Catalogue logiciels "bio-informatique et outils numériques"

Aevol est une plate-forme de simulation de l’évolution bactérienne : une population d’organismes virtuels est soumise à un processus de sélection et de variation, ce qui engendre une dynamique Darwinienne. Aevol permet d’étudier l’influence des conditions de vie des organismes sur leur évolution et, en particulier, sur les propriétés de variabilité, de robustesse et d’évolvabilité des génomes et des réseaux génétiques.

Aspects innovants : Aevol intégrant un modèle précis de génome, il permet d’étudier les variations structurelles des génomes (nombre de gènes, synthénie, proportion codante, …) en lien avec les conditions de vie des organismes et avec les taux de mutations et de recombinaison.

Langage, standard, environnement: Aevol est codé en C++ et disponible sous Linux et Mac OS.

Licence : libre (GNU GPL) , accord de licence possible

Principaux domaines d’applications : Biologie évolutive, microbiologie, santé. Une version pédagogique permet de sensibiliser à l’évolution de résistances aux antibiotiques.

http://www.aevol.fr

Partenaires académiques :

Contact : [email protected]

Mots clés : Evolution, microbiologie, simulation, vie artificielle.

BEAVer-Seg

L’algorithme « BEAVer-Seg » permet de simultanément segmenter les vésicules et estimer la composante fond.

Cette méthode ne nécessite qu’un seul paramètre.

Aspects innovants :

Les opérations de segmentation de vésicules et d’estimation de fond sont formulées dans le cadre des champs aléatoires conditionnels. Ces deux tâches sont réalisées de manière alternée par la minimisation d’une énergie qui s’appuie sur l’algorithme min cut/max flow. Cette approche exploite une mesure de détection qui considère les contrastes d’intensité entre groupes de pixels voisins.

Langage : C++

Mots clés : microscopie de fluorescence, segmentation de vésicules, estimation du fond, champs aléatoires conditionnels

Partenaires :

Principaux domaines d’applications : microscopie, optique, biologie, santé

http://mobyle-serpico.rennes.inria.fr


BioASP BioASP est un meta-package pour créer un environnement dédié à l’intégration et l’analyse de données en biologie des systèmes, basé sur la représentation des connaissances et des technologies d’optimisation combinatoire (ASP)

Aspects innovants : Le logiciel fournit une collection d’application python qui encapsulent des applications et codes de programmation par ensemble-réponse (ASP) permettant leur utilisation par des non-experts.

Langage, standard, environnement : python

Mots clés: réseaux biologiques, biologie intégrative, raisonnement, représentation des connaissances, optimisation combinatoire, Programmation par ensembles-réponses

Licence GPLv3

Principaux domaines d’applications : Reconstruction de réseaux biologiques, biologie environnementale, biomining, cancérologie, design expérimental.



http://aspforbiology.genouest.org/

BIOCHAM

La Machine Abstraite Biochimique (Biocham) est une plate-forme logicielle libre de modélisation et analyse de systèmes de réactions biochimiques complexes.

Biocham contient des fonctionalités uniques pour l’intégration étroite des études in silico et in vitro en biologie.

Aspects innovants :

-Langage de modélisation par règles avec sémantiques Booléenne, stochastique et différentielle (compatible SBML)

-Analyseurs statiques (inférence d’invariants, de réductions de modèles, graphe d’influence)

-Inférence de valeurs de paramètres cinétiques à partir de propriétés imprécises du comportement en logique temporelle

Mots clés : biologie des systèmes, biologie synthétique.

Licence : LGPL © Inria 2002-2013.

Principaux domaines d’applications : - Modèles prédictifs des processus cellulaires -Réseaux de signalisation cellulaires -Régulation du cycle cellulaire -Expression des gènes et ARN.

http://contraintes.inria.fr/biocham


BioGuide offre un guide de requêtes capable d’accéder aux masses de données hétérogènes stockées dans les sources de données publiques. L’utilisateur n’a pas à interroger les différentes sources et exprime ses requêtes de façon simple, en sélectionnant ses entités d’intérêt (Gène, Maladie, Protéine…).

