Upload
adylaksonoputro
View
248
Download
0
Embed Size (px)
Citation preview
8/17/2019 ANALISIS GEN DAN HEMOLOGI PROTEIN
http://slidepdf.com/reader/full/analisis-gen-dan-hemologi-protein 1/20
LAPORAN RESMI
PRAKTIKUM BIOLOGI MOLEKULER
P2
ANALISIS GEN DAN HEMOLOGI PROTEIN
1. Tujuan
a. Mampu melakukan analii !e"#a$ap ekp"ei %en $an $apa! men$e!eki #ail ekp"ei
%en.
&. Dapa! men'a"i #(m(l(%i %en pen%#ail p"(!ein !e"!en!u $a"i manuia $en%an %en
&e&e"apa ("%anime lain.
2. Daa" !e("i Ekp"ei %en pa$a $aa"n)a me"upakan ua!u p"(e in!ei p"(!ein. P"(e ekp"ei
%en $i!en!ukan (le# el i!u en$i"i* jika el !e"e&u! mem&u!u#kan ua!u p"(!ein* maka %en
!e"!en!u akan $iekp"eikan* namun jika %en !e"e&u! !i$ak mem&u!u#kan p"(!ein maka %en
!e"e&u! !i$ak $iekp"eikan. +a$i !i$ak emua %en akan $iekp"eikan pa$a aa! )an%
&e"amaan namun !e"%an!un% $a"i ke&u!u#an el !e"e&u!.
Reaki $aa" $a"i in!ei p"(!ein a$ala# pem&en!ukan ika!an p(lipep!i$a an!a"a %u%u
ka"&(kil $a"i aam amin( )an% akan !um&u# $en%an %u%u amina $a"i aam amin( &e&a.
Reaki in!ei ini mem&u!u#kan 'e!akan a!au !empla!e )ai!u mRNA )an% $ipe"(le# $a"i a#il
!"ank"ipi DNA. Sin!ei p"(!ein $ia,ali $a"i p"(e iniiai* )ai!u &e"ika!an)a $ua u& uni!
"i&((m $en%an mRNA pa$a $ae"a# pei-ik* )ai!u 1/0 nukle(!i$a pa$a $ae"a# up!"eam
$an !a" k($(n. P"(e iniiai meme"lukan ua!u k($(n pei-ik )ai!u AUG men)an$i aam
amin( me!i(nin
Se!ela# p"(e iniiai eleai maka $ilanju!kan $en%an !e"ja$in)a p"(e
pe"panjan%an el(n%ai . Pa$a p"(e pe"panjan%an "an!ai p(lipep!i$a ini $apa! $ika!akan
mele,a!i iklu )an% !e"$i"i $a"i !i%a !a#ap. Pe"!ama m(lekul amina ail !RNA akan !e"ika!
pa$a A/i!e )an% k((n% $en%an jalan &e"ika!an $en%an k($(n $a"i mRNA )an% !e"$apa!
pa$a A/i!e. Ke$ua* %u%u ka"&(kil ak#i" $a"i "an!ai p(lipep!i$a akan !ae"lepa $a"i m(lekul
!RNA )an% a$a pa$a P/i!e $an mem&en!uk ika!an p(lipep!i$a $en%an %u%u amin( $a"i aam
amin( )an% !e"ika! pa$a !RNA $alam A/i!e. Reaki ini $ika!alii (le# en3im pep!i$il
!"an-e"ae. Ke!i%a* pep!i$il !"an-e"ae )an% &a"u !e"&en!uk $alam A/i!e !e"e&u! kemu$ian
$ipin$a#kan ke P/i!e aa! "i&((m &e"%e"ak ke$epan epanjan% !i%a nukle(!i$a $a"i mRNA.
Pa$a aa! p"(e !"anl(kai !a#ap !i%a !e"e&u!* !RNA &e&a )an% emula men$u$uki P/i!e
8/17/2019 ANALISIS GEN DAN HEMOLOGI PROTEIN
http://slidepdf.com/reader/full/analisis-gen-dan-hemologi-protein 2/20
akan !e"lepa $a"i "i&((m $an iap mene"ima m(lekul !RNA )an% &a"u $an mulaila# iklu
epe"!i !a$i la%i* p"(e pe"panjan%an ini akan !e"u &e"lan%un% ampai a#i"n)a "i&((m
men%enal ala# a!u $a"i !i%a !(p k($(n )akni UAA* UAG* UGA e#in%%a in!ei p"(!ein
akan men%alami !e"minai $an "an!ai p(lipep!i$a )an% u$a# !e"&en!uk !a$i akan lepa $a"i
"i&((m.
Sepe"!i !ela# $ijelakan e&elumn)a* p"(!ein me"upakan p(lipep!i$a )an% !e"uun
a!a aam amin(. Sekuen aam amin( $a"i main%/main% p"(!ein !e"!en!u (le# %en )an%
men%k($en)a. Gen $i!"ank"ipi menja$i mRNA $an kemu$ian mRNA $i!"anlaikan
menja$i p"(!ein (le# "i&((m. mRNA me"upakan nukle(!i$a )an% !e"$i"i a!a -(-a!* %ula
$e(ki $an &aa. U"u!an &aa )an% &e"&e$a akan men%#ailkan aam amin( $an p"(!ein )an%
ama* mialn)a inulin !e"$apa! pa$a manuia* &a&i* ke"a* ku$a* $an &e&e"apa #e,an mamalia
lain)a. Mekipun -un%i inulin pa$a main%/main% ("%anim !e"e&u! ama* namun !e"n)a!a
memiliki !"uk!u" p"ime" )an% &e"&e$a* e#in%%a manuia !i$ak $apa! $en%an mu$a#
memakai p"($uk inulin $a"i &e"&a%ai ("%anime un!uk !e"api ka"ena $apa! menim&ulkan
"eaki an!i%en an!i&($).
