Embed Size (px)
Citation preview
荒井研ＳＩ作成マニュアル β 版2013/06 作成 （阿波田篤子）
SI：Supporting Information は、論文上の化合物を嘘偽りなく合成できた事を証明するとともに、
紙面の都合上省いたデータを載せるファイルです。
SI にも種々の表記方法がありますが、とりあえずここ数年の荒井研の SI に沿って説明します。
・フォントは Times New Roman もしくは Times 等を使用。日本語フォントは、原則、使わないよ
うにしてください。投稿先（当然、英語圏）の環境によっては、文字化けしてしまいます。
・°C はここからコピペするか、ショートカットキーをネットで検索するか、挿入タブの『記号と特殊
文字』から拾ってください。
・δ α なども同様に、ここからコピペするか Times New Roman のフォントで『記号と特殊文字』か
ら挿入する。もしくは Symbol のフォントでも良い。
・キラルな新規化合物に必要なデータ
プロトン NMR、カーボン NMR、High-MS (下４桁のデータがあるもの、Exactive がそうです。)、 HPLC、旋光度、IR（※最近 IR が無い SI もある。）
・既知化合物であれば以下のように表記しても論文が通りました。必ずチャートが一致した
reference を引く事と旋光度を忘れがちなので注意。プロトンとカーボンのチャートは一応貼り付け
ました。（Chem. Eur. J. 2013, 19, 1554-1557.を参照。）
例）(R)-2-(2-nitro-1-phenylethyl)malononitrile 1H NMR (500 MHz, CDCl3): δ 7.49-7.46 (m, 3H), 7.37-7.35 (m, 2H), 5.01-4.90 (m, 2H), 4.44
(d, J= 6.0 Hz, 1H), 4.10-4.06 (m, 1H). The NMR spectra was identical to those previously
reported.3 Enantiomeric excess was determined by HPLC with a Chiralpak AD-H column
(hexane: 2-propanol = 80:20, 1.0 mL/min, 254 nm) ; minor enantiomer tr = 9.9 min, major
enantiomer tr = 11.2 min, 80% ee); []D24.1＝ +5.4 (c=0.5, CHCl3, 80% ee).
良く起こるミス
・ °C を日本語フォントで入力する。
・プロトンもしくはカーボンの本数があっていない。
・旋光度の＋－がない（もちろん＋でも書きます）。
・スペースの有無など（横山さんの SI をお手本にしましょう。）
・NMR チャートに残存溶媒のピークがありすぎる。
（酢エチは、クロロホルムに溶かし、ヘキサンを少量加えて減圧するときれいになります。）
・ジアステレオミクスチャーであるが表記が中途半端である。
（テンプレ用の SI にはジアステレオミクスチャーなものも載せましたので参考にしてください。）
・NMR チャートの SI 作成例
0. Delta をインストールし、きれいな NMR のデータを NMR 室から持ち帰る。
1. ピークピック・基準値合わせ・不要なピークの削除・積分をとり保存する。
2. 共用のパソコンにデータを移し、表示範囲を編集する。
3. 印刷から Adobe PDF を選択し、詳細設定→『白黒』にする。このとき印刷を押して出てくるウイ
ンドウに『Delta』のタブがあるので、種々の条件の表示・非表示・グレースケールなども変更でき
ます。
※ 今まで JEOL PDF から保存していましたが、Adobe の方がきれいでした。なお各種 pdf 化ソフト
が入っていれば、共用のパソコンにデータを移す必要はありません。
4. 出てきた PDF を jpg形式で保存し直す。
5. 各々のチャートをワードに貼り付け（ページレイアウトタブの『文字列の折り返し』は行間でいい
と思います）、右クリックメニューからサイズを統一する。
※今まで１ページに２チャートでしたが、他所の研究室の SI を見ていると 1 ページに１チャートで
もいいような気がします。
8. 構造式を貼り付ける。文字列の折り返しは『前面』がオススメです。
※Delta 上の補助ツール→『印刷レイアウトの調整』/『分子構造式エディタ』で種々変更することも
可能です。
・ピークの帰属に関しては以下参照
日本分析化学会編 『分析実技シリーズ 機器分析編 ３ ＮＭＲ』共立出版
荒木俊ほか編 『有機化合物のスペクトルによる同定法』東京化学同人
・複雑なピークの表記に関しては以下参照
NMR あれこれ http://polaris.hoshi.ac.jp/kyoshitsu/shouyaku/lycopo/nmrarekore.htm
・HPLC チャートの SI 作成例
※BORWIN の入っている PC は古いため、pdf 化しようとするとパソコンがフリーズしますので、
以下のような手法をとっています。ChromNAV データをとる場合は、多分 pdf 化する機能がある
ので、そちらを使って NMR の SI 作成例のようにチャートを貼り付ける事を推奨します。
ChromNAV にはおそらく色々挿入する機能が付いていると思います。
0. きちんとピークが分かれており、不純物の無い（or 目立たない）きれいなキラル化合物のチャート
及び、そのチャートとリテンションタイムのずれていないラセミ体のチャートを用意する。
（日頃から良いチャートを用意するようにしましょう。）