Aspects innovants : BioGuide prend en compte les préférences de l’utilisateur quant au type de sources à interroger et suit différentes stratégies d’interrogations.

Langage, standard, environnement : Java Web start

Mots clés : Interrogation de données hétérogènes; préférences de l’utilisateur; complémentarité des données

Licence : freeware

Principaux domaines d’applications : Biomédical, recherche pharmaceutique. Département recherche dans des hôpitaux. Utilisation fréquente par l’Institut Curie.

http://www.bioguide-project.net



BioRica

Aspects innovants :

Son originalité est de proposer la composition

hiérarchique de modèles existants validés et d’y associer

une sémantique rigoureuse.

Les modèles Biorica sont hybrides : composés

d’éléments continus (décrits par des systèmes

d’équations différentielles), ou discrets (décrits par des

automates temporisés).

Principaux domaines d’applications :

BioRica est destiné à des biologistes cherchant à décrire

des phénomènes dynamiques complexes en réutilisant

au maximum des modèles existants validés.

Exemples d'application :

- Œnologie: Modélisation de la fermentation en fonction

des conditions de vinification,

- Modélisation d'un système immunitaire.

Langage : Python

Environnement : Windows, Unix et MacOS X

Licence : GPL/CeCILL

Mots clefs : Modèles hiérarchiques, modèles hybrides,

modèles stochastiques, Systems Biology


BioRica sert à décrire mathématiquement le

comportement de systèmes biologiques complexes.

C’est une plateforme logicielle permettant la simulation

de systèmes en biologie à partir de leur description. Il

permet de réutiliser des modèles biologiques existants et

de les combiner en modèles plus complexes.


http://biorica.gforge.inria.fr/

caspo

Caspo est un logiciel pour l’apprentissage de réseaux de signalisation sous la forme d’un modèle booléen décrivant la réponse immédiate d’un réseau.

Language, environment : python

Licence : GPLv3

Principaux domaines d’applications : inférence de réseau biologique, cancérologie, design expérimental.

http://caspo.genouest.org/



Mots-clés : biologie des systèmes,

Programmation par ensembles-réponses,

réseau biologique, optimisation combinatoire,

représentation des connaissances,

raisonnement.

Aspects innovants : Etant donné un réseau biologique décrit par des relations de causalité, et des jeux de données phospho-protéomiques, caspo recherche les plus petits modèles boléens logiques permettant d’expliquer les réponses expérimentales observées.

Compareads

Analyse de la biodiversité à l’aide de données métagénomiques

Compareads estime la similarité entre deux échantillons métagénomiques.

Métagénomique comparative de-novo (ne nécessite pas de références)

Aspects innovants : Le logiciel s’appuie sur une méthode d’analyse innovante impliquant une structure de données probabiliste. Compareads traite directement les masses de données issues des séquenceurs de dernière génération.


• Ecologie • Santé • Agronomie

Langage : C++

Environnement : Linux

Licence : logiciel libre sous licence CeCILL

Mots-clés : bioinformatique, biodiversité


http://team.inria.fr/genscale/software


DIMOVO est un outil qui permet la discrimination entre complexes biologiques et contacts cristallographiques simples pour les structures 3D des complexes protéiques.

Aspects innovants : Résultat simple et rapide avec notion d’intervalle de confiance. Basé sur une stratégie d’apprentissage inédite dans le domaine et performante.

Langage, standard, environnement: Serveur

Mots clés : assemblages macromoléculaires, cristallographie, protéines.

Licence : Serveur:

Principaux domaines d’applications : DIMOVO est destiné à être utilisé par les expérimentalistes, cristallographes en particulier.

http://albios.saclay.inria.fr/dimovo



x3

DiscoSNP

Découverte de SNPs sans génome de référence

Le logiciel prend en entrée 1 à N jeux de reads et retourne tous les SNPs

Les SNPs sont classés par ordre de pertinence

Aspects innovants : La recherche d’un motif spécifique dans un graphe de de-Bruijn, construit directement à partir des informations brutes de séquençage (jeux de reads), sélectionne tous les SNPs potentiels.

