「画像科学」夏の学校　 2012.09.25 - 28於　岐阜県土岐市　核融合科学センター

ImageJの基礎からマクロの書き方まで

分子・細胞イメージングセンター (CMCI)欧州分子生物学研究所（ EMBL）

ハイデルベルク

三浦耕太

- 経歴 -

ICU ヤクザルの生態調査、キュウリの発生阪大 真性粘菌　単細胞の運動、極性の自己形成ミュンヘン大学 細胞性粘菌　多細胞の運動　走光性EMBL 走光性・光学流動法　＞　画像解析

Experiments -> Microscopy -> Image Processing -> Image Analysis

Project Model 1

Experiments Image Analysis

Image Processing

MicroscopyProject Model 2

Image Analysis in Biology Recursive Model

Centre for Molecular and Cellular Imaging (CMCI) @EMBL

The Concept of CMCI network

Units

Groups

EMBL

1. Tree-like human resources structure in EMBL

Units

Groups

EMBL

2. Association of researchers crossing over different labs and units “CMCI as a meta-system, network”

C M C I

Research UnitsFacilitiese.g. ALMF

GenomeCell Bio. & Biophysics Dev. Bio.

Kota Miura (miura@embl.de)

Overview of CMCI … Promoting Image Processing and Analysis

- Teaching Courses

- Organize seminars

- Consulting

- Collaborations、 Research

- Developments

Teaching in many places:

EU (EMBO courses), Germany, France, Belgium, Switzerland, Austria, Italy, Finland, Sweden, Singapore, Spain

→ see web site: cmci.embl.de

NIHimage (ScionImage) 1993 – 2002?

IgorPro, C 1999 - 2004

ImageJ 2003 – 現在

画像解析のプラットフォーム (私の場合 )

他のポピュラーなプラットフォーム

- Matlab

- Amira

Wayne, 2012.05 @ Barcelona

ImageJ の利点・欠点

利点

-　オープンソース-　膨大な人数の開発者コミュニティ- 20年来の蓄積-　プラットフォーム・フリー-　多様なスクリプト言語- GUI　＆　 CUI

欠点

-　プラグインのコードの信頼性-　機能が多すぎる（複雑＋未整理）-　速度一般化 vs 特殊化

チュートリアル　必要事項

Fiji のインストール

fiji.sc/Downloads/

sample image loader pluginのインストール

cmci.embl.de/downloads/sampleimageloader

(あとでよい )ParticleTracker

cmci.embl.de/downloads/ …

若干速めに進行します。