1. 『編集』→『白黒』を選択する。
2. 目的のチャートを開き、積分をとる。
3. 目的部分を拡大、もしくは『表示』→スケール→『X もしくは Y軸スケール設定』を用いて目的部
分を表示する。（そのままでも OK）
4. 『編集』→『コピー』を選択する。
5. ペイントを開き、チャートを貼り付け、jpg形式で名前をつけて保存する。
6. 同様にラセミ体のチャートを開き 2-5 を行う。このとき、キラルなチャートとまったく同じ部分
を拡大する事。
7. 各々のチャートをワードに貼り付け、構造式を貼り付ける。カラムの条件を入力する。
Analytical data のテンプレート
name
According to the general procedure, the title compound was obtained by silica gel column chromatography
(Hexane: AcOEt=x:x) as a xx. Rf=xxx (Hexane: AcOEt=x:x); 1H NMR (500MHz, CDCl3) δ x (xx, H), xx
(x J=xHz, 1H); 13C NMR (125MHz, CDCl3) δ xx; HRMS calcd for CxHxNxOx (M-H)-: xxx.xxxx, found:
m/z xxx.xxxx; Enantiomeric excess was determined by HPLC with a Chiralpack xx column (xx:xx hexane: 2-
propanol, 1.0 mL/min, 254 nm); minor enantiomer tr = xx min, major enantiomer tr = xx min; [α]D25.0= +xx (c=1.0,
CHCl3, xx% ee); IR (neat) xx cm-1.
参考 SI（Chem. Eur. J.2012, 18, 8278-8282.より一部抜粋）
もちろん、日本語で書いている部分は補足説明なので消し忘れのないように。
Supporting information
Contents
1. General
2. General procedure for exo’-selective [3+2] cycloaddition
3. Reaction optimization for exo’-product of spiro[pyrrolidin-3,3’-oxindole]
4. Structual determination of the product
5. Analytical data for exo’- product of spiro[pyrrolidin-3,3’-oxindole]
6. Deprotection of 3v
7. 1H-NMR and 13C-NMR spectra
8. HPLC spectra
9. CIF data of 3d
（CIFdata と Contents のページ数はおそらく先生が挿入してくれます。）
1. General
Dry solvents were purchased from commercial suppliers and used without further purification. Analytical thin-
layer chromatography (TLC) was performed on glass plates coated with 0.25 mm 230-400 mesh silica gel
containing a fluorescent indicator (Merck, #1.05715.0009). Silica gel column chromatography was performed on
Kanto silica gel 60 (spherical, 100-210 m). IR spectra were recorded on JASCO FT/IR-4100 using ATR. 1H-NMR
spectra were recorded on JEOL ECS-400 (400MHz), ECA-500 (500MHz), ECX-400 (400MHz) spectrometers.
Chemical shifts of 1H-NMR spectra were reported relative to tetramethyl silane (0). 13C-NMR spectra were recorded on JEOL ECS-400 (100MHz), ECA-500 (125MHz), ECX-400 (100MHz)
spectrometers. Chemical shifts of 13C-NMR spectra were reported relative to CDCl3 ( 77.0). Splitting patterns were
reported as s, singlet; d, doublet; t, triplet; q, quartet; m, multiplet; br, broad.
General experimental details for synthesis of Imidazoline-aminophenol ligand have been described.1,2
Methyleneindolinone were synthesized according to known procedure.3
[1] Arai, T.; Yokoyama, N.; Yanagisawa, A. Chem. Eur. J. 2008, 14, 2052-2059.
