Rete regionale di laboratori per la selezione, caratterizzazione e

conservazione di germoplasma e per la prevenzione della diffusione di organismi

nocivi di rilevanza economica e da quarantena

(Progetto cod. 14 - SELGE)Coordinatore scientificoProf. Vito Nicola Savino – Dipartimento di Scienze del Suolo, della Pianta e degli Alimenti – Università degli Studi di Bari Aldo Moro

Le unità di ricercaUnità di ricerca Responsabile

Dipartimento di Scienze del Suolo, della Pianta e degli Alimenti – Sez. di Patologia vegetale - Università di Bari (UR1)

Prof. Francesco Faretra

Dipartimento di Scienze del Suolo, della Pianta e degli Alimenti - Sez. di Genetica Agraria -Università di Bari (UR2)

Prof. Antonio Blanco

Dipartimento di Scienze del Suolo, della Pianta e degli Alimenti Sez. Entomologia e Zoologia - Università di Bari (UR3)

Prof. Francesco Porcelli

Dipartimento di Informatica - Università di Bari (UR4)

Prof. Giuseppe Visaggio

Dipartimento di Scienze Agro-Ambientale, Chimica e Difesa Vegetale – Sezione Genetica Agraria - Università di Foggia- (UR5)

Prof.ssa Concetta Lotti

Dipartimento di Scienze e Tecnologie Biologico Ambientali – Laboratorio di Botanica - Università del Salento (UR6)

Prof. Giuseppe Dalessandro

Le unità di ricercaUnità di ricerca Responsabile

Dipartimento di Scienze e Tecnologie Biologico Ambientali – Laboratorio di Fisiologia Vegetale - Università del Salento (UR 7)

Prof. Luigi De Bellis

Dipartimento di Scienze Agro-Ambientale, Chimica e Difesa Vegetale - Sezione Patologia Vegetale – Università di Foggia (UR8)

Prof. ssa Antonia Carlucci

Istituto di Virologia Vegetale – UOS di Bari - CNR (UR9)

Dott. Angelantonio Minafra

Istituto Agronomico Mediterraneo di Bari (UR10)

Dott. Michele Digiaro

Istituto per la Protezione delle Piante - UOS di Bari - CNR (UR11)

Dott. Sergio Molinari

Obiettivo della Rete• Il progetto si propone di raccordare, potenziare ed innovare i

laboratori istituzionalmente impegnati nelle attività di miglioramento genetico e diagnosi fitosanitaria presenti nel territorio regionale, al fine di sviluppare innovazioni tecnologiche nel campo della caratterizzazione varietale e del controllo degli organismi nocivi e da quarantena.

Settori di impatto

- Agroalimentare- Sostenibilità ambientale ed economica delle pratiche agricole e

vivaistiche

Domanda di innovazione del sistema produttivo

• Procedure rapide e ad elevata automazione per la identificazione di patogeni nei materiali di propagazione

Offerta tecnologica della Rete

• Disponibilità di protocolli di diagnosi fitosanitaria rapida ed automatizzata per casi di studio di particolare importanza

• Identificazione di agenti causali di importanti problematiche fitosanitarie ad eziologia ignota

• Impiego di tecniche di sequenziamento di ultima generazione per identificare nuove entità patogene associate a fitopatie

• Nuovi kit diagnostici (sierologici e molecolari)

• Sviluppo di nuovi marker per la diagnosi e la genotipizzazione di agenti fitopatogeni

Domanda di innovazione del sistema produttivo

• Selezione clonale e sanitaria di specie vegetali per l’immissione nei circuiti della certificazione fitosanitaria

Offerta tecnologica della Rete

• Protocolli per la produzione di fonti primarie o piante capostipiti da immettere nei sistemi di certificazione obbligatoria e/o volontaria

• Quarantena per l’introduzione da Paesi Terzi di materiali vegetali sottoposti a restrizione

• Strutture e competenze per il mantenimento

• Approcci innovativi nello studio delle interazioni pianta-patogeno anche finalizzati a migliorare la sostenibilità delle produzioni agrarie

• Esperimenti di “-omica” (genomica, trascrittomica, metagenomica, pangenomica, epigenomica, analisi del viroma) e consulenza bioinformatica

