Chapitre I Les infections et les agents causals

UNIVERSITE KASDI MERBAH, OUARGLA

FACULTE DES SCIENCES DE LA NATURE ET DE LA VIE

DEPARTEMENT DES SCIENCES BIOLOGIQUES

Mémoire

MASTER ACADEMIQUE

Domaine: Sciences de la nature et de la vie

Filière : Biologie

Spécialité : Microbiologie appliquée

Présenté par: Lazoul Khadidja

Rabhi Imane

Thème

Thème

Soutenu publiquement

Le : 10/06/2014

Devant le jury :

BAYOUSSEF Zahia (MCB) Président UKM Ouargla.

OULD EL HADJ KHELIL A (Professeur) Encadreurs UKM Ouargla.

YAGOUBAT Monira (Doctorant) Co-Encadreur UKM Ouargla.

DAOUADJI DJALlOUL Somia (MAA) Examinateur UKM Ouargla.

BOUAL Zakaria (MAA) Examinateur UKM Ouargla.

Année universitaire: 2013/2014

Etudes des mécanismes de résistance

bactérienne aux antibiotiques dans la

région de Touggourt

Remerciement

Nous remercions très chaleureusement notre encadreur Mme.

OULD EL HADJ KHELIL AMINA, professeur à l’université

Kasdi Merbah-Ouargla, qui n’a ménagé aucun effort pour que ce mémoire

puisse voir le jour. Nous lui exprimons notre gratitude

De nous avoir fait confiance, et pour l’intérêt qu’elle a porté à ce travail

en acceptant de diriger cette étude.

Nos vifs remerciements et notre profonde gratitude S’adressent à notre

Co-Encadreur Melle YAGOUBAT Mounira, d’avoir accepté de

Nous encadrer, nous la remercions infiniment pour son aide et ses conseils

judicieux durant l’élaboration de ce travail.

Nous remercions l’ensemble du jury, Mme. Bayoussef Zahia Ph.D à

l’U.K.M.O., on lui exprime notre gratitude pour avoir accepter

de présider le jury de notre soutenance, et Mme Daouadji Djalloul Somia.,

maitre Assistant A à l’U.K.M.O, qui ont bien voulu examiner ce travail,

aussi Mr Boual Zakaria., maitre Assistant A à l’U.K.M.O.

Nos remerciements vont également à tous les enseignants de notre cursus

Universitaire qui a contribué à notre formation.

A tous les professeurs, et travailleurs au département de biologie

sans exception, à toute l’équipe de l’Hôpital Slimane Amirat Touggourt

pour leur aide et surtout pour leur gentillesses.

Nous remercions enfin toute la promotion de

Master II microbiologie Appliquée

Toutes les personnes qui nous ont apporté leur Soutien

et qui ont contribué de prés ou de loin

à la réalisation de Ce travail.

Liste des abréviations

ADN: Acide désoxyribonucléique.

ARNm: Acide ribonucléique messager.

ARNt: Acide ribonucléique transférase.

ARNr: Acide ribonucléique ribosomique.

PLP: protéine liant les pénicillines.

R: Résistant.

S: Sensible.

MH: Milieu Muller-Hinton.

BGT: Bouillant Glucose tamponné.

TDA: Tryptophane désaminase.

BAAR: bacilles acido-alcoolo-résistants.

ADH: Arginine Dihydrolase.

LDC: Lysine Décarboxylase.

ODC: Orinithine Décarboxylase.

H2S: Hydrogéne sulfuré.

GEL: Gelatine.

URE: Urea

CIT: Citrate

VP: Réactif I de voges proskauer.

OMS: Organisation Mondiale de la Santé.

CA-SFM: Comité de l'antibiogramme de la société Française de Microbiologie.

CMI: Concentration minimale inhibitrice.

C3G: Céphaosporines de troisième génération

P: Pénicilline.

AX: Amoxycilline

AM: Ampicilline .

CTX: Céfotaxime.

FOX: Cefoxitine .

CN: Gentamycine.

K: Kanamycine.

C: Chloramphénicol.

L: Lincomycine.

VA: Vancomycine.

CT: Colistine.

CT: Colistine.

OFX: Ofloxacine.

CO2: Dioxyde de carbone

Zn2+

: Zinc.

Na Cl: Chlorure de sodium.

Fr: Fer

°C: Degré celsius.

Liste des tableaux

N° du tableau Titre Page

I Antibiotiques bactériostatiques et bactéricides 24

II Principaux mécanismes connus de résistance aux antibiotiques 41

III

Les antibiotiques utilisés pour la réalisation d'antibiogramme

au laboratoire de bactériologie à l'établissement publique de

l'hôpital "Slimane Amirat" Touggourt

44

IV Aspect macroscopique des souches isolées 53

V Aspect microscopique des souches isolées 53

VI Les tests biochimiques des soches bactériennes isoliées 54

Tableau des matières

Résumé

Liste des abréviations

Liste des tableaux

Liste des figures

Introduction 01

Partie bibliographique Chapitre I : Les infections bactériennes et les agents causals

I. Les infections 03

I.1. Définition et déterminants de l'infection 03

I.2.les principaux types d’infections 03

I.2.1. Les infections du système nerveux central 03

I.2.2. Infections de la peau et des tissus mous 04

I.2.3.Infections des voies respiratoires 04

I.2.4.Infections cardiovasculaires 06

I.2.5.Infections musculosquelettiques 06

I.2.6.Infections gastro-intestinales 07

I.2.7. Infections des voies urinaires 08

I.2.8. Infections des voies génitales 08

I.2.9. Septicémies 09

II. Les Agents causals 09

II.1. Cocci 11

II.1.1. Cocci aérobies à Gram positif 12

II.1.2. Cocci aérobie à Gram négatif 13

II.2. Bacilles 13

II.2.1.Bacilles aérobie à Gram négatif 13

II.2.2.Bacilles aérobies à Gram positif 20

II.2.3.Bacilles anaérobies à Gram positif 20

Chapitre II : Les Antibiotiques II.1.Historiques 23

II.2.Définition 23

II.3. Classification des antibiotiques 24

II.3.1. B-lactamines 24

II.3.2.Aminoglycosides 27

II.3.3. Tétracyclines 28

II.3.4. Macrolides 29

II.3.5. Glycopeptides 29

II.3.6. Rifamycines 30

II.3.7. Sulfamides 30

II.3.8. Quinolones 30

II.3.9.Phénicols 31

II.4. Mode d’action des antibiotiques 31

1. Synthèse de la paroi 32

2. Synthèse (la réplication) des acides nucléiques et de leurs précurseurs 32

3. Synthèse des protéines (la traduction) 33

4. Membrane 33

Chapitre III : la résistance des bactéries aux antibiotiques

III.1.Evolution des bactéries vers la résistance aux antibiotiques 35

III.2.Résistance bactérienne aux antibiotiques 35

III.2.1.Définition 35

III.2.2.Types de résistance 36

III.2.2.1. Résistance naturelle 36

III.2.2.2.Résistance acquise 36

III.3. Les supports génétiques de la résistance 37

III.3.1.Résistance par mutation chromosomique 37

III.3.2.Résistance par l’acquisition des gènes 38

III.4. Mécanismes de résistance bactérienne aux antibiotiques 38

III.4.1.Perméabilité limitée à l’antibiotique 39

III.4.2.Absence ou diminution de l’affinité de récepteur a l’antibiotique (ou

modification de la cible)

40

III.4.3. Production d’enzymes inactivant les antibiotiques 40

III.4.4. Excrétion de l’antibiotique par un mécanisme d’efflux 41

Partie pratique Chapitre I : Matériel et méthodes

I. Méthodologie 42

I.1. Objectif du travail 42

I.2.Lieu d’étude 42

I.3. Matériel 43

I.3.1.Instruments et appareillages 43

I.3.2. Réactifs utilisés 43

I.3.3. Milieux de culture 44

I.3.4.les antibiotiques 44

II. Méthode 45

II.1.Prélèvement 45

II.2. Isolements 48

II.3.Purification et identification 49

Chapitre II : Résultats et discussions

II.1. Résultats 51

II.1.1. Résultats d'étude rétrospective 51

II.1.1.1. Répartitions des souches isolées selon le sexe des patients 51

II.1.1.2.Répartitions des souches isolées selon l'âge des patients 51

II.1.1.3.Répartitions des souches isolées selon l'agent causal 51

II.1.1.4.Répartition des souches isolées selon le type de prélèvement 51

II.1.1.5.Répartition des souches isolées selon les services 52

II.1.1.5.1. Diversité spécifiques des bactéries isolées selon services 52

II.1.2.Résultats d'étude prospective 52

II.1.2.1.Recueil des souches 52

II.1.2.1.1.Répartition des souches par services 55

II.1.2.1.2.Répartition des souches selon le type de prélèvements 55

II.1.2.1.3.Diversité des souches isolées 56

II.1.2.1.4.Répartition des souches selon sexe des patients 56

II.1.2.1.5.Répartition des isolées par tranche d'âge des patients 56

II.1.2.2.Résistances des souches isolées vis-à-vis des antibiotiques 56

II.1.2.2.1.Antibiorésistance des souches selon les caractéristiques de la

population

56

a. Antibiorésistance des souches isolées selon l'âge 56

b. Antibiorésistance des souches isolées selon sexe 57

c. Antibiothérapie préalable 57

II.1.2.2.2.Taux de résistance par services 57

II.1.2.2.3.Taux de résistance des souches selon le type de prélèvement 57

II1.2.2.4.Taux de résistance par espèces 57

II.2. Discussions. 58

Conclusion 60

Références bibliographiques

Annexe

Liste des figures

N° de figure Titre Page

01 Structure Noyau de β Lactamine 24

02 structure de base de pénicilline 25

03 Structure de base des céphalosporines 26

04 structure de noyan carbapèmes 27

05 Structure des aminosides 27

06 Structure des tétracyclines 28

07 Structure des macrolides 29

08 Structure des glycopeptides 29

09 Structure des rifamycines 30

10 Structure des sulfamides 30

11 Structure des quinolones 30

12 Structure de phénicols 31

13 Représentation schématique des quatre grandes classes

de cibles antibactériennes

32

14 Historique de la résistance des bactéries aux

antibiotiques

35

15 Supports génétiques de la résistance 37

16 Représentation schématique des grands principaux

mécanismes de résistance

38

17 Répartition des infections bactériennes selon les

années

51

18 Répartition des souches isolées selon le sexe des

patients

51

19 Répartition des souches isolées àselon l'age des

patients

51

20 Diversité des espèces isolées 51

21 Répartition des souches isolées selon le type de

prélèvement

51

22 Répartition des souches isolées selon les services 52

23 Diversité des bactéries isolées selon le service de la

chirurgie général

52

24 Diversité des bactéries isolées selon le service de

médecine interne

52

25 Diversité des bactéries isolées selon pavillon d'urgence 52

26 Répartition des souches isolées par des services 55

27 Répartition des souches isolées selon le type de

prélèvement

55

28 Répartition des souches isolées à partir des espèces 56

29 Répartition des souches isolées selon le sexe des

patients

56

30 Répartition des souches isolées selon la tranche d'age

des patients

56

31 Taux de résistance des souches isolées selon l'age des

patients

56

32 Taux de résistance des souches isolées selon sexe des

patients

57

33 Taux de résistance des souches isolées selon les

services

57

34 Taux de résistance des souches isolées selon types de

prélèvements

57

35 Taux de résistance selon les espèces bactériennes

isoles

57

Introduction

Introduction

Page 1

INTRODUCTION

Ces dernières années, Les maladies infectieuses se sont considérablement diversifiées

et sont devenues de plus en plus difficiles à prévenir, à diagnostiquer et à traiter. De plus, bien

que ces infections soient avant tout en rapport avec les activités hospitalières, la médecine

extra-hospitalière est également concernée, notamment en raison de l'évolution de la prise en

charge ambulatoire de situations toujours plus complexes.

D'autre part, des infections que l'on croyait maîtrisées, telles la tuberculose, les

infections à staphylocoques, pneumocoques ou entérocoques deviennent à nouveau des soucis

majeurs en raison de l'apparition de souches résistantes liées à l'utilisation des antibiotiques

qui avaient dans un premier temps permis leur contrôle (Tremblay, 2007).

L’efficacité remarquable des antibiotiques s’est accompagnée de leur utilisation

massive et répétée en santé humaine et animale. Ce phénomène a généré une pression de

sélection sur les bactéries, qui ont développé des systèmes de défense contre ces molécules,

conduisant ainsi à l’apparition de la résistance à l'antibiotique (SOUSSY, 2007).

Ponctuelles au départ, ces résistances sont devenues massives et préoccupantes.

Certaines souches sont multirésistantes et d’autres sont même devenues toto-résistantes, ce

qui place les médecins dans une impasse thérapeutique (FRASCA et al, 2008).

L’étude des agents bactériens à l’origine de diverses infections ainsi que leur

sensibilité a fait l’objet de nombreux travaux en Algérie et dans le monde. Le sud Algérien

n’ayant pas fait l’objet de ces investigations.

Face à ce constat, nous tentons à travers la présente étude de rechercher les

principales infections rencontrées dans la région de Touggourt et d’étudier la sensibilité des

bactéries impliquées (face aux antibiotiques utilisés en thérapie médicale).

