Upload
marja-pirttivaara
View
394
Download
2
Embed Size (px)
Citation preview
Geneettinen sukututkimus nörttinäkökulmasta
ICT Ladies
Helsinki 3.6.2015
Marja Pirttivaara
FT, MBA
3.6.2015 © Marja Pirttivaara 1
Sukututkimuksen käsitteitä
”Sukututkimuksella tarkoitetaan oman tai jonkun muun henkilön sukulaisen vaiheiden tutkimista.”
Arkistolaitos: Käyttölupahakemushttp://www.arkisto.fi/uploads/Aineistot/Lomakkeet/Kirkonkirjat/kayttolupahakemus_kirkonkirjat_15052012_suojattu.pdf(4.3.2015)
Geneettisellä sukututkimuksellatarkoitetaan oman tai jonkun muunhenkilön sukulaisten keskinäistensukulaisuussuhteiden ja vaiheidentutkimista hyödyntämällä DNA-testejäyhdessä perinteisen sukututkimuksen ja historiallisten lähteiden kanssa.
“Genetic genealogy: The use of DNA testing in combination with traditional genealogical and historical records to infer relationships between individuals.”
International Society of Genetic GenealogyISOGG: Genetics Glossaryhttp://isogg.org/wiki/Genetics_Glossary#G(4.3.2015)
3.6.2015 © Marja Pirttivaara
Ihmisen perimäIhmisellä on
• yksi perimä eli genomi,
• soluja noin 1014 (*),
• 23 kromosomiparia,
• kromosomeissa geenejä noin23 000,
• perimässä emäspareja noinkolme miljardia,
• SNPt eli snippi on yhdenemäksen monimuotoisuus.
3.6.2015
• http://www.biomag.hus.fi/braincourse/L2.html
Marja Pirttivaara
Perimä ja mutaatio
• Kaikilla elollisilla ja lisääntymiskykyisillä lajeilla on perimä eli genomi, joka on koodattu DNAhan.
• Ihmisen perimä on varastoitunut 23 kromosomipariin, joissa on geenejä.
• 23. kromosomipari on sukukromosomit X ja Y. Miehillä sukukromosomipari on XY, naisella XX.
• Mitokondriossa eli soluelimessä on omaa DNA:ta (mtDNA)
• Mutaatio on perimässä tapahtunut rakenteellinen muutos.
• Käytännön DNA-jaottelu: Y-DNA, autosomaali-DNA, X-DNA ja mtDNA.
3.6.2014© Marja Pirttivaara© Marja Pirttivaara
Mistä on pienet tytöt tehty?A-C-T-G
A Adeniini C Sytosiini T Tymiini G Guaniini
Youtube: The DNA Song
3.6.2015 Marja Pirttivaara
Kuvat Wikipedia CC BY-SA 3.0
Sukulaisten yhteinen DNA
3.6.2015 © Marja Pirttivaara© Marja Pirttivaara
Isovanhemmat
Vanhemmat
GreatGrandparents
Nainen: XX
Äiti: XX
Äidinisänisä: XY
Äidinisänäiti: XX
Äidinäidinisä: XY
Äidinäidinäiti: XX
Äidinäiti: XX
Äidinisä: XY
Isänisänisä: XY
Isänisänäiti: XX
Isänäidinisä: XY
Isänäidinäiti: XX
Isänäiti: XXIsänisä: XY
Isä XY
Mistä naisen X-kromosomi tulee?
3.6.2015 © Marja Pirttivaara
Isovanhemmat
Vanhemmat
GreatGrandparents
Mies: XY
Äiti: XX
Äidinisänisä: XY
Äidinisänäiti: XX
Äidinäidinisä: XY
Äidinäidinäiti: XX
Äidinäiti: XX
Äidinisä: XY
Isänisänisä: XY
Isänisänäiti: XX
Isänisä: XY
Isä XY
Mistä miehen X-kromosomi tulee?
Isänäiti: XX
Isänäidinisä: XY
Isänäidinäiti: XX
3.6.2015 © Marja Pirttivaara
“Neljä suurta” tarjoavat testejä
• Family Tree DNA (FTDNA) http://www.familytreedna.com
• 23andMe http://www.23andme.com
• Ancestry http://www.ancestry.com
• National Geographic https://genographic.nationalgeographic.com/
• Lisäksi muita pienempiä: http://www.isogg.org/wiki/List_of_DNA_testing_companies
• Kuluttajagenomiikan markkinoiden uskotaan kasvavan edelleen nopeasti, vuoden 2015 aikana saavutetaan todennäköisesti kolmen miljoonan testatun raja. (Spencer Wells, director, National Geographic Genographic Project).
3.6.2015 Marja Pirttivaara
DNA-testifirman valinta
• Mikä on yrityksen tietokannan koko, miten paljon on testattuja?• Mihin maihin yritys myy testejä?• Miltä yrityksen tulevaisuus näyttää?• Mitä muita tuotteita ja palveluita yritys tarjoaa, saako lisätestejä?• Minkälainen asiakaspalvelu yrityksellä on?• Missä laboratoriossa testit tehdään, onko laboratorio akkreditoitu?• Miten turvassa data on, mikä on yksityisyys?• Onko yrityksellä tieteellistä näyttöä?• Säilyttääkö yritys näytteet?• Saako raakadatan itselleen?• Tarjoaako yritys mahdollisuuksia projekteihin?• Mitä testit maksavat, entä lähetyskustannukset?