[2] Yokoyama, N. Arai, T. Chem. Commun. 2009, 3285-3287.
[3] (a) Huang, A.; Kodanko, J. J.; Overman, L. E.; J. Am. Chem. Soc. 2004, 126, 14043. (b) Lo, M. M.-C.;
Neumann, C. S.; Nagayama, S.; Perlstein, E. O.; Schreiber, S. L. J. Am. Chem. Soc. 2004, 126, 16077.
2. General procedure for exo’-selective [3+2] cycloaddition (for entry 11 in Table 1 ).
L1 (0.0165 mmol) and Ni(OAc)2•4H2O (0.015 mmol) were added to a two-necked round flask containing a stir bar
under Ar. MeOH (0.75 ml) was added to the flask and the mixture was stirred for 2 hours. To the resulting yellow
solution, methyleneindolinone (0.15 mmol) and NEt3 (0.015 mmol) were added subsequently at rt, then imino ester
(0.15 mmol) was added at indicated temperature. After being stirred for appropriate time, the reaction mixture was
quenched by water. The organic layer was extracted with ethyl acetate; the collected organic layer was dried over
Na2SO4. After removal of the solvent under reduced pressure, the diastereomeric ratio was determined by crude 1H
NMR. The resulting crude mixture was purified by silica gel column chromatography to afford cycloadduct. The
enantiomeric excesses of the products were determined by chiral stationary phase HPLC using a Daicel Chiralcel
OD-H, OJ-H, Chiralpak AD-H, AS-H, IA, and Chiralpak IC-3 column.
3. Reaction optimization for exo’-product of spiro[pyrrolidine-3,3’-oxindole]
4. Structual determination of the productthe nOe experiment was performed on exo’-product of 3a.
the nOe experiment was performed on exo’-product of 3m
the nOe experiment was performed on endo’-product of 3m
5. Analytical data for exo’-product of spiro[pyrrolidine-3,3’-oxindole]
(2'R,3R,4'S,5'S)-methyl 2-oxo-2',4'-diphenylspiro[indoline-3,3'-pyrrolidine]-5'-carboxylate (3a)
According to the general procedure, the title compound was obtained by
silica gel column chromatography (Hexane: AcOEt=3:1) as a yellow solid, m.p. 76-
80°C; 1H NMR (500MHz, CDCl3) 7.64-7.61 (m, 1H), 7.29-7.27 (m, 2H), 7.21 (br,
1H),7.10-7.03 (m, 8H), 6.91-6.87 (m, 2H), 6.37-6.33 (m, 1H), 5.22 (s, 1H), 4.71 (d,
J=9.7 Hz, 1H), 4.32 (d, J=9.7 Hz, 1H), 3.70 (s, 3H), 3.01 (br, 1H); 13C NMR (125MHz,
CDCl3) 177.9, 175.3, 140.0, 137.8, 135.4, 128.1, 128.0 (3C), 127.7, 127.5, 127.3, 126.7, 126.5, 121.6, 109.3,
69.1, 66.2, 61.4, 58.1, 52.7; HRMS calcd for C25H22N2O3Na (M+Na)+: 421.1523, found: m/z 421.1514;
Enantiomeric excess was determined by HPLC with a Chiralpack AD-H column (80:20 hexane: 2-propanol, 0.7
mL/min, 254 nm); minor enantiomer tr = 36.2 min, major enantiomer tr = 39.1 min; 94% ee; []D23.0= +70.3 (c=1.0,
CHCl3, 94% ee); IR (neat) 3205, 3060, 1705, 1619, 1469, 1216 cm-1.
