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05/03/2015
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Genetica dei Procarioti - 1
Dipartimento di Scienze della VitaCdS Biologia Molecolare e Cellulare (LM-6)
Prof. Laura Marriricevimento: previo appuntamento telefonico o e-mail
A.A. 2014-15
Struttura e funzione degli acidi nuleiciGenomi batterici e analisi metagenomicaReplicazione del cromosoma e divisione cellulareRiparazione del DNA: risposta SOSOrganizzazione genica
Mutazione e variazioneVariazione ed evoluzioneTipi di mutazioniIsolamento e identificazione dei mutanti
continua …
Contenuti del corso
Regolazione dell’espressione genicaControllo trascrizionaleControllo traduzionaleQuorum Sensing
PlasmidiTipi di plasmidiSistemi di classificazione
Trasferimento genicomeccanismi di trasferimento genicoHGT in situ
Plasticità genomicaElementi trasponibiliVariazione di Fase
Sfruttamento del potenziale microbico
Ingegneria genetica per l'ottimizzazione di espressione di proteine in batteri (plasmidi, promotori, fusioni, etc.)
Metodi di mutagenesi e protein engineering per l'ottimizzazione dell'attività catalitica di enzimi di interesse industriale
Dr. Immaculada Margarit Y Ros - Novartis
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Testi consigliati per la consultazione
G. Dehò & e. GalliBIOLOGIA DEI MICRORGANISMI2a Ed. CEA, 2014
Madigan, Martinko, ParkerBROCK, BIOLOGIA DEI MICRORGANISMI voll.1, 2, 3Pearson Italia Milano-Torino, 2012
J.W. Dale & S.F. ParkMOLECULAR GENETICS OF BACTERIA5th Ed. Wiley, 2010
Testi consigliati per la consultazione
Articoli scientifici
http://www.blackwellpublishing.com/trun/default.htm
N. Trun & J. Trempy FundamentalBACTERIAL GENETICS Wiley-Blackwell, 2003
Modalità di esame
scritto, domande a risposta breve.
9 giugno21 luglio8 settembre
10 ottobre
N.B.: Le date riportate sono suscettibili di modifiche
Appelli 2015
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1866 Mendel scopre I geni
1943 il DNA è IL materiale genetico
1951 prima sequenza di una proteina (insulina)
1953 struttura del DNA
1959 struttura della mioglobina
1960s delucidazione del codice genetico
1977 sequenziamento del DNA
1975-79 primi clonaggi di geni umani
1986 sviluppo di un sistema di seq. aut. del DNA
1995 primo genoma completo (Haemophilus influenzae)
1997 Genoma di Escherichia coli
1999 primo cromosoma umano (Chr #22)
2000 Drosophila / Arabidopsis genomi
2001 genomi dell’uomo e di topo
Mice injected with live R cells plus heat-killed S cells die. Live S cells in their blood.
R S
Mice injected with live cells of harmless strain R do not die. Live R cells in their blood.
Mice injected with live cells of killer strain Sdie. Live S cells in their blood.
Mice injected with heat-killed S cells do not die. No live S cells in their blood.
R
Griffith’s Experiments, 1929
S-Type Carbohydrates Destroyed
S-Type Lipids
Destroyed
S-Type Proteins
Destroyed
S-Type RNA Destroyed
S-Type DNA Destroyed
Conclusion:
DNA was the transforming factor! 32P remains
inside cells
Virus particlecoat proteinslabeled with 35SDNA beinginjected intobacterium
Virus DNAlabeled with 32P
Labeled DNAbeing injectedinto bacterium
35S remainsoutside cells
Hershey and Chase’s Experiments, 1952
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insieme delle informazioni genetiche chesono costituite dai geni, dalle lorosequenze regolative e dalle sequenze diDNA non codificanti
Genoma
INFORMAZIONE GENETICA NEI PROCARIOTI.
