Upload
others
View
2
Download
0
Embed Size (px)
Citation preview
4
BAB II
METODE
2.1 Prosedur Pengambilan dan Pengumpulan Informasi
Penulisan literature review ini dilakukan dengan cara mencari atau
mengumpulkan informasi dari literatur yang sesuai rumusan masalah melalui
online atau offline baik berupa buku, ensiklopedi, jurnal ilmiah, koran, majalah,
dan dokumen.
Pertanyaan klinis dari rumusan masalah adalah: “Apakah etiologi patogen
penyebab diare pada anak dalam 10 tahun terakhir?”
Analsis PICO
P: Etiologi patogen diare pada anak
I: Pemeriksaan laboratorium
C: Pemeriksaan PCR/kultur/serologi/mikroskopis
O: Jenis-jenis patogen penyebab diare
Dalam pencarian jurnal di internet, informasi yang didapatkan dengan
menggunakan beberapa kata kunci yang relevan melalui mesin pencari atau
database online seperti PubMed, google schoolar, dan 6 website SINTA dengan
keyword atau kata kunci (“Etiologi” “Patogen” “Penyebab” “diare pada anak”).
Jurnal yang digunakan berbahasa Inggris maupun bahasa Indonesia, dengan tahun
penerbitan 2010 sampai 2020 dengan kategori publikasi minimal terindeks Scopus
dan SINTA 4.
2.2 Analisis Informasi
Penulis pertama kali meninjau judul jurnal dan abstrak untuk kesesuaian proses
penyaringan berdasarkan kata kunci yang relevan dan memilah berdasarkan
identifikasi patogen dengan spectrum luas secara bersamaan. Sehingga tidak
memasukkan jurnal penelitian yang berdasarkan patogen tertentu saja. Informasi
yang dikutip berkaitan dengan populasi penelitian, pengaturan penelitian, definisi
diare, prevalensi masing-masing patogen, dan informasi patogen-patogen diare
5
yang diperlukan untuk dimasukkan dalam literature review. Selanjutnya
menganalisis data yang digunakan dengan cara analisis anotasi bibliografi
(annotated bibliography). Anotasi berarti suatu kesimpulan sederhana dari suatu
artikel, buku, jurnal, atau beberapa sumber tulisan yang lain, sedangkan bibliografi
diartikan sebagai suatu daftar sumber dari suatu topik. Dari kedua definisi tersebut,
anotasi bibliografi dapat simpulkan sebagai suatu daftar sumber- sumber yang
digunakan dalam suatu penelitian, dimana pada setiap sumbernya diberikan
simpulan terkait dengan apa yang tertulis di dalamnya. Oleh karena itu penulis akan
mencantumkan beberapa artikel yang digunakan sebagai referensi penulisan
literature review dalam bentuk table dibawah ini:
Judul Penulis Tahun
Rentan
g usia
anak
Jumlah
sampel
(jumlah
positif)
Jenis patogen
Virus Bakteri Parasit Fungi
Etiology of
Diarrhea,
Nutritional Outcomes,
and Novel
Intestinal Biomarkers
in
Tanzanian Infants
Gosselin
, et al
2017 6 mgg-
18 bl
123
(35+)
Rotavirus
8,9% (11)
E coli 5% (5),
Shigella 5,7%
(7), Campylobacter
(1)
Cryptosporidium
7,3% (9)
-
Detection of
Acute
Gastroenteritis Etiology
in
Hospitalized
Young Children:
Associated
Factors and Outcomes
Jamie
M, et al
2017 6-60 bl 331
(96+)
Rotavirus
33% (70)
C difficile 9,8%
(10);
Shigella (2); Salmonella (9);
Campylobacter
(2)
- -
Etiology of
Severe
Acute
Operario
DJ, et al
2017 0-60 bl 878
(840+)
Rotavirus,
Norovirus,
Adenovirus,
Shigella.
Salmonella,
Campylobacter.
