TranSMART  API  &  Plugin  Development:  A  Case  Study  

Kees  van  Bochove,  The  Hyve  TranSMART  Community  MeeCng  

Chilly-­‐Mazarin,  France  

November  6,  2013  

Requirements  

•  HTML5  Genome  Browser  (in-­‐place  in  UI)  •  Drag-­‐n-­‐drop  of  High-­‐Dimensional  Data  Nodes  – VisualizaCon  of  Genomic  Variants  

– VisualizaCon  of  Copy  Number  VariaCon  Data  

•  VisualizaCon  of  public  data  (gene  annotaCons,  SNP  chip  coverage,  COSMIC  annotaCons  etc.)  

•  Switching  between  genome  builds  

Community  ConsultaCon  •  Ask  transmart-­‐discuss  mailing  list  what  people  are  using  /  planning  to  use  as  genome  browser  

•  Ask  the  same  on  the  LinkedIn  group  

•  Start  a  wiki  topic  on  the  tranSMART  FoundaCon  wiki  with  an  inventory  of  pro’s  and  con’s  of  the  various  genome  browsers  available  

SoluCon  

•  Dalliance  genome  browser  chosen  as  frontend  •  MyDAS  was  chosen  as  backend  

•  Both  implemented  as  plugins  

•  Core  API  had  to  be  extended  with  methods  for  retrieving  genomic  variant  data  

Emerging  tranSMART  Architecture  

Kees  van  Bochove  -­‐  The  Hyve  

Extend  the  core  API  

Write  some  tests  

Create  some  implemenCng  plugins  

•  h`ps://github.com/thehyve/transmart-­‐mydas  •  h`ps://github.com/thehyve/dalliance-­‐plugin  

DB  

MyDAS  Backend  Plugin   Dalliance  Frontend  Plugin  

TranSMART  Core  API  

Add  them  to  transmartApp  

but  don’t  force  it  upon  others  

Leverage  other  branches  •  ImplemenCng  VCF  loading  (and  viewing)  and  GWAS  loading  and  viewing  in  tranSMART  

•  VCF  loader  scripts  requested  by  email  and  ported  to  Postgres  

•  Also,  conflicCng  variant  definiCons  (SNP  loading)  were  present  in  the  J&J  branch  

•  It  proved  challenging  to  merge  both  approaches,  but  we  succeeded  in  the  end  

•  GeneraCng  more  docs  on  the  wiki!  

2.  Drag  genomic  node  on  genome  browser  

The  end  result