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VISUALIZACIÓN DE IMAGEN MÉDICA CON 3DSLICER
DIGNA GONZÁLEZ OTERO
Escuela Técnica Superior de Ingeniería de Bilbao
Mayo de 2012
Digna González Otero (ETSI Bilbao) VISUALIZACIÓN CON 3D SLICER Mayo de 2012 1 / 29
Índice
1 SlicerExplorando los datosMapa de etiquetasModelos 3DLightbox ViewerGuardar escena
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Slicer Explorando los datos
Slicer
Arranque del programa
• Abrimos Slicer.
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Slicer Explorando los datos
Slicer
Apertura de la imagen
• File→ Add Volume→ imagen 001.dcm en el directorio dicom.
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Slicer Explorando los datos
Slicer
Apertura de la imagen
• File→ Add Volume→ fichero spgr.nhdr en el directorio nrrd.
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Slicer Explorando los datos
Slicer
Modificación del layout• Choose View→ red only layout.
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Slicer Explorando los datos
Slicer
Navegación entre frames
• Con el slider navegamos entre los diferentes frames hasta mostrar losventrículos.
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Slicer Mapa de etiquetas
Slicer
Cargar mapa de etiquetas
• Select Volume File→ fichero all.nhdr en el directorio nrrd.• Las etiquetas se cargan en la capa de etiquetas (L).
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Slicer Mapa de etiquetas
Slicer
Cargar mapa de etiquetas
• Enlazar las diferentes vistas. Quitar las etiquetas de la capa L ymostrarlas en foreground (F).
• Con el slider fusionar la imagen original y el mapa de etiquetas.
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Slicer Mapa de etiquetas
Slicer
Mostrar cortes en vista 3D• Habilitar la visibilidad de los tres cortes. Aparecerán en la vista 3D.• Con el ratón, rotar la imagen.
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Slicer Modelos 3D
Slicer
Cargar modelos 3D
• Módulo Data→ Add data or data directory→ seleccionardirectorio models.
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Slicer Modelos 3D
Slicer
Modificar propiedades de modelos
• Menú Models→ Seleccionar Skin.vtk→ configurar color ytransparencia (0,5).
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Slicer Modelos 3D
Slicer
Modificar propiedades de modelos
• Deshabilitar visibilidad de Skin.vtk.
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Slicer Modelos 3D
Slicer
Modificar propiedades de modelos
• Modificar color de Brain.vtk (blanco).
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Slicer Modelos 3D
Slicer
Modificar layout
• Configurar layout → Green Slice Only layout.• Ajustar tamaño de la imagen a la ventana.
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Slicer Modelos 3D
Slicer
Mostrar intersecciones del modelo• Habilitar Slide Intersection Visible.• La intersección con el modelo se muestra en la imagen en blanco.
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Slicer Modelos 3D
Slicer
Modificar propiedades de modelos
• Volver al layout convencional.• Cambiar el color de Vessels.vtk a rojo.
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Slicer Modelos 3D
Slicer
Modificar vista• Habilitar la vista anterior (A) de la imagen.
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Slicer Modelos 3D
Slicer
Clipping
• Para el modelo Brain.vtk seleccionar la opción Clipping.• Configurar Yellow Slice Clipping como Positive Space.• Parte del modelo 3D se oculta en la imagen superior.
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Slicer Modelos 3D
Slicer
Clipping
• Seleccionar la vista superior (S) de la imagen.• En mitad de la imagen se muestra el modelo y en la otra mitad queda al
descubierto la imagen real.
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Slicer Modelos 3D
Slicer
Clipping
• Desplazando el slider amarillo se navega entre los diferentes frames.• Se muestra el modelo en la parte derecha del frame seleccionado.
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Slicer Modelos 3D
Slicer
Visualización de modelo 3D• Deshabilitar la opción Clipping.• Habilitar la visibilidad de Skin.vtk.• Se muestra el modelo 3D completo (piel, cerebro, vasos).
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Slicer Lightbox Viewer
Slicer
Lightbox Viewer
• Menú Viewer→ Compare Layout→ 1, 2, 2.• En el visor lightbox se muestran cuatro slices axiales adyacentes.
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Slicer Lightbox Viewer
Slicer
Lightbox Viewer
• Rotamos el model 3D con el ratón.
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Slicer Lightbox Viewer
Slicer
Lightbox Viewer
• Seleccionar configuración de Lightbox: 6x6.• Se muestran simultáneamente 36 slices.
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Slicer Guardar escena
Slicer
Guardar escena• File→ Save→ Seleccionar directorio donde guardar la escena →
Guardar.
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Slicer Guardar escena
Slicer
Crear captura de la escena
• Capture and name scene snapshot→ Elegir nombre.• Repetir el proceso y guardar la escena.• La escena con las capturas se puede cargar de nuevo en Slicer.
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Licencia CC by-sa
http://creativecommons.org/licenses/by-sa/2.0/legalcode
Slicer Guardar escena
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