L’informazione genetica della cellula procariotica ècostituita dal DNA cromosomale (uno o piùcromosomi) e dal DNA extracromosomale (plasmidi).
Cromosomi e plasmidi possono essere sotto forma dimolecole sia circolari sia lineari.
I due tipi di DNA possono essere portatori di diverseclassi di elementi genetici (genomi virali, plasmidi etrasposoni).
La lisi della cellula batterica, con trattamenti delicati, libera il cromosoma sotto forma di molecola continua di DNA di dimensioni molto superiori alla lunghezza del batterio.
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How many base pairs are there in the E. coli chromosome?
kb (= kbp) = kilo base pairs = 1,000 bpMb = mega base pairs = 1,000,000 bp
Prokaryotic Chromosomes Eukaryotic Chromosomes
Many prokaryotes contain a single circular chromosome
Eukaryotes contain multiple linear chromosomes
P. chromosomes are condensed in the nucleoid via DNA supercoiling and the binding of various architectural proteins
E. chromosomes are condensed in a membrane-bound nucleus via histones
Transcription and translation occur simultaneously
Transcription occurs in the nucleus, and translation occurs in the cytoplasm
Most prokaryotes contain only one copy of each gene (i.e., they are haploid).
Most eukaryotes contain two copies of each gene (i.e., they are diploid).
Nonessential prokaryotic genes are commonly encoded on extrachromosomal plasmids
Extrachromosomal plasmids are not commonly present in eukaryotes.
P. genomes are efficient and compact, containing little repetitive DNA.
E. contain large amounts of noncoding and repetitive DNA.
La figura illustra in modo approssimativo le dimensioni del DNA non compattato rispetto alle dimensioni della cellula.
LE PRINCIPALI PROTEINE ASSOCIATE AL NUCLEOIDE.
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Science, 1995, Vol 269:496-512
Mar. 2014: 3654 citazioniMar. 2015: 3769 citazioni
1.83 Mbp
Bacterial chromosomes ranges from 0.6 Mbp to over 10 MbpArchael chromosomes range from 0.5 Mbp to 5.8 MbpBacterial chromosomes ranges from 0.6 Mbp to over 10 MbpArchael chromosomes range from 0.5 Mbp to 5.8 Mbp
Brook, Biologia dei microrganismi – 1 Microbiologia generale
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project disease strain genome size
plasmid(s)* status updated
E. coli K-12 non-pathogen;reference strain
MG1655 4.6 Mb (none) published (1997) June 10, 2004
E. coli O157:H7(EHEC)
haemorrhagic colitis, haemolytic uremic syndrome
EDL933 5.4 Mb 2 published (2001) Feb 13, 2001
uropathogenicE. coli(UPEC)
cystitis, pylonephritis
CFT073 5.2 Mb (none) published (2002) Dec 5, 2002
E. coli K1(NMEC)
septicemia, neonatalmeningitis
RS218 5.2 Mb 1 finishing (assembly in 3 contigs)
May 17, 2006
I genomi procarioti sequenziati hanno dimensioni che vanno da 0,16 Mbp a 13 Mbp, e sono noti genomi anche di dimensioni maggiori.
Il più piccolo genoma procariote ha dimensioni minori di quelle del genoma virale più grande.
I genomi procarioti più grandi hanno più geni di alcuni genomi eucarioti.
Il contenuto genico nei procarioti è caratteristicamente proporzionale alle dimensioni del genoma.
Molti geni possono essere identificati attraverso la loro similitudine di sequenza con i geni che si trovano in altri organismi.
Una significativa percentuale di geni sequenziati, però, è ancora a funzione sconosciuta.
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Genome sequencing is just the beginning to appreciate biocomplexity
Genes with unknown function: ~60%
Genes with known function: ~ 40%
In ogni genoma esaminato circa
¼“ipotetico”
Escherichia coli: 1000 geni /4300 totali
Mesorhizobiumloti
mollicutes
N. of genes (ORFs) plotted against genome size for 44 fully sequenced genomes, including ten Archaea (squares) and 34 Bacteria.
