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特長 関連遺伝子のコンテンツ

固形腫瘍と関連する52遺伝子にわたるバイオマーカーをターゲット

迅速かつ効率的なワークフローわずか1 ngの高品質DNA/RNAまたはFFPE組織からの10 ngの DNA/RNAから1日でシーケンス可能なライブラリーを調製

高精度なデータローカル解析またはクラウド解析によってアリル頻度5%までの体細胞変異を検出

表 1: AmpliSeq for Illumina Focus Panelの概要

パラメーター 仕様

遺伝子数 52

ターゲット 固形腫瘍と関連する遺伝子

累積ターゲットサイズ DNA：29 kb、RNA：26 kb

バリアントタイプ SNV、indel、CNV、遺伝子融合a

アンプリコンサイズ DNA：平均107bpRNA： 平均93bp

アンプリコン数 DNA：269、RNA：284

必要なインプットDNA/RNA量 1～100ng（プール当たり10ngを推奨）

パネル当たりのプール数 DNAパネルに対して1プール、RNAパネルに対して1プール

対応サンプル FFPE組織、血液

推奨スループットにより最小500×でカバーされるターゲット率 > 95%

カバレッジ均一性（> 0.2×の平均カバレッジをもつターゲット率） > 95%

オンターゲットアライメントリード率 > 80%

合計アッセイ時間 5～6時間b

ハンズオン時間 < 1.5時間

DNAからデータ取得にかかる時間 2.5日

a. SNV：一塩基多型、indel：挿入/欠失、CNV：コピー数多型b. 時間はライブラリー調製のみを表しており、ライブラリー定量、ノーマラ

イゼーション、プーリングは含みません。

2017年、社内資料

AmpliSeq™ for Illumina Focus Panel固形腫瘍との関連が判明している52遺伝子を調べるためのDNAおよびRNAのターゲットパネル

はじめにAmpliSeq for Illumina Focus Panelは、固形腫瘍との関連が判明している52遺伝子のバイオマーカー解析のためのターゲットリシーケンスアッセイです（表1）。 このパネルを使用することで、DNAとRNAを同時に解析できます。このFocus Panelは効率化されたワークフローであり、AmpliSeq for IlluminaのPCRベースのライブラリー調製、イルミナの1塩基合成反応（SBS）および次世代シーケンス（NGS）テクノロジー、そして自動化解析が含まれます。

このパネルでは、わずか1 ngの高品質DNAとRNA（FFPE組織からのDNAとRNAの場合10 ngを推奨）から、肺がん、大腸がん、乳がん、卵巣がん、メラノーマ、および前立腺がんなど複数のがん種と関連している遺伝子の研究を可能にします。必要なインプット量が少ないため、ホルマリン固定パラフィン包埋（FFPE）組織を含めたさまざまな種類のサンプルを使用することができます。AmpliSeq for Illuminaターゲットリシーケンスソリューションの一部であるこのパネルは、トランスレーショナル研究および臨床腫瘍研究ためのゲノム変異の迅速かつ精確な解析を可能にします。

関連遺伝子のコンテンツAmpliSeq for Illuminaフォーカスパネルは、固形腫瘍と関連している52個の重要な遺伝子にわたる何百もの変異をターゲットとしています（表 2）。 このパネルの遺伝子コンテンツは、公表文献、最新のガイドライン（National Comprehensive Cancer Network [NCCN]、 Association for Molecular Pathology [AMP]、College of American Pathologists [CAP]、 European Society for Medical Oncology [ESMO]など）、および関連する臨床試験に基づいて選択されました。このパネルは、DNAサンプルの一塩基変異（SNV）、挿入/欠失（indel）、およびコピー数多型（CNV）、RNAサンプルの遺伝子融合を調べることができます。このパネルを使用することにより、ターゲットの同定、アンプリコンの設計とパフォーマンスの最適化に掛ける時間と労力を減らすことができます。