（※普通は融点は要りません。カラムの比もしくは Rf 値及び形状はあればなお良いといった感じで
す。）
(2'R,3R,4'S,5'S)-tert-butyl 2-oxo-2',4'-diphenylspiro[indoline-3,3'-pyrrolidine]-5'-carboxylate (3b) According
to the general procedure, the title compound was obtained by silica gel column
chromatography (Hexane: AcOEt=4:1) as a yellow solid, m.p. 72-75°C; 1H NMR (500MHz,
CDCl3) 7.65-7.62 (m, 1H), 7.31-7.30 (m, 2H), 7.30 (br, 1H),7.05-7.03 (m, 8H), 6.93-6.90 (m,
2H), 6.39-6.36 (m, 1H), 5.26 (s, 1H), 4.58 (d, J=10.3 Hz, 1H), 4.17 (d, J=10.3 Hz, 1H), 2.98
(br, 1H), 1.26 (s, 9H); 13C NMR (125MHz, CDCl3) 178.1, 173.6, 140.2, 138.5, 135.5, 128.4,
128.0, 127.7(2C), 127.4, 127.3, 127.2, 126.7, 126.6, 121.7, 109.5, 81.7, 68.9, 66.2, 62.6, 59.2, 27.9; HRMS calcd
for C28H29N2O3 (M+H)+: 441.2173, found: m/z 441.2159; Enantiomeric excess was determined by HPLC with a
Chiralpack AD-H column (80:20 hexane: 2-propanol, 1.0 mL/min, 254 nm); major enantiomer tr = 7.3 min, minor
enantiomer tr = 13.3 min; 96% ee; []D20.6= +51.6 (c=1.0, CHCl3, 96% ee); IR (neat) 2975, 2922, 1704, 1619, 1470,
1156 cm-1.
(2'R,3R,4'S,5'S)-5'-tert-butyl
4'-methyl 2-oxo-2'-phenylspiro[indoline-3,3'-pyrrolidine]-4',5'-dicarboxylate (3l)
According to the general procedure, the title compound was obtained by
silica gel column chromatography (Hexane: AcOEt=3:1) as a white solid, m.p. 80-83°C; 1H NMR (500MHz, CDCl3) 8.31 (br, 1H), 7.44 (d, J=7.7 Hz, 1H), 7.18-7.16 (m, 2H),
7.03-6.99 (m, 4H), 6.99 (ddd, J= 7.7, 0.9 Hz, 1H), 6.58 (d, J=7.7 Hz, 1H), 4.84 (s, 1H),
4.69 (d, J=7.2 Hz, 1H), 3.97 (d, J=6.9 Hz, 1H), 3.23 (s, 3H), 2.88 (br, 1H), 1.52 (s, 9H); 13C NMR (125MHz, CDCl3) 178.1, 173.4, 169.8, 140.4, 136.5, 128.5, 127.8, 127.7, 126.9, 126.6, 126.4, 122.1,
109.4, 82.5, 69.9, 62.6, 59.2, 55.3, 52.0, 28.2; HRMS calcd for C24H25N2O5 (M-H)-: 421.1758, found: m/z 421.1773;
Enantiomeric excess was determined by HPLC with a Chiralcel IC-3 column (90:10 hexane: 2-propanol, 1.0
mL/min, 254 nm); minor enantiomer tr = 11.1 min, major enantiomer tr = 18.8 min; 97% ee; []D17.4= -18.9 (c=1.0,
CHCl3, 80/10 diastereomixture, 97% ee); IR (neat) 2975, 2920, 1716, 1703, 1618, 1473, 1155 cm-1.
(2'R,3R,4'S,5'S)-tert-butyl 4'-benzoyl-2-oxo-2'-phenylspiro[indoline-3,3'-pyrrolidine]-5'-carboxylate (3m)
According to the general procedure, the title compound was obtained by
silica gel column chromatography (Hexane: AcOEt=4:1) as a pale brown solid, m.p. 60-
65°C; 1H NMR (500MHz, CDCl3) 7.47-7.37 (m, 4H), 7.23 (d, J=7.7 Hz, 2H), 7.17-
7.15 (m, 2H), 7.08 (br, 1H), 7.00-6.99 (m, 3H), 6.91-6.84 (m, 2H), 6.17 (d, J=7.5 Hz,
1H), 5.02 (d, J=6.3 Hz, 1H), 4.93 (s, 1H), 4.86 (d, J=6.3 Hz, 1H), 2.90 (br, 1H) 1.47 (s,
9H); 13C NMR (125MHz, CDCl3) 196.1, 177.7, 173.9, 139.6, 137.0, 136.4, 132.9, 128.3, 128.2, 128.0, 127.9,
127.8, 127.6, 127.0, 125.8, 122.1, 108.8, 82.3, 71.4, 63.0, 59.1, 57.6, 28.2; HRMS calcd for C29H27N2O4 (M-H)-:
467.1965, found: m/z 467.1977; Enantiomeric excess was determined by HPLC with a Chiralpack AD-H column
(80:20 hexane: 2-propanol, 1.0 mL/min, 254 nm); major enantiomer tr = 11.6 min, minor enantiomer tr = 17.7 min;
98% ee; []D17.6= +21.8 (c=1.0, CHCl3, 98% ee); IR (neat) 3326, 2975, 1717, 1700, 1684, 1472, 1240, 1155 cm-1.