Ainsi, cette étude menée au niveau de l’EPH de Touggourt a pour objectifs :

Etude statistique de l’évolution des infections bactériennes identifiées allant de janvier

2006 jusqu’à décembre 2013 (8 ans) ;

L’isolement et identification des germes les plus fréquemment rencontrés au niveau du

laboratoire d’analyses bactériologique à partir des liquides pathologiques divers ;

Détermination de la sensibilité et la résistance aux antibiotiques de ces bactéries

isolées.

Introduction

Page 2

La première partie de ce travail réservée à la synthèse biologique, décrit le contexte

général dans lequel se situe notre étude, c’est-à dire la présentation des principales infections

bactériennes rencontrées ainsi que leur principaux agents causals. Ensuite, la place de

l’antibiothérapie et ses différents volées : les antibiotiques, leur classification, leur modes

d’action, les mécanismes de résistances développés et mises en œuvre par les bactéries pour

échapper à l’action des antibactériens.

La partie expérimentale regroupe d'une part, l’ensemble des dispositifs expérimentaux,

de l’appareillage de mesure, de la méthodologie adoptée, et d'autre part les résultats obtenus

et leur discussion.

Le travail se termine par une conclusion rassemblant l’ensemble des résultats et

l’énoncé de perspectives qui pourraient constituer une suite intéressante à cette étude.

Partie

Bibliographique

Chapitre I

Les infections et les agents causals

Chapitre I Les infections et les agents causals

Page 3

I. LES INFECTIONS

I.1. Définition de l'infection

L'infection est un phénomène microbien caractérisé par une réponse inflammatoire liée

à la présence ou à l'invasion des tissus normalement stériles par des microorganismes (BEN

CHABAANE, 2003).

Pour qu’un agent pathogène puisse induire une maladie infectieuse il faut qu'il soit

capable de:

Se transmettre de l'origine vers l'hôte;

S'adhérer et de coloniser l'hôte;

Se multiplier et se développer dans l'hôte;

Echapper aux mécanismes de défense de l'hôte;

Avoir des capacités de nuire à l'hôte (PRESCOTT et al., 2003).

On appelle infection nosocomiale (du grec, nosos : maladie et komein : se

soigner) (LIBRAIARIE, 1980) toute infection contractée à l’hôpital. Le mot

contractée à l’hôpital exclut les infections existant ou en incubation à l’entrée à

l’hôpital et incluent certains infections s’expriment après la sortie. Le délai

d’acquisition minimum est fixé arbitrairement à 48 heures entre l’admission à

l’hôpital et les premiers symptômes. Ce délai correspond à la durée d’incubation

minimum d’une infection aiguë liée à une bactérie à croissance rapide. Il est fixé

de façon arbitraire afin de faciliter le tri entre infection communautaire et infection

nosocomiale (BORREL, 2000) Certains infections se manifestent même après

plusieurs mois suivant l’hospitalisation ce sont les infections lentes. Les infections

rapides sont celles qui apparaissent après une période d’incubation relativement

courte (HYGIE, 1987; BENCHABAANE, 2003)

I.2.LES PRINCIPAUX TYPES D’INFECTIONS

I.2.1. Infections du système nerveux central

I.2.1.1. Abcès cérébraux

Est une encéphalite circonscrite la suppuration de parenchyme ces suite à une

infections voisinage (otite, sinusite, abcès), ou général comme une maladie Osler graissée sur


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une cardiopathie, le plus sauvent congénitale.

L'enkystement de l'abcès le rond inaccessible aux antibiotiques et explique le tableau

clinique pseudotumorale s'aggravant en peu de temps.

I.2.1.2. Méningites

Encéphalites et méningites

Les céphalées les vomissements et la constipation constituent des trépieds

méningitiques. L'étude de liquide céphalorachidienne (LCR) est indispensable, il permet de

différencié une hémorragie méningites, purulente ou d'une méningite à liquide claire.

Hémorragie méningites: un coma s'installe rapidement avec un syndrome pyramidal.

Méningites purulentes: un tableau d'infection sévère avec des arthralgies et des lésions

cutanées. Le LCR est purulente

Méningite à liquide claire: elles surviennent principalement au cours d'infections

virales: la poliomyélite en tireur aigue, oreillon, herpes, typhoïdes (JEAN, 2008)

I.2.2. Infections de la peau et des tissus mous

Phlegmon ou infection de partie molles d'un doigt, est une lésion fréquente dont la

prise en charge rapide, par fois médicale mais le plus souvent chirurgicale, doit permettre

d'évité des complications par fois redoutables.

Phlegmon des gains digitales, infections des gaines synoviales péri tendineux et est

urgence dont le traitement obligatoirement chirurgicale (JEAN, 2005).

I.2.3.Infections des voies respiratoires

a. Supérieures (nez-gorge-oreilles)

L'infection des voies respiratoires supérieures survient lorsque les sécrétions produites

sont retenues par l'obstruction du conduit chargé de les évacuer.

Etant donné que les voies respiratoires supérieures sont en contact direct avec l'atmosphère,

les infections seront causées par des germes aériens, c'est-à-dire, dans la plupart des cas, des

virus. Néanmoins, l'inflammation locale peut favoriser la multiplication des bactéries qui

causent alors une surinfection.


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Pharyngites et laryngites sont généralement d'origine virale et il faut résister à l'idée

de traiter systématiquement avec un antibiotique.

Les pharyngites bactériennes typiques (pharyngites streptococciques (S. pyogenes).

Les sinusites sont dues à la contamination des sinus, le plus souvent via l'ostium.

L'agent infectant est dans 50% des cas un Streptococcus pneumoniae ou un Haemophilus

influenzae, mais il peut s'agir aussi d'un S. pyogenes, S. aureus. En outre, chez l'adulte, des

anaérobies sont associés à ces germes dans 6% des cas surtout pour les formes chroniques

Les otites externes proviennent généralement d'une infection par la flore cutanée (S.

aureus, corynebactéries) mais parfois aussi par une bactérie invasive (Pseudomonas).

Les otites de l'oreille moyenne sont fréquentes chez les enfants. Selon certains, elles

sont liées ou tout le moins favorisées par une anomalie anatomique de la trompe d'Eustache

qui favorise, particulièrement chez l'enfant, l'obstruction, et donc l'infection, en amont de ce

conduit.

Les otites guérissent spontanément dans 85 % des cas (un traitement symptomatique

de la douleur suffit). Il faut cependant surveiller leur évolution et les soigner correctement car

elles peuvent éventuellement entrainer des séquelles auditives (diminution de l’ouïe) à moyen

et plus long terme.

Les germes les plus fréquents sont S. pneumoniae, les streptocoques du groupe A,

Haemophilus influenzae (fréquent chez l'enfant de moins de 5 ans), Moraxella et S. aureus

(fréquent chez l'enfant de moins de 3 mois).

b. Inférieures

L'appareil respiratoire constitue une importante surface d'échange entre le milieu

extérieur et l'organisme, ce qui le rend vulnérable aux agents infectieux. Des moyens de

défense assurent toutefois la stérilité des voies aériennes sous-glottiques:

Filtration de l'air, toux, activité mucocilaire, activité phagocytaire des macrophages et des

polymorphonucléaires, sécrétions pulmonaires, immunité humorale et cellulaire.

C'est le plus souvent un déficit transitoire dans ces moyens de défense qui conduit à

l'infection respiratoire basse.


Page 6

Les bronchites aiguës

Sont généralement d'origine virale mais peuvent s'accompagner de surinfections bactériennes

par Haemophilus et Streptococcus. Elles sont plus rarement causées primitivement par des

bactéries telles que Mycoplasma pneumoniae, Bordetella pertussis ou Chlamydia

pneumoniae. (PAUL et al., 2008).

Les bronchites chroniques

Est une maladie caractérisée par une limitation de flux aérienne qui n'est pas

totalement réversible. Cette limitation est habituellement progressive et associe à une réponse

inflammatoire anormale des poumons à des particules ou gaz nofice (MEKIDECHE, 2006)

Les pneumonies

Sont des affections aigue localisé au niveau des vois aériennes inferieurs et des

parenchymes pulmonaire (pneumopathie commentaires, pneumonie) survolent en d'hors des

milieux hospitalier (différencie de pneumopathie nosocomiales acquis) (TAHAR, 2002)

I.2.4.Infections cardiovasculaires

Est une infection microbienne de l'endothélium valvulaire ou non valvulaire,

des prothèses valvulaires ou de tout matériel prothétique intracardiaque.

La lésion caractéristique de l'endocardite est la végétation, formé d'un amas fibrine et

des plaquettes de au sain du quelle prolifèrent de bactérie ou des champignons. On distingue

classiquement:

Endocardite aigüe (Staphylococcus aureus, S. pneumocoque)

Endocardite subaigüe ou lente (Streptococcus viridans, S. epidermidis) (ALAIN,

2005)

I.2.5.Infections musculosquelettiques

Les infections des os sont appelées ostéomyélites. Elles peuvent, soit d'origine

sanguine (hématogène), soit le résultat d'une inoculation directe à partir de l'extérieur

(environnementale), soit résulter de la propagation d'une infection par contiguïté (à partir

d'une articulation ou des tissus mous). Dans la dernière catégorie doivent être mises à part les

infections osseuses des pieds des diabétiques. La physiopathologie, les agents pathogènes, les


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traitements et le pronostic étant différents, elles doivent être discutées à part

(SCHAECHTER et al., 1993).

Les spondylodiscites

Est une infection des disquo-vertébrale peuvent être d'origine hématogène ou un geste

lors d'un geste diagnostique de ponction ou geste chirurgicale, lé Staphylococcus aureus reste

le principale responsable plus de 50% des atteinte à germe non tuberculeux, E. coli 10 à 30%

(JEAN, 2005).

I.2.6.Infections gastro-intestinales

La gastrite à Helicobacter pylori a été récemment reconnue comme la cause

principale d'ulcère gastrique et duodénal, ce qui implique que le traitement de cette pathologie

répondra beaucoup mieux à un traitement antibiotique approprié combiné à un traitement

antiacide qu'à un traitement antiacide seul.

Les gastroentérites sont des infections relativement fréquentes. Elles peuvent être

favorisées par des facteurs liés au patient, tels que:

L'hygiène personnelle ;

L'acidité gastrique (qui constitue une barrière chimique aux infections) ;

La motilité intestinale (qui module la réabsorption d'eau et de sels et la distribution de

la flore);

La nature de la flore commensale.

On distingue les diarrhées non inflammatoires, généralement dues à une infection de

l'intestin grêle et s'accompagnant d'une perte hydrique importante, et les diarrhées

inflammatoires, dues plutôt à une infection du colon.

Les gastroentérites peuvent être causées par des bactéries, mais aussi par des virus

(dont les rotavirus) ou des parasites. Nous n'envisagerons ici que le cas des infections

bactériennes.

Les entérobactéries doivent leur pathogénicité à la combinaison de plusieurs des

facteurs suivants:

Adhérence à la muqueuse ;


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Production éventuelle de toxine (exemples: Vibrio cholera, E. coli, Clostridium

perfringens, Yersinia enterocolitica) ;

Invasivité de l'épithélium, responsable de l'inflammation (exemples: Shigella, E. coli).

Les diarrhées non inflammatoires requièrent avant tout une réhydratation.

Dans cette catégorie rentrent la diarrhée des voyageurs (E. coli), les diarrhées à Vibrio

cholerae, qui ne s'accompagnent pas de fièvre et d’inflammation.

Les diarrhées inflammatoires (causées par : Shigella, Salmonella,Yersinia et

Campylobacter) nécessitent un traitement antibiotique.

Un cas particulier est constitué par la colite pseudomembraneuse à Clostridium

difficile qui peut survenir comme complication à un traitement antibiotique qui a déséquilibré

la flore intestinale (PAUL et al., 2008).

I.2.7. Infections des voies urinaires

Les infections urinaires est un terme général qui comprend à la fois à la colonisation

microbienne asymptomatique de l'urine et l'infection symptomatique avec l'invasion

microbienne et inflammation des structure de l'arbre urinaire. (SEDDIKI, 2007)

L'infection du système urinaire peuvent être divisées selon leur localisation, on doit

distinguer les infections de l'appareil inférieur (infection basse) et les infections de

l'appareil urinaire supérieur (infection haute).

Les infections de l'appareil urinaire sont plus courantes chez les femmes que chez les

hommes au total, 35%, des femmes ont eu au moins un épisode d'infection urinaire dans

leur existence. (SOUID et LERAOUA, 2009).

I.2.8. Infections des voies génitales

On appelle leucorrhée tous écoulements génitaux féminins non sanglant elle peu

prévenir de n'import quelle niveau de l'appareil génital féminins: utérus, vagin, vulve, …

Lorsque elle est pathologie elle traduite le plus sauvant une infection génital.

Infections hautes: Endométrites: elle donne un tableau fibrille 38° à 39°C avec des

douleurs hypogastrique, elle est souvent la conséquence des manœuvre endo-utérines

comme la pose d'un stérile ou un curetage. Salpingites aigue est de manière cassé constante

associe à une endométrite


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Infections basses: vulvo-vaginites est une inflammation vaginale et vulvaire dont le

caractère peu orienté vers un germe en particulier (JAKI, 2005)

I.2.9. Septicémies

Par opposition à la bactériémie qui désigne la présence transitoire de bactéries dans le

sang comme préliminaire à l'infection d'un organe mais qui est souvent asymptomatique, la

septicémie implique une infection grave (avec présence de germes dans le sang), entraînant

des perturbations hémodynamiques parfois sévères (PAUL et al., 2008).