本製品の使用目的は研究に限定されます。診断での使用はできません。

表 2: AmpliSeq for Illumina Focus Panel の遺伝子リスト

DNAプール

AKT1 EGFR FGFR4 JAK3 MYCN

ALK ERBB2 GNA11 KIT NRAS

AR ERBB3 GNAQ KRAS PDGFRA

BRAF ERBB4 HRAS MAP2K1 PIK3CA

CCND1 ESR1 IDH1 MAP2K2 RAF1

CDK4 FGFR1 IDH2 MET RET

CDK6 FGFR2 JAK1 MTOR ROS1

CTNNB1 FGFR3 JAK2 MYC SMO

DDR2

RNAプール

ABL1 EGFR ETV5 NTRK1 PPARG

ALK ERBB2 FGFR1 NTRK2 RAF1

AKT3 ERG FGFR2 NTRK3 RET

AXL ETV1 FGFR3 PDGFRA ROS1

BRAF ETV4 MET

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シンプルかつ効率的なワークフローAmpliSeq for Illumina Focus Panelは、効率的なコンテンツ、簡単なライブラリー調製、タッチパネル操作のシーケンスシステム、および簡便なデータ解析を備えたDNA/RNAバリアントソリューションの一部です。

RNAから開始する場合、最初のステップはRNAからcDNAへの変換です（SuperScript VILO cDNA Synthesis Kit、 ThermoFisher Scientific、製品番号11754050を別途ご準備ください）。cDNAまたはDNAから開始するライブラリー調製は、PCRベースの分かりやすいプロトコールに基づいています。このプロトコールのステップは、DNAの場合はわずか5時間（DNA）または6時間（RNA）、ハンズオン時間は1.5時間未満（RNAの場合のハンズオン時間は2時間未満）で完了します。 出来上がったライブラリーをノーマライズし、プールしてから、シーケンス用フローセルにロードします。調製したライブラリーは、すべてのイルミナシーケンサーシステムで、実証済みのSBSケミストリーを用いてシーケンスします（表 3）。

得られたデータはLocal Run Managerでローカル解析するか、クラウド環境である BaseSpace™ Sequence Hubで解析することができます。Local Run ManagerおよびBaseSpace SequenceHubは、DNAアンプリコン解析ワークフローにアクセスすることでアライメントおよびバリアントコールを行い、RNAアンプリコン解析ワークフローで融合コールを行います。BaseSpaceSequence HubからBaseSpace Variant Interpreterにアクセスでき、これによりバリアントコールデータを注釈付きの結果に変換することができます。

イルミナシーケンサーの詳細はこちらjp.illumina.com/systems

イルミナのインフォマティクスの詳細はこちらjp.illumina.com/ products/by-brand/ampliseq/informatics.html

表 3: AmpliSeq for Illumina Focus Panelに推奨されるイルミナのシーケンサー

装置 ラン時間

iSeq™ 100システム 17時間

MiniSeqシステム（中出力） 17時間

MiniSeqシステム（高出力） 24時間

MiSeqシステム（v2ケミストリーMicro） 19時間

MiSeqシステム（v2ケミストリー） 24時間

MiSeqシステム（v3ケミストリー） 32時間

高精度なデータAmpliSeq for Illumina Focus Panelを使用して、DNAとRNAから、52種類の重要な固形腫瘍遺伝子にわたりバイオマーカーを解析できます。

アッセイの性能と感度を示すために、AcroMetrixコントロールサンプル、Horizon Discovery（HD）サンプル、およびFFPE組織をFocus Panelで調製し、MiniSeq™およびMiSeq™システムでシーケンスを行いました。結果より、サンプルの質と種類が異なっていても、高いカバレッジ均一性とアライメントリードのオンターゲット率が示されました（図 1）。 さらに、バリアントコールの精確さを確認するために、品質にばらつきのあるHDサンプルを評価しました。データより、予測バリアント頻度と検出バリアント頻度間での高い一致が示されました（図 2）。

RNA転写産物における構造バリアントを認識するAmpliSeq forIllumina Focus Panelの性能を示すため、MiniSeqシステムとMiSeqシステムにおいてこのパネルを用いてHDサンプルおよびSeraseq Fusion RNA Mix v2リファレンスを評価しました。結果から、これらのサンプルでは遺伝子融合のコールレートが100%であることが確認されました（表 4）。