Principaux domaines d’applications : Santé : cancer, maladie génétique Agronomie : sélection végétale, sélection animale.

Langage : C++



Mots clés : SNP, bioinformatique




SNP : Single Nucleotide Polymorphism

Dynpeak est une boîte à outils Scilab pour la détection de pulses et l'analyse interactive des rythmes de sécrétion dans les séries temporelles hormonales.

Aspects innovants : Prise en compte des propriétés inhérentes aux évènements de sécrétion (forme et demi-vie du pulse, régularité des changements de rythmes, …) Adaptation au caractère structurellement sous-échantillonné des séries expérimentales.

Langage, standard, environnement : module Scilab.

Licence : CeCILL

Principaux domaines d’applications : endocrinologie, étude des rythmes de sécrétion pulsatile d'hormones - en particulier l'hormone hypophysaire LH (luteinizing hormone).



Mots clés : rythmes biologiques, analyse de séries temporelles, détection de pulses.

https://www.rocq.inria.fr/sisyphe/paloma/dynpeak.html

mailto:[email protected]

https://www.rocq.inria.fr/sisyphe/paloma/dynpeak.html

Description des fonctions du logiciel :

• modèle 3D biomécanique de la souris

• analyse vidéo multi vues

• paramètres 3D physiologiques

Aspects innovants :

mesurer des paramètres 3D physiologiques

sur la souris à partir de la vidéo

Langage, standard, environnement :

C++, Multi plateforme

Licence : en cours de définition


neurophysiologie, pharmacologie, etc


Inria, CNRS, Université Descartes, Institut

Clinique de la Souris (ICS)


http://morpheo.inrialpes.fr/people/reveret/ethomice/

Mots clés :

Biomécanique, Analyse, Mouvement, Éthologie,

Souris

FELiScE

Langage, standard, environnement : implémentation en C++, interfaçage avec Python, intégration continue avec Buildbot, algèbre linéaire avec PETSc, parallélisation avec MPI. Systèmes Linux et MacOS. Mots clés : éléments finis, modélisation cardiovasculaire et respiratoire Licence : GPL2

Principaux domaines d’applications : écoulements sanguins, électrophysiologie cardiaque, écoulements respiratoires. Collaborations industrielles avec Air Liquide et Notocord.

http://felisce.gforge.inria.fr


Aspects innovants : Couplage multiphysiques (mécanique des fluides et des solides, électrophysiologie,…), interfaçage avec la bibliothèque d’assimilation de données Verdandi, applications Web.

FELiScE est un environnement logiciel dédié à la résolution par éléments finis d’équations aux dérivées partielles. Il intègre de nombreux éléments nécessaires à la simulation des systèmes cardiovasculaires et respiratoires.

Contacts : [email protected] [email protected]

FluoBacTracker est un outil intégré pour l’indentification et le suivi (tracking) automatique des bactéries en croissance et leur lignage dans des films de microscopie. D’autre part, les marqueurs fluorescents intracellulaires éventuels sont identifiés et leur dynamique spatiale est caractérisée.

Aspects innovants : Très peu de logiciels actuels sont capables de faire tous les traitements effectués par FluoBacTracker et seul FluoBacTracker les fait de façon automatisée (en particulier pour le lignage).

Langage, standard, environnement: Java, Image J

Mots clés : Microbiologie, analyse d’image, cellules uniques, diffusion intracellulaire

Licence : libre (GNU GPL), accord de licence possible

Principaux domaines d’applications : Microbiologie, santé, caractérisation de la croissance bactérienne en cellules uniques, trajectographie de particules uniques in vivo

https://gforge.inria.fr/projects/fluobt/



GATB

Boite à outils pour l’assemblage de génomes

Un jeu de logiciels performant pour customiser l’assemblage de génomes

Logiciels rapide et à faible empriente mémoire

Aspects innovants : La suite logicielle s’appuie sur une structure de données compacte permettant l’assemblage de génome humain sur un ordinateur personnel

