Bioinformática: DR_2283

Aida Moreno Moral Pablo Mier MuñozClaudia Lucía Millán Nebot

1.- INTRODUCCIÓN1.- INTRODUCCIÓN

Organismo Deinococcus radiodurans

Resistente a altos niveles de radiación y desecación

Phylum Deinococcus-Thermus

Completamente secuenciado

1.- INTRODUCCIÓN1.- INTRODUCCIÓN

Gen DR_2283 (AC = Q9RS44). Implicado en mecanismos de acumulación de Mn.

Posiblemente se trate de un Posiblemente se trate de un transportador del tipo ABC de transportador del tipo ABC de

iones metálicosiones metálicos

¡Putative!Predicho no por

similaridad

Problema inicial encontrado

No es fácil No es fácil buscar homólogos de esta proteína

En humanos no se encuentra….

En ratones tampoco….

¿Qué hacemos? ¡BLAST !

1.- INTRODUCCIÓN1.- INTRODUCCIÓN

2.- BLAST INICIAL2.- BLAST INICIAL

• BLAST inicial orientativo• Resultado Resultado Homólogos en los siguientes

microorganismos:

Deinococcus

geothermalis(84%)

deserti(81%)

Haemophilus influenzae (40%) - Revisado

Bacillus halodurans (43%) - Revisado

Listeria monocytogenes (42%) - Revisado

Listeria monocytogenes

D. geothermalisD. deserti

D.Rad vsD.Rad vs D. geotermalis D. geotermalis (aa 15/5)(aa 15/5)D.Rad vs D.Rad vs D. deserti D. deserti (aa 15/5)(aa 15/5)

PROTEÍNA PROTEÍNA SINSIN ANOTACIONES ANOTACIONES POSICIONALESPOSICIONALES

3-DOT PLOTS3-DOT PLOTS5 realizados 5 realizados

inicialmente (CDS y inicialmente (CDS y proteína)proteína)

5 realizados 5 realizados inicialmente (CDS y inicialmente (CDS y

proteína)proteína)

D.Rad vs D.Rad vs Bacillus haloduransBacillus halodurans (aa 15/5) (aa 15/5) D.Rad vs D.Rad vs Haemophilus Haemophilus influenzae (aa 15/5)

Bacillus vs Haemophilus Bacillus vs Haemophilus

aa 15/5aa 15/5

Haemophilus Influenziae Bacillus Halodurans

D.Rad vs D.Rad vs Listeria monocytogenes Listeria monocytogenes (aa similares)(aa similares)D.Rad vs D.Rad vs Listeria monocytogenesListeria monocytogenes (aa 15/5) (aa 15/5)

Se necesitan realizar más análisis para confirmar estos resultados (BLAST de los dominios, más dot plots,...).

Primer acercamiento hacia posibles anotaciones en nuestra proteína

Se necesitan realizar más análisis para confirmar estos resultados (BLAST de los dominios, más dot plots,...).

Primer acercamiento hacia posibles anotaciones en nuestra proteína

4- Análisis BLAST4- Análisis BLAST

A excepción de los dos miembros de su género, el resto de los homólogos A excepción de los dos miembros de su género, el resto de los homólogos encontrados encontrados no tienen un porcentajeno tienen un porcentaje de identidad elevado. Se han escogido dos más de identidad elevado. Se han escogido dos más

del phylum, y otras bacterias representativas, buscando además que se tratara de del phylum, y otras bacterias representativas, buscando además que se tratara de proteínas revisadas proteínas revisadas de las que poder obtener más informaciónde las que poder obtener más información

Sobre dominios conservadosSobre dominios conservados

4- Análisis BLAST4- Análisis BLAST

• ¿Los dominios de unión a ATP y a metales ¿Los dominios de unión a ATP y a metales son muy específicos o permiten aminoácidos son muy específicos o permiten aminoácidos similares?similares?

• Si dichos dominios tampoco están anotados Si dichos dominios tampoco están anotados en los homólogos, ¿cómo los en los homólogos, ¿cómo los caracterizamos?caracterizamos?

• ¿Hasta qué punto los parámetros usados ¿Hasta qué punto los parámetros usados para el Blast y el Dot-Plot son los para el Blast y el Dot-Plot son los adecuados?adecuados?

• ¿...?¿...? y sugerencias…y sugerencias…