endo’-product: According to the general procedure, the title compound was obtained by
silica gel column chromatography (Hexane: AcOEt=4:1 to 1:1) as a white solid, m.p. 107-
110°C; 1H NMR (500MHz, CDCl3) 8.47 (br, 1H), 7.39 (d, J=7.5 Hz, 2H), 7.30-7.27 (m,
4H), 7.14-7.08 (m, 5H), 7.01 (t, J=7.5 Hz, 1H), 6.87 (d, J=7.7 Hz, 2H), 5.82 (d, J=6.3 Hz,
1H), 4.97 (s, 1H), 4.60 (d, J=6.3 Hz, 1H), 3.40 (br, 1H) 1.22 (s, 9H); 13C NMR (125MHz,
CDCl3) 198.6, 180.1, 170.4, 141.0, 139.4, 138.8, 132.6, 128.6, 128.2, 128.0, 127.7, 127.6, 127.4, 127.1, 126.7,
122.9, 109.5, 81.8, 67.8, 64.1, 60.6, 58.0, 27.7; HRMS calcd for C29H27N2O4 (M-H)-: 467.1965, found: m/z
467.1977; []D20.0= +169.2 (c=1.0, CHCl3) ; IR (neat) 2963, 1732, 1683, 1472, 1259, 1095 cm-1.
7. 1H-NMR and 13C-NMR spectra
このチャートでは誤って JEOL のロゴがカラーになっています。また、このチャートはちょっと小さすぎるので、もう少し大きく貼る事を推奨します。
あと若干不純物がいる＋１３ C がやや薄いです。
これはどうしてもジアステレオマーが分けられなかったエントリーです。
何対何のジアステレオミクスチャーなのか表記しましょう。（旋光度の書き方にも注目。）
さすがに６０：４０とかになるとマイナー体をきちんと帰属する必要があります。（汚いので見せる
のも恥ずかしいですが J. Org. Chem. 2011, 76, 5450-5456.などが帰属している例です。）
8. HPLC spectra
Chiralpack AD-H column (80:20 hexane: 2-propanol, 0.7 mL/min, 254 nm)
（このリテンションタイムのズレ様は載せて良いギリギリだと思います。）
rac
Chiralcel IC-3 column (90:10 hexane: 2-propanol, 1.0 mL/min, 254 nm)
rac
Chiralpack AD-H column (80:20 hexane: 2-propanol, 1.0 mL/min, 254 nm)
（マイナー体は省略してしまいました。載せた方がより良いです。）
rac
Because racemic product of 3o could not be separated with diastereomers, HPLC chart was terribly troublesome.
Therefore, we used ent-3o to determine enantiomeric excess.
Chiralpack AD-H column (70:30 hexane: 2-propanol, 1.0 mL/min, 254 nm)
（ラセミ体がどうしてもつくれず反対のエナンチオマーを使った場合の例。）
構造決定の例
8. Assignment of 1H-NMR shifts of PyBidine-Zn(OAc)2 + 1a8-1. 1H-NMR of PyBidine-Zn(OAc)2 + 1a
8-2. 13C-NMR of PyBidine-Zn(OAc)2 + 1a
H1,H2,H3
HZ HY HX
C1,C2,C3, OAc
OAc
8-3. 1H-1H COSY of PyBidine-Zn(OAc)2 + 1a HX was deteremined to be H2.
HX
HY HZ
HZ HY HX
8-4. HMQC of 1aCX, CZ, CY, Cexomethylene were determined.
Cx
CY
Cz
Cexomethylene
OAc
HZ HY OAc HX
CxOAc
CZ
CY
HZ HY OAc HX
8-5. HMBC of 1aHY and HZ was deteremined to be H1 and H3 respectively.
8-6. Summary
H3 H1 H2 OAc
OAc
HZ HY OAc H2
C2
CZ
CY
Ccarbonyls
Cexomethylene
