Tomcatをインストールすると、図のようなサーバー構成が構築されます。 Tomcatがインストールされた先をCATALINA_HOMEとすると、相対的な場所として表のフォルダに Tomcatが必要とするファイルがインストールされます。

各構成ファイルは、Tomcatの起動時に読み込まれ、変更された場合はTomcatの再起動が必要です。

Tomcatの認証方法を理解するうえで重要な要素に、レルム方式と認証方式があります。レルム方式と認証方式を組み合わせて、Tomcat上での認証を実現します。

ここでは、標準的なUserDatabaseレルムとBASIC認証を利用した認証についてみていきます。

TomcatのWebアプリケーションマネージャ（マネージャ・ツール）を使用するためには、tomcat-users.xmlファイルにユーザーの登録が必要です。 ここでは、ユーザーをadmin、パスワードをadminとします。 マネージャ・ツールでは、ロール名をmanagerとしているため（managerロールでも可）、< user >タグで< user name="admin" password="admin" roles ="manager-gui" />と指定します。Windowsの場合、インストール時に設定できるようになっています。

ブラウザからTomcatにアクセスし、Tomcatのトップページが表示されたら、画面左上の「Administration」メニューから「Tomcat Manager」をクリックします。ログイン画面が出てきたら、ユーザー名にadmin、パスワードにadminと入力し、OKをクリックします。http://localhost:8080/manager/html/からでもアクセスできます。

Webアプリケーションマネージャ（マネージャ・ツール)を使用すると、 新しいWebアプリケーションを配置したり、既存のWebアプリケーションの配置を取り消すことができます。 既存のアプリケーションをストップ (して利用不可能に) することや、ストップしたアプリケーションをスタート (して再び利用可能に) することもできます。また、OSとJVMのプロパティ値をリストすることもできます。

マネージャ・ツールで設定できる機能の一覧です。ヘルプの表示はリンクが誤っており、実際にはdocs下にリンクされていなければなりません。ブラウザから、http://localhost:8080/docs/manager-howto.htmlにアクセスすることで、表示することができます。

マネージャ・ツールからデプロイ済みのWebアプリケーションをリストします。必要に応じて、Webアプリケーションの停止・リロード・起動、および配備解除できます。 配備解除を行ってデプロイ先のフォルダが残った場合は、Tomcatを停止してから削除してください。また、後述するコンテキスト記述子のファイルがconf\の下にも残ります。こちらもTomcatが停止してから削除してください。

マネージャ･ツールからWebアプリケーションをデプロイすることもできます。Tomcat 6.0.32では、「WARファイルの配備」を使ってデプロイを行ってください。

サーバーの状態を選択すると、OSの情報やJVMの状態が確認できます。また、HTTPのポートごとの接続状況も確認できます。 さらに、「サーバーの状態」から「サーバーの全状態」をクリックすると、インストール済みの全Webアプリケーションの稼働状況が確認できます。 urlの最後にallをつけると（http://localhost:8080/manager/status/all）、デプロイされているアプリケーションの詳細情報も表示されます。