Principaux domaine d’applications :

• Recherche en génomique/métagénomique

• Santé

• Agronomie, Ecologies

Langage : C++



Mots clés : assemblage de génomes




GeneValorization offre une interface simple permettant à l’utilisateur de se rendre compte rapidement d’à quel point un ensemble de gènes est connu dans la littérature pour être associé à un phénomène biologique, par exemple, une maladie. L’utilisateur fournit une liste de noms de gènes qu’il étudie et un ensemble de mots clés décrivant le contexte de l’étude, GeneValorization fournit un tableau synthétique et clair de résultats.

Aspects innovants : GeneValorization recherche automatiquement et rapidement les publications existantes qui mettent en relation les mots clés et les noms de gènes.

Langage, environnement : Java Web Start

Mots clés : implication de gènes dans une maladie; extraction automatique d’informations de la bibliographie

Licence : freeware

Principaux domaines d’applications : GeneValorization peut être utilisé pour confirmer des hypothèses biologiques ou se rendre compte qu’une corrélation (par exemple gène-maladie) est originale. Utilisation fréquente par l’Institut Curie.

http://www.bioguide-project.net/gv



Genouest Plate-forme bioinformatique

Calcul, gestion des données, développement, expertise, formation, transfert technologique.

Certifiée ISO9001

Mettre une image

représentative

des fonctions du logiciel

Algorithmes pour l’analyse intensive de séquences, modélisation des systèmes biologiques, gestion des données biologiques

Langage, standard, environnement : Cluster de calcul, stockage de données, cloud computing

Licence : Les logiciels développés par la plate-forme (SeqCrawler, BioMAJ) sont sous licence libre

Principaux domaines d’applications : Analyse de données biomoléculaires: Agronomie, Mer, Santé, Environnement

http://www.genouest.org


Contacts : [email protected] [email protected]

Genetic Network Analyzer (GNA) est un outil informatique pour la modélisation et la simulation de réseaux de régulation génique. L’objectif de GNA est d’assister les biologistes et les bioinformaticiens dans la construction d’un modèle d’un réseau de régulation et d’analyser son comportement dynamique de façon qualitative

Aspects innovants : GNA permet d’analyser la dynamique d’un réseau de régulation génique sans informations quantitative sur les valeurs de paramètres.

Langage, standard, environnement : Java

Mots clés : réseaux de régulation génique, modélisation et simulation

Licence : GNA est distribué par la société Genostar SA, qui l’a intégré dans son environnement pour l’analyse comparative de génomes, protéomes et métabolomes.

Principaux domaines d’applications : GNA a été utilisé pour analyser des réseaux de régulation microbiens, dans la recherche fondamentale et appliquée.

http://ibis.inrialpes.fr



Graphite - LifeExplorer propose une interface intuitive pour la modélisation de complexes cellulaires impliquant plusieurs protéines et des brins d’ADN. Il permet en particulier de produire des surfaces triangulées de protéines de bonne qualité et propose un puissant outils de modélisation de brin d’ADN.

Aspects innovants : La modélisation d’un brin d’ADN dans l’espace est très intuitive puisqu’il suffit à l’utilisateur de spécifier l’axe du brin au moyen d’une courbe de Bézier, fermée ou non. La position des atomes est alors automatiquement calculée et peut être affinée si besoin.

C++/Python. Linux, MacOSX, Windows

Mots clés : Modélisation spatiale de ‘ADN

Licence : libre

Principaux domaines d’applications : - modélisation de complexes cellulaires pour émettre des hypothèses sur leur structure. - illustration scientifique

http://www.lifeexplorer.eu/download/graphite


Fondation Fourmentin-Guilbert


mailto:[email protected]

HotSpotDetection

L’algorithme « HotSpotDetection » permet de détecter des zones d’accumulation de fluorescence au cours du temps en vidéo-microscopie optique.

Les cartes de détections cumulées mettent en évidence les régions d’intérêt de manière fiable. En pratique, cette méthode nécessite le réglage que d’un seul paramètre: une probabilité de fausse alarme.

