1

สุมนมาลย อุทยมกุล

Sumonmal Uttayamakul

B.Sc. Med-tech, M.Sc. Microbiology

Ph.D. Tropical Medicine

หัวหนากลุมงานเอชไอวีขั้นสูงและเชื้อไวรัสอุบัติใหมกลุมปฏิบัติการเทคนิคการแพทยและอางอิงดานโรคติดเชื้อ

Laboratory Diagnosis of Emerging Infection

การวินิจฉัยทางหองปฏิบัติการสําหรับโรคติดเชื้ออุบัติใหม

Outline

• Emerging Diseases

• Facilities for Molecular Diagnosis

• Specimen for Respiratory viruses detection

• Laboratory Diagnosis

www.doctorshandout.com

www.promedmail.org

Prof. Zaki (Virologist)

BIDI lab for Molecular Virology

HIV-1 DNA PCR (June 1998 - April 2006)

HIV-1 Viral load (since Dec 2000)

HIV-Drug resistance (since 1 March 2011)

Influenza virus (Real-time PCR)

since 19 Aug 09 during pandemic H1N1

MERS-CoV Real-time PCR : June 2015

Others viral EID: Zika, Chigunkunya, Dengue, Enterovirus, Influenza H5N1, H7N7

PCR process in Uni-direction

Pre-PCR Post-PCR

2

Molecular Diagnosis Laboratory

• Dedicated area

Separated room for Pre - PCR and Post - PCR

1st Room : Pre-PCR

Reagent preparation area

Dedicated Equipments pipettes gowns shoes gloves etc

• pipettes gowns shoes gloves etc

Dedicated Equipments

2nd Room : Pre-PCR : Sample preparation

3th Room : Post PCR

Amplification & Detection area

Dedicated Equipments : pipettes gowns shoes gloves etc

ความพรอมและความปลอดภยัในการตรวจ สิ่งสงตรวจ ผูปวยสงสัยโรคทางเดินหายใจ

1.ชนิดสิ่งสงตรวจ

2.การขนสงตัวอยาง

3.บุคลากร สถานที่ เครื่องมือ

และ PPE สําหรับการตรวจ

ทางหองปฏิบัติการ

PPE: Personal Protective Equipment

สิ่งสงตรวจจากระบบทางเดินหายใจ

• สวนบน

– Nasal swab

– Throat swab

– Nasopharyngeal swab

– Nasopharyngeal aspirate, wash

• สวนลาง

– Broncho-alveolar lavage

– Tracheal aspirate

– Sputum

ชองปากชองจมูก

3

Light Cycler Real-time PCR

PCR forInfluenza H1N1

(2009)

การตรวจหาเชื้อไวรัสในระบบทางเดินหายใจดวยวิธี PCR (1)

Rotor-Gene Real-time PCR

- Prodess ProFLU : for Influenza A, B และ RSV- Prodess ProFAST : for subtype H1, H3 และ H1N1 2009- R-Gene : for Respiratory Adenovirus

การตรวจหาเชื้อไวรัสในระบบทางเดินหายใจดวยวิธี PCR (2)

การตรวจ PCR for MERS-CoV ที่สถาบันบําราศนราดูร

1. Light mix® Modular Dx Kit / Research Use Onlysensitivity 10 genome copies per reaction

1.1 Coronavirus SA1 Upstream E gene

1.2 MERS-Coronavirus Orf1a

2. RealStar ® MERS-CoV RT-PCR Kit / CE mark, In vitro Diagnostics (IVD)

Upstream E gene sensitivity 0.54 copies/ul(95% CI 0.40 - 0.97) approx. 1 copies

Orf1a gene sensitivity 0.93 copies/ul

(95% CI 0.70-1.41) approx. 3 copies

Test algorithm for detection of MERS-CoV

MERS assay

WHO BIDI Lab

Screening Real time PCR for upE gene Commercial kit I1. Real time PCR for upE gene

2. Real time PCR for ORF 1a gene

Confirmation Real time PCR for ORF1_a gene and ORF1_b gene or N gene

orNucleotide sequencing of RdRp or N gene

Commercial kit IIReal time PCR for UpE and

ORF1 a gene

Light mix® Modular DxKit Coronavirus SA1 Upstream E gene

Light mix® Modular DxKit MERS Coronavirus

Orf1a gene

1. Light Mix® Modular Dx Kit (TIB MOLBIOL)

PCR for MERS-CoV at BIDI

ผลการตรวจ ตองพบมีคาสูงเกินเกณฑตัดสินทั้ง 2 ยีน จึงจะสรุปผล วา “Detected”

TIB Mobiol, Berlin, Germany

2. RealStar ® MERS-CoV RT-PCR Kit 1.0

altona diagnostics, Hamburg, Germany

ตรวจ UpE และ Orf1a พรอมกัน

PCR for MERS-CoV at BIDI

4

United Arab Emirates/Abu Dhabi UAE 30 2014

United Arab Emirates/ Abu Dhabi UAE 8 2014

Hu/Oman 2874 2013

Qatar4

Qatar3

Saudi Arabia/ Hafr-Al-Batin 1 2013

Hu-France - FRA2 130569-2013

France/FRA/UAE

Saudi Arabia/Al-Hasa 4 2013

England/4/2013

Jordan-N3/2012

Saudi Arabia/Riyadh KSA 2959 2015

Turkey/ ANK/1079/2014

MERS ThaiNIH 1/2015

MERS-CoV/KOR/KNIH/001 05 2015

MERS-CoV/KOR/KNIH/002 05 2015

MERS-CoV/KOR/KNIH/007 05 2015

MERS-CoV/KOR/KNIH/005 05 2015

USA/ Florida/USA-2 Saudi Arabia 2014

Saudi Arabia/ Jeddah C9055/KSA/2014-04-14

Saudi Arabia/ Riyadh 5 2013

Saudi Arabia/e Taif 1 2013

Netherlands 1 2014

0.001

Summary results of the first Thailand confirmed MERS case1. Positive for upE , ORF-1a,ORF-1b real-time PCR2. Positive for Nucleotide sequencing of RdRp and N

and close related to sequences of MERS-CoVisolated in Arabian peninsula and South Korea

Phylogenetic tree of MERS-CoV (N Gene)

ตัวอยางรายงานผล MERS: Thai-NIH

ตัวอยางรายงานผล MERS: CHULA

ตัวอยางรายงานผล MERS: BIDI

Molecular LAB Team BIDI

ยินดีบริการ 24 ชม 7 วัน

(MERS-CoV)

ทีมงาน ทีมวิเคราะห MERS 3 คน