arraysHi-Seq 1000Mi-Seq

ION PGM ???

?RoscoffEquipements

3x 3130XL

Contexte financier

Budget de la demande : 150 000 € env (maintenance + env.)

Source de financements :- Idealg (Acquis) = env 50000 € dispo- Demande ANR = Metapico 50000€??- EMBRC : crédits disponibles- Demande BioGenouest : 100000 € potentiellement dispo 2eme trim.Sinon demande 2013 : Dead line 25 mai- CG29 : Dead line 31 mai

Contexte Local