Ole# e&a& i!u $ipe"lukan peneli!ian men%enai #(m(l(%i p"(!ein an!a" ("%anime
e#in%%a $apa! $i&an$in%kan kemi"ipan aam amin( )an% men)uun p"(!ein. Melalui
p"(%"am &la!p )an% !e"$apa! pa$a i!u N4BI* ki!a $apa! men'a"i p"(!ein e#(m(l(% $a"i
&e"&a%ai ma'am ("%anime. H(m(l(%i &ukan &e"a"!i ama pe"i* namun !e"$apa! kemi"ipan
an!a"a a!u $en%an )an% lainn)a $en%an pe"en kemi"ipan !e"!en!u. Un!uk !ujuan !e"api*
mialn)a $iin%inkan ua!u p"(!ein pen%%an!i $a"i #e,an !e"!en!u* !en!u akan $ipili# p"(!ein
)an% memiliki pe"en kemi"ipan )an% palin% !in%%i $en%an p"(!ein )an% ki!a miliki* e#in%%a
$i#a"apkan "eaki ale"%i !i$ak !e"ja$i $an p"(!ein !e"e&u! $apa! &eke"ja $en%an &aik euai
)an% $i#a"apkan.
Analii '(mpu!e" an%a! pen!in% &a%i penen!uan l(kai %en $alam "an%kaian DNA*
!ujuan)a a$ala# un!uk pen'a"ian #(m(l(%i* $en%an mem&an$in%kan "an%kaian DNA $en%an
"an%kaian DNA lain)a. Daa" $a"i pen'a"ian #(m(l(%i ini a$ala# $en%an mem&an$in%kan
%en/%en )an% memiliki kemi"ipan a!au ama e#in%%a %en &a"u $apa! $i!emukan $en%an
kemi"ipan $en%an %en/%en )an% lain. H(m(l(%i %en me"upakan ala# a!u $a"i "e5(lui(ne"
an'e!(" )an% $i&uka (le# "an%kaian )an% mi"ip an!a"a %en/%en. pe"amaan ini $apa! $ili#a!
$a"i m(lekule" -il(%eni e&a%ai $aa"n)a.
H(m(l(%i $apa! $i'a"i $en%an "an%kaian DNA !e!api &iaan)a "an%kaian %en !en!a!i5e
ini $imaukan (le# "an%kaian aam amin( e&elum pen'a"ian $ilakukan. Alaan)a a$ala#
ka"ena aam amin( memiliki 2 aam amin( )an% &e"&e$a$alam p"(!ein* !e!api #an)a 2
8/17/2019 ANALISIS GEN DAN HEMOLOGI PROTEIN
http://slidepdf.com/reader/full/analisis-gen-dan-hemologi-protein 3/20
nukle(!i$a $alam DNA* ja$i %en/%en i!u &iaan)a !i$ak &e"#u&un%an $en%an le&i# $a"i a!u
aam amin( )an% lain)a.
S(-!,a"e '(mpu!e" )an% &iaa $i%unakan un!uk analii #(m(l(%i %en a$ala# &la!
&ai' l('al ali%#men! ea"'# !((l Al!#ul e! al.* 166 . Analii ini le&i# mu$a# a!au
$en%an mauk ke ala# a!u ja"in%an DNA $a!a&ae $an% kemu$ian "an%kaiann)a $apa!
$ili#a! e'a"a lan%un%. Hail )an% '('(k a!au p(i!i- pa$a %en )an% u$a# a$a pa$a $a!a&ae
$apa! mem&e"ikan in$ikai )an% jela !en!an% -un%i $a"i %en )an% &a"u a!au implikai $a"i
%en/%en )an% '('(k un!uk %en le&i# #alu a!au li'in. Ken)a!aan)a* %en/%en e'a"a !i$ak
lan%un% memiliki e%men/e%men )an% pen$ek )an% ama an!a"a )an% a!u $en%an )an%
lain. 7alaupun %en/%en !i$ak &e"#u&un%an* !e!api p"(!ein/p"(!ein)a memiliki -un%i )an%
ama.
4(n!(# $a"i analii '(mpu!e" a$ala# !u$(" $(main* memiliki 12 aam amin( )an%
$ii$en!i-ikai pe"!ama kali pa$a %en D"((p#ila mel(n(%a!e". Di &a,a# ini a$ala# !"uk!u"
$a"i !u$(" p"(!ein D. melan(%a!e"* )an% $i $alamn)a !e"$apa! 1 k(pian $a"i !u$(" $(main*
$(main ini $i!emukan pa$a p"(!ein ke$ua D"((p#ila* #(m(le pa$a p"(!ein an'e!(" A/
kinae pa$a manuia AKAPI186 )an% &e"pe"an $alam me!a&(lim RNA. P"(!ein ini
memiliki keamaan !"uk!u" $en%an lain)a $an le&i# !ampak $a"i !u$(" $(main* $an ak!i-i!a
pa$a main%/main% p"(!ein meli&a!kan RNA. In-("mai )an% &e"aal $a"i analii '(mpu!e"
!i$ak len%kap* !e!api !i!ik u!aman)a a$ala# !ipe $a"i pe"'(&aan i!u #a"u $ieleaikan un!uk
men%#ailkan $a!a le&i# jela la%i !en!an% -un%i $a"i !u$(" $(main !e"e&u!.
