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Université Pierre-et-Marie-Curie

Formation_Bu_Medecine(at)scd.upmc.fr

Bibliographie et utilisation de Zotero

Rappel : Jubil, site des bibliothèques de l’UPMC

Rappel : Jubil, site des bibliothèques de l’UPMC

2

§ Stocker des références sur le disque dur et en lignesynchronisation

§ Partager des références bibliographiques

§ Collecter des références bibliographiques depuis des catalogues de bibliothèques et des bases de données en ligne

§ Stocker et gérer :• des références bibliographiques• les documents qu’elles décrivent• des captures de pages Web et des annotations de pages

Web• des liens vers des pages Web

Présentation générale

3

§ Établir des liens avec des fichiers stockés sur le disque dur

§ Gérer et organiser les références par :• dossiers et sous-dossiers (Collections)• marqueurs (Tags) • recherches dans les références

§ Importer et exporter des références

§ Plug-in d’interface directe avec le traitement de texte Word et LibreOffice (ex OpenOffice) permettant de • créer des citations dans le texte en cours de rédaction • générer une bibliographie

Fonctionnalités principales

4

Téléchargement ici : http://www.zotero.org/

Création possible d’un compte en ligne et synchronisation de plusieurs ordinateurs

Si nécessaire, autoriser l’installation du programme sous Firefox

§

ZOTERO en pratique

5

§ZOTERO en pratique

Pour aller sur Internet, j'utilise :

- Firefox : j'installe le module Zotero pour Firefox et le plugin pour traitement de texte

- Chrome ou Safari : j'installe Zotero Standalone (pour Windows, Linux ou Mac) + le connecteur Chrome ou Safari

- Internet Explorer : pas de chance, je suis obligé d'installer Firefox ou Chrome ou Safari...

Fot. NATI HARNIK AP

§ Icône Zotero généralement en bas à droite (sous Firefox) : cliquer pour développer

7

Liste des dossiers, marqueurs et recherches

Références du répertoire, du marqueur ou de la recherche sélectionné

Détails de la référence sélectionnée

Barre d’outils

4 zones

8

Zotero as a tab

9

Cliquer pour réduire ou agrandir

Configurer ZoteroPersonnaliser l’apparence, configurer diverses fonctionnalités

Configurer la synchronisation (compte, réinitialisation, etc.)

Activer et désactiver l’indexation des fichiers pdf ; statistiques

Paramétrer la citation rapide

Gérer les plug-ins Word/LibreOffice ; ajouter et supprimer des styles bibliographiques

Configurer les raccourcis clavier pour Zotero

Localisation du stockage, intégrité de la base, encodage des caractères

10

•Cocher ou décocher•« Mettre à jour

maintenant »•« OK »•Relancer Firefox

Configurer Zotero

Joindre automatiquement les fichiers PDF associés…Fonctionne uniquement sur les plateformes de revues (ScienceDirect, IEEEXplore, ACS, etc.) et pour les revues auxquelles on est abonné

11

Recherche d’une référence par son identifiant (PMID, DOI, ISBN, etc.)

2 43 5

2

Saisie manuelle d’une référence : différents types de document disponibles

3

4

5Import d’un fichier de références

Création d’un élément : lien vers la page Web en cours

1 Collecte en ligne (exemple sur le SUDOC) 1Collecter des références (4 méthodes)

12

Récupérer des références dans des bases de données en ligne clic sur l’icône à droite de la barre d'adresse

1) Collecter des références en ligne

13

Sélectionner la/les référence(s) souhaitée(s) et valider le choix

14

1) Collecter des références en ligne

Référence importée - attention, la référence s’enregistre dans la collection sélectionnée au moment de l’import + Problème avec PubMed accès distant 15

1) Collecter des références en ligne

16

1) Collecter des références en ligne

Cas particulier : chapitre de livre

• Dans Zotero, changer le type de document• Rajouter le titre du chapitre dans le

nouveau champ qui apparaît• Rajouter les pages correspondant au

chapitre• Dupliquer la référence pour citer plusieurs

chapitres du même livre

17

- Amazon

- BIU Santé

- Bibliothèque nationale de France (BnF)