Aspects innovants : La régularité de l’intensité au cours du temps est mesurée dans un cadre markovien. Au lieu de considérer des interactions locales ponctuelles entre pixels, une mesure de détection considérant les interactions entre groupes de pixels est choisie. La propriété de redondance et la représentation en groupes de pixels sont exploitées pour détecter des motifs spatio-temporels rares dans la séquence d’images de microscopie de fluorescence.

Langage : C++ Mots clés : microscopie de fluorescence, détection, champs aléatoires markoviens

Partenaires :


http://mobyle-serpico.rennes.inria.fr Contact : [email protected]

HullkGround

L’algorithme « HullkGround » permet de décomposer une séquence d’images de microscopie optique de fluorescence en 2 sous-séquences:

1) une séquence d’images identifiant les « objets mobiles »

2) une séquence d’images identifiant le « fond » qui varie lentement au cours du temps

Aspects innovants : Chaque signal temporel de la sequence est traité individuellement et analysé avec des outils de géométrie computationnelle. L’enveloppe convexe est estimée automatiquement en chaque pixel et soustraite au signal original. La méthode est non-supervisée et ne requiert aucun ajustement de paramètre.

Langage : Java, C++

Mots clés : microscopie de fluorescence, séparation objets/fond, enveloppe convexe

Numéro du dépôt APP : IDDN.FR.001.400005.000.S.P.2009.000.21000 Partenaires :



Kbdock

Kbdock est une approche fondée sur le raisonnement à partir de cas pour la modélisation des interactions protéine-protéine. Les solutions peuvent être affinées et classées en utilisant notre logiciel de docking “Hex”.

Aspects innovants : Kbdock utilise 240 000 interactions domaine-domaine 3D de la Protein Data Bank et les classe par famille Pfam. Il utilise notre nouveau logiciel d'alignement de structures "Kpax" pour trouver des templates hors de portée pour les méthodes basées sur les sequences.

Langage, standard, environnement : Construit avec PHP, Prolog, C, MySQL; fonctionne sur tout navigateur web.

Licence : gratuit pour une utilisation académique.

Principaux domaines d’applications : La modélisation par homologie des interactions de protéines, la proposition des cibles médicamenteuses.

http://kbdock.loria.fr

Partenaires académiques:


Mots clés : interactions protéine-protéine,

l'amarrage de protéines, la modélisation par

homologie des complexes de protéines.

http://kbdock.loria.fr/

Logol

Identification de motifs dans des

séquences d'ADN/ARN/protéines, à l’aide

de patterns très expressifs :

combinaison de motifs, structures (tige-

boucles, répétitions), indel etc.

Logol = «couteau Suisse» du pattern

matching

Aspects innovants : - Reconnaissance de pseudo-nœuds - Formalisme grammatical puissant (grammaires faiblement contextuelles) - Analyse plein génome

Langage, standard, environnement :

Langages : Java, Prolog, Ruby

Sur : console, environnement web

Licence CeCILL v2

Principaux domaines d’applications : - Recherche de sites de fixation mutés - Identification de tige-boucles (e.g. dans les CRISPR cf http://crispi.genouest.org/)

http://logol.genouest.org/web/app.php/logol


Contact: [email protected]

Mots clés : Reconnaissance de motifs

structurés, analyse syntaxique de séquence

MLXPlore est un logiciel d’exploration graphique et interactive de modèles complexes, notamment en pharmacométrie. MLXPlore permet d’étudier la variabilité statistique des modèles, et de modéliser différents designs de traitement (planning des doses, dosages, type d’administration…)

MLXPlore est développé et distribué par Lixoft, spin-off d’Inria.

Aspects innovants : Calcul temps-réel des prédictions des modèles, et des effets des traitements; description et étude des sources de variabilité statistique, graphiques complets, animation de systèmes dynamiques, langage MLXTRAN spécifiquement adapté à la description de modèles.

Multiplateformes, développé en C++, 32/64 bits, stations de travail et cluster.

