Embed Size (px)
Citation preview
Profesores: Jose F. Sanchez (Dept. Gené+ca, Micro. y Estadís+ca) -‐-‐ [email protected] Josep Tarragó (Dept. Bioq y Biomed. Molecular) -‐-‐ [email protected]
Bloque II
Bloque II
Big Data
Ley de Moore: Gordon Moore en 1965 an+cipaba que la complejidad de los circuitos integrados se duplicaría cada dos años con una reducción de costo conmensurable.
Big Data Coste de secuenciación
Big Data Data stored at European Bioinforma+cs Ins++tute (EBI) doubles size every year
Bases de datos
Bases de datos
Bases de datos
• Es necesario tener estructurada la información y un acceso rápido
• Structure Query Languages (SQL) – Tablas de la base de datos – Filtro – Datos a recuperar
ENSMART Estructura
2.1.2 Cercant dades a EnsMart
ENSMART -‐ Definir la base de dades -‐ Ac+var els diferents filtres -‐ Escollir els Camps a Recuperar -‐ Combinar cerques amb una
segona DB
2.1.2 Cercant dades a EnsMart
ENSMART
2.1.2 Cercant dades a EnsMart
-‐ Definir la base de dades -‐ AcEvar els diferents filtres -‐ Escollir els Camps a Recuperar -‐ Combinar cerques amb una
segona DB
ENSMART
2.1.2 Cercant dades a EnsMart
-‐ Definir la base de dades -‐ Ac+var els diferents filtres -‐ Escollir els Camps a Recuperar -‐ Combinar cerques amb una
segona DB
ENSMART
2.1.2 Cercant dades a EnsMart
-‐ Definir la base de dades -‐ Ac+var els diferents filtres -‐ Escollir els Camps a Recuperar -‐ Combinar cerques amb una
segona DB
2.1.3 Exercicis amb BIOMART 1. Feu una taula amb el nombre de gens que codifiquen per proteïnes,
pels cromosomes autosòmics del genoma de Mus musculus
2.1.3 Exercicis amb BIOMART 1. Feu una taula amb el nombre de gens que codifiquen per proteïnes,
pels cromosomes autosòmics del genoma de Mus musculus Cromosomes
autosòmics Nº de gens
(protein_coding)
1 1182
2 1835
3 1003
4 1328
5 1259
6 1115
7 2019
8 1038
9 1215
10 1015
11 1636
12 673
13 854
14 909
15 783
16 667
17 1057
18 524
19 717
TOTAL 22237
2.1.3 Exercicis amb BIOMART 2. Hem de recuperar les seqüències de nucleò+ds dels exons codificants
(CDS) dels gens localitzats al cromosoma 4 de Drosophila melanogaster. La capçalera de les seqüències haurà d'incloure l'iden+ficador de l'exó, el del trànscrit i el del gen, així com les coordenades sobre el cromosoma.
…
2.1.3 Exercicis amb BIOMART 2. Hem de recuperar les seqüències de nucleò+ds dels exons codificants
(CDS) dels gens localitzats al cromosoma 4 de Drosophila melanogaster. La capçalera de les seqüències haurà d'incloure l'iden+ficador de l'exó, el del trànscrit i el del gen, així com les coordenades sobre el cromosoma.
…
2.1.3 Exercicis amb BIOMART 3. Buscar gens que puguin estar relacionats amb malalEes al voltant del
gen MECP2 (cromosoma X, banda Xq28). També trobar quin és el codi ENSEMBL pel gen MECP2.
2.1.3 Exercicis amb BIOMART 3. Buscar gens que puguin estar relacionats amb malalEes al voltant del
gen MECP2 (cromosoma X, banda Xq28). També trobar quin és el codi ENSEMBL pel gen MECP2.
…
2.1.3 Exercicis amb BIOMART 3. Buscar gens que puguin estar relacionats amb malalEes al voltant del
gen MECP2 (cromosoma X, banda Xq28). També trobar quin és el codi ENSEMBL pel gen MECP2.
2.1.3 Exercicis amb BIOMART 4. Con+nuant amb l'exemple anterior, volem recuperar tots els SNPs
que caiguin en tots els exons de totes les isoformes d'splicing per aquest gen (MECP2). Quants estan suportats per un feno+p? Quins al·∙lels presenten? Podem recuperar altres dades relacionades amb aquests polimorfismes?
2.1.3 Exercicis amb BIOMART 4. Con+nuant amb l'exemple anterior, volem recuperar tots els SNPs
que caiguin en tots els exons de totes les isoformes d'splicing per aquest gen (MECP2). Quants estan suportats per un feno+p? Quins al·∙lels presenten? Podem recuperar altres dades relacionades amb aquests polimorfismes?
2.1.3 Exercicis amb BIOMART 4. Con+nuant amb l'exemple anterior, volem recuperar tots els SNPs
que caiguin en tots els exons de totes les isoformes d'splicing per aquest gen (MECP2). Quants estan suportats per un feno+p? Quins al·∙lels presenten? Podem recuperar altres dades relacionades amb aquests polimorfismes?
…
2.1.3 Exercicis amb BIOMART
5. Gens ortòlegs entre mosques i abelles en el cromosoma 3R de Drosophila, entre coordenadas 1-‐5000000 bp?