C'est un syndrome causé par des charges importantes de germes pathogènes dans le

sang à partir d'un foyer septique caractérisé par des manifestations cliniques (fièvres, frissons

de l'état général) et par des localisations métastatiques (CHEMAL et EL BAHRI, 2006).

II. LES AGENTS CAUSALS

Les bactéries sont des micro-organismes remarquablement adaptables, à l'origine de

maladies graves ou simples.

Elles sont capables de survivre et se multiplier dans l'environnement et certaines

forment des spores qui survivent pendant des décennies.

D'autres ne peuvent survivre qu'au contact intime de leur hôte humain. Alors que la

plupart des bactéries se répliquent en quelques heures ou jours, d'autres ont une croissance

beaucoup plus lente, entraînant des infections chroniques difficiles à traiter. En plus d'une

grande diversité d'habitat, les bactéries ont un important potentiel d'adaptation génétique.

Elles contiennent souvent de l'ADN plasmidique, capable de transférer du matériel

génétique au sein de l'espèce ou vers des espèces différentes. Cette adaptabilité génétique peut

accroître à la fois leur pouvoir pathogène et leur résistance aux antibiotiques (TONY et

PAUL, 1999).


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II.1. Cocci

II.1.1. Cocci aérobies à Gram positifs

a. Staphylocoques

Les bactéries du genre Staphylococcus sont des photogènes humains anciens,

fréquents, polyvalents et importants, ont été décrits par Robert Koch en 1878 et cultivés par

Louis Pasteur en 1880 (JOHN, 2002).

Ce sont des cocci à Gram positif, généralement groupés en amas ayant la forme de

grappes de raisin, immobiles, non sporulés.

Staphylococcus aureus, qui produit enzyme coagulasse et dont les colonies sont généralement

jaunes dorées, est le principal agent pathogène humain.

C’est un pyogène qui possède 4 caractéristiques spécifiques :

Virulence ;

Diversité ;

Persistance ;

Résistance.

Il est Oxydase(-), Catalase(+), Glucose(+), ADH(+), Mannitol(+), Coagulase(+),

phosphatase(+) et DNASE(+) (OSMAN, 2011).

Caractères culturaux

Les staphylocoques poussent sur milieux ordinaire en 18 à 24h à une température de

37°c (entre 10 à 40°c), ils sont aéro-anaérobies facultatifs.

Sur gélose au sang : colonies jaunes, crémeuse, hémolytique;

Fermente le mannitol sur milieu de Chapman (prélèvements polymicrobiens);

Sur bouillon nutritif, un trouble uniforme abondant, puis un dépôt et une voile

pelliculaire en surface (OSMAN, 2011).


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b. Streptocoque

Les bactéries des genres Streptococcus sont des cocci à Gram positif, se disposent en

général en chainettes, parfois par paires, ni mobiles ni capable de sporulation, parfois

encapsulés, ce sont des anaérobies facultatifs ; exigeants ayant besoin du sang ou d’autres,

milieux riches, certain souche importantes ne se développant que sur les, milieux enrichis en

pyridoxine.

Ils peuvent vivre comme commensaux de la peau et des muqueuses, principalement dans

nasopharynx, le tube digestif et le vagin.

Streptococcus pyogenes et Streptococcus pneumoniae sont des pathogènes agressifs,

provoquant des dégâts au niveau des tissus (JOHN, 2002).

Ils sont catalase (-), oxydase (-), optichine (-), nitrate-réductase (-), esculine (-), gélatine (-)

(OSMAN, 2011).

Pneumocoque

S. pneumoniae, couramment appelé pneumocoque, appartient à la famille des

Streptococcaceae rassemblant plus de 80 espèces bactériennes. Elle regroupe les cocci à

Gram positifs, dépourvus de catalases et de cytochromes oxydase, produisant de l’acide

lactique par fermentation du glucose.

L’analyse des séquences des ARNr ainsi que celles de plusieurs gènes d’enzymes

bactériennes montrent une étroite similitude en S. pneumoniae, S. mitis et S.oralis (PASCAL;

2007).

Caractères culturaux

S. pneumoniae est une bactérie aéro-anaérobie, cultivée sur des milieux riches,

généralement sur gélose supplémentée à 5% de sang de mouton. Il pousse en 24 à 36 heures

en anaérobiose strict ou sous atmosphère enrichie en CO2.

Il se présente sous forme de petites colonies rondes de 0,5 à 1,5 mm de diamètre,

lisses, bombées, brillantes, entourées d'une zone d'hémolyse partielle (alpha) donnant à la

gélose une couleur verdâtre.


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Le pneumocoque peut prendre un aspect de petites colonies "ombiliquées"; l'aspect

concave de leur surface résulte de leur destruction par une auto lysine. Certaines souches de

pneumocoques sécrètent une plus grande quantité de capsule, ce qui augmente la taille des

colonies et leur donne un aspect muqueux (PASCAL, 2007).

c. Entérocoques

Le genre Entérocoque est constitué de cocci à Gram positif groupés par paires ou en

courte chainette, disposés en diplocoque, ovoïde, pousse en milieu hostile, bile esculine,

résiste aux Na Cl à 6,5 % ; ils peuvent être pathogènes opportunistes; ce sont commensaux du

tube digestif, chez l’homme et chez l’animal.

Leur habitat et leur résistance aux antibiotiques expliquent que les entérocoques soient

responsables de plus de 10% des infections nosocomiales (OSMAN, 2011).

II.1.2. Cocci aérobies à Gram négatifs

a. Neiserria

Sont des cocci à Gram négatif groupés en paire, ce sont aussi des diplocoques, aspect

en graine de café, aérobies stricts, oxydase positive (EMILE et JEAN, 1973).

Les deux espèces Neisseria meningitidis et Neisseria gonorrhoeae sont des pathogènes.

a.1.Nesséria méningitidis

N.méningitidis est un diplocoque encapsulé à gram négatif ; il est anaérobie,

capnophile, fragile et exigeant (JOHN, 2002).

Découvert par Weichselbaum, n'est rencontré que chez l'homme, il est alors

responsable de méningites purulentes, souvent d'ailleurs épidémiques. Il peut aussi déterminer

des infections généralisées: des septicémies. Contrairement aux variétés saprophytes, il ne se

cultive absolument sur milieux ordinaires. Sa culture n’est obtenue que sur milieux au blanc

d’œuf, à l’ascite au sang ou l’hémoglobine (milieu dit chocolat) ; les colonies sont

transparentes, porcelaines (EMILE et JEAN, 1973).


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a.2. Neisseria gonorrhoeae

Le gonocoque ou N. gonorrhoeae, est une cocci à Gram négatif, ovale ou en forme

haricot, il a été découvert par NEISSER en 1879, c'est un microbe strictement humain.

Très fragile et très exigeant, aérobie et capnophile (la croissance en culture est

améliorée par CO2) ; et est détruit par la dessiccation .il est oxydase positive et meurt

rapidement dans l'environnement extérieur.

Les gonocoques peuvent coloniser la surface des muqueuses du tractus génital et

provoquer des infections asymptomatiques, surtout chez la femme (JOHN, 2002).

II.2. Bacilles

II.2.1. Bacilles aérobies à Gram négatifs

A. Les entérobactéries

Généralités sur les entérobactéries:

Les entérobactéries constituent un grand groupe de bactéries ayant une forte

similitude. La création de ce groupe a été proposée par Rahn en 1937 qu’il dénomma

Enterobacteriaceae (JOLY et REYNAUD, 2007).

44 genres sont regroupés en cinq tribus, d’après leurs propriétés fermentatives:

Escherichiae, Klebsielleae, Proteae, Yersiniae et Erwiniae.

Les genres les plus communément isolés en bactériologie clinique sont: Citrobacter,

Enterobacter, Escherichia, Hafnia, Klebsiella, Morganella, Proteus, Providencia,

Salmonella, Serratia, Shigella et Yersinia (SOUNA, 2011).

Caractères Généraux

La famille des Enterobacteriaceae est constituée des genres bactériens rassemblés sur

la base de caractères bactériologiques communs:

Ce sont des bacilles à Gram négatif dont les dimensions varient de 1 à 6 μm de long et

0.3 à 1 μm de large;

Immobiles (klebsiella, Shigella et Yersinia pestis), ou fréquemment mobiles grâce à

une ciliature péritriche;


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Se développant en anaérobie facultative et sur gélose nutritive ordinaire;

Oxydase négative, catalase positive (sauf Shigella dysenteriae sérotypeI);

Réduisent les nitrates en nitrites;

Fermentent le glucose avec ou sans production de gaz (SOUNA, 2011).

Classification des Entérobactéries

a. Escherichia coli:

Isolée pour la première fois par Escherich en 1885, Escherichia coli est l'espèce

bactérienne qui a été la plus étudiée par les fondamentalistes pour des travaux de physiologie

et de génétique (AVRIL et al., 2000). Elle représente l’espèce type de genre Escherichia.

Appelée communément « colibacille » cette espèce possède des caractères

biochimiques particuliers permettant de la différencier des espèces voisines.

La production d’indole à partir de tryptophane, l’absence d’utilisation du citrate

comme source de carbone et l’absence de production d’acétoïne (réaction de Voges-

Proskauer négative) (JOLY et REYNAUD, 2007).

Escherichia coli se retrouve en abondance dans la flore commensale humaine, en

particulier dans le tube digestif de l’homme qu’elle colonise dès les premières heures de la

naissance. Elle constitue l’espèce dominante de la flore aérobie anaéro-tolérante (AHOYO et

al, 2007; BONACORSI et al., 2001).

Les colibacilles, hôtes normaux de l'intestin, ne provoquent normalement pas de

maladie. Cependant ils possèdent un potentiel pathogène qu'ils expriment dans certaines

circonstances (pathogènes opportunistes) (CHU-PS, 2003). C’est une des espèces

bactériennes les plus souvent rencontrées en pathologie humaine. La plupart sont

commensales, mais certaines souches possèdent des facteurs de virulence qui leur permettent

de déclencher des diarrhées. Escherichia coli est une cause majeure de diarrhée aigue dans le

monde (BERCHE, 2003). A côté des infections intestinales, elle est responsable d’infections

extra-intestinales diverses: urinaires, abdominale, méningées et les bactériémies

(FAUCHERE et AVRIL, 2002).

b. Shigella:

Nommé Shigella en l'honneur du bactériologiste japonais Kiyoshi SHIGA qui a

découvert le bacille de la dysenterie en 1897 (DUFOUR, 2005). Les Shigella sont des


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entérobactéries immobiles extrêmement proches d’Escherichia coli mais qui ne fermentent

pas le lactose. Elles n’ont pas d’uréase et ne produisent pas de gaz (CHUPS, 2003). Ce sont

des parasites intestinaux rencontrés seulement chez l'homme, qui les élimine par ses selles et

les disperse dans le milieu extérieur (sol, eau) où elles ne survivent pas longtemps

(PEIFFER, 2000).

Il existe 4 espèces, Shigella dysenterie responsable de la dysenterie bacillaire, Shigella

flexneri, Shigella boydi et Shigella sonnei. Ces bactéries envahissent la muqueuse colique,

déclenchant des entérites inflammatoires fébriles dans le monde entier (BERCHE, 2003).

c. Salmonella:

KAUFFMANN, le pionnier de l’analyse du genre Salmonella, avait individualisé sur

la base de tests phénotypiques et de tests sérotypiques plusieurs sous-genres et de très

nombreuses espèces de Salmonella (Salmonella typhi, espèce responsable de la fièvre

typhoïde) (WEILL, 2009). Depuis 2005, une nouvelle nomenclature est en vigueur sur le

plan international (TINDALL et al., 2005).

Des études moléculaires (hybridations ADN-ADN) ont révélé la présence de

seulement deux espèces dans le genre Salmonella (S. enterica, espèce majoritaire et S.

bongori, espèce rare). S. enterica est elle-même subdivisée en six sous-espèces.

L’espèce bongori et les différentes sous espèces d’enterica sont ensuite sub-divisées

sur la base du sérotypage en de très nombreux sérotypes. À ce jour, plus de 2500 sérotypes

(ou sérovars) sont décrits (POPOFF, 2001).

Le réservoir des bactéries du genre Salmonella est principalement le tube digestif des

vertébrés. De très nombreuses espèces animales hébergent ces agents pathogènes (volailles,

bovins, porcs, poissons, reptiles,….). La sous-espèce enterica est plutôt adaptée aux animaux

à sang chaud et à l’homme (WEILL, 2009).

Les salmonelles sont responsables de fièvres typhoïdes et de salmonelloses non

typhiques qui représentent une cause majeure de diarrhées dans le monde avec un taux

important de mortalité infantile (DAGNRA et al., 2007).


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d. Les entérobactéries opportunistes:

d.1. Groupe des K.E.S:

Dans le groupe Klebsiella - Enterobacter - Serratia, dit K.E.S., sont rassemblées des

Enterobacteriaceae qui ont en commun les caractères suivants:

La réaction de Voges-Proskauer (VP) est généralement positive;

Bactéries pathogènes opportunistes;

Multi résistance aux antibiotiques (AVRIL et al., 2000).

d.1.1. Klebsiella:

Les Klebsiella sont des bactéries immobiles, en diplobacilles, généralement capsulées

(DELARRAS, 2007) et fermentent de nombreux sucres avec production de gaz, mais elles ne

sont pas protéolytiques (FAUCHERE et AVRIL, 2002). Sur milieu gélosé, les colonies sont

caractéristiques: elles sont volumineuses, bombées, brillantes et très visqueuses à cause de la

capsule (FAUCHERE et AVRIL, 2002).

