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2011.07- テーマ別ガイダンス「医学・生命科学系のための文献検索+RefWorks 入門」情報基盤センター学術情報リテラシー係

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■ 講習の進め方（60 分）【1】あるテーマについての雑誌論文を探す：

PubMed (例題 1, 2) Web of Science (例題 3)

【2】文献管理ツール RefWorks を使うには：

PubMed からのインポート (例題 4) Web of Science からのインポート (例題 5) 文献リストの作成 (例題 6)

【3】インパクトファクターを調べるには : Journal Citation Reports (例題 7)

■ 配布資料

・「医学・生命科学系のための文献検索」実習問題＆解説・ Web of Science クイックレファレンスカード・ Journal Citation Reports クイックレファレンスカード

■ データベースへの入口【学内・学外 OK】⇒http://www.dl.itc.u-tokyo.ac.jp/gacos/index.html ※東京大学 OPAC 画面上部の「データベース」からリンクしています。

「医学・生命科学系のための文献検索」実習問題＆解説

GACoS（ガコス）

この資料に関するお問合せ：東京大学情報基盤センター学術情報リテラシー係

TEL: 03-5841-2649（内線:22649）メール: [email protected]


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例題 1 女性のストレスについての論文を探す。

（１） women stress と入力し、Search をクリック。【Point!】 ※検索式の確認

検索した後、どのような検索式が実行されたのかを、"Search Details" 画面で確認。必要に応じて、検索式を修正して再検索。

RefWorks に保存するには？ (p.7 参照) ---------------------------------------------------------------------------------------------------- 例題 2 アルコールの摂取に関する論文を探す。 (キーワード入力例) (a) alcohol intake (b) alcohol consumption 検索した後、Advanced Search 画面を見てみましょう。

PubMed http://www.ncbi.nlm.nih.gov/sites/entrez?otool=ijputmlib 【東大専用入口】 http://www.ncbi.nlm.nih.gov/sites/entrez

【1】あるテーマについての雑誌論文を探す ① PubMed

（２）Search Details で検索式を確認。 MeSH＝Medical Subject Headings 米国国立医学図書館作成のシソーラス（統制語）。入力語に関連する MeSH 用語でも自動的に検索される。

入力した women については、このように MeSH 用語を含めて検索され

た。（=自動マッピング機能）

入力した stress については、このような検索になった。雑誌名”Stress”での検索は不要なら、検索式のその部分を削除して、再度、Search をクリック。

Advanced Search 画面で検索履歴を確認できる。検索履歴を AND, OR, NOT で組み合わせて検索できる。例: #3 OR #4

Search Builder では、検索項目の指定や、”Show index”をクリックして候補語から選んだ言葉で検索することができる。


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AND 検索 OR 検索 NOT 検索

① 複数検索語の掛け合わせ

【参考】スペースでも AND 検索になるが、例えば egg allergy と入力するとフレーズとして認識されて検索される。論理演算をしたい場合は、egg AND allergy と入力すると、指示が明確になる。

② 絞り込み

・Limits 機能を活用して条件を指定。文献タイプ、言語、動物・人間、性別、収録誌の種類、年齢等による限定が可能。

③ 検索項目を限定した検索

・特定の項目を対象に検索する場合は、タグをつけて検索。 ★タグ検索では自動マッピング機能は働かない。

項目名タグ入力例備考

naito k[au] ｓmith re[au]（ミドルネームあり）

smith r@[au](smith r だけをヒット) 著者 [au]

naito kunihiko[au] 2002 年以降ならフルネームでも検索可

所属機関 [ad] university of Tokyo[ad] 第一著者のみ

論文

タイトル [ti] stomach cancer[ti]

british medical journal[ta] The は入れない収録誌名 [ta]

bmj[ta] 略称形も可

出版年 [dp] 2010[dp] 2008:2010[dp] 2008/09:2010/03[dp]

出版タイプ [pt] review[pt]

MeSH [mh] stomach neoplasms[mh]

④ Advanced Search ・タグを知らなくても、プルダウンメニューで検索項目を限定して検索することが可能。・検索履歴の掛け合わせ検索が可能。例） #1 AND #2

⑤ 前方一致検索

・複数形のような語尾変化などに対応。★自動マッピング機能は働かない。例） bacter* ⇒bacteria 、bacterium など bacteｒで始まるものを検索

＊もっと詳しく知りたい方は、医学図書館作成のマニュアル「PubMed の使い方」を参照。

⇒医学図書館ホームページ掲載 http://www.lib.m.u-tokyo.ac.jp/

surgery NOT endoscopic surgery

stomach cancer AND nutrition stomach cancer OR stomach ulcer stomach cancer OR stomach ulcer

【 PubMed の効果的な検索のために】

論理演算子（AND／OR／NOT）は半角大文字で入力

次の検索時にも引き続き初に設定した

Limits 条件が残るので、必要に応じて

検索結果画面左上で変更/解除する。


4

【自動マッピング機能に頼らず自分で MeSH 用語をチェックして検索に使う方法】 ① トップ画面において、「Search」のプルダウンメニューで検索対象を「MeSH」に選択。 ② 検索語を入力し、Search ボタンをクリック。 ③ 検索結果の MeSH 用語に適当なものがあればクリックし、画面右のリンクから PubMed を選択して検索。