Kan$un%an %en(m in!i manuia Se%men 9/k& pa$a k"(m((m : Un!uk memulai
men%un%kapkan !en!an% k(mp(ii $a"i %en(m in!i manuia akan $ipelaja"i men%enai
e%men 9/k& pa$a k"(m((m :* e%men ini mem&en!uk &a%ia $a"i "eep!(" l(ku el/T;*
,ila)a# )an% le&i# &ea" <=9 k& pa$a %en(m )an% mempun)a p"(!ein pei-ik $alam
"ep(n imun. Se%men 9k& men%an$un% in-("mai %ene!i' e&a%ai &e"iku! >
Sa!u %en* %en ini $inamakan TR?8 $an men%an$un% i-("mai un!uk in!ei p"(!ein
&e"nama !"ipin(%en* )an% me"upakan p"eku(" inak!i- $alam en3im $i%e!i !"ipin. TR?8
me"upakan ala# a!u an%%(!a $a"i kel(mp(k %en !"ipin(%en )an% men%an$un% $ua klu!e"
pa$a keemua &a%ian a#i" $a"i l(ku "eep!(" el/T;. Gen ini !i$ak &e"#u&un%an $en%an
"ep(n imun* $an me"upakan '(n!(# %en $ik(n!in)u. In-("main)a $i%unakan un!uk in!ei
p"(!ein !"ipin(%en )an% !e"pia# menja$i 9 ek(n* $an $ipia#kan (le# 8 in!"(n n(n k($in%.
Dua e%men %en* me"eka a$ala# @2= $an @26/1* $an me"upakan &a%ian pei-ik $a"i
e!iap "eep!(" p"(!ein el T;. @2= $an @26/1 me"upakan %en !i$ak len%kap* #an)a a!u
e%men $a"i e&ua# %en* $an e&elumn)a $iekp"eikan* me"eka #a"u !e"#u&un% $en%an
8/17/2019 ANALISIS GEN DAN HEMOLOGI PROTEIN
http://slidepdf.com/reader/full/analisis-gen-dan-hemologi-protein 4/20
e%men %en lain)a $a"i l(ku manapun. Hal ini !e"ja$i pa$a lim-(i! T $an me"upakan '(n!(#
pe"u&a#an pe"manen $alam ak!i-i!a %en(m )an% mun'ul epanjan% $i-e"enial el. @2= $an
@26/1 me"upakan %en $ik(n!in)u.
Sa!u peu$(en* e&ua# peu$(%en me"upakan alinan n(n-un%i(nal $a"i e&ua# %en*
&iaan)a a!u ekuen nukle(!i$a $apa! &e"u&a# e#in%%a in-(!mai &i(l(%i $i $alamn)a
menja$i !i$ak $apa! $i&a'a. Peu$(%en ini $inamakan TR?9 $an peu$(%en ini &e"#u&un%an
$en%an an%%(!a -un%i(nal $a"i kel(mp(k %en !"ipin(%en. 92 %en ekuen panjan% &e"ulan%*
ekuen !e"$apa! $i &e"&a%ai !empa! pa$a %en(m. Te"$apa! 8 !ipe u!ama %en(m panjan%
&e"ulan%* $inamakan LINE elemen nu'lea" panjan% )an% &e"elan%/elin% * elemen LTR
ujun% panjan% )an% &e"ulan% $an !"anp(" DNA. Dua mik"(a!eli!* e&u!an $i a!a
me"upakan ekuen $imana e&ua# m(!i- pen$ek &e"ulan% $alam !an$em. Sa!u $a"i mik"(
a!eli! $apa! $ili#a! $i &a,a# ini )an% mempun)ai m(!i- GA &e"ulan% e&an)ak 1< kali*
epanjan% ekuen >
9/ GAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGA
0/ 4T4T4T4T4T4T4T4T4T4T4T4T4T4T4T4T
Mik"(a!eli! ke$ua melipu!i < m(!i- TATT &e"ulan%.
Te"ak#i"* ki"a/ki"a 9 $a"i e%men 9k& pa$a %en(m manuia !e"&ua! $a"i
pe"e%an%an n(n %en* !i$ak &e"ulan%* a!u alinan DNA )an% &elum $ike!a#ui -un%in)a a!au
i%ni-ikan. Seuai $en%an in-("mai &i(l(%i )an% $iimpan)a* &ai $a!a ekuen &i(l(%i
$apa! &e"upa &ai $a!a p"ime" un!uk men)impan ekuen p"ime" aam nuklea! maupun
p"(!ein* &ai $a!a ekun$e" un!uk men)impan m(!i- ekuen p"(!ein* $an &ai $a!a !"uk!u"
un!uk men)impan $a!a !"uk!u" p"(!ein maupun aam nuklea!. Bai $a!a u!ama un!uk
ekuen aam nuklea! aa! ini a$alan% GenBank Ame"ika Se"ika!*EMBLE"(pa*$an
DDB+Dna Da!a Bank (- japan. Ke!i%a &ai $a!a !e"e&u! &eke"ja ama $an &e"!u!u" $a!a
e'a"a #a"ian un!uk menja%a keluaan ke'akupan main%/main% &ai $a!a. Sum&e" u!ama
$a!a ekuen aam nuklea! a$ala# u&mii lan%un% $a"i pa"ie! in$i5i$ual* p"()ek ekuen
%en(m* $an pen$a-!a"an pa!en. Selain &e"ii ekuen aam nuklea!* en!"i $alam &ai $a!a
ekuen aam nuklea! umumn)a men%an$un% in-("mai !en!an% jeni aam nuklea! DNA
a!au RNA* nama ("%anim um&e" aam nuklea! !e"e&u!* $an pu!aka )an% &e"kai!an
$en%an ekuen aam amin( nuklea!. Semen!a"a i!u* '(n!(# &e&e"apa &ai $a!a pen!in% )an%
men)impan ekuen p"ime" p"(!ein a$ala# PIR p"(!ein in-("mai "e(u"'e*USA* S,i/
P"(!EUR* $an T"EMBELEUR. Ke!i%a &ai $a!a !e"e&u! !ela# $i%a&un%kan $alam
UniP"(! )an% $i$anai e&a%ian &ea" (le# AS. En!"i $alam UniP"(! men%an$un% in-("mai
8/17/2019 ANALISIS GEN DAN HEMOLOGI PROTEIN
http://slidepdf.com/reader/full/analisis-gen-dan-hemologi-protein 5/20
!en!an% ekuen p"(!ein* nama ("%anim um&e" p"(!ein* pu!aka )an% &e"kai!an* $an
k(men!a" )an% umumn)a &e"ii penjelaan men%enai -un%i p"(!ein !e"e&u!.