Le genre Klebsiella comporte actuellement cinq espèces dont l’espèce type est

Klebsiella pneumoniae, germe très répandu dans la nature (sol et eau), saprophyte des voies

respiratoires supérieures et il est l’agent des surinfections respiratoires (LAMNAOUER,

2002).

Klebsiella pneumoniae est un pathogène à fort potentiel épidémique fréquemment

impliqué dans des infections sévères.

De nombreuses épidémies nosocomiales causées par cette bactérie ont été décrites,

notamment chez des patients hospitalisés dans des unités de soins intensifs adultes ou

pédiatriques (CARRËR et NORDMANN, 2009; BOUKADIDA et al., 2002).

d.1.2. Enterobacter:

Les Enterobacter sont des bacilles à Gram négatif généralement mobiles, fermentent

ou non le lactose et ils ont une β-galactosidase (FAUCHERE et AVRIL, 2002).

Différentes espèces constituent ce genre. Certains n’ont jamais été associés à des infections

humaines. Les espèces les plus souvent isolés incluent Enterobacter cloacae et Enterobacter

aerogenes, suivie par Enterobacter sakazakii.


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Les espèces du genre Enterobacter, en particulier Enterobacter cloacae et

Enterobacter aerogenes, sont des pathogènes responsables d'infections nosocomiales diverses

(FRASER et al., 2010).

Enterobacter sakazakii est l’agent d’infections rares mais sévères touchant

particulièrement les très jeunes enfants, les personnes âgées et les sujets immunodéprimés.

Cette espèce se différencie des autres Enterobacter par son pigment jaune (LECLERCQ,

2006).

d.1.3. Serratia:

Toutes les Serratia possèdent une gélatinase et une DNAse sauf (S. fonticola) (DENIS

et PLOY, 2007). D’une manière générale, les espèces de ce genre sont isolées des plantes

(légumes, champignons, mousses), du tube digestif des rongeurs (40% des petits mammifères

sauvages sont porteurs de Serratia spp.), des insectes, de l’eau et du sol (EUZEBY, 2003).

Le genre Serratia comprend maintenant dix espèces: Serratia marcescens, Serratia

liquefaciens, Serratia proteomaculans, Serratia grimesii, Serratia polmuthica, Serratia

rubidaea, Serratia odorifera, Serratia ficaria, Serratia fonticola, et Serratia entomophila

(SEKHSOKH et al., 2007).

La principale espèce pathogène du genre est Serratia marcescens qui provoque

habituellement des infections nosocomiales. Toutefois, des souches de S. plymuthica, S.

liquefaciens, S. rubidaea et S. odorifera ont causé des maladies à travers des infections

(BASILIO et ANIA, 2009).

d.2. Groupe des Proteae:

La tribu des Proteae ou groupe Proteus, Morganella, Providencia, appartient à la

famille des Enterobacteriaceae.

Ce groupe se caractérise par la désamination d’acides aminés en acides cétoniques qui,

additionnés d’ions ferriques, donnent des réactions colorées grâce à des enzymes comme:

Tryptophane désaminase (TDA);

Phénylalanine désaminase (ph.al. DA) qui catalysent la désamination du tryptophane

en acide indolpyruvique (coloration rouge brun avec Fe) et de la L phénylalanine en acide

phénylpyravique (coloration vert foncé avec Fe).


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Les Proteus et Morganella hydrolysent rapidement l’urée contrairement aux

Providencia qui ne possèdent pas d’uréase (AMHIS, 2004).

d.2.1. Proteus:

Les Proteus spp. Sont des bacilles à Gram négatif, généralement très mobiles,

polymorphes, mesurant de 0,4 à 0,8 μm de diamètre sur 1,0 μm à 80 μm de longueur.

Les espèces du genre Proteus sont largement répandues dans la nature et elles sont isolées du

sol, de l’eau, de l’intestin de l’homme et de nombreuses espèces animales.

Actuellement, le genre Proteus rassemble cinq espèces (LAMNAOUER, 2002) dont 3

espèces importantes pour l’homme, Proteus mirabilis, Proteus vulgaris et Proteus penner.

(GOUBAU et PELLEGRIMS, 2000). Certaines espèces comme Proteus mirabilis et

Proteus vulgaris ont une propriété très connue de s’étaler très rapidement sur boîte de gélose:

c’est le phénomène de swarming (PELMONT, 2005).

Proteus mirabilis est l’espèce la plus fréquemment isolée de prélèvements cliniques

(LAMNAOUER, 2002). Après Escherichia coli, elle est la bactérie la plus souvent isolée des

urines et elle est à l’origine aussi d’infections nosocomiales (MAHROUKI et al., 2009).

d.2.2. Providencia:

Les espèces du genre Providencia sont habituellement considérées comme

commensaux dans le tube digestif, mais certaines espèces (Providencia stuartii et Providencia

alcalifaciens) ont été associées à des infections nosocomiales et sont considérées comme des

pathogènes opportunistes (TRIBE et ROOD, 2002; O’HARA et al., 2000).

Tous les isolats rapportés d’espèces de Providencia ont été isolés à partir de cas

cliniques chez les humains et les animaux et on en sait peu sur la source de ces infections.

Chez l'homme, ces bactéries sont la cause des infections urinaires (CHANDER et al., 2006).

d.2.3. Morganella:

Le genre Morganella se compose actuellement d’une seule espèce avec deux sous-

espèces, morganii et sibonii (O'HARA et al., 2000). Morganella morganii est un organisme

facultatif, anaérobique et ne fermente pas le lactose (SINAN BILGIN et al., 2003). Il se

trouve normalement dans le sol, l'eau, les eaux usées, et il fait également partie de flore fécale

de l’homme (CHOU et al., 2009).


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Ce bacille est reconnu comme étant un pathogène commun responsable d’infections

opportunistes dans les voies respiratoires, urinaires et aussi les infections des plaies (KIM et

al., 2007).

e. Yersinia:

Ces bactéries ont une croissance plus lente que celle des autres entérobactéries.

Elles ont toutes un tropisme pour les tissus lymphoïdes. On les rencontre dans diverses

espèces animales et plus particulièrement chez les rongeurs (NAUCIEL, 2000).

Ce genre bactérien comprend 3 espèces pathogènes pour l’homme : Yersinia pestis,Y.

enterocolitica et Y. pseudotuberculosis. Yersinia pestis est l’agent causatif de la peste. Y.

enterocolitica et Y. pseudotuberculosis sont des agents pathogènes d’origine alimentaire,

répandus dans l’environnement et fréquemment isolés à partir d’animaux infectés

(BRANGER et al., 2009).

B. Haemophilus influenza

H. influenzae est l’espèce type du genre Haemophilus au sein de la famille des

Pasteurellaceae. Il est un petit bacille à Gram négatif (coccobacille), fin, immobile, Il existe

aussi des formes longues, traduisant un polymorphisme qui peut- être observé dans certains

produits pathologiques (LCR). Certaines souches, responsables de manifestations invasives,

possèdent une capsule polysaccharidique permettant de définir différents sérotypes, de a à f

(PASCAL, 2007).

E. Pseudomonas

Le genre Pseudomonas de la famille des Pseudomonaceae est un Bacille Gram

négatif, n’appartient pas à la famille des Entérobactériaceae, mais considéré comme une

entérobactérie, car il végète dans le tube digestif des animaux à sang chaud et peut se

comporter comme un pathogène opportuniste. A la différence des Enterobactériaceae, chez

La majorité des souches de Pseudomonas, le métabolisme glucidique n’est pas

fermentatif mais oxydatif.


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Pseudomonas aeruginosa

C’est un bacille, Commensal du tube digestif mais peu abondant chez le sujet sain, il

occasionne de nombreuses infections chez les sujets fragilisés. Il produit deux pigments qui

diffusent dans le milieu de culture :

la pyocyanine, bleu vert, soluble dans le chloroforme et ;

la pyoverdine, jaune vert, fluorescent et soluble dans l'eau.

Il existe de rares souches produisant d'autres pigments (noir ou rouge) mais surtout

10% de souches sont non pigmentées, Oxydase+ (CHOUDER. N., 2006).

II.2.2.Bacilles aérobies à Gram positifs

B. Listeria

L.monocytogenes est un bacille Gram positifs aérobie asporogène, catalase + et, H2S -,

il provoque la méningite, des abcès multiples, les bactériémies et l’endocardite ; il touche

surtout les mères, les bébés et les sujet immunodéprimés.

La culture se fait sur milieu gélose au sang : des zones de B hémolyse entourent les

colonies ; poussant à 25°C (JOHN, 2002).

II.2.3. Bacilles anaérobies à Gram positifs

Clostridies

Les clostridies sont des bacilles Gram positif, strictement anaérobies, sporulés.il s’agit

des germes telluriques à l’état libre ; il y existe 4 principaux pathogènes pour l’homme, mais

beaucoup d’autres espèces provoquent occasionnellement des infections.

Les 4 pathogènes importantes sont : C.perfringen, C.tetani, C. difficile, C. botulinum.

C.perfringens est un bacille gram positif de grande taille ; sporulé ; anaérobie

obligatoire bien qu’aéro-tolérant jusqu’à 72 heures, n’est pas mobiles mais les colonies

croissent rapidement sur les boites Pétri ; il est hémolytique et actif sur le plan métabolique ;

on le trouve dans le sol, le tue digestif, les voies génitales féminines.

Il est responsable d’infection de la peau, des tissus mous et des muscles, simple

cellulite et d’entérocolites nécrosantes.


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La culture doit être à la fois anaérobie sur une gélose au sang ou avec de la viande cuite ou un

bouillon de thioglycolate

C. tetani l’agent de tétanos.

C.botulinum est un bacille gram positif anaérobie, mobile, sporulé, avec des spores

ovales sub-terminales ou centrales .Les spores dans la terre ou les légumes sont relativement

résistantes à la chaleur. Il est l’agent responsable du botulisme transmis par les aliments, le

botulisme infantile et le botulisme des plaies.

C.difficille, ne fut identifié comme agent pathogène qu’au début des années 1970,

C’est anaérobie obligatoire avec un structure typique de Gram positif et des spores résistantes

; il résiste mieux aux antibiotiques que les autres clostridie (JOHN, 2002).

Chapitre II

Les antibiotiques

Chapitre II Les Antibiotiques

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II. LES ANTIBIOTIQUES

II.1. Historique

L’histoire de la découverte et du développement de la pénicilline, le premier

antibiotique à usage thérapeutique, est complexe et fascinante. Dès la fin du XIXe siècle

Ernest DUCHESNE découvrit les propriétés curatives de Penicillium glaucum, mais son

travail fut oublié et la pénicilline fut redécouverte et portée à l’attention des scientifiques par

le médecin écossais, Alexandre FLEMING. Un jour de Septembre 1928 un sparte de

Penicillium notatum tomba accidentellement sur la surface d’une boîte de Pétri ouverte, avant

que celle-ci ne fût inoculée avec des staphylocoques. La présence de quelques colonies d’une

moisissure provoque une inhibition de la croissance des bactéries mises en culture. Il en

déduit que ce champignon sécrète une substance bactériostatique, susceptible d’être utilisée

en thérapeutique (LECLERC et al, 1983). En 1939, deux chercheurs britanniques FLOREY

et CHAIN, avaient entrepris d’extraire et de purifier la pénicilline à grande échelle dans des

buts d’essai thérapeutique. Depuis 1939, des centaines d’antibiotiques sont isolés,

sélectionnés, et soumis aux essais thérapeutiques. La découverte de la pénicilline stimula la

recherche d’autres antibiotiques, Salman WAKSMAN annonça en 1944, qu’il avait trouvé un

nouvel antibiotique, la streptomycine, produite par l’actinomycète Streptomyces greiseus. Les

autres microorganismes producteurs de chloramphénicol, de néomycine, de terramycine et de

tétracycline furent isolés dès 1953 (LECLERC et al, 1983; PRESCOTT et al, 2003).

II.2. Définition

Les antibiotiques sont des substances élaborées par des microorganismes,ou des

substances synthétiques,et qui sont bactériostatiques ou bactéricides à faible dose.

Leur cibles d'activité sont des structures moléculaires spécifquement bactériennes.

Elles ont donc une toxicité sélective pour les cellules procaryotes et une toxicité faible pour

les cellules eucaryotes (FAUCHERE et AVRIL, 2002).

http://fr.wikipedia.org/wiki/XIXe_si%C3%A8cle

http://fr.wikipedia.org/wiki/Ernest_Duchesne


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Tableau I: Antibiotiques bactériostatiques et bactéricides (PAUL et al., 2008).

Bactériostatique Bactériocide

macrolides

sulfamides

tétracyclines

lincosamides

nitrofuranes

phénicolés

ethambutol

cyclosérine

Rifamycines

β-lactames

fluoroquinolones

aminoglycosides

nitroimidazoles

glycopeptides (bactéricidie lente)

polymyxines

synergistines

ansamycines

acide fusidique

isoniazide

pyrazinamide

II.3. Classification des antibiotiques

La classification des antibiotiques n’est pas aisée, ils sont classés selon plusieurs bases

(JOFFIN et GUY, 2001). Certains ont voulu grouper les antibiotiques en fonction de leur site

d’action : paroi, membrane, acide nucléiques, protéines, …etc. D’autres se sont basés sur le

spectre d’activité : antibiotiques à large spectre ou antibiotiques,à spectre étroit. Il est

également possible de classer les antibiotiques suivant leur origine (LECLERC et al, 1983).

