Curs d’Especialista Universitari en Bioinformàtica Febrer 2007

Mòdul 8.1. Seqüenciació de proteïnes.Mètodes de determinació de l’estructura primària de

proteïnes.(continuació)

Curs d’Especialista Universitari en Bioinformàtica

Febrer 2007

Curs d’Especialista Universitari en Bioinformàtica. Febrer 2007 2

Curs d’Especialista Universitari en Bioinformàtica. Febrer 2007 3

Curs d’Especialista Universitari en Bioinformàtica. Febrer 2007 4

Curs d’Especialista Universitari en Bioinformàtica. Febrer 2007 5

Curs d’Especialista Universitari en Bioinformàtica. Febrer 2007 6

Curs d’Especialista Universitari en Bioinformàtica. Febrer 2007 7

Curs d’Especialista Universitari en Bioinformàtica. Febrer 2007 8

Exemple: la Insulina (I)

Àc. perfòrmic

Curs d’Especialista Universitari en Bioinformàtica. Febrer 2007 9

Exemple: la Insulina (II)

Curs d’Especialista Universitari en Bioinformàtica. Febrer 2007 10

Exemple: la Insulina (III)

Curs d’Especialista Universitari en Bioinformàtica. Febrer 2007 11

Exemple: la Insulina (IV)

Curs d’Especialista Universitari en Bioinformàtica. Febrer 2007 12

Curs d’Especialista Universitari en Bioinformàtica. Febrer 2007 13

Curs d’Especialista Universitari en Bioinformàtica. Febrer 2007 14

Curs d’Especialista Universitari en Bioinformàtica. Febrer 2007 15

1.Phe-Trp-Met2.Gly-Ala-Lys-Leu-Pro-Met3.Asp-Gly-Arg-Cys-Ala-Gln

Corte con CNBr (después de Met):

Corte con tripsina (después de Lys y Arg):

1.Cys-Ala-Gln2.Phe-Trp-Met-Gly-Ala-Lys3.Leu-Pro-Met-Asp-Gly-Arg

Determina la secuencia de la proteína:

Curs d’Especialista Universitari en Bioinformàtica. Febrer 2007 16

Curs d’Especialista Universitari en Bioinformàtica. Febrer 2007 17

Curs d’Especialista Universitari en Bioinformàtica. Febrer 2007 18

Curs d’Especialista Universitari en Bioinformàtica. Febrer 2007 19

Curs d’Especialista Universitari en Bioinformàtica. Febrer 2007 20

Curs d’Especialista Universitari en Bioinformàtica. Febrer 2007 21

Enzims

Enzim Procedència Especificitat Observacions

Tripsina Pàncreas boví Rn-1 = restes carregats positivament: Arg, Lys Rn no pot ser Pro

Molt específic

Quimotripsina Pàncreas boví Rn-1 = restes hidrofòbics voluminosos: Phe, Trp, Tyr Rn no pot ser Pro

És més lent quan Rn-1 = Asn, His, Met, leu

Elastasa Pàncreas boví Rn-1 = restes neutres petits: Ala, Gly, Ser, Val Rn no pot ser Pro

Termolisina Bacillus thermoproteolyticus

Rn-1 = Ile, Met, Phe, Trp, Tyr, Val Rn no pot ser Pro

Estable tèrmicament Rn = Ala, Asp, His, Thr

Pepsina Mucosa gàstrica bovina

Rn-1 = Leu, Phe, Trp, Tyr Rn no pot ser Pro

Poc específic, pH òptim = 2

Endopeptidasa Staphylococcus

aureus

Rn-1 = Glu

Curs d’Especialista Universitari en Bioinformàtica. Febrer 2007 22

Buscar el resultado de la digestión proteolítica del siguiente péptido con varios métodos de digestión:

MFEIDYSRDS FLKDGQPFRY ISGSIHYSRV PRFYWKDRLL KMKMAGLNAI QTYVPWNFHE PWPGQYQFSE DHDVEYFLRL AHELGLLVIL RPGPYICAEW EMGGLPAWLL EKESILLRSS DPDYLAAVDK WLGVLLPKMK PLLYQNGGPV ITVQVENEYG SYFACDFDYL RFLQKRFRHH LGDDVVLFTT DGAHKTFLKC GALQGLYTTV

Curs d’Especialista Universitari en Bioinformàtica. Febrer 2007 23

Buscar el resultado de la digestión proteolítica del siguiente péptido con varios métodos de digestión:

MRIILLGAPG AGKGTQAQFI MEKYGIPQIS TGDMLRAAVK AGSELGLKAK EIMDAGKLVT DELVIALLKE RITQEDCRDG FLLDGFPRTI PQADAMKEAG IKVDYVLEFD VPDELIVERI VGRRVHAASG RVYHVKFNPP KVEDKDDVTG EELTIRKDDQ EATVRKRLIE YHQQTAPLVS YYHKEADAGN TQYFKLDGTR NVAEVSAELA TILG