BLAST me"upakan pe"kaka &i(in-("ma!ika )an% &e"kai!an e"a! $en%an pen%%unaan
&ai $a!a ekuen &i(l(%i. Peneluu"an BLAST pa$a &ai $a!a ekuen memun%kinkan %en
ejeni pa$a &e&e"apa ("%anime a!au un!uk meme"ika kea&a#an #ail ekuenin% maupun
un!uk meme"ika -un%i %en #ail ekuenin%. Al%("i!ma )an% men$aa"i ke"ja BLAST
a$ala# pen)ejaja"an ekuen. PDB a$ala# &ai $a!a !un%%al )an% men)impan m($el
!"u'!u"al !i%a $imeni p"(!ein $an aam nuklea! #ail penen!uan ekpe"imen!al $en%an
k"i!al(%"a-i/*pek!(k"(-i NMR $an mik"(k(pi ele'!"(n. PDB men)impan $a!a !"uk!u"
e&a%ai k(("$ina! !i%a $imeni )an% men%%am&a"kan p(ii a!(m/a!(m $alam p"(!ein
a!aupun aam nuklea!. Analii ekp"ei %en&Analii kla!e"in% ekp"ei %en pa$a kan%ke"
pa)u$a"a& Ekp"ei %en $apa! $i!en!ukan $en%an men%uku" ka$a" mRNA $en%an &e"&a%ai
ma'am !eknik. Teknik/!eknik !e"e&u! umumn)a $i!e"apkan pa$a analii ekp"ei %en kala
&ea" )an% men%uku" ekp"ei &an)ak %en* &a#kan %en(m $an men%#ailkan $a!a kala &ea".
Me!($e/me!($e pen%alian $a!a $i!e"apkan pa$a $a!a !e"e&u! un!uk mempe"(le# p(la/p(la
in-("ma!i5e. Se&a%ai '(n!(#* me!($e/me!($e k(mp"ai $i%unakan un!uk mem&an$in%kan
ekp"ei $ian!a"a %en/%en* emen!a"a me!($e/me!($e kla!e"in% $i%unakan un!uk mempa"!ii
$a!a !e"e&u! &e"$aa"kan keamaan ekp"ei %en.
Basis data sekuens biologis
Seuai $en%an jeni in-("mai &i(l(%i )an% $iimpann)a* &ai $a!a ekuen &i(l(%i
$apa! &e"upa &ai $a!a p"ime" un!uk men)impan ekuen p"ime" aam
nuklea! maupun p"(!ein* &ai $a!a ekun$e" un!uk men)impan m(!i- ekuen p"(!ein* $an
&ai $a!a !"uk!u" un!uk men)impan $a!a !"uk!u" p"(!ein maupun aam nuklea!. Bai $a!a
u!ama un!uk ekuen aam nuklea! aa! ini a$ala# GenBank Ame"ika
Se"ika!* EMBL E"(pa* $an DDB+(en) DNA Data Bank of Japan* +epan%. Ke!i%a &ai
$a!a !e"e&u! &eke"ja ama $an &e"!uka" $a!a e'a"a #a"ian un!uk menja%a keluaan 'akupan
main%/main% &ai $a!a. Sum&e" u!ama $a!a ekuen aam nuklea! a$ala# u&mii lan%un%
$a"i pe"ie! in$i5i$ual* p"()ek ekuenin%%en(m* $an pen$a-!a"an pa!en. Selain &e"ii
ekuen aam nuklea!* en!"i $alam &ai $a!a ekuen aam nuklea! umumn)a men%an$un%
in-("mai !en!an% jeni aam nuklea! DNA a!au RNA* nama ("%anime um&e" aam
nuklea! !e"e&u!* $an pu!aka )an% &e"kai!an $en%an ekuen aam nuklea! !e"e&u!.
Semen!a"a i!u* '(n!(# &e&e"apa &ai $a!a pen!in% )an% men)impan ekuen p"ime" p"(!ein
a$ala# PIR Protein Information Resource* Ame"ika Se"ika!* S,i/P"(! E"(pa*
8/17/2019 ANALISIS GEN DAN HEMOLOGI PROTEIN
http://slidepdf.com/reader/full/analisis-gen-dan-hemologi-protein 6/20
$an T"EMBL E"(pa. Ke!i%a &ai $a!a !e"e&u! !ela# $i%a&un%kan $alam UniP"(! )an%
$i$anai !e"u!ama (le# Ame"ika Se"ika!. En!"i $alam UniP"(! men%an$un% in-("mai !en!an%
ekuen p"(!ein* nama ("%anime um&e" p"(!ein* pu!aka )an% &e"kai!an* $an k(men!a" )an%
umumn)a &e"ii penjelaan men%enai -un%i p"(!ein !e"e&u!. BLAST Basic Local
Alignment Search Tool me"upakan pe"kaka &i(in-("ma!ika )an% &e"kai!an e"a! $en%an
pen%%unaan &ai $a!a ekuen &i(l(%i. Peneluu"an BLAST BLAST search pa$a &ai $a!a
ekuen memun%kinkan ilmu,an un!uk men'a"i ekuen aam nuklea! maupun p"(!ein )an%
mi"ip $en%an ekuen !e"!en!u )an% $imilikin)a. Hal ini &e"%una mialn)a un!uk
menemukan %en ejeni pa$a &e&e"apa ("%anime a!au un!uk meme"ika kea&a#an
#ail ekuenin% maupun un!uk meme"ika -un%i %en #ail ekuenin%. Al%("i!ma)an%
men$aa"i ke"ja BLAST a$ala# pen)ejaja"an ekuen. PDB Protein Data Bank * Bank Da!a
P"(!ein a$ala# &ai $a!a !un%%al )an% men)impan m($el !"uk!u"al !i%a
$imeni p"(!ein $an aam nuklea! #ail penen!uan ekpe"imen!al $en%an k"i!al(%"a-i ina"/
* pek!"(k(pi NMR $an mik"(k(pi elek!"(n. PDB men)impan $a!a !"uk!u"
e&a%ai k(("$ina! !i%a $imeni )an% men%%am&a"kan p(ii a!(m/a!(m $alam p"(!ein
a!aupun aam nuklea!.
