Bakteri diklasifikasikan menjadi 3 kelas yaitu berdasarkan bentuk tubuhnya, berdasarkan kedudukan flagela pada selnya, berdasarkan pewarnaan Gram (Gram strain).

A. Bakteri berdasarkan bentuk tubuhnya

1) bakteri Kokus (bulat)

berdasarkan modifikasi bentuknya bakteri coccus dapat berupa monococcus, diplococcus, streptococcus, dan sarcina. Perhatikan gambar di bawah

a. monococcus adalah bakteri yang berbentuk bulat tunggal, contoh monococcus adalah neiserria gonorrhoea (penyebab penyakit gonorhoe).

b. Diplococcus yaitu bakteri berbentuk bulat yang berpasangan, contohnya diplococcus pneumaticus (penyebab penyakit pneumonia atau radang paru-paru)

c. Streptococcus adalah bakteri yang berbentuk bulat yang tersusun seperti rantai, contohnya stretococcus pyrogenes (penyebab penyakit kuning)

d. Stapylococcus berbentuk bulat berupa gerombolan berbentuk anggur, contohnya stapylococcus gureus yang merupakan penyebab penyakit pneumonia (radang paru-paru)

e. Sarcina yaitu bakteri berbentuk bulat yang berkelompok empat-empat sehingga berbentuk seperti kubus dengan 8 sel, contohnya adalah keracunan dalam makanan

2) bakteri Basil (batang)

a. monobasil yaitu bakteri berbentuk tunggal, contohnya adalah Escherichia coli (membantu pembusukan di dalam colon atau usus besar) dan Salmonella thyposa (penyebab penyakit tipus).

b. Diplobasil adalah bakteri bentuk batang yang berpasangan, contohnya Bacillus anthracis merupakan bakteri penyebab penyakit antrax, yang biasanya menyerang hewan ternak. Namun pada perkembangannya penyakit tersebut dapat menular ke manusia melalui luka, inhalasi dan juga makanan.

3) bakteri Vibrio (koma)Vibrio, misalnya Vibrio cholerae.

4) bakteri Spirillum (spiral)

a. spirilum yaitu bakteri yang berbentuk spiral sempurna, contohnya adalah Triponema Pallidum (penyebab penyakit sifilis)

b. vibrio merupakan modifikasi dari bentuk spiral yaitu berbentuk koma, contohnya adalah Vibrio cholerae (penyebab penyakit kholera)

c. spirochaeta merupakan kelompok bakteri berbentuk spiral yang lentur, sehingga ketika bergerak tubuhnya dapat memanjang atau memendek