20121005 algorithmsinbioinformatics vyahhi_lecture01

Биология за 1 пару

Николай Вяххиvyahhi@bioinf.spbau.ru

Computer Science клубЕкатеринбург, 2012

пятница, 5 октября 12 г.

Геном Человека

3,000,000,000 букв

13 лет (1990 - 2003)

3,000,000,000 $

пятница, 5 октября 12 г.

Геном Человека

3,000,000,000 букв

13 лет (1990 - 2003)

3,000,000,000 $

пятница, 5 октября 12 г.

Геном Человека

3,000,000,000 букв

2 недели

5,000 $

пятница, 5 октября 12 г.

пятница, 5 октября 12 г.

ДНК

пятница, 5 октября 12 г.

ДНК

Двойная спираль

Нуклеотиды:

А — Т

С — G

bp = Base Pairs

пятница, 5 октября 12 г.

Направление ДНК

пятница, 5 октября 12 г.

Направление ДНК

пятница, 5 октября 12 г.

Комплементарность

пятница, 5 октября 12 г.

Комплементарность

1. CCCAGAACUGAGAUCAAU

2. AGUACCCGUAUUAACGGG

пятница, 5 октября 12 г.

ДНК → 2 x ДНК

Репликацияпятница, 5 октября 12 г.

РНК

Одна цепочка

Рибонуклеотиды:

А — U

С — G

пятница, 5 октября 12 г.

ДНК → РНК

Транскрипция

T → U

пятница, 5 октября 12 г.

Белки / Протеины

Аминокислоты (20):

ACDEFGHIKLMNPQRSTVWY

Функции: структурная, ферментативная, рецепторная, гормональная, транспортная, сократительная, защитная.

пятница, 5 октября 12 г.

Структура Белка

Последовательность

α-спираль / β-лист

Трёхмерная структура

Комплекс

пятница, 5 октября 12 г.

РНК → Белок

Трансляция

Кодон (3 нуклеотида) → 1 аминокислота

пятница, 5 октября 12 г.

РНК → Белок

1. CCCAGAACUGAGAUCAAU

2. AGUACCCGUAUUAACGGG

пятница, 5 октября 12 г.

Центральная Догма

пятница, 5 октября 12 г.

Гены

пятница, 5 октября 12 г.

Омики

пятница, 5 октября 12 г.

ГеномикаAGCTTTTCATTCTGACTGCAACGGGCAATATGTCTCTGTGTGGATTAAAAAAAGAGTGTCTGATAGCAGCTTCTGAACTGGTTACCTGCCGTGAGTAAATTAAAATTTTATTGACTTAGGTCACTAAATACTTTAACCAATATAGGCATAGCGCACAGACAGATAAAAATTACAGAGTACACAACATCCATGAAACGCATTAGCACCACCATTACCACCACCATCACCATTACCACAGGTAACGGTGCGGGCTGACGCGTACAGGAAACACAGAAAAAAGCCCGCACCTGACAGTGCGGGCTTTTTTTTTCGACCAAAGGTAACGAGGTAACAACCATGCGAGTGTTGAAGTTCGGCGGTACATCAGTGGCAAATGCAGAACGTTTTCTGCGTGTTGCCGATATTCTGGAAAGCAATGCCAGGCAGGGGCAGGTGGCCACCGTCCTCTCTGCCCCCGCCAAAATCACCAACCACCTGGTGGCGATGATTGAAAAAACCATTAGCGGCCAGGATGCTTTACCCAATATCAGCGATGCCGAACGTATTTTTGCCGAACTTTTGACGGGACTCGCCGCCGCCCAGCCGGGGTTCCCGCTGGCGCAATTGAAAACTTTCGTCGATCAGGAATTTGCCCAAATAAAACATGTCCTGCATGGCATTAGTTTGTTGGGGCAGTGCCCGGATAGCATCAACGCTGCGCTGATTTGCCGTGGCGAGAAAATGTCGATCGCCATTATGGCCGGCGTATTAGAAGCGCGCGGTCACAACGTTACTGTTATCGATCCGGTCGAAAAACTGCTGGCAGTGGGGCATTACCTCGAATCTACCGTCGATATTGCTGAGTCCACCCGCCGTATTGCGGCAAGCCGCATTCCGGCTGATCACATGGTGCTGATGGCAGGTTTCACCGCCGGTAATGAAAAAGGCGAACTGGTGGTGCTTGGACGCAACGGTTCCGACTACTCTGCTGCGGTGCTGGCTGCCTGTTTACGCGCCGATTGTTGCGAGATTTGGACGGACGTTGACGGGGTCTATACCTGCGACCCGCGTCAGGTGCCCGATGCGAGGTTGTTGAAGTCGATGTCCTACCAGGAAGCGATGGAGCTTTCCTACTTCGGCGCTAAAGTTCTTCACCCCCGCACCATTACCCCCATCGCCCAGTTCCAGATCCCTTGCCTGATTAAAAATACCGGAAATCCTCAAGCACCAGGTACGC

пятница, 5 октября 12 г.

Геномика

пятница, 5 октября 12 г.

Геномы

пятница, 5 октября 12 г.

Сборка Генома

пятница, 5 октября 12 г.

Comparative Genomics

пятница, 5 октября 12 г.

Протеомика

пятница, 5 октября 12 г.

Протеомика

пятница, 5 октября 12 г.

Домашнее задание

http://rosalind.info

• DNA

• RNA

• REVC

• PROT

• HAMM

http://rosalind.info/classes/enroll/171da3d314a0b07e00883287cd2b6ddeeeba225b/

пятница, 5 октября 12 г.