Penyejajaran sekuens
Penyejajaran sekuens sequence alignment a$ala# p"(e pen)uunanCpen%a!u"an$ua a!au le&i# ekuen e#in%%a pe"amaan ekuen/ekuen !e"e&u! !ampak n)a!a. Hail
$a"i p"(e !e"e&u! ju%a $ie&u! e&a%ai sequence alignment a!au alignment aja. Ba"i
ekuen $alam ua!u alignment $i&e"i iipan umumn)a $en%an !an$a e$emikian "upa
e#in%%a k(l(m/k(l(mn)a memua! ka"ak!e" )an% i$en!ik a!au ama $i an!a"a ekuen/
ekuen !e"e&u!. Be"iku! a$ala# '(n!(# alignment DNA $a"i $ua ekuen pen$ek DNA )an%
&e"&e$a* ''a!'aa' $an 'aa!%%%'aa' !an$a F menunjukkan ke'('(kan a!au match $i
an!a"a ke$ua ekuen.
''a!///'aa'
F FF FFFF
'aa!%%%'aa'
Sequence alignment me"upakan me!($e $aa" $alam analii ekuen. Me!($e ini $i%unakan
un!uk mempelaja"i e5(lui ekuen/ekuen $a"i lelu#u" )an% ama common ancestor .
Ke!i$ak'('(kan mismatch $alam alignment $ia(iaikan $en%an p"(e mu!ai* e$an%kan
keenjan%an gap* !an$a $ia(iaikan $en%an p"(e ine"i a!au $elei. Sequencealignment mem&e"ikan #ip(!ei a!a p"(ee5(lui )an% !e"ja$i $alam ekuen/ekuen
8/17/2019 ANALISIS GEN DAN HEMOLOGI PROTEIN
http://slidepdf.com/reader/full/analisis-gen-dan-hemologi-protein 7/20
!e"e&u!. Mialn)a* ke$ua ekuen $alam '(n!(# alignment $i a!a &ia ja$i &e"e5(lui $a"i
ekuen )an% ama ''a!%%%'aa'. Dalam kai!ann)a $en%an #al ini* alignment ju%a $apa!
menunjukkan p(ii/p(ii )an% $ipe"!a#ankan conserve elama e5(lui $alam ekuen/
ekuen p"(!ein* )an% menunjukkan &a#,a p(ii/p(ii !e"e&u! &ia ja$i pen!in% &a%i
!"uk!u" a!au -un%i p"(!ein !e"e&u!. Selain i!u* sequence alignment ju%a $i%unakan un!uk
men'a"i ekuen )an% mi"ip a!au ama $alam &ai $a!a ekuen. BLAST a$ala# ala# a!u
me!($e alignment )an% e"in% $i%unakan $alam peneluu"an &ai $a!a ekuen.
Pem($elan p"(!ein k(mpa"a!i- comparative protein moelling me"amalkan !"uk!u"
ua!u p"(!ein &e"$aa"kan !"uk!u" p"(!ein lain )an% u$a# $ike!a#ui. Sala# a!u pene"apan
me!($e ini a$ala# pem($elan #(m(l(%i homolog! moelling * )ai!u p"e$iki !"uk!u" !e"ie"
p"(!ein &e"$aa"kan keamaan !"uk!u" p"ime" p"(!ein. Pem($elan #(m(l(%i $i$aa"kan pa$a !e("i &a#,a $ua p"(!ein )an% #(m(l(% memiliki !"uk!u" )an% an%a! mi"ip a!u ama
lain. Pa$a me!($e ini* !"uk!u" ua!u p"(!ein $ie&u! p"(!ein !a"%e! $i!en!ukan &e"$aa"kan
!"uk!u" p"(!ein lain p"(!ein !empla! )an% u$a# $ike!a#ui $an memiliki kemi"ipan ekuen
$en%an p"(!ein !a"%e! !e"e&u!. Selain i!u* pene"apan lain pem($elan k(mpa"a!i-
a$ala# protein threading )an% $i$aa"kan pa$a kemi"ipan !"uk!u" !anpa kemi"ipan ekuen
p"ime". La!a" &elakan% protein threaing a$ala# &a#,a !"uk!u" p"(!ein le&i# $ik(ne"5ai
$a"ipa$a ekuen p"(!ein elama e5(lui $ae"a#/$ae"a# )an% pen!in% &a%i -un%i p"(!ein
$ipe"!a#ankan !"uk!u"n)a. Pa$a pen$eka!an ini* !"uk!u" )an% palin% k(mpa!i&el un!uk ua!u
ekuen aam amin( $ipili# $a"i emua jeni !"uk!u" !i%a $imeni p"(!ein )an% a$a. Me!($e/
me!($e )an% !e"%(l(n% $alam protein threaing &e"ua#a menen!ukan !in%ka! k(mpa!i&ili!a
!e"e&u!.
