SNP 1
SNP
2
G
C
A G
a b
c d
(a+c) (b+d)
(a+b)
(a+d)
a b
c d
(a+c) (b+d)
(a+b)
(a+d)
a b
c d
(a+c) (b+d)
(a+b)
(a+d)
a b
c d
(a+c) (b+d)
(a+b)
(a+d)
PAZIENTIMigl. Non migl.
TRAT
TAM
ENTO 1
2
SNP
G
C
FATT
. RIS
CHIO SI
NO
CASI CONTROLLICASI CONTROLLI
xxxx
yyyy
a OSS.a EXP.
(a+c) (b+d)
(a+b)
(a+d)
H0: a OSS:b OSS= c OSS:d OSS; a OSS:c OSS= b OSS:d OSS
EXP = totale di riga x totale di colonnaTotale gener. (N)
b OSS.b EXP.
c OSS.c EXP.
d OSS.d EXP.
N
ODD RATIO= a OSS:c OSS b OSS:d OSS
a b
c d
(a+c) (b+d)
(a+b)
(a+d)FATT
. RIS
CHIO SI
NO
CASI CONTROLLI
A/B C/D
A/C A/DB/C B/D
LA VALUTAZIONE DEL LINKAGE DIPENDE DALLA CONOSCENZA DEL MODO DI TRASMISSIONE DEL CARATTERE:
Il metodo del LOD SCORE e’ fortemente dipendente da questa informazione
Mackay TFC, et al. (2009) Nat Rev Genet 10: 565-577
Plomin R, et al. (2009) Nat Rev Genet 10: 872-878
Balding DJ (2006) Nat Rev Genet 7: 781-791
Altshuler D, et al. (2008) Science 322: 881-888
Altshuler D, et al. (2008) Science 322: 881-888
Filtraggio delle varianti
Figura 6. Progressiva riduzione delle varianti prodotte dal sequenziamento dell’esoma ottenuta attraverso l’applicazione sequenziale dei diversi tools informatici.
Prioritizzazione delle varianti filtrate
Due approcci
Metodo “soggettivo” Metodo “oggettivo”
203 varianti 203 varianti
Figura 7. Rappresentazione schematica della scelta delle varianti da validare effettuata attraverso approccio soggettivo ed oggettivo.
EXOME SEQUENCING