- Cairn

- Google Books

- GoogleScholar

- Refdoc

- Science Direct

- SUDOC (inclus la BIU Santé et l’UPMC)

Liste des sites compatibles : http://www.zotero.org/translators/

Zotero fonctionne avec :

Si l’icône Zotero n’apparaît pas dans la barre d’adresse ou si l’enregistrement échoue (pb avec ScienceDirect par exemple),

Pour le Web of Science, si le format d’export Bib Tex n’est pas proposé, importer les références dans EndNote Web, puis les exporter au format RIS et les importer dans Zotero

Si l’on a choisi dans les Préférences « Utiliser Zotero pour les fichiers RIS/Refer  téléchargés », l’import dans Zotero se fera automatiquement

il reste toujours possible d’exporter un fichier de références au format RIS ou BibTex, que l’on importera ensuite dans Zotero

Collecter des références en ligne : et quand ça ne marche pas ?

19

Import automatique dans Zotero

ScienceDirect

1

2

3

Collecter des références en ligne : et quand ça ne marche pas ?

20

Collecter des références : 2 import de fichierFichier de références dans un format spécifique, obtenu par export

d’EndNote ou d’une base de données non compatible Zotero

21

Collecter des références : 2 import de fichierLes références sont importées dans une collection « Importé

le… » : il faut donc les reclasser ou renommer la collection

Pour connaître le nbre de références dans une collection, il suffit de toutes les sélectionner (Ctrl+a), le nbre s’affiche dans le volet de droite

22

Collecter des références : 3 saisie manuelleÀ réserver aux documents dont les références sont introuvables

dans une base de données (ex : EM-Premium, ex EM-Consulte (EMC))

Choisir le type de doc. à décrire

Compléter les champs, variables en fonction du type de document

23

Cas particulier : EM-Premium

24

Collecter des références : 4 créer un élément à partir d’une page web

Possibilité d’ajouter : un lien vers la page web (gestion des favoris) et une capture de la page web

25

Collecter des références : 5 recherche d’une référence par son identifiant

26

Collecter des références : 5 recherche d’une référence par son identifiant

Sources utilisées : WorldCat pour les ISBNs (livres), CrossRef pour les DOIs et bien sûr PubMed pour les PMID. NB Zotero parvient à importer seulement le premier auteur d’une oeuvre depuis WorldCat

27

Collecter des références : 6 récupérer une collection d’articles en PDF

• Ouvrir la fenêtre Zotero• Ouvrir le répertoire avec vos PDF• Glisser/déposer les PDF dans la fenêtre

Zotero• Clic droit sur les fichiers : « récupérer les

métadonnées du PDF »• Si échec : créer une notice à la main et y

rattacher le PDF

28

Collecter des références : 6 récupérer les métadonnées du PDF

Ajouter les PDF à la Bibliothèque Zotero en les faisant glisser depuis leur emplacement d’origine

29

Collecter des références : 6 récupérer les métadonnées du PDF

• Recherche du pdf dans Google Scholar,

• s’il est trouvé, Zotero télécharge ses métadonnées et crée un nouvel élément,

• auquel il rattache le pdf

clic droit, installer pdftotext et pdfinfo la 1ère fois

30

1

Affichage et tri

2

3

4Collections Recherches

Marqueurs

Gérer les références

31

Définir les champs d’affichage (i. e. les critères de tri) des références

Gérer les références : affichage et tri des références

32

•Créer des dossiers (collections) et des sous-dossiers (glisser-déplacer les dossiers pour créer une arborescence)

•Une référence peut être classée dans plusieurs dossiers, mais elle existe en un seul exemplaire dans la bibliothèque (i. e. les dossiers sont comme des vues différentes sur une référence unique)

glisser ≠ copier

•Pour modifier le classement d’une référence, il faut la faire glisser dans son dossier de destination ET la retirer de son dossier d’origine

glisser ≠ déplacer

clic droit

Gérer les références : collections

33

Les références supprimées sont conservées dans la poubelle

Gérer les références : supprimer des références

34

Pour savoir dans quelles collections une référence est classée, la sélectionner et cliquer sur Ctrl (ou Cmd pour Mac), les collections dans lesquelles elle est classée apparaîtront en sur-brillance

Gérer les références : collections

35

Utiliser les tags (= marqueurs)

Marqueurs de la référence sélectionnée, récupérés automatiquement et/ou ajoutés manuellement

Liste de tous les marqueurs utilisés dans le répertoire sélectionné

Un marqueur ne peut exister indépendamment de références :• il doit être créé dans au moins une référence ;• si toutes les références comportant un marqueur sont

supprimées, ce dernier l’est aussi.