□1 ～□5 ： MeSH 用語をクリックすると、上・下位語、関連語や Subheading（副標目）等が表示されるので、適宜組み合わせをして検索することも可能。

PubMed 検索上級編【 MeSH 検索：シソーラス用語による検索】

□1

□3 □2

□4

□5

①

②

③

対応する MeSH 用語へ誘導

選択した MeSH 用語で PubMed を検索

選択した MeSH 用語を中心主題とする文献を PubMed で検索

選択した MeSH 用語の Subheadings（副標目）やツリー構造の表示画面。組合せると、多様な検索が可能。

MeSH 用語の上位語・下位語表示。 Stomach Neoplasms は下位語として位置づけられている。

Subheadings を複数選択した場合の検索方法

□1 MeSH 用語をクリック

□2 Subheadings を複数選択

□3 ”AND, OR, NOT" を選び「Add to search builder」をクリック

□4 search builder 欄に検索式が表示される（修正可）

□5 「Search PubMed」ボタンをクリック


5

RefWorks に保存するには？ (p.8 参照)

被引用数：この文献が引用されている文献引用文献：この文献が引用した文献関連レコード：この文献と引用文献が共通の文献

例題 3 ビタミン A と癌のリスクに関する論文を探す。 http://www.webofknowledge.com/wos 【学内から】 ※2011/7/17 バージョンアップ

https://gateway.itc.u-tokyo.ac.jp/ 【学外から SSL-VPN Gateway サービス】＜トピック欄で、以下２通りの入力例で検索＞ (a) “vitamin* a” risk cancer (b) “vitamin* a” (risk near/5 cancer) 【 Web of Science 検索テクニック】（「ヘルプ」＞「検索の規則」参照) (1) フレーズ検索 “ ” でくくるとフレーズ検索になる。 ※スペースだけでは AND 検索となり、単語が離れていたり単語の順序が逆であってもヒット。 (2) 部分一致検索アスタリスク (*) ＝文字がない場合を含む任意の文字列を表す。単語の前後、中間に使用可能。

※「トピック」と「タイトル」欄では検索語のスペルのバリエーションは*を付けなくても自動検索される。 ※フレーズ検索では上記の自動検索が無効になるので*が必要。

例: s*food ⇒ seafood, soyfood enzym* ⇒ enzyme, enzymes, enzymatic, enzymic Hof*man* ⇒ Hofman, Hofmann, Hoffman, Hoffmann

(3) 論理演算子 (AND, OR, NOT, NEAR) 大文字・小文字どちらでも可

NEAR/X ＝指定したワード数（X）の範囲内にそれぞれの用語を含むものを検索。 /x なしで NEAR を使用した場合は 15 ワード内にあるものを検索。

＜(b)の例で検索後、「被引用数-多い順」で並べ替えて、上から 1 番目のレコードの詳細画面＞

Web of Science

【1】あるテーマについての雑誌論文を探す ② Web of Science

ここからジャーナルのインパクトファクターを確認 (p.11 参照)


6

＜「検索履歴」画面の使い方＞ (1) 「検索履歴」をクリック。 (2) 検索履歴のセットを AND, OR で組み合わせて検索できる。例: #1 OR #2 (3) 検索履歴を保存しておき、後日、検索に再度使うことができる。（*Web of Knowledge のユーザ登録をしてサインインが必要）

http://www.refworks.com/refworks 【学内から】 http://www.refworks.com/refworks 【学外から】※「リモートアクセス」画面で東大のグループコードを入力 https://gateway.itc.u-tokyo.ac.jp/ 【学外から】※ECCS アカウントが必要

【Point!】ユーザ登録が必要。

初めて RefWorks を使う時は、学内から RefWorks にアクセスし、画面上でユーザ登録をする。 (「個人アカウントの作成」をクリック)

【Point!】文献管理のコツ！取り込んだレコードはその都度こまめにフォルダに移しましょう。 (1) 「フォルダ」⇒「新規作成」をクリック。 (2) フォルダ名を入力し、「OK」をクリック。

(3)

(1) (2)

RefWorks

(1)

(2)

保存した検索履歴を開くのはここから

【2】文献管理ツール RefWorks を使うには


7

例題 4 PubMed のデータをインポートする。 (1) PubMed 検索結果画面で、保存したいデータの左端にチェックをつけて選択。 (2) 「Send to」のプルダウンメニューで「File」を選択し、Format は「MEDLINE」に変更。 (3) 「Create File」をクリック。「ファイルのダウンロード」画面が表示されたら「保存」をクリック。 (4) RefWorks の画面で、「レコード」⇒「インポート」を選択。 (5) 「インポートフィルター/データソース」は「NLM PubMed」、「データベース」は「PubMed」を選択。 (6) 「次のフォルダへインポートする」で、既に作成したフォルダの中から任意のフォルダ名を指定。 (7) 「次のテキスト形式ファイルからインポートする」の「参照」をクリックし、取り込むファイルを指定。 (8) 「インポート」ボタンをクリック。

