MODUL MOE_ by Akrimah_2012

MOE

Sofware ini digunakan untuk mendapatkan nilai descriptor masing-masing molekul yang telah dioptimasi.

Perhitungan ini dapat dilakukan untuk banyak molekul secara bersamaan. Jenis descriptor yang dihitung

tergantung aktivitas yang hendak dikaji atau dapat dirujuk pada jurnal yang membahas topic yang sama

(pengobatan kanker, malaria dll)

1. Membuat Database

Jika belum memiliki data base, buka sampel database di folder moe (lokasi folder installasi)

File>> Open >> Dir Moe

Dir sample>> Dir mol>>trpstrain.mdb

MODUL MOE_ by Akrimah_2012

MODUL MOE_ by Akrimah_2012

Lalu di save as dengan nama file kita. File >> Save as

Untuk menghapus entri baris (entries) : klik entri (bisa lebih dari satu) hingga berwarna biru. Edit>>

Delete>>selected entries.

Untuk menghapus kolom : Selected Fields>

MODUL MOE_ by Akrimah_2012

2. Memasukkan file molekul ke dalam database.

Buka file database :

File>> Open>> database.

Setelah database terbuka, buka file molekul ekstensi *.moe

File bisa dipilih lebih dari satu.

File >> Open >> Append to database

MODUL MOE_ by Akrimah_2012

3. Menghitung descriptor

Compute >> descriptor >> calculate

Pilih descriptor yang akan digunakan (klik satu satu) :

MODUL MOE_ by Akrimah_2012

Tunggu hingga semua baris terisi.

4. Setelah perhitungan prediktor selesai, masukkan data aktivitas (IC50)

Buat kolom baru : Edit >>New>>Field

MODUL MOE_ by Akrimah_2012

pilih New Field Type : float

Isi nama kolom : aktivitas (IC50)

MODUL MOE_ by Akrimah_2012

Untuk memasukkan nilai IC50 setiap molekul senyawa, klik kanan pada kolom kosong lalu pilih edit :

Lakukan (satu-satu) hingga semua baris terisi.

5. Menghitung model QSAR

Pilih Compute >> Model >> QSAR

Pilih Activity Field : kolom IC50 yang sudah terisi.

MODUL MOE_ by Akrimah_2012

Klik Fit

Klik Validate

MODUL MOE_ by Akrimah_2012

Lalu centang semua pada bagian cross validation >> klik OK.

Dari perhitungan ini diperoleh nilai Z-scores setiap molekul senyawa .

6. Untuk menyimpan file menjadi file Excel :

MODUL MOE_ by Akrimah_2012

File >> Save As

Pilih Output : SMILES (.txt)

Isi nama file dibawah Path , lalu centang Field Titles >> klik OK

MODUL MOE_ by Akrimah_2012

Buka file kosong EXCEL, pilih Data >> From Text.

Lalu pilih data .Txt yang telah dihasilkan sebelumnya dari MOE >> Import.

MODUL MOE_ by Akrimah_2012

Klik Next

Centang Comma >> Next

MODUL MOE_ by Akrimah_2012

Terakhir, klik Finish