On classe également ces substances sur la base du groupe microbien qu’elles inhibent :

antibactérien, antifongique, antiprotozoaire et antiviral. Cependant la classification chimique

est la plus utilisée (PRESCOTT et al, 2003).

II.3.1. Bêta-Lactamines

Figure 1 : Structure Noyau de β Lactamine (JOFFIN et GUY, 2001).


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Il s'agit de la famille la plus vaste et la plus complexe. Elle est caractérisée par le

noyau β-lactame ; elle sera prise comme exemple des relations structures/fonctions des

antibiotiques.

Les antibiotiques de cette famille ont un mécanisme d'action identique: ils inhibent la

synthèse du peptidoglycane de la paroi. On distingue : les pénicillines et les céphalosporines

et des groupes de produits plus récents apparentés aux β-lactamines :Carbapénames et

monobactames (FAUCHERE et AVRIL, 2002).

II.3.1. pénicillines

Figure 2 :Structure de base de pénicillin (FAUCHERE et AVRIL, 2002).

La pénicilline est le premier antibiotique qui fut découvert.Il est caractérisé par un

noyau (cycle) thiazolidine accolé au noyau bêta-lactame. Les antibiotiques de ce groupe

différent entre eux par la nature de leur chaîne latérale, on distingue : pénicillines G,

pénicilline M, pénicilline A, carboxypénicillines, Ureidopénicillines et

Amidinopénicillines…etc (OUISSAT et BAKINI, 2009).

Selon la nature du substituant R, on obtient:

La pénicilline G ou benzyl pénicilline, produit historique qui reste encore actif sur

certaines bactéries à Gram positif (Streptocoques, Bacillus…) mais son spectre est devenu

assez étroit et elle a été supplantée par de nombreux produits dérivés à spectre plus large et à

la pharmacologie plus intéressante.

La pénicilline V ou phénoxyméthyl-pénicilline administrable par voie orale.

La pénicilline M (oxacilline, méticilline) intéressantes pour leur résistance à l'action

des pénicillinases staphylococciques.De nombreuses souches de staphylocoques sont

néanmoins devenues résistantes à ces produits par d'autres mécanismes .

Les pénicillines A ou amino-pénicillines (ampicilline, amoxicilline…) ont un spectre

qui s'élargit vers les Gram négatif. Elles sont encore très largement utilisées notamment à

cause de leur excellente diffusion.


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Les carboxypénicillines (ticarcilline), les uréido-pénicillines (mezlocilline,

pipercilline) et les amidino-pénicillines (pivmecillinam) sont caractérisés par une activité

élargie aux Pseudomonas et à certains anaérobies strictes (FAUCHERE et AVRIL, 2002)

II.3.2. Céphalosporines

Figure 3 : Structure de base des céphalosporines (FAUCHERE et AVRIL, 2002).

Les céphalosporines sont produits par un mycètes du genre Céphalosporuim,qui fut

isoler, en 1948. Ces molécules possèdent un cycle Bêta – lactame comme les pénicillines. En

raison de similarité structurale, les céphalosporines agissent comme la pénicilline en inhibant

la réaction de transpéptidation pendant la synthèse du peptidoglycane (PRESCOTT et al,

2003).

Les céphalosporines ont un spectre plus large que les pénicillines et résistent aux

pénicillinases. Le radical R conditionne l’activité alors que R’ conditionne la pharmacologie

des dérivés. Selon la nature de ces deux substituants, un grand nombre de produit ont été

synthétisés.

Les céphaosporines de première génération (céfalotine, céfazoline, cefradine,

céfaclor) comprennent des produits surtout actifs sur les Gram positif (sauf les entérocoques).

Les céphaosporines de deuxième génération (céfamandole, céfatian, céfoxitine,

céfuroxine, céfotétan ) ont n spectre étendu vers les entérobactéries.

Les céphaosporines de troisième génération (céfotaxime, cefsulodine,

céfopérazone, ceftazidime, ceftriaxone, ceppirome, latamoxef, céfépime) constituent un

groupe de très nombreux produits surtout actifs sur les Gram négatif avec des CMI basses.

Elles sont résistantes à beaucoup de B lactames et ont une très bonne diffusion dans

nombreux sites inaccessibles aux autres céphalosporines (FAUCHERE et AVRIL, 2002).


Page 27

Les Céphalosporines de quatrième génération

Restent actives chez les entérobactéries ayant acquis une résistance aux C3G par

hyperproduction d'une céphalosporinase, inactives en cas des béta-lactamases à spectre

étendu.

Exemple : Cefepime, Cefpirome (LIAZID, 2012).

II.3.3. Autres Bêta- lactamines

Les carbapénèmes sont représentés par l'imipénème caractérisé par le noyau

carbapénem ou l'atome de soufre des pénicillines est remplacé par un carbone, ce qui

renforce la liaison de l'antibiotique avec sa protéine cible.Il y a également une double liaison

supplémentaire dans l'hétérocycle.

Figure 4: structure de noyau carbapèmes (FAUCHERE et AVRIL, 2002).

L'imipénème a un spectre trés large incluant les entérobactéries multirésistantes, les

Pseudomonas et les Gram positif (y compris les anaérobies et les entérocoques mais pas les

Staphylocoques méticillino-résistants). Il est exceptionnellement résistant aux β-lactamase, il

est par contre rapidement dégradé et, employé seul, il induit rapidement l'émergence de

mutants résistants.

Les monobactames (aztréonam) ont un spectre réduit aux bactéries à Gram négatif


II.3.2. Aminoglycosides

Figure 5 : Structure des aminosides (JOFFIN et GUY, 2001).


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Ces antibiotiques contiennent un noyau cyclohexane et de sucres aminés,. Les

aminoglycosides se fixent sur la petite sous unité ribosomiale et interfèrent avec la synthèse

protéique et ils provoquent également des erreurs de lecture du message génétique porté par

l’ARNm. Ils sont bactéricides et tendent à être plus actifs contre les bactéries pathogènes

Gram négatif (PRESCOTT et al, 2003).

Les aminosides comprennent des molécules comme la néomycine, la kanamycine, la

gentamicine et la streptomycine, connues depuis plusieurs décennies et utilisées pour

contrôler une grande variété de bactéries (PIERRE, 2012).

Les aminosides ont un spectre large englobant les Gram positif et les Gram négatif.

De nombreuses souches ont cependant développé des résistances par sécrétion

d'enzymes (Acétylases,Adénylases…) modifiant la molécule d’antibiotique. Ils sont inactifs

sur les anaérobies stricts.

Trois groupes sont individualisés au sein des aminosides:

Le groupe de la streptomycine;

Le groupe de la néomycine;

Le groupe de la kanamycine (FAUCHERE et AVRIL, 2002).

II.3.3. Tétracyclines

Figure 6: Structure des tétracyclines (JOFFIN et GUY, 2001).

Les tétracyclinesont en commun une structure formée de quatre cycles héxagonaux.

Par modification de cette structure de base, on a obtenu des produits dont les spectres sont

relativement identiques mais dont la pharmacologie est variable.

L'intérèt majeur de ces produits est leur bonne diffusion intracellulaire qui en fait des

antibiotiques de choix pour traiter les infections à bactéries intracellulairesv(Brucella,


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Chlamydia notamment). La minocycline et la doxycycline sont les cyclines les plus utilisées


II.3.4. Macrolides

Figure 7: Structure des macrolides (JOFFIN et GUY, 2001).

L’érythromycine, est le macrolide le plus fréquemment employé, est synthétisée par

Streptomyces erythraeus. Les macrolides ont un cycle lactone de 12 à 22 carbones associé à

un ou plusieurs sucres. L’érythromycine est habituellement bactériostatique et se fixe sur

l’ARNr 23S de sous unité 50 S du ribosome pour inhiber l’élongation de la chaîne peptidique

pendant la synthèse protéique (OUISSAT et BAKINI, 2009 ; PRESCOTT et al, 2003).

II.3.5. Glycopeptides

Figure 8: Structure des glycopeptides (JOFFIN et GUY, 2001).

Ces antibiotiques ont une structure complexe hétérocyclique associant une partie

peptidique, une partie osidique et des chaines d'acides gras. Leur spectre est limité aux Gram

positif. Les glycopeptiddes (vancomycine, teicoplanine) sont surtout utilisés en milieu

hospitalier notamment pour traiter les infections à bactéries résistantes aux autres

pantibiotiques (staphylocoques méticillino-résistants SARM) (FAUCHERE et AVRIL,

2002)


Page 30

II.3.6. Rifamycines

Figure 9: Structure des rifamycines (JOFFIN et GUY, 2001).

La rifamycine est un antibiotique à spectre large incluant les mycobactéries. Il est dans

la mesure du possible réservé au traitement de la tuberculose et des mycobactérioses. Ce

produit a une remarquable diffusion y compris dans le compartiment intracellulaire. Utilisé

seul, il induit rapidement l'émergence de mutants résistants (FAUCHERE et AVRIL, 2002).

II.3.7. Sulfamides

Figure 10: Structure des sulfamides (JOFFIN et GUY, 2001).

Ils sont des analogues de sructures de l’acide para-amino-benzoïque, ils sont un bon

moyen pour inhiber ou pour tuer les microorganismes pathogènes .Ce sont des agents

bactériostatiques agissant sur les germes en voie de multiplication, par inhibition compétitive

(LECLERC et al, 1983 ; PRESCOTT et al, 2003 ; OUISSAT et BAKINI, 2009).

II.3.8. Quinolones

Figure 11: Structure des quinolones (JOFFIN et GUY, 2001).


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Les quinolones sont des antibiotiques synthétiques possédant un noyau quinolone

elles agissent en inhibant l’ADN-gyrase bactérienne ou la topoisomérase. Probablement, en se

fixant sur le complexe ADN-gyrase, cette enzyme provoque des torsions négatives de l’ADN

et facilite la réplication et la réparation de l’ADN. La transcription, la séparation du

chromosome bactérien durant la division et d’autres processus cellulaires impliquant l’ADN

(PRESCOTT et al, 2003).

II.3.9. Les phénicols

Figure 12: Structure de phénicols (JOFFIN et GUY, 2001).

Deux produits sont utilisés en thérapeutique: le chlorampénicol qui a été le premier

antibiotique entièrement obtenu par synthèse et le thiamphénicol réputé moins toxique. Ces

antibiotiques ont un spectre large incluant les anaérobies stricts. Ils ont été très utiles dans le

traitement de la typhoȉde. Aujourd'hui, leur avantage majeur réside dans leur excellente

diffusion, y compris dans le compartiment intracellulaire. Cette propriété rend ces produits

encore parfois utiles dans certaines méningites et les infections à bactéries intracellulaires.

Le chloramphénicol a été impliqué dans des accidents immuno-allergiques conduisant

à des pancytopénies graves (FAUCHERE et AVRIL., 2002).

II.4. Mode d’action des antibiotiques

La connaissance du mode d’action des agents chimio thérapeutiques se révèle

extrêmement utile (figure 13) (LECLERC et al, 1983).


Page 32

Figure 13 : Représentation schématique des quatre grandes classes de cibles antibactériennes

(PARADIS-BLEAU, 2007).

1. La synthèse de la paroi

Les cellules eucaryotes animales ne possèdent pas de paroi. Les bactéries par contre

sont entourées d'une coque en peptidoglycane, polymère de sucres réticulé par des ponts de

nature peptidique. Plusieurs classes d'antibiotiques prennent pour cible des enzymes

intervenant dans la synthèse de cette paroi. Dans cette catégorie, nous trouvons :

les ß-lactames, qui inhibent la transpeptidase intervenant dans la synthèse de la

paroi;

les glycopeptides, qui se lient à un intermédiaire de synthèse;

quelques molécules d'intérêt mineur (fosfomycine, cyclosérine, bacitracine, acide

fusidique, poly myxine et, dans une certaine mesure, la néomycine) (PAUL et al,

2008).

2. Synthèse (la réplication) des acides nucléiques et de leurs précurseurs

On distingue les antibiotiques actifs d'une part sur la synthèse des ARN et d'autre part,

sur la synthèse des ADN ou de leurs précurseurs.

Les inhibiteurs de l'ARN polymérase sont représentés par la classe des ansamycines, tandis

que les inhibiteurs de l'ADN-gyrase regroupent les quinolones.


Page 33

Ces deux familles d'antibiotiques doivent leur spécificité d'action aux différences qui

existent entre les enzymes procaryotes et eucaryotes et qui permettent la reconnaissance

spécifique d'un type de cible exclusivement.

Les sulfamides agissent sur la synthèse de l'acide folique, un cofacteur de la synthèse

des bases puriques et pyrimidiques à incorporer dans les acides nucléiques. Leur spécificité

d'action provient du fait que les eucaryotes ne synthétisent pas d'acide folique.

Les diaminopyridines inhibent la réduction de l'acide folique en tirant parti de la

différence de sensibilité de la dihydrofolate réductase bactérienne par comparaison avec

l'enzyme des cellules eucaryotes (PAUL et al, 2008).

