Quiz 1. Nombre al menos uno de los aspectos que se subestima al escoger mal el modelo evolutivo 2....

Quiz1. Nombre al menos uno de los

aspectos que se subestima al escoger mal el modelo evolutivo

2. ¿Qué hace la corrección AICc?

Bono: ¿Cuál es el segundo nombre de Andrew Crawford?

Introducción a JModelTestSistemática Filogenética Laboratorio

Luisa A. CastellanosFrancisco Gamarra

Modelos EvolutivosIndependencia de mutación ->

Sustitución al azar

Sesgos en el tipo de mutación

Modelos evolutivos

ModelosJukes Cantor

ModelosKimura de dos parámetros

α= Transición

β= Transversión

ModelosHay Muchos

Tasas de heterogeneidad : Distribución gamma

Corrige diferencias en las tasas de sustitución de nucleótidos

Tasas de heterogeneidad : Distribución gamma

La mayoría de posiciones evolucionan lentamente

Tomado de Andrew J. Crawford

JModel Test

• Corre sobre Java• Hierarchical y Dynamical

likelihood ratio tests (hLRT and dLRT)

• Akaike and Bayesian information criteria (AIC and BIC)

• Decision theory method (DT).

Corta los nombresPoco tiempo computancional

◦Se cierra

JModel Test

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