Gérer les références : marqueurs

36

Filtre sur un marqueur : afficher uniquement les références comportant ce marqueur + :

Appliquer un marqueur à un ensemble de références (glisser-déplacer les références sur le marqueur)

Renommer un marqueur (mise à jour automatique dans les références)

Gérer les références : marqueurs

37

1. Définir les critères de recherche

2. Enregistrer et nommer la recherche

NB Recherche avancée• Chaque champ ne doit contenir qu’une

chaîne de caractères• Si la recherche porte sur un seul critère,

afficher un seul champ et ne pas laisser de champ vide

3. Relancer la recherche

Gérer les références : recherche dans les références

38

Gérer les références : détecter les doublons

39

1. Ajouter dans la notice un lien vers le fichier pdf du texte intégral stocké sur le disque dur

3. Autre possibilité : créer un lien vers le fichier directement dans la liste des éléments de la bibliothèque

2. Copie le fichier pdf sélectionné dans un répertoire du dossier système de Zotero (possibilité de définir ce répertoire dans les Préférences): fichier moins facilement accessible, mais lien plus pérenne

Enrichir les références : liens fichier

40

1. Créer une note indépendante

Clic droit sur l’élément sélectionné « Ajouter une note » ou

2. Créer une note liée à un élément

Enrichir les références : notes

41

Enrichir les références : 3 commenter des captures de page web

capture de page webannotersurligner

• ajouter une annotation

• réduire les annotations

• surligner• supprimer le surlignage

42

• Exporter des références (au format RIS, BibTex, Zotero RDF, etc.)• Créer une bibliographie : choisir un style bibliographique et enregistrer un

fichier au format .html ou .rtf ou imprimer la bibliographie• Choisir la langue dans laquelle la bibliographie est générée :

https://addons.mozilla.org/fr/firefox/addon/14442 • Générer un rapport : liste des références (avec historique : marqueurs, date

d’ajout, etc.)

Exploiter les références

43

Création de bibliographie

• Sélectionner les références• Clic droit « Créer une bibliographie… »• Choisir le style

– Pour rajouter un style bibliographique : Actions / Préférences / Styles / Obtenir des styles supplémentaires

• Choisir le format de sortie (plutôt RTF)

44

Insérer des références et créer des bibliographies dans un document Word ou LibreOffice

Exploiter les références : plug-in Word/LibreOffice (1/4)

45

§ Insérer et modifier des références

§ Insérer et modifier une bibliographie

§ Choisir le style bibliographique et la place des notes (bas de page et/ou fin du document, en fonction des styles)

liste à définir dans les Préférences de Zotero

Word ≥ 2007, onglet « Compléments »

Exploiter les références : plug-in Word/LibreOffice (2/4)

46

Icônes dans Word 2007/2010

47

Insérer une référence

Choix du style

Choix de la référence et prévisualisation

Exploiter les références : plug-in Word/LibreOffice (3/4)

48

Normes possibles pour vos mémoires

49

- The Journal of Neuroscience (Master RIM)

- Système Harvard (auteur – année dans le texte)(orthoptie)

- Système Vancouver (par ordre d’apparition dans le texte, avec numérotation)(orthophonie & orthoptie)

- Système alphabétique numérique (orthoptie)

- ASA (American Statistical Association) (livres – psychomotricité)

- Numbered (articles – psychomotricité)

-- Vancouver souvent utilisé en médecine

Rajouter un style dans Zotero

50

Cliquer sur l’icône « Actions » (engrenage) pour accéder aux préférences de Zotero :--

Autres fonctionnalitésGénérer une bibliographie à partir de tous les éléments référencés (NB : si le style l’autorise)

Éditer une citation insérée dans le document

Refresh : mise à jour des citations et de la bibliographie pour répercuter les modifications faites dans la bibliothèque

Afficher les préférences du document pour changer le style

Éditer une bibliographie insérée dans le document (ajouter une référence non citée dans le texte par ex.)