Mots clés : Langage MLXTRAN, variations inter-individuelles, modèles à équations différentielles, PKPD, design de traitement.

Licence : gratuite pour utilisateurs académiques, commerciale pour entreprises

Principaux domaines d’applications : Tout domaine de modélisation de données longitudinales, avec ou sans variabilité statistique, analyse de populations (pharma, vétérinaire, immunologie, agro-alimentaire…).

http://www.lixoft.com http://team.inria.fr/popix


Monolix est un logiciel de référence pour modéliser le médicament, la maladie (modèles pharmacométriques) et les essais cliniques (populations de patients). Il permet de caractériser finement les paramètres de populations et les variations inter-individuelles. Monolix est issu de travaux autour de l’algorithme d’estimation statistique SAEM et est devenu une plateforme complète pour l’industrie pharmaceutique.

Monolix est maintenant développé et distribué par Lixoft, spin-off d’Inria.

Aspects innovants : Algorithmes d’estimation statistique (SAEM) robustes, performants et adaptés aux modèles complexes, graphiques puissants pour le diagnostic des modèles et des variations inter-individuelles, langage MLXTRAN spécifiquement adapté à la description de modèles

Multiplateformes, développé en Matlab et C++ (pas de licence Matlab nécessaire), 32/64 bits, stations de travail et cluster. Mots clés : effets mixtes, SAEM, essais cliniques, pharmacométrie, PKPD, langage MLXTRAN

Licence : gratuite pour utilisateurs académiques, commerciale pour entreprises

Principaux domaines d’applications : Conduite des essais cliniques: logiciel très répandu dans l’industrie pharmaceutique. Tout domaine combinant modélisation avec analyse statistique des populations (humaine, cellulaire, animale, plantes –semences, engrais, etc.)

http://www.lixoft.com http://team.inria.fr/popix


Motion2D

L’algorithme « Motion2D » permet d’estimer le mouvement dominant dans une séquence d’images.

L’approche repose sur des techniques d’estimation robuste, multi-résolution et incrémentale de modèles 2D paramétrés de mouvement, exploitant les gradients spatio-temporels de l’intensité d’une paire d’images.

Aspects innovants : La méthode Motion2D permet d’estimer plusieurs types de modèles de mouvement: modèle constant (translation), affine et quadratique. Elle tient compte des variations globales d’illumination.

Langage : C++

Mots clés : Estimation du mouvement, modèles paramétriques, compensation du mouvement

Licence : Inria

Principaux domaines d’applications : Vision par ordinateur, vidéo-surveillance, biologie, santé


Numéro du dépôt APP : IDDN.FR.001.520021.001.S.A.1998.000.21000

MS-Detect

L’algorithme « MS-Detect » permet de détecter des objets mobiles dans des séquences d’images par soustraction de fond.

Cette méthode fournit à chaque instant la carte binaire des objets mobiles et l’image de reconstruction du fond statique.

Aspects innovants : Le point-clé est de définir un unique processus aléatoire qui prend en compte deux types de valeurs: un processus symbolique pour la détection de mouvement et un processus numérique pour l’estimation de l’intensité du fond. Nous avons donc considéré un champ aléatoire conditionnel à états mixtes. La séparation objet/fond est obtenue en minimisant la fonction d’énergie résultante.

Langage : C++

Mots clés : champ aléatoire conditionnel à états mixtes, détection de mouvement, soustraction de fond

Partenaires :

Principaux domaines d’applications : vision par ordinateur, vidéo-surveillance, biologie, santé



ND-SAFIR

L’algorithme « ND-SAFIR » est un logiciel de débruitage d'images n-dimensionnelles particulièrement dédié à l'analyse de séquences d'images de microscopie optique de fluorescence et la reduction du bruit Poisson-Gaussien.

Aspects innovants : La méthode ND-SAFIR est capable de traiter des images 2D, 3D, 2D+temps, 3D+temps qui présentent un ou plusieurs canaux de couleur. Cette méthode est adaptée aux bruits Gaussien et Poisson-Gaussien qui sont habituellement rencontrés dans l'imagerie photonique.