(1) (2)

(3)

(5)

(6)

(7)

(8)

(4)

【補足】 RefWorks 画面上部メニューバーの「検索」⇒「オンラインカタログ・データベース」 ⇒「PubMed」でダイレクトにインポートすることも

可能。


8

例題 5 Web of Science のデータをインポートする。 (1) Web of Science 検索結果画面で、RefWorks に取り込みたいデータの左端にチェックをつける。 (2) 「RefWorks」をクリック。 (3) 完了のメッセージが表示される。 (4) RefWorks 画面で、「インポートが完了しました」のメッセージが表示される。「近インポートしたレコードフォルダを通覧する」をクリック。 (5) 「すべてのレコード」にチェックをつけ、フォルダ名を選択すると、選択したフォルダにレコードが移る。

(1)

(2)

(3)

(4)

(5)


9

例題 6 文献リストを作成する。 (1) メニューバーの「参考文献」をクリック。 (2) 出力フォーマットは、投稿する雑誌で指定されている、文献リストの書式を選択。（例: 「Vancouver」） (3) 「レコード一覧から生成」にチェックをつける。 (4) ファイル形式は「HTML」を選択。 (5) 対象レコードは、参考文献リストにしたい文献のフォルダを選択。 (6) 「参考文献の生成」をクリック。別画面が開き、指定した書式での文献リストが表示される。（コピーして原稿に貼り付けるなどして活用。）

(1)

(2)

(3) (5)

(6)

(4)

【補足】出力フォーマットに対応していない

書式の場合は、既存の出力フォーマットを流用し

て出力フォーマットをカスタマイズ

することも可能

リストに必要な書式が無ければ、当係 [email protected] まで投稿規程の URL をメールでお知らせください。


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[プラグインツール“Write-N-Cite”を使う方法] (1) RefWorksのメニューバーの「ツール」から「Write-N-Cite」を選択し、ダウンロードおよびインストール。 (2) 論文原稿を Word ファイルで用意する。（Word を起動すると、ツールバーに「Write-N-Cite」のアイコンが表示される。） (3) 「Write-N-Cite」のアイコンをクリックするとログイン画面が表示されるので、ログインする。 (4) 「Always on top」にチェックを入れると、「Write-N-Cite」が常時手前に表示される。 (5) Word の論文の必要な箇所にカーソルを合わせる。 (6) 「Write-N-Cite」の引用したいレコードの左にある「引用する」をクリックすると、(5)の位置に入る。 (7) Word ファイルを上書き保存。⇒原稿ファイル（修正や編集はこちらのファイルで。）

(8) 「Write-N-Cite」のメニューバーから「参考文献」をクリックし、出力フォーマットを選択する。 (9) 「参考文献の生成」をクリック。 (10) 指定した書式の文献リスト付きで Word 文書が表示されるので、別名で保存する。⇒完成ファイル（この完成版 Word ファイルは、原稿ファイルとは別に、「名前をつけて保存」で保存すること。）

(3)

(5)

(6)

(4)

(8)

(9)

(1) RefWorks 画面

(2)


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http://isiknowledge.com/JCR 【学内から】 https://gateway.itc.u-tokyo.ac.jp/ 【学外から】※ECCS アカウントが必要

【インパクトファクターについて】ある雑誌の一論文あたりの平均被引用数。特定の１年間に、ある雑誌に掲載された論文が平均的にど

れくらい引用されているかを示す。雑誌の評価指標の１つとして、たとえば論文投稿先を決める際など、

同じ分野の複数の雑誌を比較する判断材料にできる。

例題 7 「Nature」のインパクトファクターを調べる。 (1) 「Edition」と「年」を選択。 ※毎年 6-7 月頃に新版がリリースされる。 (2) 「Search for a specific journal」を選択し、「SUBMIT」をクリック。 (3) 「Full Journal Title」の条件で、「nature」と入力して検索。 (4) 一覧が表示される。NATURE をクリック。

【インパクトファクターの算出方法】 *2010 年のインパクトファクターの場合

（2008 年と 2009 年にある雑誌 X に掲載された論文が、2010 年に引用された回数） ÷（2008 年と 2009 年にある雑誌 X に掲載された論文数）（次のページへつづく）

Journal Citation Reports

分野ごとに調べる場合は、こちらを選択する。

【3】インパクトファクターを調べるには


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(5) 雑誌の詳細情報画面が表示される。

Journal Summary List で、同じ分野に分類された他の雑誌と比較できる。インパクトファクター順など、様々な項目で並べ替えてランキングを見ることが可能。

Category Data で、この分野の平均データを見ることができる。

Median Impact Factor: この分野の全ての雑誌をインパクトファクターの高い順に並べたときに、ちょうど中間に位置する雑誌のインパクトファクターのこと。 Aggregate Impact Factor: この分野の平均的なインパクトファクターのこと。計算方法は個別の雑誌のインパクトファクターと同じで、「引用された回数」と「論文数」をこの分野の全雑誌の

合計の数字に置き換えて計算する。

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