http://www.isogg.org/wiki/Choosing_a_DNA_testing_company
3.6.2015 © Marja Pirttivaara
Family Tree DNA testitTestit 27.1.2015
Isälinja Y-DNA (miehille) Yhdistelmätestipaketit
12, 25, 37, 67 ja 111 markkeria Family Finder +mtDNA
BIG Y Family Finder + Y-DNA (miehille)
Äitilinja mtDNA (kaikille) Y-DNA + mtDNA (miehille)
mtDNAPlus Comprehensive Genome (miehille)Y-DNA67, FF, MFS
mtFullSequence
Autosomaalitesti, kaikki sukulinjat(kaikille)
Siirtoja
Family Finder Y-DNA , autosomal DNA
Personoidut raportit
Y-DNA, mtDNA, autosmaali DNA
HUOM: Finland DNA projektin jäsenille pysyviä alennuksia, kun tilaa täältä:http://www.familytreedna.com/group-join.aspx?&group=Finland&vGroup=finland
© Marja Pirttivaara3.6.2015
Gene by Gene / Family Tree DNA laboratorio
© Mika Pirttivaara4.3.2027
Gene by Gene laboratorioakkreditoinnit
3.6.2015 Marja Pirttivaara
Accreditations for Molecular Pathology and Relationship Testinghttps://www.genebygene.com/
Suomi DNA projekti
3.6.2015 Marja Pirttivaara 14
Lkm
Yht. jäseniä 5211
Y-DNA 12 3525
Y-DNA 67 2579
Y-DNA 111 599
BIG Y 202
mtDNA 2662
mtDNA Full 1615
Family Finder 1953
© Marja Pirttivaara3.6.2015
Tulokset: MyFTDNA
Y-DNA STR eli markkeritulokset
© Gene by Gene lupa3.6.2015
Y-DNA N-M231 ISOGG haplopuu 2015• • • • • • • • N1c1a1a1b L1022• • • • • • • N1c1a1a2 Z1936, CTS10082• • • • • • • • N1c1a1a2* -• • • • • • • • N1c1a1a2a Z1925, Z1935• • • • • • • • • N1c1a1a2a* -• • • • • • • • • N1c1a1a2a1 CTS1737/Z1927• • • • • • • • • • N1c1a1a2a1* -• • • • • • • • • • N1c1a1a2a1a Z1941• • • • • • • • • • • N1c1a1a2a1a* -• • • • • • • • • • • N1c1a1a2a1a1 Z1940• • • • • • • • N1c1a1a2b L1034• • • N1c2 F1008/L666• • • • N1c2* -• • • • N1c2a M128• • • • N1c2b P43• • • • • N1c2b* -• • • • • N1c2b1 P63• • • • • N1c2b2 L665
N M231/Page91, M232/M2188• N* -• N1 CTS11499/L735/M2291• • N1* -• • N1a P189.2• • N1b L732• • • N1b* -• • • N1b1 L731, L733• • N1c L729.1/M2087.1/Z15.1/Z548.1• • • N1c* -• • • N1c1 M46/Page70/Tat, L395/M2080, P105• • • • N1c1* -• • • • N1c1a M178, P298• • • • • N1c1a* -• • • • • N1c1a1 L708/Z1951, F4325/L839• • • • • • N1c1a1* -• • • • • • N1c1a1a L392, L1026/Z1973• • • • • • • N1c1a1a* -• • • • • • • N1c1a1a1 CTS2929/VL29• • • • • • • • N1c1a1a1* -• • • • • • • • N1c1a1a1a L550/S431• • • • • • • • • N1c1a1a1a* -• • • • • • • • • N1c1a1a1a1 L1025• • • • • • • • • • N1c1a1a1a1* -• • • • • • • • • • N1c1a1a1a1a M2783• • • • • • • • • • • N1c1a1a1a1a* -• • • • • • • • • • • N1c1a1a1a1a1 L149.2, L551• • • • • • • • • • • N1c1a1a1a1a2 L591• • • • • • • • • • • N1c1a1a1a1a3 L1027• • • • • • • • • • • N1c1a1a1a1a4 FGC13372/Z16975
9.4.2015 http://www.isogg.org/tree/ISOGG_HapgrpN.html
mtDNA-projekti kertoo äitilinjoista
Marja Pirttivaara3.6.2015
Mitä oma DNA voi kertoa:Family Finder testi MyOrigins
3.6.2015 © GenebyGene lupa19Family Tree DNA MyOrigins metodologiasta:
https://www.familytreedna.com/learn/family-finder-pages/myorigins-methodology
Työkaluja raakadatan tutkimiseen
• GedMatch, vertailuja DIY, mukana myös muinaisDNA-dataa
– www.gedmatch.com
• SNPedia & Promethease, terveysstietoa DIY
– www.snpedia.com
– http://www.snpedia.com/index.php/Promethease
– Regalado A: How a Wiki Is Keeping Direct-to-Consumer Genetics Alive, MIT Technology Review 2014
• ISOGG työkalulinkkilistat
– http://www.isogg.org/wiki/Autosomal_DNA_tools
– http://www.isogg.org/wiki/Y-DNA_tools
– http://www.isogg.org/wiki/MtDNA_tools
Marja Pirttivaara3.6.2015
Etiikka ja yksityisyys
• Suomen Sukututkimusseurankäytännesäännöt
• Geneettisen sukututkimuksenkansainväliset standrdit 2015
• Ihmisellä on oikeus tietää ja olla tietämättä
• DNAn omistusoikeus
Marja Pirttivaara3.6.2015
Testien tilaus
https://www.familytreedna.com/groups/finland/about/background
https://www.familytreedna.com/group-join.aspx?&group=Finland&vGroup=Finland
Marja Pirttivaara3.6.2015
Kiitos!
marja.pirttivaara @ gmail.comTwitter: Marja_P
Bloggausta: www.genealogia.fiKalvoesityksiä jaossa: http://www.slideshare.net/MarPir
LinkedIn: https://www.linkedin.com/pub/marja-pirttivaara/0/39/158
3.6.2015 © Marja Pirttivaara 23