View
224
Download
0
Category
Preview:
Citation preview
i
i
KERAGAMAN GENETIK MELALUI POLIMORFISME PROTEIN
DARAH AYAM KEDU JENGGER MERAH DAN JENGGER HITAM DI
SATUAN KERJA NON RUMINANSIA TEMANGGUNG
SKRIPSI
Oleh :
BAGUS PRADITYA SN
PROGRAM STUDI S1 PETERNAKAN
FAKULTAS PETERNAKAN DAN PERTANIAN
UNIVERSITAS DIPONEGORO
SEMARANG
2016
ii
ii
KERAGAMAN GENETIK MELALUI POLIMORFISME PROTEIN
DARAH AYAM KEDU JENGGER MERAH DAN JENGGER HITAM DI
SATUAN KERJA NON RUMINANSIA TEMANGGUNG
Oleh :
BAGUS PRADITYA SN
23010112140207
Salah Satu Syarat untuk Memperoleh
Gelar Sarjana Peternakan pada Program Studi S1 Peternakan
Fakultas Peternakan dan Pertanian Universitas Diponegoro
PROGRAM STUDI S1 PETERNAKAN
FAKULTAS PETERNAKAN DAN PERTANIAN
UNIVERSITAS DIPONEGORO
SEMARANG
2016
iii
iii
iv
iv
v
v
RINGKASAN
BAGUS PRADITYA SETYO NUGROHO 23010112140207. Keragaman
Genetik Melalui Polimorfisme Protein Darah Ayam Kedu Jengger Merah Dan
Jengger Hitam Di Satuan Kerja Non Ruminansia Temanggung. (Genetic Blood
Protein Diversity Through Polymorphism of Red Comb and Black Comb Kedu
Chicken at Satuan Kerja Non Ruminansia Temanggung)(Pembimbing :SUTOPO
dan EDY KURNIANTO)
Penelitian ini bertujuan untuk mengetahui keragaman protein darah pada
ayam Kedu generasi G0 jengger merah dan jengger hitam di Satuan Kerja Non
Ruminansia Maron, Temanggung. Penelitian ini telah dilaksanakan pada bulan
Agustus 2015 – Maret 2016 bertempat di Satuan Kerja Non Ruminansia Maron,
Temanggung. Sampel dianalisis di Laboratorium Biokimia Fakultas Kedokteran
Hewan Universitas Gadjah Mada Yogyakarta pada bulan Februari 2016.
Materi penelitian adalah ayam Kedu jengger merah dan jengger hitam.
Metode yang digunakan adalah observasional pada hasil elektroforesis PAGE
(Polyacrylamid Gel Electrophoresis). Mengamati lokus pre albumin, albumin,
ceruloplasmin, transferin, post transferin, amylase-I dan menghitung frekuensi gen
setiap lokus. Perhitungan nilai ragam genetik dihitung dengan rumus
heterozigositas individu dan rataan heterozigositas. Jarak genetik diukur dengan
menggunakan DISPAN dan MEGA 6.06. Nilai keseimbangan Hardy-Weinberg
dihitung dengan chi-square (X2).
Hasil penelitian menunjukkan bahwa ayam Kedu jengger merah dan
jengger hitam memiliki sifat polimorfik pada 6 lokus yang diamati. Nilai
heterozigositas individual tertinggi terdapat pada ayam Kedu jengger hitam
(0,500). Rataan heterozigositas menunjukkan bahwa ayam kedu jengger hitam
lebih tinggi dari pada ayam Kedu jengger merah. Hasil perhitungan chi-square
menunjukkan bahwa semua lokus pada setiap jengger berada dalam keseimbangan
Hardy Weinberg kecuali pre albumin pada ayam Kedu jengger merah.
vi
vi
KATA PENGANTAR
Pelestarian ayam lokal diperlukan dalam mengembangkan bibit yang
berkualitas. Salah satu ayam lokal yang sangat terkenal yaitu ayam Kedu. Ayam
Kedu memiliki produktivitas yang cukup tinggi dan ketahanan tubuh yang cukup
baik. Sehingga ayam Kedu sangat baik untuk dikembangkan dan dibudidayakan.
Puji syukur penulis panjatkan kehadirat Allah SWT yang telah
memberikan rahmat dan karunia-Nya sehingga penulis dapat menyelesaikan
penelitian dan menulis laporan skripsi yang berjudul“Keragaman Genetik Melalui
Polimorfisme Protein Darah Ayam Kedu Jengger Merah Dan Jengger Hitam Di
Satuan Kerja Non Ruminansia Temanggung”.