• Risanamento di materiale di propagazione mediante coltura in vitro e termoterapia

Le attività svolte al 31/12/2013Attività/progetto/servizio 1. Servizi di diagnostica fitopatologica avanzata

Risultati raggiunti: Definizione dello stato sanitario di materiali di propagazione di particolare pregio con tecniche innovative

Ricadute industriali Il protocollo ha ottenuto l’approvazione da parte della comunità scientifica internazionale con la pubblicazione su rivista scientifica con alto impact factor ed è pertanto disponibile per l’impiego immediato presso i laboratori fitopatologici pubblici e privati

Altri risultati

Imprese coinvolte Tipo di contatto Frequenza di contatto

Alsia Metaponto Comunicazioni ufficiali protocollate

3-4 per anno

CRSFA «Basile Caramia» – Laboratorio accreditato

Comunicazioni ufficiali protocollate

3-4 per anno

UR1 E UR9

• Esempio di procedura utilizzata per erogare servizi definiti e approvati in tariffario

RICHIESTA SERVIZIO DA PARTE DEL COMMITTENTE•Es. ricerca di organismi da quarantena•La richiesta è formulata utilizzando l’area contatti del sito•Il gestore UR1 informa il nodo erogatore del servizio

FORMULAZIONE OFFERTA•Il gestore UR1 formula l’offerta che è trasmessa al committente

ACCETTAZIONE DA PARTE DEL RICHIEDENTE•Il committente firma per accettazione l’offerta e rinvia al fornitore l’offerta firmata

ESECUZIONE DELL’ANALISI ED EMISSIONE RAPPORTO DI PROVA

TERMOCICLATORE REAL TIME UTILIZZATO PER SVILUPPARE ED APPLICARE PROTOCOLLI DI DIAGNOSI SIMULTANEA (6 PATOGENI MEDIANTE UN UNICO SAGGIO

Il protocollo adoperato è stato messo a punto con la strumentazione SELGE

LAVORO SVOLTO DA UR1 E UR9

Le attività svolte al 31/12/2013Attività/progetto/servizio 2. SUPPORTO AD ATTIVITA’ DI ALTRI CENTRI DI

RICERCA Risultati raggiunti: Fornitura di servizi avanzati di sequenziamento

• Servizio di sequenziamento di next-generation per la caratterizzazione della suscettibilità di genotipi di Prunus alle infezioni da PPV

• Caratterizzazione di nuove entità virali (o nuove varianti) mediante sequenziamento di next-generation su drupacee, fico e vite (dsRNA o smallRNA)

• Caratterizzazione di patotipi di Verticillium dahliae mediante analisi trascrittomica• Caratterizzazione di patotipi di genotipi di Pleurotus eryngii mediante analisi

trascrittomica

Imprese coinvolte Tipo di contatto Frequenza di contatto

CRA- PAV (Roma) Comunicazioni ufficiali protocollate

UNIBA Comunicazioni ufficiali protocollate

IAM-B (UR10; Valenzano) Comunicazioni ufficiali protocollate

Department of Virology (Praga, CZ Republic)

Comunicazioni ufficiali protocollate

Department of Genetic , Mendel University (Brno, CZ Rep)

Comunicazioni ufficiali protocollate

UR1 e UR9

Le attività svolte al 31/12/2013Attività/progetto/servizio 2. SUPPORTO AD ATTIVITA’ DI IMPRESE PRIVATE

Risultati raggiunti: Fornitura di servizi avanzati di sequenziamento

• Studio dell’attivazione dei meccanismi di difesa a seguito dell’impiego di induttori di resistenza

Imprese coinvolte Tipo di contatto Frequenza di contatto

Sumitomo Comunicazioni ufficiali protocollate

UR1 e UR9

Le attività svolte al 31/12/2013Attività/progetto/servizio 3. ATTIVITA’ DI RICERCA E SUPPORTO AL SERVIZIO

FITOSANITARIO PER L’EMERGENZA XYLELLA FASTIDIOSA

Risultati raggiunti Identificazione e caratterizzazione preliminare del patogeno da quarantena X. fastidiosa su alberi di olivo affetti dal complesso del disseccamento rapido manifestatosi nel Salento (2013)

UR1, UR3, UR9 e UR10

Le attività svolte al 31/12/2013Attività/progetto/servizio 3. ATTIVITA’ di SUPPORTO AL SERVIZIO