3. Synthèse des protéines (La traduction)

Les ribosomes procaryotes ne sont pas constitués des mêmes protéines que les

ribosomes eucaryotes, et ont d'ailleurs des coefficients de sédimentation différents 70S pour

les ribosomes procaryotes (50S pour la sous-unité lourde et 30S pour la sous-unité légère) et

80S pour les ribosomes eucaryotes (60S pour la sous-unité lourde et 40S

Pour la sous-unité légère)]. Il existe des inhibiteurs :

De la sous-unité 50S, qui empêchent la fixation d'un nouvel acide aminé sur la chaîne

en croissance (phénicolés) ou le transfert de la chaîne en croissance du site A vers le site P

(macrolides, lincosamides, streptogramines).

De la sous-unité 30S, qui empêchent ou perturbent la liaison des aminoacyl-ARNt aux

ribosomes (tétracyclines, aminoglycosides) (PAUL et al, 2008).

4. Membrane

Les polymyxines se fixent sur les phospho-lipides membranaires. Elles perturbent

ainsi les transferts transmembranaires de nutriments et inhibent les phosphorylations

oxydatives du métabolisme énergétique dont les enzymes se trouvent au niveau de la

membrane cytoplasmique. Ces antibiotiques sont actifs sur les Gram négatif dont ils

perturbent les deux systèmes membranaires (FAUCHERE et AVRIL, 2002).


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Exemples :

tyrocidine et Gramicidine: se fixent sur les phospholipides membranaires

et désorganisent la membrane;

polymyxines et Colistine : se fixent sur les phospholipides et polyosides membranaires

et désorganisent la membrane (JOFFIN et GUY, 2001).

Chapitre III

Résistance des bactéries aux antibiotiques

Chapitre III Résistance des bactéries aux antibiotiques

Page 35

III.1. EVOLUTION DES BACTERIES VERS LA RESISTANCES AUX

ANTIBIOTIQUES

Les antibiotiques sont de plus en plus souvent mis en échec par les bactéries qui

apprennent à leur résisiter. Les hopitaux payent un leur tribut aux bactéries antibiorésistantes

qui génèrent des infections à l'hopital. La figure 14 représente les événements majeurs qui ont

jalonné l'histoire des antibiotiques.

Figure 14 : Historique de la résistance des bactéries aux antibiotiques (FAUCHERE et

AVRIL, 2002)

III.2. RESISTANCE BACTERIENNE AUX ANTIBIOTIQUES

Depuis l’ère des antibiotiques, tous les bactériologistes suivent avec appréhension

l’augmentation croissante de la résistance des bactéries aux antibiotiques.

III.2.1. Définitions

Selon l’organisation mondiale de santé (OMS), la résistance d’une bactérie à un

antibiotique est définie comme suit : « une souche est dite résistante, lorsqu’elle supporte une

concentration d’antibiotique notablement plus élevée que celle qui inhibe le développement

de la majorité des souches de la même espèce.


Page 36

En effet, la résistance d’une souche à un antibiotique s’évalue par la concentration

minimale inhibitrice (CMI) de cet antibiotique vis-à-vis de celle souche (FAUCHERE et

AVRIL, 2002)

III.2.2. Types de résistance

III.2.2.1. Résistance naturelle (ou intrinsèque)

La résistance naturelle est un caractère présent chez toutes les souches appartenant à

la même espèce. Ce type de résistance est détecté dès les premières études réalisées sur

l’antibiotique afin de déterminer son activité et contribuer à définir son spectre antibactérien.

Cette résistance peut être dûe à l’inaccessibilité de la cible pour l’antibiotique, à sa faible

affinité pour l’antibiotique ou encore à sont absence. Par exemple, la résistance des

entérobactéries et du Pseudomonas aux macrolides ou des bactéries à Gram négatif à la

vancomycine est naturelle.

La resistance bacterienne naturelle est permanente et d’origine Chromosomique. Elle

est stable, transmise a la descendance (transmission verticale) lors de la division cellulaire,

mais elle n’est généralement pas transférable d’une bactérie a l’autre (transmission

Horizontale) (SYLVIE, 2009)

III.2.2.2. Résistance acquise

Certaines souches, au sein d’une espèce naturellement sensible à l’antibiotique,

deviennent résistantes.

Ce phénomène résulte d’une modification du patrimoine génétique par l’acquisition

de gène, en donnant un phénotype bien précis de résistance différent du phénotype sauvage

(JEHL et al., 2003).

Contrairement à la résistance naturelle, la résistance acquise est imprévisible et

évolutive, observée in vivo et in vitro pour la plupart des bactéries et des antibiotiques connus

(CANU et PETER, 2001).

L’acquisition des gènes de la résistance ne suffit pas à l’apparition de populations

bactériennes résistantes, il faut que les bactéries qui les hébergent aient et croissance favorisée

par rapport aux bactéries sauvages. C’est seulement si l’environnement contient des


Page 37

antibiotiques que les bactéries résistantes vont être sélectionnées et émerger. C’est ce qu’on

appelle la pression de sélection par les antibiotiques (FAUCHERE et AVRIL, 2002).

III.3. LES SUPPORTS GENETIQUES DE LA RESISTANCE

Figure 15 : Supports génétiques de la résistance (Archambaud, 2009)

La résistance bactérienne à un antibiotique peut faire partie de patrimoine génétique de la

bactérie, ou d’une modification génétique, liée soit à la mutation de gènes normaux ou et à

l’acquisition de matériel génétique étranger qui se transmet par des éléments mobiles

transférables : plasmides et transposons, présent chez d'autres espèces (BECIS et ZITANI,

2005).

III.3.1. Résistance par mutation chromosomique

La mutation apparait sur un gène, porté naturellement par un chromosome impliqué

dans le mode d’action de l’antibiotique, une mutation n’affecte qu’un seul caractère, elle soit

spontanée, spécifique, stable et indépendante.

La fréquence d’apparition d’une mutation sélectionnée par antibiotique est l’ordre de

10-6

et 10-9

selon la bactérie et les caractères considérés.

Ce phénomène rare ne concerne que 10% des cas de résistance des souches pathogène

isolées en clinique (CANU et PETER, 2001).

III.3.2. Résistance par l’acquisition des gènes

Une bactérie acquiert un ou plusieurs gènes étrangers par transfert génétique

horizontale, en dehors de tout mécanisme de division cellulaire. Trois mécanismes permettant

une diffusion rapide et étendue des informations génétiques chez les bactéries :


Page 38

Transformation ;

Transduction ;

Conjugaison.

Les gènes transférables sont la plupart du temps portés par des plasmides ou des transposons

(CANU et PETER, 2001).

La résistance par acquisition ou extra-chromosomique, est un phénomène fréquent (80

à 90% de résistance acquise) (BECIS et ZITANI, 2005).

III.4. MECANISMES DE RESISTANCE BACTERIENNE AUX

ANTIBIOTIQUES

Les bactéries exploitent des stratégies distinctes afin de se défendre contre l’action des

antibiotiques

Figure 16 : Représentation schématique des grands principaux mécanismes de résistance

(INESSS, 2012)


Page 39

III.4.1. Perméabilité limitée à l’antibiotique

Elle est la cause de la résistance des bacilles Gram négatif à la pénicilline G et du bas

niveau résistance des Streptococcus aux aminosides (résistance naturelle). Pour les bacilles

Gram positif, ce sont des porines de la membrane externe qui contrôlent le passage. Chez

Pseudomonas, la grande résistance est liée aux difficultés de pénétration des antibiotiques par

les porines existantes. Pour d’autres bactéries, certains mutants perdent les protéines facilitant

l’entrée de l’antibiotique et deviennent alors résistants (résistance acquise) (JOFFIN et GUY,

2001).

III.4.2. Absence ou diminution de l’affinité de récepteur à l’antibiotique (ou

modification de la cible)

Elle est la cause de la résistance à la streptomycine de bactéries mutantes dans une des

protéines du ribosome fixant l’antibiotique qui perd son affinité pour celle-ci. Il en est de

même pour des enzymes mutées comme la ARN polymérase, ne fixant plus ou beaucoup

moins bien l’antibiotique. C’est aussi le cas de la résistance des Staphylococcus à la

méticilline ou à l’oxacilline par modification de la protéine liant les pénicillines (PLP),

enzyme de la voie de synthèse du peptidoglycane (JOFFIN et GUY, 2001 ; PRESCOTT et

al., 2003).

III.4.3. Production d’enzymes inactivant les antibiotiques

Ce mode de résistance implique l'inactivation de l'antibiotique par un enzyme

bactérien.

Les β-lactamases catalysent l'hydrolyse du cycle β-lactame. On en distingue plusieurs

classes:

Classe A: enzymes caractérisés par la présence d'une sérine dans leur site actif, qui

dégradent préférentiellement les pénicillines. Elles sont inhibées par l’acide

clavulanique.

Classe B: métallo-enzymes qui ne sont actifs qu'en présence de Zn2+

. Ils sont donc

inhibés par des agents chélateurs. Ces enzymes ont généralement un large spectre

d’activité.

Classe C: enzymes présentant surtout une activité sur les céphalosporines. Elles ne

sont pas inhibées par l’acide clavulanique.


Page 40

Classe D: ces enzymes agissent principalement sur les pénicillines ; elles sont

variablement inhibées par l’acide clavulanique.

Les β-lactamases sont le plus souvent codées par des plasmides. Les plus grands producteurs

de β-lactamases sont les staphylocoques, mais surtout les Gram (-). Les anaérobies produisent

surtout des céphalosporinases.

Les enzymes modifiant les aminoglycosides se répartissent en 3 classes: les N-

acétyltransférases, les O-nucléotidases, les O-phosphorylases.

La chloramphénicol-acétylase confère la résistance de Gram (+) et (-) au chloramphénicol.

L'érythromycine estérase inactive le cycle lactone de l'érythromycine. Ce mode de

résistance plasmidique est toutefois assez rare et n'a été décrit que pour des E. coli.

Un fluor quinolone acétylase active sur les molécules présentant une substituant pipérazine a

été récemment décrit (PAUL, et al 2008).

III.4.4. Excrétion de l’antibiotique par un mécanisme d’efflux

Ce mécanisme nécessite une source d’énergie active, les protéines transmembranaires

impliquées dans le transport des molécules nutritives fonctionnant comme une véritable

pompe. Celle-ci favorise l’excrétion accélérée de l’antibiotique (CANU et PETRE, 2001).

On retrouve ces systèmes chez Escherichia coli, Pseudomonas aerugenosa,

Mycobactérium smegmatis, et Staphylococcus aureus (PRESCOT et al., 2003)

Ce mécanisme peut concerner des antibiotiques très variés, tel que : Fluoroquinolones,

le chloramphénicol, les tétracyclines, les β-lactamines, ce qui peut constituer un système de

multi résistance (JEHL et al., 2003).


Page 41

Tableau II : Principaux mécanismes connus de résistance aux antibiotiques (FAUCHERE et

AVRIL, 2002).

Antibiotiques Mécanisme de résistance Croupes bactéries concernés

β-lactamines β-lactamases Staphylococcus, entérobactéries

Modification des PLP cibles Pneumocoques,

Haemophilus,Neisseria,

Staphylocoques méti-résistantes,

Pseudomonas

Chloramphénicol Acétylation Gram + et Gram -

Aminosides Modification des protéines

cibles ribosomales

Streptocoques

Enzymes d’inactivation Staphylococcus, entérobactéries

Macrolides

Incosamines

Streptogramines

Méthylation de l’ARNr

Gram +

Quinolones Modification de l’ARN gyrase Gram + et Gram -

Rifampicine Mutation de l’ARN polymérase Gram + et Gram -

Tétracycline Efflux

Partie

Expérimentale

Chapitre I

Matériel et méthodes

Chapitre I Matériel et méthodes

Page 42

MATERIEL ET METHODES

I. Méthodologie

I.1. Objectif du travail

Notre premier but était de réaliser une étude statistique rétrospective de l'évolution

des germes causals d'infections bactériennes ainsi que leur antibiorésistance durant la période

qui s’étale de Janvier 2006 jusqu'à Décembre 2013 (8 ans).

L'enjeu majeur était par la suite, de faire une étude de cas à partir de 02 mars2014 à 25

mai2014, pour l'isolement des germes pathogènes à partir des prélèvements biologiques

(selles, urines, pus, crachat et sang) des patients hospitalisés à l'hôpital de Touggourt, leur

identification et la détermination de leur sensibilité vis-à-vis des antibiotiques, Cefoxitine

(FOX), Céfotaxime (CTX), Colistine (CT), Ofloxacine (OFX).

I.2. Lieu d'étude

Notre étude à été réalisée au niveau de l'établissement public hospitalier (EPH) de

Touggourt. L’ex. Secteur sanitaire de Touggourt, précisément dans les différents services et le

laboratoire d'analyses biologiques.

Il est situé géographiquement sur le territoire de la municipalité "Nezlla" mais il suit

administrativement la commune de Touggourt. L'EPH "Slimane Amirat" occupe une

superficie de 17428 m2.

Sa capacité d'hospitalisation est de 249 lits, répartis dans:

Les services hospitaliers comme suit:

Pavillons urgence (20lits);

Service hémodialyse (24 lits);

Ophtalmologie (12 lits);

Médecine interne (57 lits);

Chirurgie générale (67 lits);

Service de Pneumo- phtisiologie (22 lits) ;

Réanimation (08 lits).


Page 43

Pour les services techniques, il comprend:

Réducation fonctionnelle;

Trois laboratoires (bactériologie, Pneumo- phtisiologie, biochimie);

Pharmacie.

606 employés travaillent au niveau de l’EPH de Touggourt et ils s'occupent de différentes

tâches.