Langage : C++

Mots clés : Débruitage, analyse d’images, imagerie photonique, microscopie de fluorescence

Licence : INRIA-INRA

Principaux domaines d’applications : microscopie, optique, environnement, biologie, santé



APP deposit number: IDDN.FR.001.190033.002.S.A.2007.000.21000 Partenaires :

OpticalFlow

L’algorithme « OpticalFlow » est une méthode d’estimation du flot optique entre une paire d’images.

Aspects innovants : La méthode résulte de la fusion de deux méthodes existantes qui ont montré de bonnes performances en calcul de flot optique. En pré-traitement, une étape d’égalisation d’histogramme ainsi qu’une compensation du mouvement dominant sont proposées de manière optionnelle.

Langage: C++

Mots clés : flot optique, analyse d’images, égalisation d’histogramme, compensation de mouvement

License : Inria

Partenaire :

Principaux domaines d’applications : vision par ordinateur, biologie, santé


OSON :

outil de simulation en

oncologie

À partir d'une série d'images médicales (IRM,

Scanners), cette méthode permet de construire un

modèle mathématique personnalisé du patient qui

prend en compte le type de tissus atteints

(poumon, cerveau...), le type particulier de tumeur

et certains paramètres propres au patient.

Aspects innovants :

Traitement optimisé des résultats

d’imagerie fonctionnelle

Outil parallèle donc possibilité d’augmenter

le nombre de tests et donc la fiabilité des

résultats

Méthode d’aide à la décision personnalisée

Mots clés : Oncologie, cancer, simulation, logiciel

Licence : propriétaire

Principaux domaines d’applications : Santé, milieu médical


PLAST

Comparaison de banques de séquences génomiques

PLAST est jusqu’à 25 fois plus rapide que BLAST à sensibilité égale.

Aspects innovants : Le logiciel PLAST repose sur un moteur de comparaison de séquences innovant et qui exploite de manière optimale tous les niveaux de parallélisme des microprocesseurs récents


•Génomique & Métagénomique •Traitement des données NGS

•Taxonomie, Phylogénie

Langage : C++

Environnement : Linux, Windows, Mac


Mots clé : bioinformatique




POGG

POGG permet de classifier l’importance et la sensibilité des interactions dans un réseau de régulation vis-à-vis de l’observation temporelle et quantitative d’un phénotype à une échelle supérieure.

Mettre une image

représentative

des fonctions du logiciel

Aspects innovants : Résolution de problèmes non linéaires pour apprendre puis explorer la famille des chaines de Markov avec coûts dont le comportement asymptotique est consistant les observations quantitatives à l’échelle biologique supérieure.

Langage, environnement : Matlab

Mots-clés : Intégration multi-échelle,

systèmes biologiques, chaines de Markov.

Licence: CeCiLL

Principaux domaines d’applications : Biologie des systèmes, interactions sensibles, modèles d’entropie maximale, étude de langages naturels.

http://pogg.genouest.org



Protomata-Learner

Apprentissage de la signature spécifique d'une famille fonctionnelle de protéines à partir de séquences non alignées par alignement multiple « local partiel » et modélisation par automate

Aspects innovants : Premier outil de caractérisation syntaxique de protéines identifiant et modélisant l’enchaînement de blocs de conservations sur des sous-ensembles de séquences

Principaux domaines d’applications : Recherche de nouveaux membres ou étude (par exemple, pour mutagenèse dirigée) de familles et sous-familles fonctionnelles de protéines non nécessairement homologues : enzymes, signalisation, transport,...

Langage, environnement : C++, Python, Linux

Mots clés : Bioinformatique, Apprentissage Automatique

Licence : Libre Cecill


http://tools.genouest.org/tools/protomata


SAMSON

Plateforme logicielle pour la modélisation

et la simulation en temps réel de

nanosystèmes, naturels ou artificiels.

Langage, standard, environnement : C++, disponible pour Windows, Unix and Mac OS X.