FITOSANITARIO PER L’EMERGENZA XYLELLA FASTIDIOSA

Risultati raggiunti : a) Identificazione e caratterizzazione preliminare del patogeno da quarantena X. fastidiosa su alberi di olivo affetti dal complesso del disseccamento rapido sviluppatosi nel Salento (2013); b) messa a punto e validazione del protocollo di diagnosi di X. Fastidiosa mediante ELISA e PCR;

UR1, U3, UR9 e UR10

Le attività svolte al 31/12/2013Attività/progetto/servizio 3. ATTIVITA’ DI RICERCA E SUPPORTO AL SERVIZIO

FITOSANITARIO PER L’EMERGENZA XYLELLA FASTIDIOSA

Risultati raggiunti Identificazione di candidati vettori di Xylella fastidiosa

UR1, UR3, UR9 e UR10

Le attività svolte al 31/12/2013Attività/progetto/servizio 3. ATTIVITA’ DI RICERCA E SUPPORTO AL SERVIZIO

FITOSANITARIO PER FITOFAGI ALIENIRisultati raggiunti Identificazione fitofagi da quarantena: Tuta absoluta, Scaphoideus titanus, Drosophila suzukii, Dryocosmus kuriphilus (in itinere)

UR3

Le attività svolte al 31/12/2013Attività/progetto/servizio 3. ATTIVITA’ DI RICERCA E SUPPORTO AL SERVIZIO

FITOSANITARIO PER FITOFAGI ALIENIRisultati raggiunti Identificazione fitofagi da quarantena: Aleurocanthus spiniferus, Macrohomotoma gladiata, Phenacoccus defectus,

UR3

Le attività svolte al 31/12/2013Attività/progetto/servizio 3. ATTIVITA’ DI RICERCA E SUPPORTO AL SERVIZIO

FITOSANITARIO DI FITOFAGIRisultati raggiunti Identificazione artropodi da quarantena e qualità anche in altri paesi del Mediterraneo: Protopulvinaria pyriformis, Uroobovella marginata, Parapristina verticillata e Odontofroggatia galili

UR3

Attività/progetto/servizio 3. "Innovazione di prodotto: Passiflora e Solanum ornamentali per una filiera florovivaistica di qualità". Progetto MIPAAF OIGA

Risultati raggiunti: Fonti primarie di piante ornamentali (P. amethystina, P. antioquensis, P. caerulea, P. quadrangularis , P. racemosa, P. debby) conservate in serre a rete a prova d’insetto. Nell’ambito della valutazione dello stato sanitario delle piante di passiflora è stato identificato l’agente virale Turnip Mosaic Virus (TuMV) in P. amethystina, prima segnalazione su Passiflora spp.

Ricadute industriali Materiale di propagazione vegetale (talee), garantito sanitariamente, da mettere a disposizione nella filiera florovivaistica al fine di prevenire il rischio di diffusione di patogeni dannosi anche per altre specie coltivate di interesse economico, nel rispetto delle normative vigenti.

Impresa coinvolta Tipo di contatto Frequenza di contatto

Azienda florovivaistica “La Mediterranea” di Terlizzi

Azienda partner di progetto

UR1 E UR9

UR 2Attività/progetto/servizio 1. Servizi di tracciabilità agroalimentareRisultati raggiunti: Applicazione e messa a punto di protocolli basati sull’analisi del DNA per la tracciabilità e rintracciabilità alimentare

Ricadute industriali Il protocollo applicato alla tracciabilità della filiera viti-vinicola risulta innovativo e non presente nella recente letteratura scientifica.