Puji syukur kepada Allah SWT karena atas rahmat dan hidayahNya penulis
dapat menyelesaikan skripsi ini. Ucapan terimakasih penulis sampaikan
kepadaDr. Ir. Sutopo, M.Sc. selaku dosen Pembimbing Utama dan Prof. Dr.Ir.
Edy Kurnianto, M.S., M. Agr. selaku dosen Pembimbing Anggota yang telah
memberikan bimbingan dan arahan selama penelitian dan penyusunan skripsi,
Prof. Dr. Ir. Mukh. Arifin, M.Sc. selaku Dekan Fakultas Peternakan dan Pertanian
yang telah memberikan izin dan kesempatan untuk melakukan penelitian dan
menulis skripsi guna memperoleh gelar Sarjana Peternakan, Prof. Dr. Ir. Bambang
Sukamto, S.U. selaku Ketua Jurusan Peternakan dan Ketua Program Studi S1
PeternakanDr. Ir. Hanny Indrat Wahyuni, M.Sc. atas bimbingannya dan
kesempatan melakukan penelitian, Dr. drh. Enny Tantini Setiatin, M.Sc. selaku
panitia ujian akhir program yang memberikan masukan selama revisi, Dr. Ir. Yon
vii
vii
Soepri Ondho, M.S. dan Ir. Barep Sutiyono, M.S. selaku dosen penguji yang
memberikan masukan dan saran selama revisi.
Penulis juga mengucapkan terima kasih kepada Bapak Prasetyo dan Ibu
Myra Kartika, adik penulis Arya, Nabila, dan Marta yang senantiasa menjadi
semangat dan memberikan dorongan materil dan moril selama penulis melakukan
penelitian dan penyususnan skripsi. Terima Kasih juga penulis ucapkan kepada
Fauzia Kusuma Wulandari selaku orang tercinta dan terkasih yang memberikan
semangat selama penelitian dan penyusunan skripsi.Teman-teman seperjuangan
kelas D 2012 yang senantiasa melewati suka duka bersama selama empat tahun
dalam menempuh pendidikan S1 Peternakan.Terima kasih kepada teman-teman
Tim Maron yaitu Andi S, Ustadha, Latifa dan Siti yang telah membantu penulis
dalam melakukan penelitian.Terima kasih diberikan penulis kepada Taufik Riza,
Bastiyar Masri, Fatan Dwi, Alfian Bayu, Nastiti, Nunik, Mbak Dela, Mbak Riri
yang telah membantu penulis dalam menyelesaikan penelitian dan penyusun
skripsi.Terima kasih pula kepada Tim KKN II 2015 Kabupaten Magelang
Kecamatan Pakis Desa Muneng yaitu Adi, Agus, Vivi, Yuyun, Mawar, Winda,
Favo, Eva, dan Cathy yang telah memberikan semangat kepada penulis dalam
menyelesaikan skripsi.
Semarang, Juni 2016
Penulis
viii
viii
DAFTAR ISI
Halaman
KATA PENGANTAR ................................................................................ vi
DAFTAR TABEL ....................................................................................... ix
DAFTAR ILUSTRASI ............................................................................... x
DAFTAR LAMPIRAN ............................................................................... xi
BAB I. PENDAHULUAN .......................................................................... 1
BAB II. TINJAUAN PUSTAKA ................................................................ 3
2.1. Ayam Lokal ................................................................................ 3
2.2. Darah........................................................................................... 4
2.3. Elektroforesis .............................................................................. 5
2.4. Polimorfisme Protein .................................................................. 6
2.5. Heterozigositas ........................................................................... 8
2.6. Keseimbangan Hardy-Weinberg ................................................ 9
BAB III. MATERI DAN METODE ........................................................... 10
3.1. Materi .......................................................................................... 10
3.2. Metode ........................................................................................ 11
BAB IV. HASIL DAN PEMBAHASAN ................................................... 17
4.1. Keragaman Genetik Ayam Kedu Jengger Merah dan Jengger
Hitam .........................................................................................
17
4.2. Heterozigositas Individu dan Rataan Heterozigositas Ayam
Kedu Jengger Merah dan Jengger hitam ...................................
23
4.3. Jarak Genetik Ayam Kedu Berdasarkan Protein Darah ............. 24
4.4. Perhitungan Chi Square Ayam Kedu Jengger Merah dan
Jengger Hitam ...........................................................................
26
BAB V. SIMPULAN DAN SARAN .......................................................... 28
ix
ix
DAFTAR PUSTAKA ................................................................................. 29
LAMPIRAN ................................................................................................ 32
RIWAYAT HIDUP………………………………………………………
61
x
x
DAFTAR TABEL
Nomor Halaman
1. Materi Penelitian Analisis Protein Darah .................................................... 10
2. Sebaran Genotip dan Frekuensi Gen Ayam Kedu Jengger
Merah danHitam Lokus Pre albumin ............................................................