Mots clés : Modélisation, Simulation, Nanosystèmes, Biologie Structurale, Chimie.

http://nano-d.inrialpes.fr/software/

La spécificité de SAMSON réside en

l’intégration de méthodes de simulation

pendant la phase de modélisation : les

algorithmes de simulation adaptative et

interactive fournissent des informations

immédiates sur les conséquences des choix

de modélisation.



SEGSIG est un logiciel de segmentation de signaux et de données longitudinales: enregistrements (géophysique, météo,…), séries financières, signaux médicaux (ECG, EEG, …), données génomiques (puces aCGH), etc.

SEGSIG est développé par l’équipe Inria POPIX.

Aspects innovants : Différents types de rupture peuvent être détectés (moyenne, variance, spectre,…). Méthode de sélection de modèle pour estimer le nombre de segments. Extension à de très longues séries au moyen d’un algorithme de type LASSO.

Développé en Matlab (interface graphique et/ou mode commande).

Mots clés : segmentation automatique de signaux, détection de ruptures, sélection de modèle, LASSO.

Licence : libre

Principaux domaines d’applications : Tout domaine de modélisation de données longitudinales qui présentent des ruptures (bio-médecine, bio-informatique, géophysique, finance,…

http://team.inria.fr/popix


Verdandi est une bibliothèque C++ de méthodes d'assimilation de données. Ces méthodes permettent de coupler un ou plusieurs modèles numériques et des données d'observation. Verdandi propose aussi des outils pour faciliter la mise en place de l'assimilation, notamment pour la gestion des observations et l'estimation des incertitudes a priori. Le logiciel peut être utilisé avec des modèles écrits en Fortran, C, C++ ou Python.

Aspects innovants : La généricité de la bibliothèque la rend adaptée à un large spectre de modèles (langage, types des données, parallélisation, ...). Les performances de calcul ne sont pas diminuées par cette généricité.

Langage, standard, environnement: Python, C++, Linux/MacOS/Windows

Mots clés: Composants Logiciels, HPC

Licence GNU LGPL, version 2.1 ou ultérieure

Principaux domaines d’applications : Utilisation avec tout modèle, généralement de grande dimension, à coupler avec des observations, pour l'estimation d'état ou la modélisation inverse.

http://verdandi.gforge.inria.fr/ Contact : [email protected]

Concentrations de dioxyde d'azote sur Clermont-Ferrand

après assimilation des observations (disques)

Ensemble de nœuds KNIME* permettant de paramétrer et d’effectuer un apprentissage par programmation logique inductive (PLI) à partir d’une base de données relationnelle et de stocker les règles logiques obtenues dans la base de données.

Aspects innovants :

- Faciliter le déploiement de la PLI

- Permettre l'enchaînement de plusieurs analyses

Langage, standard, environnement : Java, Prolog, KNIME

Mots clés : PLI, Workflows

Licence : GPL V3

Principaux domaines d’applications : Apprentissage de concepts à partir d’objets, de leurs propriétés, de leurs relations et de la connaissance du domaine (e.g., chémo-informatique, biologie structurale, bio-médical)



* KNIME pour Konstanz Information Mine KNIME est une plateforme d’intégration, de préparation, d’analyse et d’exploration des données www.knime.org

YALTA est un outil dédié à la stabilité des systèmes à retards classiques et fractionnaires donnés par leur fonction de transfert.

Il s’adresse aux systèmes soumis à des retards de communication constants ou distribués ainsi qu’aux systèmes modélisant des problèmes de transport.

Aspects innovants : YALTA permet de suivre le déplacement des pôles lorsque le retard varie, fournit les fenêtres de stabilité du système ainsi qu’une approximation du système de dimension finie.

).

Licence : propriétaire

Principaux domaines d’applications : YALTA permet d’analyser des systèmes de l’ingénierie ou de la médecine (dynamique des populations de cellules par exemple)

https://gforge.inria.fr/projects/yalta-toolbox/



Langage, standard, environnement : Matlab

Mots clés : retard, stabilité, robustesse

Health & Medicine

Catalogue logiciels "bio-informatique et outils numériques"