Curs d’Especialista Universitari en Bioinformàtica. Febrer 2007 24

Curs d’Especialista Universitari en Bioinformàtica. Febrer 2007 25

6. Microseqüenciació de proteïnes. Noves estratègies.

Mètode tradicional

Purificació proteïna

Fragmentació

Seqüenciació proteïna

Seqüència proteïna

Mètode actual

Purificació gen

Fragmentació

Seqüenciació ADN

Seqüència ADN

Seqüència proteïna

Codi genèticCodi genètic

Curs d’Especialista Universitari en Bioinformàtica. Febrer 2007 26

Curs d’Especialista Universitari en Bioinformàtica. Febrer 2007 27

Curs d’Especialista Universitari en Bioinformàtica. Febrer 2007 28

Curs d’Especialista Universitari en Bioinformàtica. Febrer 2007 29

Curs d’Especialista Universitari en Bioinformàtica. Febrer 2007 30

Curs d’Especialista Universitari en Bioinformàtica. Febrer 2007 31

Curs d’Especialista Universitari en Bioinformàtica. Febrer 2007 32

Curs d’Especialista Universitari en Bioinformàtica. Febrer 2007 33

Buscar si la siguiente secuencia de ADNc se corresponde con alguna proteína conocida:

tgccggggt tcctggttcg catcctcctt ctgctgctgg ttctgctgct tctgggccctacgcgcggct tgcgcaatgc cacccagagg atgtttgaaa ttgactatag ccgggactccttcctcaagg atggccagcc atttcgctac atctcaggaa gcattcacta ctcccgtgtgccccgcttct actggaagga ccggctgctg aagatgaaga tggctgggct gaacgccatccagacgtatg tgccctggaa ctttcatgag ccctggccag gacagtacca gttttctgaggaccatgatg tggaatattt tcttcggctg gctcatgagc tgggactgct ggttatcctgaggcccgggc cctacatctg tgcagagtgg gaaatgggag gattacctgc ttggctgctagagaaagagt ctattcttct ccgctcctcc gacccagatt acctggcagc tgtggacaagtggttgggag tccttctgcc caagatgaag cctctcctct atcagaatgg agggccagttataacagtgc aggttgaaaa tgaatatggc agctactttg cctgtgattt tgactacctgcgcttcctgc agaagcgctt tcgccaccat ctgggggatg atgtggttct gtttaccactgatggagcac ataaaacatt cctgaaatgt ggggccctgc agggcctcta caccacggtg

Curs d’Especialista Universitari en Bioinformàtica. Febrer 2007 34

Buscar si la siguiente secuencia de ADNc se corresponde con alguna proteína conocida:

TACGCAATGCGTATCATTCTGCTGGGCGCTCCGGGCGCAGGTAAAGGTACTCAGGCTCAATTCATCATGGAGAAATACGGCATTCCGCAAATCTCTACTGGTGACATGTTGCGCGCCGCTGTAAAAGCAGGTTCTGAGTTAGGTCTGAAAGCAAAAGAAATTATGGATGCGGGCAAGTTGGTGACTGATGAGTTAGTTATCGCATTACTCAAAGAACGTATCACACAGGAAGATTGCCGCGATGGTTTTCTGTTAGACGGGTTCCCGCGTACCATTCCTCAGGCAGATGCCATGAAAGAAGCCGGTATCAAAGTTGATTATGTGCTGGAGTTTGATGTTCCAGACGAGCTGATTGTTGAGCGCATTGTCGGCCGTCGGGTACATGCTGCTTCAGGCCGTGTTTATCACGTTAAATTCAACCCACCTAAAGTTGAAGATAAAGATGATGTTACCGGTGAAGAGCTGACTATTCGTAAAGATGATCAGGAAGCGACTGTCCGTAAGCGTCTTATCGAATATCATCAACAAACTGCACCATTGGTTTCTTACTATCATAAAGAAGCGGATGCAGGTAATACGCAATATTTTAAACTGGACGGAACCCGTAATGTAGCAGAAGTCAGTGCTGAACTGGCGACTATTCTCGGTTAATTCTGGATGGCCTTATAGCTAAGGCGGTTTAAGGCCGCCTTAGCTATTTCAAGTAAGAAGGGCGTAGTACCTACAAAAGGAGATTTGGCATGATGCAAAGCAAACCCGGCGTATTAATGGTTAATTTGGGGACACCAGATGCTCCAACGTCGAAAGCTATCAAGCGTTATTTAGCTGAGTTTTTGAGTGACCGCCGGGTAGTTGATACTTCCCCATTGCTATGGTGGCCATTGCTGCATGGTGTTATTTTACCGCTTCGGTCACCACGTGTAGCAAAACTTTATCAATCCGTTTGGATGGAAGAGGGCTCTCCTTTATTGGTTTATAGCCGCCGCCAGCAGAAAGCACTGGCAGCAAGAATGCCTGATATTCCTGTAGAATTAGGCATGAGCTATGGTTCAC

Curs d’Especialista Universitari en Bioinformàtica. Febrer 2007 35

Si de las anteriores secuencias has determinado qué proteína se corresponde busca las características químicas de la misma a partir de la secuencia de

aminoácidos.