3. DNAマーカー情報の拡充による植物ゲノムDBの統合 4-6. セマンティックウェブ技術による検索機能の拡張と強化

各センターが保有するリソース情報を横断的に検索する機能を強化

・RIKEN BRC SABRE・NBRP 植物cDNA DB検索システム

・カンキツ類、穀物、豆類、牧草、キク科　等のゲノム情報基盤を有するバイオ　リソース情報の大型センターとの　相互検索システム整備・散在データのDB化支援や収集・横断検索用の窓口機能(API)整備

シロイヌナズナ、ハロフィラ、ハクサイ、トマト、ミヤコグサ、ダイズ、アサガオ、キャッサバ、コムギ、オオムギ、ポプラ、タバコ、ストライガ 、ヒメツリガネゴケの遺伝子クローン情報検索システム

APIOther big datacenters

Databasesupport API

API

Search engine within PGDBj

・その他のバイオリソースQuery

LotusDB

DNA markerDB

TomatoDB

ResourceDB

ArabidopsisDB

MapsDB

OrhologDB

as a hub

植物のゲノム関連情報を収集 植物関連DBDBや文献からの情報

有用形質に関わる連鎖地図上の座位とゲノム情報との一体化を目指した

システムの環境開発

・モデル生物・作物の　ゲノム関連情報 ・オルソログ DB

・遺伝マーカー・QTL、・物理地図・連鎖地図

Cacao Genome Database, BolBase, NASC, IMSORB, RadishDB, BRAD, PmiRKB,Kazusa Marker Database, V e gMa r k e r s , Q - TARO , BARLEY DB, KOMUGI-CMAP,Maize Genetics and Geno-mics Database, NICS, CSIRO,CucumberDataBase, GILB, TOMATODB, sol genomics network, SGN, ESTree, Soy-Base, NBRP Legume Base

1. 遺伝子オルソログDBの拡充による植物ゲノムDBの統合 2. 植物リソースDBの拡充による植物ゲノムDBの統合

生物種や系統群を超えたデータの検索機能を実装

　我々は, 散在する多様な植物ゲノム関連情報を整備した情報基盤として, ポータルサイトPGDBj (Plant Genome DataBase Japan; http://pgdbj.jp , 登録不要・無料）を公開し, ユーザの利便性向上を目指しています. PGDBjでは, これまでに３つの観点に基づき整備したデータベース（以下DB）と, これらに対するGoogle様の検索システムを提供しています. また, この検索システムに加えて, セマンティックウェブ技術によるDB間の横断検索機能を強化するシステム構築を進めています.

●PGDBjの横断検索システムでは、検索クエリーの同義語展開において、ライフサイエンス辞書　（LSD）プロジェクトからご提供いただいたデータを利用しています。●本プロジェクトは、JSTバイオサイエンスデータベースセンター（NBDC）の「統合化推進プログラム」　の支援を受けています。　

キーワード検索配列の類似性検索

遺伝子

の相同性を利用した

各

DB レコードへのリン

ク

植物ゲノム情報活用のための統合研究基盤の構築市原寿子1・白澤沙知子1・中村保一1・中谷明弘2・菊地正隆2・浅水恵理香3・平川英樹1・田畑哲之1 (1 かずさDNA研究所, 2 大阪大学, 3 龍谷大学)

owl:sameAs

S P ORDF:

RDF化（データ形式の統一化）

Ontology（共通語彙）

ResourceDescription Framework

AABRDFグラフ

RDFデータストア 外部DB1 外部DB2

PGDBjOtrhologDB

PGDBjMarkerDB

PGDBjResourceDB

リソースへのID付加・DB間で同じID→IDを介した情報リンク・DB間で異なるID→RDF追加による情報リンク

・配列データを介して各DBレコードをゲノム上に集約・複数のDB由来の情報に基づいてフィルタリング

Licensed under a Creative Commons 表示2.1 日本 license (c) 2015　市原寿子・白澤沙知子・中村保一・中谷明弘・菊地正隆・浅水恵理香・平川英樹・田畑哲之