Summary of the shifts in gene content with genome size in prokaryotic genomes.
Konstantinidis K T , and Tiedje J M PNAS 2004;101:3160-3165
Brook, Biologia dei microrganismi – 1 Microbiologia generale
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R.F. DOOLITTLE Nature 416, 697 - 700 (2002)
Stages of genome reduction in host-restricted bacteria for which small population sizes and an asexual life cycle result in mutation fixation.
Note that some symbionts and pathogens (such as Rhizobium spp. and Vibrio fischeri) that can persist in the outside environment and that re-infect hosts frequently do not undergo these genomic changes
Pelagibacter ubique
1,308,759 bp, 30% of the cell volume
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Genes involved in informational processing are in blue, those involved in vitaminor amino acid biosynthesis are in maroon, ribosomal RNA genes are in green,other genes are light grey and breaks are non-coding regions.
the gene set that is sufficient for life underlenient (nutrient-rich and stress-free) conditions
Minimal genome is defined as
Il concetto si è sviluppato dalla metà degli anni ‘90
How Simple Can Life Get? . . . It’s complicated
The total number of prokaryotic cells on earth has been estimated to be approximately 4-6 × 1030
In a particular environment, the sum of all microbial genes corresponds to the METAGENOME.
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Metagenomica
Metagenomica (detta anche genomica ambientale) è lo studio dei genomi recuperati da ambienti piuttosto che da singoli organismi
Comunità intestinali, comunità marine (es. i batteri del mar dei Sargassi), biofilm …..
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"whole-genomeshotgun sequencing"
Sargasso Sea, Bermuda
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J. C. Venter et al., Science 304, 66 -74 (2004)
Fig. 1. MODIS-Aqua satellite image of ocean chlorophyll in the Sargasso Sea grid about the BATS site from 22 February 2003
1700 litri
filtri:0.1-3.0 micron
"whole-genome shotgun sequencing"
Sargasso Sea, Bermuda
1.045 miliardi bp di sequenze non ridondanti analizzate
1800 specie, di cui 148 sconosciute
1.2 milioni di geni
L’analisi metagenomica del terzo segmento dell’intestino posteriore delle termiti ha rivelato la presenza di 12 Phyla e 216 filotipi (nessuno collocabile nel dominio Archaea)
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Metagenomi: 547
Complete Genome Projects
Of the 395 bacterial phylotypes, 244 (62%) were novel and 80% represented sequences from species that have not been cultivated
MetaHIT (Metagenomics of the Human Intestinal Tract)January 1, 2008 - June 30, 2012
March 4 2010
project financed by the European Commission under the 7th FP program. The consortium gathers 13 partners from academia and industry, a total of 8 countries. Its total cost has been evaluated at more than 21,2 million €
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Why bacteria matter in animal development and evolution
BioEssaysVolume 32, Issue 7, pages 571-580, 11 JUN 2010 DOI: 10.1002/bies.200900192http://onlinelibrary.wiley.com/doi/10.1002/bies.200900192/full#fig2
Why bacteria matter in animal development and evolution
BioEssaysVolume 32, Issue 7, pages 571-580, 11 JUN 2010 DOI: 10.1002/bies.200900192http://onlinelibrary.wiley.com/doi/10.1002/bies.200900192/full#fig6
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Trends in BiotechnologyVolume 28, Issue 12, December 2010, Pages 611-618Number of publicly available genome sequences for selected bacterial pathogens
SpeciesN. of draft (or “in progress”) genomes
N. of finishedgenomes
Bacillus anthracis 20 6
Bacillus cereus 43 9
Borrelia burgdorferi 12 5
Chlamidia trachomatis 23 20
Clostridium botulinum 8 11
Escherichia coli 270 38
Haemophilus influenzae 25 4
Listeria monocytogenes 24 6
Mycobacterium tuberculosis 71 5
Salmonella enterica 62 18
Staphylococcus aureus 69 21
Streptococcus pneumoniae 186 12
Yersinia pseudotuberculosis (batterio del suolo)
Yersinia pestis
Yersinia pestis è considerato un clone diY. pseudotuberculosis comparso negli ultimi 1.500 – 20.000 anni in seguito all’acquisizione dei plasmidi pMT1 & pPCP1
3 PANDEMIE
6th sec., Africa/Asia
14th sec., Europa (1/3 popolazione europea)
19th/20th sec., Asia
~ 200 milioni di morti
Negli ultimi 20 anni ci sono stati da 1000 a 5000 casi di peste e da 100 a 200 decessi all’anno (WHO)
(A) Map showing countries with known presence of plague in wild reservoir species(B) Annual number of human plague cases over different continents, reported to WHO
1954–2005. (C) Cumulative number of countries that reported plague to WHO since 1954.