Exploiter les références : plug-in Word/LibreOffice (4/4)

51

Le compte Zotero permet de :

• Sauvegarder en ligne sa bibliothèque, et de travailler depuis plusieurs ordinateurs

• Partager des références avec des groupes publics ou privés

Zotero version 2 : création d’un compte

52

Zotero version 2 : création d’un compte

53

Courriel de validation : cliquer sur le lien

Configurer les paramètres de synchronisation Préférences > Sync

Il est possible de stocker en ligne sur le site de Zotero les fichiers (pdf par exemple) attachés aux références (max. 100 Mo)

Zotero version 2 : synchronisation (1/3)

54

Bibliothèque en ligne

Lancer la synchronisation, consulter son état

Zotero version 2 : synchronisation (2/3)

55

Zotero version 2 : synchronisation (3/3)§ Les fichiers attachés peuvent aussi être stockés en ligne et

synchronisés… mais nos accords avec les éditeurs interdisent ce type d’usage.

§ Synchronisation de 2 postes sur lesquels existent une bibliothèque : poste A (bureau - bibliothèque à partir de laquelle vous créez votre bibliothèque en ligne) et poste B (chez vous - autres références).

• Lorsque vous synchroniserez le poste B avec votre bibliothèque en ligne, les références de la bibliothèque du poste A s’ajouteront à celles du poste B.

• Par prudence, faire une sauvegarde de la bibliothèque du poste B (export en format Zotero RDF).

• Par prudence, désactiver la synchronisation automatique et privilégier les restaurations totales

56

Créer un groupeZotero version 2 : groups (1/4)

57

§ Groupes privés• Seuls les membres du groupe et les invités peuvent voir la page du

groupe• Ces groupes n’apparaissent pas dans la recherche de groupe

§ Groupes publics, adhésion restreinte• La page du groupe est visible, mais il faut une invitation pour le rejoindre• Si le groupe a une bibliothèque, les administrateurs du groupe peuvent

l’afficher ou la cacher complètement ou en partie

§ Groupes publics, adhésion ouverte• La page du groupe est visible, et tout le monde peut le rejoindre • Si le groupe a une bibliothèque, les administrateurs du groupe peuvent

l’afficher ou la cacher complètement ou en partie

Types de groupeZotero version 2 : groups (2/4)

58

§ Trois rôles• Administrateur modifier le statut public/privé du

groupe, les rôles des membres et le paramétrage de la bibliothèque du groupe

• Propriétaire du groupe idem + supprimer le groupe ou en

transférer la propriété à un autre membre

• Membre

§ Paramétrage des droits sur la bibliothèque• Library readingAutoriser la consultation de la bibliothèque à n’importe qui, seulement aux

membres du groupe ou seulement aux administrateurs

• Library editing Autoriser la modification de la bibliothèque seulement aux membres du groupe

ou seulement aux administrateurs

Zotero version 2 : groups (3/4)

59

Page du groupe

Bibliothèque du groupe : ajout d’un élément par glisser-déplacer depuis sa propre bibliothèque

NB : l’élément est copié, un nouvel élément est créé

Zotero version 2 : groups (4/4)

60

§ Liste complète des styles bibliographiques disponibleshttp://www.zotero.org/styles

§ Liste des sites compatibleshttp://www.zotero.org/translators

§ Trucs et astuceshttp://www.zotero.org/support/tips_and_tricks

§ Tutoriels videohttp://www.zotero.org/support/screencast_tutorials

§ Créer son propre style bibliographiquehttp://www.zotero.org/support/dev/creating_citation_styles

§ Zotero francophone (blog)

http://zotero.hypotheses.org/

Pour aller plus loin

61

Avant de partir…

Un petit questionnaire d’évaluation de la formation, qui se remplit en 2 minutes :

tinyurl.com/formupmc

Merci d’avance

(+ effacez vos références et vos identifiants dans Zotero!)

62

FINMerci de votre attention

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Présentation réalisée avec