View
220
Download
3
Category
Preview:
Citation preview
1
สุมนมาลย อุทยมกุล
Sumonmal Uttayamakul
B.Sc. Med-tech, M.Sc. Microbiology
Ph.D. Tropical Medicine
หัวหนากลุมงานเอชไอวีขั้นสูงและเชื้อไวรัสอุบัติใหมกลุมปฏิบัติการเทคนิคการแพทยและอางอิงดานโรคติดเชื้อ
Laboratory Diagnosis of Emerging Infection
การวินิจฉัยทางหองปฏิบัติการสําหรับโรคติดเชื้ออุบัติใหม
Outline
• Emerging Diseases
• Facilities for Molecular Diagnosis
• Specimen for Respiratory viruses detection
• Laboratory Diagnosis
www.doctorshandout.com
www.promedmail.org
Prof. Zaki (Virologist)
BIDI lab for Molecular Virology
HIV-1 DNA PCR (June 1998 - April 2006)
HIV-1 Viral load (since Dec 2000)
HIV-Drug resistance (since 1 March 2011)
Influenza virus (Real-time PCR)
since 19 Aug 09 during pandemic H1N1
MERS-CoV Real-time PCR : June 2015
Others viral EID: Zika, Chigunkunya, Dengue, Enterovirus, Influenza H5N1, H7N7
PCR process in Uni-direction
Pre-PCR Post-PCR
2
Molecular Diagnosis Laboratory
• Dedicated area
Separated room for Pre - PCR and Post - PCR
1st Room : Pre-PCR
Reagent preparation area
Dedicated Equipments pipettes gowns shoes gloves etc
• pipettes gowns shoes gloves etc
Dedicated Equipments
2nd Room : Pre-PCR : Sample preparation
3th Room : Post PCR
Amplification & Detection area
Dedicated Equipments : pipettes gowns shoes gloves etc
ความพรอมและความปลอดภยัในการตรวจ สิ่งสงตรวจ ผูปวยสงสัยโรคทางเดินหายใจ
1.ชนิดสิ่งสงตรวจ
2.การขนสงตัวอยาง
3.บุคลากร สถานที่ เครื่องมือ
และ PPE สําหรับการตรวจ
ทางหองปฏิบัติการ
PPE: Personal Protective Equipment
สิ่งสงตรวจจากระบบทางเดินหายใจ
• สวนบน
– Nasal swab
– Throat swab
– Nasopharyngeal swab
– Nasopharyngeal aspirate, wash
• สวนลาง
– Broncho-alveolar lavage
– Tracheal aspirate
– Sputum
ชองปากชองจมูก
3
Light Cycler Real-time PCR
PCR forInfluenza H1N1
(2009)
การตรวจหาเชื้อไวรัสในระบบทางเดินหายใจดวยวิธี PCR (1)
Rotor-Gene Real-time PCR
- Prodess ProFLU : for Influenza A, B และ RSV- Prodess ProFAST : for subtype H1, H3 และ H1N1 2009- R-Gene : for Respiratory Adenovirus
การตรวจหาเชื้อไวรัสในระบบทางเดินหายใจดวยวิธี PCR (2)
การตรวจ PCR for MERS-CoV ที่สถาบันบําราศนราดูร
1. Light mix® Modular Dx Kit / Research Use Onlysensitivity 10 genome copies per reaction
1.1 Coronavirus SA1 Upstream E gene
1.2 MERS-Coronavirus Orf1a
2. RealStar ® MERS-CoV RT-PCR Kit / CE mark, In vitro Diagnostics (IVD)
Upstream E gene sensitivity 0.54 copies/ul(95% CI 0.40 - 0.97) approx. 1 copies
Orf1a gene sensitivity 0.93 copies/ul
(95% CI 0.70-1.41) approx. 3 copies
Test algorithm for detection of MERS-CoV
MERS assay
WHO BIDI Lab
Screening Real time PCR for upE gene Commercial kit I1. Real time PCR for upE gene
2. Real time PCR for ORF 1a gene
Confirmation Real time PCR for ORF1_a gene and ORF1_b gene or N gene
orNucleotide sequencing of RdRp or N gene
Commercial kit IIReal time PCR for UpE and
ORF1 a gene
Light mix® Modular DxKit Coronavirus SA1 Upstream E gene
Light mix® Modular DxKit MERS Coronavirus
Orf1a gene
1. Light Mix® Modular Dx Kit (TIB MOLBIOL)
PCR for MERS-CoV at BIDI
ผลการตรวจ ตองพบมีคาสูงเกินเกณฑตัดสินทั้ง 2 ยีน จึงจะสรุปผล วา “Detected”
TIB Mobiol, Berlin, Germany
2. RealStar ® MERS-CoV RT-PCR Kit 1.0
altona diagnostics, Hamburg, Germany
ตรวจ UpE และ Orf1a พรอมกัน
PCR for MERS-CoV at BIDI
4
United Arab Emirates/Abu Dhabi UAE 30 2014
United Arab Emirates/ Abu Dhabi UAE 8 2014
Hu/Oman 2874 2013
Qatar4
Qatar3
Saudi Arabia/ Hafr-Al-Batin 1 2013
Hu-France - FRA2 130569-2013
France/FRA/UAE
Saudi Arabia/Al-Hasa 4 2013
England/4/2013
Jordan-N3/2012
Saudi Arabia/Riyadh KSA 2959 2015
Turkey/ ANK/1079/2014
MERS ThaiNIH 1/2015
MERS-CoV/KOR/KNIH/001 05 2015
MERS-CoV/KOR/KNIH/002 05 2015
MERS-CoV/KOR/KNIH/007 05 2015
MERS-CoV/KOR/KNIH/005 05 2015
USA/ Florida/USA-2 Saudi Arabia 2014
Saudi Arabia/ Jeddah C9055/KSA/2014-04-14
Saudi Arabia/ Riyadh 5 2013
Saudi Arabia/e Taif 1 2013
Netherlands 1 2014
0.001
Summary results of the first Thailand confirmed MERS case1. Positive for upE , ORF-1a,ORF-1b real-time PCR2. Positive for Nucleotide sequencing of RdRp and N
and close related to sequences of MERS-CoVisolated in Arabian peninsula and South Korea
Phylogenetic tree of MERS-CoV (N Gene)
ตัวอยางรายงานผล MERS: Thai-NIH
ตัวอยางรายงานผล MERS: CHULA
ตัวอยางรายงานผล MERS: BIDI
Molecular LAB Team BIDI
ยินดีบริการ 24 ชม 7 วัน
(MERS-CoV)
ทีมงาน ทีมวิเคราะห MERS 3 คน
Recommended