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East Smithfield
(fossa comune scavata tra il 1348 e il 1349 per seppellire le vittime della pandemia)
The ancient sequence is surprisingly similar to modern Y. pestis strains. It differed from modern strains at only 97 positions all of which matched the ancestral genes from Yersinia psuedotuberculosis.
tight genetic conservation in this organism over the last 660 years
The genes of the Black Death clones do not have significant genetic differences that would make the ancient clone(s) more virulent than modern strains.
“genomics era” ‘population genomics era’
collection of multiple genomes of a bacterial species (or another discrete taxonomic unit)
PAN-GENOME
A pan-genome is the sum of all genomes of similar strains; each having similar (core genome) or distinct (cenomes) sets of nonpersistent genes. ∼500 persistent genes form the paleome.
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Pan-genome of 5 members of Thermotogales.
Zhaxybayeva O et al. PNAS 2009;106:5865-5870
©2009 by National Academy of Sciences
For the time being, the pan-genome of E. coli is composed of roughly 20000 genes, the majority of which (80%) is often colocalized on genomic islands. For a particular E. coli strain with a genome of 4500 genes the cenome alone would be about 4000 genes
1 MEGABASE PROKARYOTIC DNA = 1000 ORFs
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PhenotypeEnsable of observable characteristics of an organism
Mutationprocess by which genes undergo a structural change
GenotypeOrganism’s genetic material
Genediscret unit of genetic information
OPERONE
unità che coordina e regola la trascrizione nei batteri
Un operone comprende:
un set di geni strettamente correlati che sono regolati da un singolo operatore e trascritti insieme
OPERONE
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P O Gene A Gene B Gene C T
mRNA
A B Cproteine
5‘ 3‘
Regolatore: codifica per una proteina regolatriceOperatore: regione dove si lega la proteina regolatricePromotore: sequenza riconosciuta dalla RNA pol. DNA dip.Geni strutturali: uno o più geni codificanti attività correlate
OPERONE
Regulons, as groups of transcriptionally co-regulated operons, arethe basic units of cellular response systems in bacterial
A bacterial regulon is a group of operons that are transcriptionally co-regulated by the same regulatory machinery, consisting of transregulators (transcription factors or simply TFs) and cis regulatorybinding elements in the promoters of the operons they regulate.
gene1 gene2 gene3
gene regolatore
P
“activator binding site”
TF
REGULONS
attivatore
Operationally, a regulon contains operons regulated by onesame transcription factor.
REGULONS
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Since the term regulon was first proposed in 1964, 173 regulons have been fully or partially identified in E. coli K12 and numerous more in other bacteria e.g. B. subtilis.
Regulons can be categorized into two classes:
LOCAL: consisting of only a few component operons GLOBAL: having a relatively large number of operons
REGULONS
The intersection contains those TFs that are directly regulated by CRP and which work as co-regulators with CRP.
CRP: cAMP receptor proteino CAP: catabolite gene activator protein
REGULATED GENES AND CO-REGULATORS OF CRP