I.3. Matériel

I.3.1.Instrument et appareillages

Boite Pétri ;

Gants ;

Anse de platine ;

Écouvillons ;

Pince ;

Bec Bunsen ;

Bain marie ;

Réfrigérateur ;

Portoir ;

Tubes à essai ;

Pied à coulisse;

Lames et lamelles.

I.3.2. Réactifs utilisés

Galerie Api 20 E (Biomérieux) ;

KOVACS ;

VPI

VPII

TDA

Huile de vaseline ;

Lugol ;

Violet de Gentiane;

Alcool;

Fuchsine basique.


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I.3.3. Milieux de culture

Gélose nutritive ordinnaire;

Milieu Hektoen;

Milieu Chapman;

Milieu Muller-Hinton;

Gélose au sang ;

Bouillon Glucose tamponné (BGT).

I.3.4. Les antibiotiques

Tableau III: Les antibiotiques utilisés pour la réalisation d'antibiogramme au

laboratoire de bactériologie à l'établissement publique de l'hôpital "Slimane Amirat"

Touggourt.

Famille Les Antibiotiques testé Gram

B lactamines

Aminosides

Phénicols

Lincosamides

Glycopeptides

Polypeptides

Fluoroquinolones

Pénicilline (P)

Amoxycilline (AX)

Ampicilline (AM)

Céfotaxime (CTX)

Cefoxitine (FOX)

Gentamycine (CN)

Kanamycine (K)

Chloramphénicol (C)

Lincomycine (L)

Vancomycine (VA)

Colistine (CT)

Ofloxacine

Positif

Positif

Positif

Négatif

Négatif

Négatif

Positif

Négatif

Positif

Positif

Négatif

Négatif


Page 45

II. METHODES

II.1. Prélèvements

Les micro-organismes pathogènes surtout bactéries cohabitent avec les micro-

organismes commensaux à la surface ou dans l'hôte humain. Ces micro-organismes doivent

être identifiés correctement comme agents causaux de maladies infectieuses. (PRESCOT et

al, 2003).

Les consignes et les précautions d'usage lors des prélèvements sont celles préconisées

par le référentiel en microbiologie médicale, 2004 (REMIC, 2004).

Les prélèvements effectués ont été à visé écologique ou diagnostic sauf pour le pus (à visé

diagnostic).

Notre étude, qui s'est déroulée durant 02 mois et 23 jours a concerné des patients

hospitalisés au niveau des différents services : médecine (homme et femme), chirurgie

(homme et femme), réanimation, Pneumo- phtisiologies de l'hôpital de Touggourt.

Les renseignements ci-dessous ont été recueillis (Cf. formulaire en Annexe)

Age et sexe;

Sondage;

Service d'hospitalisation;

Prélèvement;

Antibiothérapie préalable.

II.1.1. Types de prélèvements:

II.1.1.1. Prélèvement urinaire

Cas général habituel (recueil dit à la « volée » ou « du milieu de jet ») :

Effectuer ce prélèvement le matin au réveil, des urines ayant séjournés au moins 4

heures dans la vessie;

Effectuer un lavage hygiénique des mains et une toilette soigneuse au savon de la

région vulvaire chez la femme et du méat urinaire chez l’homme suivi d’un rinçage;

Eliminer le 1er

jet d’urines (20ml);

Recueillir 20 à 30 ml d’urine dans un pot stérile.


Page 46

Patients sondés à demeure :

Ne pas prélever, en aucun cas, à partir du sac collecteur d’urines;

Clamper la sonde en aval pendant 5min;

Désinfecter en amont du clamp avec un antiseptique;

Prélever à l’aide d’une seringue dans la paroi de la sonde;

Une fois prélevées, il faut acheminer rapidement (dans les deux heures suivant le

prélèvement) au laboratoire. En cas d’empêchement momentané, le placer quelques heures à

+4°C.

II.1.1.2. Prélèvement de pus

Le pus est plus ou moins épais et granuleux et ainsi il est susceptible de former un

abcès, qui est une collection de pus dans une cavité néoformée et repoussant progressivement

les tissus en périphériques.

Les abcès se développent dans n’importe quel endroit de l’organisme, et pouvant être :

Superficiels: le plus fréquemment des panaris (abcès au doigt), mais ils peuvent se

rencontrer dans toute autre région du corps. Ils sont visibles et palpables.

Profonds: sur un organe interne (cerveau, foie, poumon, rein). Leur gravité est en

fonction de leur localisation (OSMAN, 2011)

Prélèvement

Les prélèvements sont effectués à la seringue avec transfert de pus dans un tube stérile

si l’abcès est profonde ou à l’aide d’un écouvillon stérile pour les suppurations superficielles

et cela après une désinfection soigneuse de la plaie

II.1.1.3. Prélèvement de selle

Les selles sont recueillies dès leur émission. Une aliquote du volume d’une noix est

prélevée à l’aide d’une spatule puis transférée dans un pot hermétique propre à usage unique.

Le prélèvement est immédiatement acheminé au laboratoire.

II.1.1.4. Prélèvement des expectorations

Le recueil de l’expectoration doit respecter un protocole rigoureux : il est effectué le

matin, au réveil, après rinçage bucco-dentaire à l’eau et lors d’un effort de toux.


Page 47

Les expectorations sont recueillies dans un pot hermétique propre à usage unique et

l’examen bactériologique est effectué sans délai.

II.1.1.5. Hémoculture:

L’hémoculture est une technique de laboratoire dont le but est de mettre en évidence la

septicémie (la présence ou l’absence de microorganismes : bactéries et levures dans le sang et

d’étudier leur sensibilité aux différents antibiotiques selon les cas).

Définition

Le terme « hémoculture » peut se définir de deux manières selon le contexte

d’utilisation. En règle générale, l’hémoculture est la technique microbiologique qui consiste

en ensemencement d’un milieu de culture avec une petite quantité de sang prélève sur un sujet

afin de déterminer les microorganismes qui l’affectent.

L’hémoculture est un élément capital du diagnostic, du pronostic et du traitement de

nombreuses infections sévères s’accompagnant de passage bactérien dans le sang. (Sékou

Koné; 2010)

Prélèvement

Moment du prélèvement:

Le moment du prélèvement est capital. Pour une bacteriémie discontinue, la

recommandation internationale est en faveur du moment des frissons ou d’un clocher

thermique pouvant correspondre à une décharge bactérienne. Au cours des états fébriles

prolongés et inexpliqués, le moment du prélèvement importe peu.

Le prélèvement est effectué avant toute antibiothérapie dans la mesure du possible.

Dans le cas contraire, une fenêtre thérapeutique est opérée pour effectuer les prélèvements.

Technique de prélèvement:

Le prélèvement doit être effectué dans des conditions d’asepsie rigoureuse.

Les modes de prélèvement sont variables, mais nous avons réalisé dans notre étude, le

système est constitué d’une tubulure munie à chaque extrémité d’une aiguille permettant l’une

la ponction veineuse, l’autre l’inoculation des flacons, ces derniers sont anaérobies contenant

des bouillons favorisant la croissance des bactéries.


Page 48

Dans l’idéal, l’O.M.S recommande de mélanger le sang avec dix fois son volume de

bouillon. (Sékou Koné; 2010)

II.2. Isolement

Nous avons utilisé 03 milieux de culture sélectifs pour l'isolement des souches, il s'agit

de la gélose Hektoen, Chapman et gélose au sang

Le bouillon glucosé tamponné (BGT) à été utilisé pour l'enrichissement .la composition de

ces milieux est donné en Annexe

II.2.1.Isolement à partir des urines:

A partir d'un prélèvement d'urine, on ensemence par 04 stries les boites de Pétri contenant

la gélose nutritive et la gélose Hektoen et on incube les boites à 37°C pendant 24h.

II.2.2. Isolement à partir de pus:

On introduit directement l'écouvillon dans un BGT pour l'enrichissement .après

incubation à 37°C pendant 24h, on ensemence par stries, à partir de ce bouillon

d'enrichissement, une boite de gélose Hektoen et Chapman qu'on incube à 37°C-24h. Pour le

pus prélevé à partir des abcès profondes, on l'ensemence directement sur la gélose Hektoen et

celle de Chapman et on incube à 37°C-24h.

II.2.3. Isolement à partir des expectorations:

On réalise un enrichissement dans un bouillon BGT, en l'ensemençant directement par

un ose de crachat prélevée à l'aide d'une anse de platine. On incube à 37°C pendant 24h et on

ré-isole ensuite à partir de ce bouillon une boite de gélose au sang et une autre de gélose

nutritive qu'on incube à 37°C pendant 24h.

II.2.4. Isolement à partir des selles:

On prélève une noix de selles et on la dissocie dans 100 ml d'eau distillée, après

décantation. A partir de cette dernière suspension, on ensemence par stries une boite de gélose

Hektoen et gélose nutritive qu'on incube à 37°C-24h.


Page 49

II.2.5. Isolement à partir de sang

La réalisation des cultures se fait en ensemencent en stries le contenu d’une

anse ou d’une goutte de bouillon prélevée à la seringue, sur des milieux solides: gélose

nutritive et Hekteon et gélose au sang, qu'on incube à 37°C-24h.

II.3. Purification et identification

Après incubation, on examine l'aspect des colonies ayant poussé sur les deux milieux

de culture et selon la nécessité (si les boites contiennent plusieurs types de colonies), on

procède à la purification de la souche en réalisant des repiquages successifs (sur le même

milieu d'isolement).

II.3.1. Coloration de Gram

La coloration de gram est la coloration de base de la bactériologie, c’est un double qui

permet de différencier les bactéries non seulement d'après leur forme, mais surtout d'après

leur affinité pour les colorations liée à la structure générale de leur paroi.

Technique:

Réaliser un frottis et le fixer;

Recouvrir la lame de violet de Gentiane durant une minute;

Laver à l’eau;

Recouvrir la lame d'une solution de lugol durant 30 secondes;

Laver à l’eau;

Recouvrir la lame d'alcool (90°) durant 10 secondes;

Laver rapidement et recouvrir la lame de Fuchsine basique durant 15 à 30 secondes;

Observer après séchage à l'immersion (objectif ×100) et à pleine lumière.

Résultats:

Les bactéries à Gram positif apparaissent violettes:

Les bactéries à Gram négatif sont roses.

II.3.2.Galerie API 20 E

L'identification des souches retenues a été confirmée par l'emploi d'une galerie API

20E (Biomérieux).


Page 50

On procède comme suit:

On réunit fond et couvercle d'un boite d'incubation et on réparti environ 5ml d'eau

distillée dans les alvéoles pour créer une atmosphère humide et on place la galerie

dans la boite d'incubation;

On prélève quelques colonies et on prépare une suspension bactérienne;

On remplie les tubes et cupules des tests CIT, VP er GEL avec la suspension

bactérienne et on remplie uniquement les tubes des autres tests;

On réalise une anaérobiose dans les tests : LDC, ADH, ODC et URE, en remplissant

leur cupule d’huile de vaseline;

On referme la boite d’incubation qu’on incube à 37°C pendant 18 à 24 heures;

L’identification est obtenue à l’aide d’un catalogue d’identification. (ANNEXE)

II.3.3.Test sensibilité aux antibiotiques (Antibiogramme standard)

Nous avons testé la sensibilité de toutes les souches identifiées vis-à-vis des

antibiotiques (Tableau III) par la méthode d’antibiogramme standard par diffusion sur gélose

Muller-Hinton selon les recommandations du Comité Française de l’Antibiogramme de la

Société Française de Microbiologie (CFA-SFM) (Communiqué CFA-SFM, 2012).

Milieu

Nous avons utilisé la gélose Muller Hinton(MH) dont l’épaisseur en boite est environ

4mm. Les boites sont ensuite séchées à 37°C-20 min afin d’éliminer l’excès d’humidité.

Ensemencement et incubation

On prélève 3 à 5 colonies et on les dissocie dans 5 ml d’eau physiologie stérile;

On ensemence par écouvillonnage les boites de gélose Muller Hinton;

On dépose les disques d’antibiotiques à tester;

On incube les boites pendant 24 heures à 37°C.

Lecture

On mesure à l’aide d’un pied à coulisse les différents diamètres des zones d’inhibition

obtenues autour les disques des antibiotiques.

L’interprétation en sensible(S) ou résistante (R) est effectuée selon les critères définis

par le CFA-SFM (communiqué du CFA-SFM, 2012) ANNEXE

Chapitre II

Résultats et discussions

Chapitre III Résultats et discussions

Page 51

II. Résultats et discussion

II.1. Résultats

II.1.1.Résultats d'étude rétrospective de huit(08) ans (2006-2013)

D'après les résultats de l'étude rétrospective, 3578 prélèvements ont été effectués

durant la période allant de Janvier 2006 à Décembre 2013. Les renseignements suivants ont

été pris en considération: types de prélèvements (pus, sang, urine,… etc.), sexe des patients,

tranches d'âge, agents causals et le service d'hospitalisation.

Les infections d’origine bactériennes ont été enregistrées au maximum est atteint en

2008 (17%) de totalité des infections (Fig 17).

Figure 17 : Répartition des infections bactériennes selon les années

II.1.1.1. Répartition des souches isolées selon le sexe des patients

La majorité des souches ont été isolées à partir des patients de sexe féminin (76%),

alors que seules (24%) des souches sont isolées à partir des échantillons prélevés des hommes

(Fig 18).