Dalam pen$eka!an de novo a!au a" initio* !"uk!u" p"(!ein $i!en!ukan $a"i ekuen p"ime"n)a
!anpa mem&an$in%kan $en%an !"uk!u" p"(!ein lain. Te"$apa! &an)ak kemun%kinan $alam
pen$eka!an ini* mialn)a $en%an meni"ukan p"(e pelipa!an foling p"(!ein $a"i ekuen p"ime"n)a menja$i !"uk!u" !e"ie"n)a mialn)a $en%an imulai $inamika m(lekula" * a!au
$en%an (p!imiai %l(&al -un%i ene"%i p"(!ein. P"(e$u"/p"(e$u" ini 'en$e"un%
mem&u!u#kan p"(e k(mpu!ai )an% in!en* e#in%%a aa! ini #an)a $i%unakan $alam
menen!ukan !"uk!u" p"(!ein/p"(!ein ke'il. Be&e"apa ua#a !ela# $ilakukan un!uk men%a!ai
keku"an%an um&e" $a)a k(mpu!ai !e"e&u!* mialn)a $en%an upe"k(mpu!e" mialn)a
upe"k(mpu!e" Blue Gene 1 $a"i IBM a!au k(mpu!ai !e"$i!"i&ui istri"ute computing *
mialn)a p"()ek J(l$in%#(me maupun k(mpu!ai %"i$.
Analii ekp"ei %en
8/17/2019 ANALISIS GEN DAN HEMOLOGI PROTEIN
http://slidepdf.com/reader/full/analisis-gen-dan-hemologi-protein 8/20
Ekp"ei %en $apa! $i!en!ukan $en%an men%uku" ka$a" mRNA $en%an &e"&a%ai
ma'am !eknik mialn)a $en%an microarra! a!aupun Serial Anal!sis of #ene
$%pression Analii Se"ial Ekp"ei Gen* SAGE. Teknik/!eknik !e"e&u! umumn)a
$i!e"apkan pa$a analii ekp"ei %en kala &ea" )an% men%uku" ekp"ei
&an)ak %en &a#kan %en(m $an men%#ailkan $a!a kala &ea". Me!($e/me!($e pen%%alian
$a!a ata mining $i!e"apkan pa$a $a!a !e"e&u! un!uk mempe"(le# p(la/p(la in-("ma!i-.
Se&a%ai '(n!(#* me!($e/me!($e k(mpa"ai $i%unakan un!uk mem&an$in%kan ekp"ei $i
an!a"a %en/%en* emen!a"a me!($e/me!($e kla!e"in% clustering $i%unakan un!uk
mempa"!ii $a!a !e"e&u! &e"$aa"kan keamaan ekp"ei %en.
0. Ala! $an Ba#an
a. Ala! >
• K(mpu!e"
• 4#a"%e"
• M($em
• Ala! !uli
&. Ba#an >
• Si!u N4BI
• K($e %en
• NM129
• NM<1::.0
8. 4a"a Ke"ja
A. Analii ekp"ei Gen
Buka i!u N4BI
Ii k(!ak ea"'# nu'le(!i$e -(" $en%an nama %en )an% akan $ianalii k($e ke!e"an%an
#(m(apien
Pili# %en )an% akan $ianalii
4(p) ekuen $alam "e%i(n 4DS
Buka i!u N4BI la%i kemu$ian klik OJR Jin$e"
Maukan ekuen 4DS )an% !ela# $i/'(p) lan%ka# 8 ke k(l(m JASTA J("ma!/@
Klik O"- Jin$* akan mun'ul < -"ame
Klik -"ame !e"e&u! a!u/pe"a!u maka akanmun'ul ekuen aam amin( #ail
!"ank"ipi 4DS )an% !ela# $imaukan !a$i. 4a"ila# -"ame mana )an% me"upakan
8/17/2019 ANALISIS GEN DAN HEMOLOGI PROTEIN
http://slidepdf.com/reader/full/analisis-gen-dan-hemologi-protein 9/20
ekuen %en pen%k($e p"(!ein !a"%e! $en%an men'('(kan ekuen aam amin( )an%
$i$apa! $en%an ekuen aam amin( pa$a !ampilan a,al i$en!i!a %en -ea!u"e
B. H(m(l(%i p"(!ein
Buka i!u N4BI
Ii k(!ak ea"'# nu'le(!i$e -(" $en%an nama %en )an% akan $ianalii k($e ke!e"an%an
#(m(apien
Ten!ukan ua!u %en )an% akan $ianalii #(m(l(%i p"(!einn)a
Se!ela# mauk ke #alaman p%e euen'e 5ie,e"* klik link p"(!ein.
4(p) euen aam amin(n)a
Kelua" $a"i #alaman !e"e&u! a!au &uka i!u )an% ama. Klk menu BLAST
Pili# p"(!ein p"(!ein &la! Bla!p* klik. Pa!e ekuen aam amin( pa$a k(!ak
UER? un!uk men'a"i #(m(l(%in)a.
Tekan BLAST* e!ela# mun'ul #alaman &a"u* !ekan JORMAT. Akan mun'ul #ail
-("ma! pa$a ne, ,in$(,.
Lakukan analii le&i# lanju! men%enai #(m(l(%i p"(!ein !e"#a$ap ekuen aam
amin( )an% $imaukkan !a$i* )ai!u pa$a ("%amime elain #(m( apien*
pe"#a!ikan '("en)a* kilk main% main% ("%anime )an% e#(m(l(% un!uk
mem&an$in%kan "ei$u aam amin(n)a $en%an ue").
