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8/11/2019 8. Il Perch Della Specificit Enzimatica
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Questo meccanismo spiega
lattivit catalitica della
chimotripsina ma non la suaspecificit!!
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Similitudine strutturale tra chimotripsina e tripsina
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La risposta sta nella tasca di
specificit
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Digestion Serine proteases are poorly specificDi
gestion Serine proteases are poorly specific
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SUBSTRATE RECOGNITION SITESSUBSTRATE RECOGNITION SITES
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Catalytic Triad
FVa BindingHelix
Tyr225Asp189
Internal
Salt Bridge
DX 9065a
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Queste interazioni non
sono sufficienti a garantire
la specificit di taglio dimolte serin proteasi !!!!
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Blood Coagulation:Blood Coagulation:
A Highly SpecificA Highly Specific ProteolyticProteolyticCascadeCascade
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Cleavage Sites for Natural Thrombin Substrates
Fibrinogen A !
GGGVRGP RVVERHFibrinogen B " NEEGFFSA RGHRPLDK
Factor XIII TVELEGVP RGVNLQQ
Factor VIII NSPSFIQI RSVAKKH
Factor VIII LSNNAIGP RSFSNQSR
Factor VIII QNFVTQSK RALKQFRL
Factor VIII DEDENQSP RSFQKKTRH
Factor V RLAAALGI RSFRNSSLN
Factor V THHAPLSP RTFHPLRLSFactor V DNIAAWYL RSNNGNRRN
Protein C DQGDQVDP RLIDGKMTR
Thrombin Receptor ATNATLLDP RFLLRNPNDKYEPFWEDEEKNESGLTEY
VVYTDCTESGQNLCLCDGSNVCGQGNKCILGSDGEKNQCVTGEGTPKPQSHNDGDFEEIPEEYLQ
Hirudin
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Interazioni macromolecolari estese
rendono conto di queste differenti
specificit
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Interazioni macromolecolari estese
rendono conto di queste differenti
specificit
COMPLESSI MACROMOLECOLARI
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Extrinsic
Xase
Intrinsic Xase
Prothrombinase
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Scheme IScheme I
ProthrombinaseProthrombinase
Coagulation enzyme complexes act on their proteinCoagulation enzyme complexes act on their protein
substrates with marked and distinctive specificity. substrates with marked and distinctive specificity.
What is the molecular basis for this specificity?
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Enzyme
Active Site Extended
Recognition
Site (Exosite)
Oligopeptidyl
Substrate
Protein Substrate
S S
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So, the importance of cofactors
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ProthrombinaseProthrombinase
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Km
(!M)
Vmax/ET (s-1)
Relative
Rate
131 0.01
0.6 0.04
1.0 30
1
11
139,000
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Extended interactions atExtended interactions at exositesexositesdrivedrive
substrate affinity and contribute tosubstrate affinity and contribute to
substrate specificity.substrate specificity.
Active site docking of macromolecularActive site docking of macromolecular
substrates significantly influences thesubstrates significantly influences the
catalytic rate (catalytic rate (kkcatcat).).
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