図  1:高いカバレッジ均一性とオンターゲットアライメント̶品質にばらつきのあるFFPEサンプルおよびHDサンプルから抽出されたDNAをAmpliSeq for IlluminaFocus Panelを用い調製し、MiniSeqシステムとMiSeqシステムでシーケンスを行いました。エラーバーは技術的反復のばらつきを示します。ΔCqは、FFPE組織から単離されたDNAの品質を示します。

本製品の使用目的は研究に限定されます。診断での使用はできません。

カバレッジおよび感度

遺伝子融合の検出

ラン当たりのサンプル数（DNAとRNAの合計）

8

16

48

8

30

48

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表 4: 遺伝子融合に対する高いコールレート

融合 コール率

RNAソース：HD784

CCDC6-RET 100%

EML4-ALK 100%

SLC34A2-ROS1 100%

SLC34A2-ROS1 100%

RNAソース：Seraseq Fusion RNAMixv2

CD74-ROS1 100%

EML4-ALK 100%

ETV6-NTRK3 100%

FGFR3-BAIAP2L1 100%

FGFR3-TACC3 100%

KIF5B-RET 100%

LMNA-NTRK1 100%

NCOA4-RET 100%

PAX8-PPARG 100%

SLC34A2-ROS1 100%

SLC45A3-BRAF 100%

TMPRSS2-ERG 100%

TPM3-NTRK1 100%

2つの融合陽性RNAサンプル、HD784とSeraseq Fusion RNA Mix v2をAmpliSeq for Illumina Focus Panel を用いてRNAライブラリー調製し、MiniSeqシステムとMiSeqシステムでシーケンスを行いました。

詳細はこちらAmpliSeq for Illumina Focus Panelに関する詳細はこちらからjp.illumina.com/products/by-type/sequencing-kits/library-prep-kits/ampliseq-focus-panel.html

AmpliSeq for Illuminaターゲットリシーケンスソリューションを詳しく知るために、こちらの概要をご覧くださいjp.illumina.com/content/dam/ illumina-marketing/documents/products/datasheets/ampliseq-for-illumina-targeted-resequencing-solution-data-sheet-770-2017-022.pdf

製品情報AmpliSeq for Illumina製品のオンライン注文はこちらjp.illumina.com

製品名 カタログ番号

AmpliSeq for Illumina Focus Panel 20019164

AmpliSeq for Illumina Library PLUS（24 reactions） 20019101

AmpliSeq for Illumina Library PLUS（96 reactions） 20019102

AmpliSeq for Illumina Library PLUS（384 reactions） 20019103

AmpliSeq for Illumina CD Indexes Set A（96 indexes, 96 samples） 20019105

図  2:予測バリアント頻度と検出バリアント頻度の間の高い一致率̶ホルマリン固定HDサンプルからのDNAをAmpliSeq for Illumina Focus Panelを用いて調製し、MiniSeqおよびMiSeqシステムでシーケンスを行いました。結果より、予測SNVの100％を検出したことが示されています。ΔCq値は図 1に示しています。

イルミナ株式会社〒108-0014東京都港区芝5-36-7三田ベルジュビル22階Tel (03) 4578-2800 Fax (03) 4578-2810jp.illumina.com

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代理店

本製品の使用目的は研究に限定されます。診断での使用はできません。 販売条件：jp.illumina.com/tc©2017 Illumina, Inc. All rights reserved.

Illumina, BaseSpace, BeadArray, BeadXpress, cBot, CSPro, DASL, Design Studio, GAIIx, Genetic Energy, Genome Analyzer, GenomeStudio,GoldenGate, HiScan, HiSeq, Innium, iSelect, MiSeq, Nextera, NextSeq, NovaSeq, NuPCR, SeqMonitor, Solexa, TruSeq, TruSight, VeraCode,the pumpkin orange color, the Genetic Energy streaming bases design は、Illumina, Inc. の商標または登録商標です。

その他の会社名や商品名は、各社の商標または登録商標です。予告なしに仕様および希望販売価格を変更する場合があります。

Pub.No. 770-2017-027-A-JPN

検出されたサンプル数

16

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16

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検出されなかったサンプル数

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