9. Da!a pen%ama!an
A. La!i#an Analii Ekp"ei %en
8/17/2019 ANALISIS GEN DAN HEMOLOGI PROTEIN
http://slidepdf.com/reader/full/analisis-gen-dan-hemologi-protein 10/20
K($e Gen > NM129
Nama Gen > H(m( apien e!"(%en "eep!("
4DS > 209...222
+umla# AA > 969 aa
J"ame S!a"! k($(n S!(p k($(n
1 2: T%a
2 8 T%a
2 2 T%a
0 / T%a
0 1 Taa
/1 2 T%a
/2 0 Ta%
/2 6 T%a
/0 1 T%a
B. Tu%a analii ekp"ei %en
K($e > NM<1::.0
Nama Gen > #(m( apien neu"al "e!ine leu'ine 3ippe"
4DS > 102...=89
+umla# AA > 20: aa
J"ame S!a"! k($(n S!(p k($(n
1 < T%a
2 2 Taa
/1 1 T%a
/2 2 !aa
4. La!i#an H(m(l(%i P"(!ein
K($e %en > NM129
Nama %en > #(m( apien e!"(%en "e'ep!("
8/17/2019 ANALISIS GEN DAN HEMOLOGI PROTEIN
http://slidepdf.com/reader/full/analisis-gen-dan-hemologi-protein 11/20
K($e p"(!ein > NP11<
N(
.
De'"ip!i(n Mak.
S'("e
1. E!"(%en "eep!(" i(-("m 1 1281
2. E!"(%en "eep!(" i(-("m 2 pan !"(%l($i!e 12260. E!"(%en "eep!(" i(-("m 2 pan pani'u 122=
8. E!"(%en "eep!(" i(-("m 2 pan a&elli 122:
9. E!"(%en "eep!(" i(-("m 2 ma'a'a -a'i'ula"i 122:
<. E!"(%en "eep!(" i(-("m 2 '(l(m&u an%eleni palia!u 1229
D. Tu%a #(m(l(%i p"(!ein
K($e %en > NM<1::.0
Nama %en > #(m( apien neu"al "e!ine leu'ine 3ippe"
K($e p"(!ein > NP<1<=
N(
.
De'"ip!i(n Mak.
S'("e
1. Neu"al "e!ina pei-ik leu'ine 3ippe" p"(!ein 8:0
2. Neu"al "e!ina pei-ik leu'ine 3ippe" p"(!ein p(n%( a&eli 8<6
0. Neu"al "e!ina pei-ik leu'ine 3ippe" p"(!ein papi( anu&i 8<:
8. Neu"al "e!ina pei-ik leu'ine 3ippe" p"(!ein i(-("m 0 au!u
na')mae
8<:
9. Neu"al "e!ina pei-ik leu'ine 3ippe" p"(!ein n(ma'u
leu'(%en)
8<:
<. Neu"al "e!ina pei-ik leu'ine 3ippe" p"(!ein ma'a'a nem!"ina 8<9
<. Pem&a#aan
Pa$a p"ak!ikum ini &e"!ujuan un!uk men%analii ekp"ei %en $an men$e!eki #ail
ekp"ei %en ju%a men'a"i #(m(l(%i %en pen%#ail p"(!ein !e"!en!u $a"i manuia $en%an
&e&e"apa ("%anim"e lain. P"a!ikum ini men%%unakan k($e NM129 )ai!u #(m(
apien e!"(%en "e'ep!(" 1 )an% memiliki 4DS 209...222 )an% $i%unakan un!uk la!i#an.
Dan k($e NM<1::.0 )ai!u #(m( apien neu"al "e!ina leu'ine 3ippe" )an% memiliki
8/17/2019 ANALISIS GEN DAN HEMOLOGI PROTEIN
http://slidepdf.com/reader/full/analisis-gen-dan-hemologi-protein 12/20
4DS 102...=89 )an% $i%unakan e&a%ai !u%a. P"a!ikum ini men%%unakan -aili!a ORI
Jin$e" Openin% Rea$in% J"ame pa$a i!u N4BI.
Ekp"ei %en $ie&u! ju%a $en%an "an%kaian a!au 5a"ian aam amin(. P"(e ekp"ei
%en $ia,ali $en%an !"ank"ipi DNA menja$i mRNA )an% kemu$ian menja$i p"(!ein.
Analii ekp"ei %en $ilakukan $en%an 'a"a meli#a! ekuen ua!u %en )an%
$iekp"eikan melalui in!ei p"(!ein $alam p"(e !"anlai.
Analii ekp"ei %en e&a%ai la!i#an $en%an k($e NM129 lalu $i lakukan
lan%ka# epe"!i $i 'a"a ke"ja $an $i$apa!kan #ail 6 -"ame )ai!u 1 $en%an 2: !a"! k($(n
$an !(p k($(nn)a !%a* 2 $en%an 8 !a"! k($(n $an !(p k($(nn)a !%a* 2 $en%an 2 !a"!
k($(n $an !(p k($(nn)a !%a* 0 !i$ak a$a !a"! k($(n $an !(p k($(n !%a* 0 $en%an 1
!a"! k($(n $an !(p k($(nn)a !%a* /1 $en%an 2 !a"! k($(n $an !(p k($(nn)a !%a* /2
$en%an 0 !a"! k($(n $an !(p k($(nn)a !a%* /2 $en%an 6 !a"! k($(n $an !(p k($(nn!a
!%a* /0 $en%an 1 !a"! k($(n $an !(p k($(nn)a !%a.
Analii ekp"ei %en e&a%ai !u%a $en%an k($e NM<1::.0 lalu $i lakukan
lan%ka# epe"!i $i 'a"a ke"ja $an $i$apa!kan #ail 8 -"ame )ai!u 1 $en%an < !a"! k($(n
$an !(p k($(nn)a !%a* 2 $en%an 2 !a"! k($(n $an !(p k($(nn)a !aa* /1 $en%an 1 !a"!
k($(n $an !(p k($(nn)a !%a* $an /2 $en%an 2 !a"! k($(n $an !(p k($(nn)a !aa.
Men'a"i #(m(l(% $a"i k($e NM129 e&a%ai la!i#an $an $ilakukan lan%ka#
epe"!i $i 'a"a ke"ja* $ipe"(le# #ail 9 peie )an% memiliki '("e makimal men$eka!i
E!"(%en "eep!(" i(-("m 1 )ai!u 1281 e&a%ai &e"iku!