17
3. Sebaran Genotip dan Frekuensi Gen Ayam Kedu Jengger
Merah danHitam Lokus Albumin .................................................................
18
4. Sebaran Genotip dan Frekuensi Gen Ayam Kedu Jengger
Merah danHitam Lokus Ceruloplasmin ........................................................
29
5. Sebaran Genotip dan Frekuensi Gen Ayam Kedu Jengger
Merah danHitam Lokus Transferin ..............................................................
20
6. Sebaran Genotip dan Frekuensi Gen Ayam Kedu Jengger
Merah danHitam Lokus Post Transferin ......................................................
21
7. Sebaran Genotip dan Frekuensi Gen Ayam Kedu Jengger
Merah danHitam Lokus Amylase-I ..............................................................
22
8. Heterozigositas Individu dan Rataan Heterozigositas Ayam
Kedu ...........................................................................................................
23
9. Matriks Jarak Genetik Ayam Kedu ............................................................ 24
10. Perhitungan Chi Square Ayam Kedu Jengger Merah dan
Hitam ..........................................................................................................
26
xi
xi
DAFTAR ILUSTRASI
Nomor Halaman
1. Pengambilan Sampel Darah Pada Ayam Kedu ........................................... 12
2. Jarak Genetik ............................................................................................... W 25
xii
xii
DAFTAR LAMPIRAN
Nomor Halaman
1. Skater Hasil Elektroforesis Ayam Kedu Jengger Merah dan
Jengger Hitam ..............................................................................................
32
2. Hasil Pembacaan Pita-Pita Protein Plasma Darah Ayam Kedu
Jengger Merah .............................................................................................. W
36
3. Hasil Pembacaan Pita-Pita Protein Plasma Darah Ayam Kedu
Jengger Hitam ..............................................................................................
37
4. Perhitungan Frekuensi Gen Ayam Kedu Jengger Merah dan
Hitam pada Lokus Pre Albumin ..................................................................
38
5. Perhitungan Frekuensi Gen Ayam Kedu Jengger Merah dan
Hitam pada Lokus Albumin .........................................................................
39
6. Perhitungan Frekuensi Gen Ayam Kedu Jengger Merah dan
Hitam pada Lokus Ceruloplasmin ...............................................................
40
7. Perhitungan Frekuensi Gen Ayam Kedu Jengger Merah dan
Hitam pada Lokus Transferin ......................................................................
41
8. Perhitungan Frekuensi Gen Ayam Kedu Jengger Merah dan
Hitam pada Lokus Post Transferin...............................................................
42
9. Perhitungan Frekuensi Gen Ayam Kedu Jengger Merah dan
Hitam pada Lokus Amylase-I .....................................................................
43
10. Perhitungan Ragam Genetik Ayam Kedu Jengger Merah dan
Jengger Hitam ..............................................................................................
44
11. Perhitungan Rataan Ragam Genetik Ayam Kedu Jengger
Merah dan Jengger Hitam ............................................................................
45
12. Perhitungan Genotip Chi Square Lokus Pre Albumin Jengger
Merah ...........................................................................................................
46
13. Perhitungan Genotip Chi SquareLokus Pre Albumin Jengger
Hitam ...........................................................................................................
47
14. Perhitungan Genotip Chi SquareLokus Albumin Jengger
Merah...........................................................................................
48
xiii
xiii
15. Perhitungan Genotip Chi SquareLokus Albumin Jengger
Hitam ............................................................................................................
49
16. Perhitungan Genotip Chi SquareLokus Ceruloplasmin Jengger
Merah ..........................................................................................................
50
17. Perhitungan Genotip Chi SquareLokus Ceruloplasmin Jengger
Hitam ...........................................................................................................
51
18. Perhitungan Genotip Chi SquareLokus Transferin Jengger
Merah ..........................................................................................................
52
19. Perhitungan Genotip Chi SquareLokus Transferin Jengger
Hitam ...........................................................................................................
53
20. Perhitungan Genotip Chi SquareLokus Post Transferin Jengger
Merah
54
21. Perhitungan Genotip Chi SquareLokus Post Transferin Jengger
Hitam
55
22. Perhitungan Genotip Chi SquareLokus Amylase-I Jengger
Merah ..........................................................................................................
56
23. Perhitungan Genotip Chi SquareLokus Amylase-I Jengger
Hitam ...........................................................................................................
57
24. Bahan-Bahan Elektroforesis ....................................................................... 58
25. Menjalankan Program DISPAN ................................................................. 59
26. Menjalankan Program MEGA 6,06 ............................................................ 60
Recommended