View
229
Download
2
Category
Preview:
DESCRIPTION
xxxxasd
Citation preview
MODUL MOE_ by Akrimah_2012
MOE
Sofware ini digunakan untuk mendapatkan nilai descriptor masing-masing molekul yang telah dioptimasi.
Perhitungan ini dapat dilakukan untuk banyak molekul secara bersamaan. Jenis descriptor yang dihitung
tergantung aktivitas yang hendak dikaji atau dapat dirujuk pada jurnal yang membahas topic yang sama
(pengobatan kanker, malaria dll)
1. Membuat Database
Jika belum memiliki data base, buka sampel database di folder moe (lokasi folder installasi)
File>> Open >> Dir Moe
Dir sample>> Dir mol>>trpstrain.mdb
MODUL MOE_ by Akrimah_2012
Lalu di save as dengan nama file kita. File >> Save as
Untuk menghapus entri baris (entries) : klik entri (bisa lebih dari satu) hingga berwarna biru. Edit>>
Delete>>selected entries.
Untuk menghapus kolom : Selected Fields>
MODUL MOE_ by Akrimah_2012
2. Memasukkan file molekul ke dalam database.
Buka file database :
File>> Open>> database.
Setelah database terbuka, buka file molekul ekstensi *.moe
File bisa dipilih lebih dari satu.
File >> Open >> Append to database
MODUL MOE_ by Akrimah_2012
3. Menghitung descriptor
Compute >> descriptor >> calculate
Pilih descriptor yang akan digunakan (klik satu satu) :
MODUL MOE_ by Akrimah_2012
Tunggu hingga semua baris terisi.
4. Setelah perhitungan prediktor selesai, masukkan data aktivitas (IC50)
Buat kolom baru : Edit >>New>>Field
MODUL MOE_ by Akrimah_2012
Untuk memasukkan nilai IC50 setiap molekul senyawa, klik kanan pada kolom kosong lalu pilih edit :
Lakukan (satu-satu) hingga semua baris terisi.
5. Menghitung model QSAR
Pilih Compute >> Model >> QSAR
Pilih Activity Field : kolom IC50 yang sudah terisi.
MODUL MOE_ by Akrimah_2012
Lalu centang semua pada bagian cross validation >> klik OK.
Dari perhitungan ini diperoleh nilai Z-scores setiap molekul senyawa .
6. Untuk menyimpan file menjadi file Excel :
MODUL MOE_ by Akrimah_2012
File >> Save As
Pilih Output : SMILES (.txt)
Isi nama file dibawah Path , lalu centang Field Titles >> klik OK
MODUL MOE_ by Akrimah_2012
Buka file kosong EXCEL, pilih Data >> From Text.
Lalu pilih data .Txt yang telah dihasilkan sebelumnya dari MOE >> Import.
Recommended