E!"(%en "eep!(" i(-("m 2 pan !"(%l($i!e 1226
E!"(%en "eep!(" i(-("m 2 pan pani'u 122=
E!"(%en "eep!(" i(-("m 2 pan a&elli 122:
E!"(%en "eep!(" i(-("m 2 ma'a'a -a'i'ula"i 122:
E!"(%en "eep!(" i(-("m 2 '(l(m&u an%eleni palia!u 1229
Kelima Speie $i a!a memiliki ke$eka!an '("e $en%an k($e )an% $i'a"i. Dan
%am&a" $a"i kelima !e"e&u! !e"$apa! pa$a lampi"an.
Men'a"i #(m(l(% $a"i k($e NM<1::.0 e&a%ai !u%a $an $ilakukan lan%ka#
epe"!i $i 'a"a ke"ja* $ipe"(le# #ail 9 peie )an% memiliki '("e makimal men$eka!i
Neu"al "e!ina pei-ik leu'ine 3ippe" p"(!ein $en%an '("e 8:0 )aii!u e&a%ai &e"iku! >
Neu"al "e!ina pei-ik leu'ine 3ippe" p"(!ein p(n%( a&eli 8<6
Neu"al "e!ina pei-ik leu'ine 3ippe" p"(!ein papi( anu&i 8<:
Neu"al "e!ina pei-ik leu'ine 3ippe" p"(!ein i(-("m 0 au!una')mae
8<:
8/17/2019 ANALISIS GEN DAN HEMOLOGI PROTEIN
http://slidepdf.com/reader/full/analisis-gen-dan-hemologi-protein 13/20
Neu"al "e!ina pei-ik leu'ine 3ippe" p"(!ein n(ma'u leu'(%en) 8<:
Neu"al "e!ina pei-ik leu'ine 3ippe" p"(!ein ma'a'a nem!"ina 8<9
Kelima Speie $i a!a memiliki ke$eka!an '("e $en%an k($e )an% $i'a"i. Dan
%am&a" $a"i kelima !e"e&u! !e"$apa! pa$a lampi"an.
:. Keimpulan
a. Analii ekp"ei %en k($e %en NM129 memiliki 6 -"ame )an% men'e"minkan
ekp"ei %en ka"ena memiliki !a"! k($(n $an !(p k($(n. Se$an%kan k($e %en
NM<1::.00 memiliki 8 -"ame )an% men'e"minkan ekp"ei %en ka"ena memiliki!a"! k($(n $an !(p k($(n.
&. Be&e"apa ("%anime )an% e#(m(l(% $en%an H(m( apien e!"(%en an!a"a lain Pan
troglo!tes & simpanse '( Pan panicus & simpanse keril '( Pongo a"elii & )rangutan
Sumatera '( *acaca fascicularis & mon!et kra+mon!et ekor pan,ang '( -olo"us
angolensis palliates & Angola colo"us '. Se$an%kan ("%anime )an% e#(m(l(%
$en%an Neu"al "e!ina pei-ik leu'ine 3ippe" p"(!ein an!a"a lain p(n%( a&eli* papi(
anu&i* au!u na')mae* n(ma'u leu'(%en)* $an ma'a'a nem!"ina.
=. Da-!a" Pu!aka
An(nim 21<.Buku Pe!unjuk P"ak!ikum Bi(l(%i Sel M(lekula".Uni5e"i!a 7a#i$ Ha)im
Sema"an%
#!!p>CC,,,.n'&i.#lm.ni#.%(5 $iake !an%%al 8 ap"il 21<
?u,(n(* T"i,i&(,(. 29. Biologi *olekuler . E"lan%%a> +aka"!a.
Lampi"an
1. Analii ekp"ei %en la!i#an
K($e Gen > NM129
Nama Gen > H(m( apien e!"(%en "eep!("
8/17/2019 ANALISIS GEN DAN HEMOLOGI PROTEIN
http://slidepdf.com/reader/full/analisis-gen-dan-hemologi-protein 14/20
2. analii ekp"ei %en !u%a
K($e > NM<1::.0
Nama Gen > #(m( apien neu"al "e!ine leu'ine 3ippe"
8/17/2019 ANALISIS GEN DAN HEMOLOGI PROTEIN
http://slidepdf.com/reader/full/analisis-gen-dan-hemologi-protein 15/20
0. H(m(l(%i P"(!ein la!i#an
K($e %en > NM129
Nama %en > #(m( apien e!"(%en "e'ep!("
8/17/2019 ANALISIS GEN DAN HEMOLOGI PROTEIN
http://slidepdf.com/reader/full/analisis-gen-dan-hemologi-protein 16/20
8/17/2019 ANALISIS GEN DAN HEMOLOGI PROTEIN
http://slidepdf.com/reader/full/analisis-gen-dan-hemologi-protein 17/20
1. Pan !"(%l($)!e impane
2. Pan pani'u impane ke"$il
0. P(n%( a&elii O"an%u!an Suma!e"a
8. Ma'a'a -a'i'ula"i m(n)e! k"aCm(n)e! ek(" panjan%
8/17/2019 ANALISIS GEN DAN HEMOLOGI PROTEIN
http://slidepdf.com/reader/full/analisis-gen-dan-hemologi-protein 18/20
9. 4(l(&u an%(leni pallia!e An%(la '(l(&u
8. #(m(l(%i p"(!ein !u%a
K($e %en > NM<1::.0
Nama %en > #(m( apien neu"al "e!ine leu'ine 3ippe"
8/17/2019 ANALISIS GEN DAN HEMOLOGI PROTEIN
http://slidepdf.com/reader/full/analisis-gen-dan-hemologi-protein 19/20