Ricadute scientifiche E’ in corso la proposta del lavoro su rivista scientifica con alto impact factor.Il protocollo è disponibile per l’impiego immediato presso i laboratori della rete SELGE

Impresa coinvolta Tipo di contatto Frequenza di contatto

Pubblico Ministero della Procura di Bari

Consulenza tecnica

Il protocollo adoperato è stato messo a punto con la strumentazione SELGE

TERMOCICLATORE REAL TIME UTILIZZATO PER SVILUPPARE ED APPLICARE PROTOCOLLI DI HRM (High Resolution Melting) PER L’IDENTIFICAZIONE DI VARIETÀ DI VITE

Trebbiano

Regina dei Vigneti

Michele Palieri

Italia

Trebbiano

Regina dei Vigneti

Michele Palieri

Italia

Trebbiano

Regina dei Vigneti

Michele Palieri

Italia

Trebbiano

Regina dei Vigneti

Michele Palieri

Italia

Trebbiano

Regina dei Vigneti

Michele Palieri

Italia

Trebbiano

Regina dei Vigneti

Michele Palieri

Italia

Vantaggi dell’HRM E’ un metodo semplice, facile ed efficiente

Set-up dell’analisi in circa 2 ore

Non si usano sonde costose, ma intercalanti economici (Evagreen®)

Non si eseguono analisi Post-PCR (es. sequenziamento)

Sensibilità e specificità

Economico rispetto ad altre metodologie (es. Sequenziamento)

Alcune immagini delle sperimentazioni applicative

Analisi al microscopio a fluorescenza confocale di due varietà di pomodoro frigoconservate per la stabilità di metaboliti nutraceutici

Identificazione cromatografica di metaboliti secondari

Apice vegetativo di drupacea incluso in microperla di alginato per la crioconservazione di germoplasma

a b

c d

Alcune delle attività promozionali svolte• UR2: Seminario “Sviluppo ed applicazione di protocolli per la certificazione dell’autenticità e

tracciabilità di prodotti tipici pugliesi”, Fondazione Cassa di Risparmio di Puglia, 6 Luglio 2013 • UR6 e 7: Workshop “La rete scientifica a servizio dell’agroalimentare salentino”, Rettorato

Università del Salento, Lecce, 22 Marzo 2013 • UR11: Presentazione delle attività della Rete al convegno: "LA DIFESA CON METODI SOSTENIBILI

DELLE CULTIVAR LOCALI DI POMODORO REGINA E FIASCHETTO E LORO VALORIZZAZIONE PRODUTTIVA”, Ostuni, febbraio 2013

• UR1, 3, 9, 10, 11: Corso di "AGGIORNAMENTO PER IL MONITORAGGIO DI ORGANISMI DA QUARANTENA”, CRSFA "Basile Caramia", Locorotondo (BA), 22-23 aprile 2013

• UR1 e 9: Presentazione Rete SELGE alla Prima Giornata della Bioinformatica Pugliese, 5 dicembre 2013, http://www.ba.itb.cnr.it/bip-day/news/

Presentazione Rete SELGE 1. Forum Regionale ARPTRA di Medicina vegetale, Bari, dicembre 20112. Agrifood Innovation day , Palazzo Ateneo, Università di Bari, 26 ottobre 20123. SMART Puglia, Fiera del Levante, Bari, febbraio 2013 4. Convegno Nazionale Società di Patologia Vegetale, 2011, 20125. Allestimento e disseminazione di materiale illustrativo dei servizi della Rete SELGE6. Sito Web

Divulgazione: UR1 e UR9

PROTEZIONE DELLE COLTURE: Rivista scientifica di patologia vegetale, entomologia agraria e diserbo delle colture

Alcuni esempi di divulgazione generale della Rete

e dei suoi servizi

Alcuni esempi di divulgazione generale della Rete

e dei suoi servizi

Sito web della Rete: http://www.selge.uniba.it/

Attività programmate:

• Nell’ambito di progetti di ricerca (es. – Recupero Germoplasma Frutticolo Pugliese - Re.Ge.Fru.P.; Recupero Germoplasma Viticolo Pugliese - Re.Ge.Vi.P.; Recupero del Germoplasma Olivicolo Pugliese - Re.Ger.O.P.; Recupero, caratterizzazione, salvaguardia e valorizzazione di leguminose e cereali da granella e foraggio in Puglia - Sa.Ve.GraINPuglia; PRIN MIUR)

• Collaborazioni di ricerca con istituzioni nazionale e internazionali• Servizi a Enti e imprese: diagnosi e caratterizzazione varietale

Contatti

www.selge.uniba.itDipartimento di Scienze del Suolo, della Pianta e degli Alimenti Sezione Patologia vegetaleUniversità di BariVia Amendola, 165/A, 70125 BariTel. 080 5442910; 080 5443065E-mail: info@selge.dispa.it