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Add all peptides’ ratio up/peptide number. Mean & SD calculation. Peptide ratio 相加,需要扣掉已經排除的. 針對每一個蛋白進行一次計算. 針對所有胜肽的 ratio 進行一次計算. 照你算的為主,之前可能有些錯誤. 第一階段 :第一種情況 每一個 protein mean +SD 與 1+peptide SD 比. 第一階段 :第二種情況 每一個 protein mean +SD 與 all peptides’ mean+peptide SD 比. - PowerPoint PPT Presentation
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Add all peptides’ ratio up/peptide number
Mean & SD calculation
Peptide ratio相加,需要扣掉已經排除的
照你算的為主,之前可能有些錯誤
針對每一個蛋白進行一次計算
針對所有胜肽的 ratio進行一次計算
第一階段:第一種情況每一個 protein mean +SD與 1+peptide SD比第一階段:第二種情況每一個 protein mean +SD與 all peptides’ mean+peptide SD比第一階段:目的是要找出沒有變化的 protein,作為 control candidate,目前
看來跟 1比的結果比較適合進行下一階段,我會先挑一個 control protein進到第二階段。
Control protein candidate挑選:目前以 n=3以上的為主,會比較正確,也就是一個
protein要有 3條 peptide,才能夠被選進作為 control protein candidate,信心度先設定為
95%,因為 98%以上,門檻值過高,找到的機會很小。
第一階段:第一種情況每一個 protein mean +SD與 1+peptide SD比
AQ2-1代表跟 1比
Spooled=((AV2*(AR2-1)+BA2*(AY2-1))/(AR2+AY2-2))^(1/2)
tcal=(AQ2-1)/BC2*((AR2*AY2)/(AR2+AY2))^(1/2)
Degree of freedom=((AW2+BB2)^2)/(((AW2)^2)/(AR2+1)+((BB2)^2)/(AY2+1))-2
根據 peptide數目,例如第一個蛋白有 17個 peptide,再定義信心度範圍 (例如 99.8%, 2-sided) ,再以內插法計算出tcritical=3.6606
第一階段:第二種情況每一個 protein mean +SD與 all peptides’ mean+peptide SD比
AQ2-1代表跟 all peptides’ mean比
Spooled
Every protein mean & SD and all peptides’mean & SD (Every protein mean & SD v.s all peptides’ mean & SD)
→ tcal & degrees of freedom → non-significant hits for protein
→ internal control candidates (normalized factor)
Choose one protein as internal control
Every protein mean & SD and protein mean & SD →
tcal & degrees of freedom → significant hits for protein