Cryptosporidium -
6
Watery Diarrhea in
Children in
the Global Rotavirus
Surveillance
Network Using
Quantitative
Polymerase
Chain Reaction
Astrovirus E coli
Use of
quantitative
molecular diagnostic
methods to
assess the aetiology,
burden, and
clinical characteristi
cs of
diarrhoea in
children in low-
resource
settings: a reanalysis of
the MAL-
ED cohort
study
Platts-
Mills, et
al
2018 0-2 th 44.570
(40.406
+)
Adenovirus,
Astrovirus,
Norovirus, Rotavirus,
Campylobacter,
E coli,
Shigella,
Cryptosporidium -
Potential
Diarrheal
Patogens
Common Also in
Healthy
Children in Angola
Pelkonen
T, et al
2018 0-59 bl 194
(98+)
Adenovirus
7 (4%),
Astrovirus 7
(4%), Norovirus
43 (22%),
Rotavirus 40 (21%),
sapovirus 22
(11%)
E. coli 100
(52%), Shigella 29
(15%), Campylobacter 29
(15%),
Salmonella 2 (1%)
Giardia 27
(14%), Cryptosporidium
22 (11%), Entamoeb
a 7 (4%)
-
Bacterial and viral
etiology of
childhood
Bonkoungou IJ, et
al
2013 0-59 bl 283 (181+)
Rotavirus 85 (30%),
Adenovirus
14 (5%),
Shigella 16 (6%).
Salmonella 24
(9%),
- -
7
diarrhea in Ouagadougo
u, Burkina
Faso
Campylobacter 5 (25).
E coli 67 (24%)
Patogen-specific
burdens of
community diarrhoea in
developing
countries (MAL-ED):
a multisite
birth cohort
study
Platts-Mills, et
al
2015 0-24 bl 2.145 Astrovirus, Norovirus,
Rotavirus
Campylobacter, E coli,
Shigella
Giardia, Cryptosporidium
-
Etiology
and
Epidemiolo
gy of Diarrhea in
Hospitalized
Children from Low
Income
Country: A Matched
Case-
Control
Study in Central
African
Republic
Breurec
S, et al
2016 0-59 bl 666
(568+)
Adenovirus
37 (11,1%),
Astrovirus
48 (14,4%) Norovirus
46 (13,8%),
Rotavirus 145 (43,7%)
E coli 72
(21,6%),
Shigella 94
(28,2%), C
Cryptosporidium
51 (15,3%),
Entamoeba 11
(3,3), Giardia 29 (8,7%)
-
Aetiology of diarrhoeal
disease and
evaluation of viral–
bacterial
coinfection in children
under
5 years old
in China: a matched
case–control
study
Li L, et al
2016 0-59 bl 922 (377+)
Rotavirus 40,6%,
Norovirus
24,7%, Adenovirus
10,9%,
Shigella (18,6%),
Salmonella, Ca
mpylobacter
- -
8
Real-time PCR
identificatio
n of agents causing
diarrhea in
Rwandan children less
than 5 years
of age
Kabayiz
a JC, et
al
2014 6-60 bl 544 (511+)
rotavirus (42%),
adenovirus
(39%),
E coli (21%), Shigella (13%),
Campylobacter
(14%)
- -
Real-Time PCR
Threshold
Cycle
Cutoffs Help To
Identify
Agents Causing
Acute
Childhood Diarrhea in
Zanzibar
Elfving K, et al
2014 2-59 bl 330 (293+)
norovirus (19%),
rotavirus
(9,1%)
Shigella (20%), E coli (16%)
Cryptosporidium(25%),
-
Detection of
23 Gastrointesti
nal Patogens
Among
Children Who
Present
With Diarrhea
Stockma
nn C, et al
2017 0-17 th 1089
(561+)
adenovirus
(7%), sapovirus
(6%),
rotavirus
(4%), astrovirus
(2%)
Clostridium
difficile (16%), E coli (15),
Salmonella
(2%),
Campylobacter (1%).
Giardia (4%) -
Tabel 2.1 Analisa Anotasi Bibliografi pada Jurnal yang Mengidentifikasi
Patogen Secara Luas.
9
Tabel 2.2 Jenis Pemeriksaan Laboratorium yang digunakan pada jurnal
Penulis Tahun
Jenis pemeriksaan patogen
PCR Kultur Mikroskopis Serologis
Gosselin, et al 2017 Virus, Bakteri,
Parasit
- - -
Jamie M, et al 2017 Bakteri Bakteri - Virus
Operario DJ, et
al
2017 Virus, bakteri,
parasit
- - -
Platts-Mills, et al 2018 Virus, bakteri,
parasit
- - -
Pelkonen T, et al 2018 Virus, bakteri,
parasit
- - -
Bonkoungou IJ,
et al
2013 Virus, bakteri Bakteri - -
Platts-Mills, et al 2015 Virus, bakteri Bakteri - Virus, bakteri, parasit
Breurec S, et al 2016 Bakteri, parasit Bakteri - Virus, parasit
Li L, et al 2016 Virus, bakteri - - -
Kabayiza JC, et
al
2014 Virus, bakteri - - -
Elfving K, et al 2014 Virus, bakteri,
parasite
- - -
Stockmann C, et
al
2017 Virus, bakteri,
parasite
- - -