Page 52

Figure 18: Répartition des souches isolées selon le sexe des patients

II.1.1.2. Répartition des souches isolées selon l'âge des patients

La Figure 21, laisse apparaitre que la majorité des souches a été isolées à partir des

échantillons prélevés des patients dont la tranche d’âge est comprise entre 50 ans et plus

(22%), suivie de la tranche d’âge compris entre (20-30 ans) (12%) et (0-10 ans) (8%). les

tranche d’âge le moins représentés sont (30-40 ans), (40-50ans) et (10-20 ans) dont les taux

respectives sont de 7%, 5% et 4% (Fig 19).

Figure 19: Répartition des souches isolées selon l'âge des patients


Page 53

II.1.1.3.Répartition des souches isolées selon l'agent causal

Une diversité d’espèces isolées E. coli est l’espèce pré dominante (37,29%), suivie de

Staphylococcus et Enterobacter dont les pourcentages sont de 20,43% et 19,47%

respectivement. (Fig. 20).

Figure 20: Diversité des espèces isolées

II.1.1.4. Répartition des souches isolées selon le type de prélèvement

Les résultats obtenus montrent que l'espèce bactérienne isoles sont d'origines diverses (Fig.21)

La majorité des souches, soit 83, 09%, sont isolées à partir des prélèvements des

urines, suivies par les prélèvements de pus (6,65%) et des prélèvements vaginaux (4,08%).

Figure 21 : Répartition des souches isolées selon le type de prélèvement


Page 54

II.1.1.5. Répartition des souches isolées selon les services

La répartition des souches isolées par services est donnée dans la figure 22. On note

que les souches sont le plus souvent isolées dans le service de la chirurgie générale avec

57,52% de la totalité des souches, suivie par le service de la médecine interne et le pavillon

d’urgence avec des pourcentages 32,80% et 9,67% respectivement.

Figure 22 : Répartition des souches isolées selon les services

Diversité spécifiques des bactéries isolées selon services

II.1.1.5.1. Chirurgie général

La répartition des souches isolées dans le service chirurgie générale est donnée dans

la figure 17. On note que les souches le plus souvent isolées dans ces services sont

Staphylococcus (44%), suivie par Pseudomonas et Enterobacter dont les pourcentages sone

de 14% et 13% respectivement. Les souches les moins présentes sont Streptocoque (2%),

Yarsinia (2%) et Providancia (2%) (Fig 23).


Page 55

Figure 23: Diversité des bactéries isolées selon le service de la chirurgie général

5.2. Médecine interne

La répartition des souches isolées dans le service de médecine interne est représentée

par la figure 17. Il apparait que les souches le plus souvent isolées des malades admis dans

ce service sont Entérobacter (29,59%), suivie de E.coli et Staplylococcus dont le pourcentage

est (29%) et (10,66%) respectivement (Fig 24)

Figure 24 : Diversité des bactéries isolées selon le service de médecine interne

5.3. Pavillons d’urgence (PU)

La répartition des souches isolées dans le pavillon d’urgence est donnée dans la figure

24 montrant que les souches le plus souvent isolées sont Staphylococcus (33%), suivie par

Streptococcus (27,77%), puis E. coli, Pseudomonas et Enterobacter avec des pourcentages

identiques (11.11%) (Fig 25)


Page 56

Figure 25: Diversité des bactéries isolées selon pavillon d'urgence.

II.1.2.Résultats d’étude prospective

II.1.2.1. Recueil des souches

Au cours de cette étude, nous avons pu isolé et identifié 18 souches chez 34 patients, de

l’EPH Touggourt.

Caractérisation morphologiques et biochimiques des souches isolées

II.1.2.1.1. Répartitions des souches par services

La répartition des souches isolées par services est donnée dans la figure 25. On note

que les souches sont le plus souvent isolées dans le service de la chirurgie générale avec

61,11% de la totalité des souches (Fig 26).

Figure 26: Répartition des souches isolées par des services


Page 57

II.1.2.1.2. Répartition des souches selon le type de prélèvement

Parmi les échantillons prélevés, 18 cas positifs ont été enregistrés et sont représentés

dans la figure 26. La majorité des souches, soit 61%, sont isolées à partir des prélèvements

de pus, suivies par des prélèvements d’urines (33%), puis par des prélèvements de sang (6%).

Aucune souche n’a été isolée à partir des prélèvements des selles et des expectorations (Fig

27).

Figure 27: Répartition des souches isolées selon le type de prélèvement

II.1.2.1.3. Diversité de souches isolées

Une diversité d’espèces isolées, a été constatée (Fig 28), E.coli est la plus abondante

(28%), suivie de Proteus, Klebsiella et Staphylococcus dont le pourcentage est de 22%, 22%

et 17%respectivement. Les espèces les moins représentés sont Enterobacter (6%) et

Citrobacter (5%) (Fig 27).


Page 58

Figure 28 : Répartition des souches isolées à partir des espèces.

II.1.2.1.4. Répartition des souches isolées par sexe des patients

Il a été constaté que la majorité des souches ont été isolées à partir des patients de sexe

masculin (62%), alors que seules (38%) des souches sont isolées à partir des échantillons

prélevés des femmes (Fig 29).

Figure 29: Répartition des souches isolées selon de sexe des patients

II.1.2.1.5. Répartition des souches isolées par tranche d’âge des patients

La Fig 30 laisse apparaitre que la majorité des souches a été isolées à partir des

échantillons prélevés des patients dont la tranche d’âge est comprise entre 50 et 60 ans (39%),

suivie de la tranche d’âge comprise entre (70ans et plus) (22%), et (30-40ans) de (17%). Les

patients dont la tranche d’âge le moins représentés comprise entre (20-30 ans) et (60- 70 ans)

dont les taux respectives sont 11%(Fig 29)


Page 59

Figure 30: Répartition des souches isolées selon la tranche d’âge des patients

II.1.2.2. Résistance de souches isolées vis-à-vis des antibiotiques

Les résultats des antibiogrammes effectués sur les 18 souches isolées vis-à-vis des

antibiotiques marqueurs (OFX, FOX, CTX, CT) ont montré que 77,77 % des souches (soit14

souches) sont résistantes à ces antibiotiques. Ces 14 souches sont toutes de Gram négatif.

II.1.2.2.1. Antibiorésistance des souches isolées selon les caractéristiques de la

population

II.1.2.2.1. Antibiorésistance des souches isolées selon l'âge

L’âge moyen des patients chez lesquels, ces souches ont été isolées est de 54 ans. Le

taux de résistance des souches selon la tranche d’âge des patients est donné dans la figure 31.

Selon la tranche d’âge des patients, les souches ayant été isolées montrent des repaires

variés aux antibiotiques marqueurs. Prés de 50% des souches isolées à partir des patients âgé

de 50 à 60ans présent une résistance aux antibiotiques testés, suivie de celles isolées des

patients âgés de 30 à 40 ans (21,42%) et de celles patients âgés de 60 à 70 ans (14,28%).

Les bactéries isolées des jeunes patients (0 – 20 ans) et ( 40, 50 ans), ne résistent pas

aux antibiotiques.


Page 60

Figure 31 : Taux de résistance des souches isolées selon l'âge des patients

II.1.2.2.2. Antibiorésistance des souches isolées selon le Sexe

Le taux de résistance des souches isolées des patients de sexe masculin est plus élevé

(71 % soit 10/14), que celui des souches isolées des patients de sexe féminin (29 % soit 4/14)

(Fig 32).

Figure 32 : Taux de résistance des souches isolées selon le sexe du patient

II.1.2.2.3. Antibiothérapie préalable

Toutes les souches isolées ayant montré une résistance aux antibiotiques ont été

prélevées des patients mais préalablement sous antibiothérapie.


Page 61

II.1.2.2.2. Taux de résistance par service

Parmi les souches isolées dans les différents services de l’EPH Touggourt, certains

présentent une résistance aux antibiotiques et autre non. En effet, en constate qu’au niveau du

service chirurgie homme 57,14% des souches sont résistante, alors que seules 7,14% des

souches des patients des services médecine homme et la réanimation présentent une

résistance.

Aucune souche isolée du service chirurgie femme, n’est pas résister aux antibiotiques

testés (Fig 33).

Figure 33: Taux de résistance des souches isolées selon les services

II.1.2.2.3. Taux de résistance des souches selon le type de prélèvement

Il ressort du tableau 6 que 64,28% des souches isolées du pus sont antibiorésistantes,

suivie des celles isolées des urines dont le taux de résistances est de 28,57% et des souches du

sang, ayant un taux de résistance de 7,14% (Fig 34).


Page 62

Figure 34 : Taux de résistance des souches isolées selon types de prélèvements

II.1.2.2.4. Taux de résistance par espèces

Parmi les souches isolées, E.coli présente le taux le plus élevé des souches résistantes

aux antibiotiques (35%), suivie de Proteus et Klebsiella ayant le même taux de résistances

(21,42%), et d’Enterobacter (14,28%). Les d’antibiorésistance les plus faibles sont chez

Citrobacter (7,14%). Les staphylocoques sont arrivés sensibles aux antibiotiques testés (Fig

35).

Figure 35: Taux de résistance selon les espèces bactériennes isolées


Page 63

II.2. Discussion

L’importance des souches d’origine pyogénes isolées surtout au niveau du service

chirurgie homme pourrait etre expliquée par le fait que la majorité des patients de ce service

soient diabètiques. En effect, les infections pyogène sont une conséquence de déséquilibre

glycémique.

Le diabète fait partie de la longue liste des différentes affections susceptibles

d'entrainer une altération des défenses antiinfectieuses. Cela est surtout vérifié pour les

infections bactériennes. L'hyperglycémie entrave le chimiotactisme et inhibe la fonnation du

voile phagique du polynucleaire. Elle altère l'énergie et le potentiel d'oxydo- réduction mis à

la disposition du polynucléaire et ses capacités rhéologiques (GIN H., 1993).

L'espèce E. coli est le germe le plus fréquemmenet isolé dans les infections urinaires.

Ces résultats concordent avec ceux de l'étude réalisée par LEMORT et al., (2006) mettant en

relation la presence de cette bactérie avec la physiologie de l'infection urinaire qui est en

général ascendante, et il existe une forte colonisation du périnée par les entérobactéries

d'origine digestive, et en particulier E. coli. A cela, s'ajoutent des facteurs spècifiques

d'uropathogénicité. Ainsi, E. coli posséde des adhésines, capables de lier la bactérie à

l'épithilium urinaire et d'empêcher son élimination par les vidanges vésicales (SEKHSOKH

et al., 2008).

L'importance des infections urinaires chez les femmes peut être expliquée, d'une par

l'existence de deux pics, l'un au début de l'activité sexuelle et l'autre en période post

ménopausique et ces identifications surviennent plus fréquemment chez la femme que chez

l’homme dûs à des facteurs anatomique et physiologique favorisant spécifiquement

l'instalation des germs pathogènes (Urètre court, grossesse…) et d'autre part par le fait que ces

derniéres soit plus recencées grâce au nombre d'ECBU demandes aux femmes enceinte.

En effet, dans leur étude épidémiologique, CORON et al, (2008) signalent que 40 à

50% des femmes ont au moins une infection urinaire au cours de leur existence. Chez

l'homme,la fréquence augment après 50ans, relation notamment avec la pathologie prostatique

(CORON et al, 2008).

Klebsiella et Proteus secrétent une uréase qui alcalinise l'urine, dont le pH

naturellement acide empêche la prolifération des germes (LEMINOR et VERON, 1989).


Page 64

Les résultats présentés, concernant la répartition des souches isolées par services,

apparaîsent hétérogènes.

Le faible nombre de bactéries isolés des patients du service de la réanimation

s'expliquerait par le respect rigoureux des régles d'hygiène, ce qui permet également de

réduire sensibilement les risques d'infections (HOET, 1998).

l'importance des germes isolés des patients du service chirurgie générale pourait être

due à l'exposition des plais de malads aux infections nosocomiales. En effet, dans leur étude

CHAHED et MADANI, (2004) signalent que les bactéries qui causent ces infections des

plaies sont d’origine multiple : flore cutané, air ambiant, matériel chirurgical,… etc

La catégorie d'âge adulte est la catégorie à partir de laquelle les souches ont été le

plus souvent isolées, pour la tranche d'âge allant de 50 ans et plus.

Il ya donc plus des patients de sexe masculin que des patient de sexe féminin. Des

résultats comparables ont été signalés dans des études réalisées sur les infections urinares

(LARABI et al., 2003; SEKHSOUKH et al., 2008).

Les résultats de l’antibiogramme effectués sur les 18 souches isolées testées vis-à-vis

de FOX, CTX, OFX et CT ; montrent que 77,77% (soit 14 souches) sont résistantes à ces

antibiotiques. Une multi résistance à trois familles des antibiotiques est également observée

pour les souches résistantes isolées.

Plusieurs espèces d’entérobactéries sont naturellement résistantes aux β-lactamines par

production d’une β-lactamase naturelle. Ainsi, par exemple : K.pneumoniae est résistante aux

aminopénicillines, carboxypénicillines et certains céphalosporine de premier génération par

production d’un pénicillinase chromosomique constitutive et les souches sauvages

d’Enterobacter cloacae sont résistantes aux aminipénicillines et aux céphalosporines de

premiere génération par la production d’une céphalosporinase chromosomique inductible


A cette résistance naturelle vient s’ajouter de nouvelles β-lactamases acquises dont la

majorité sont à méditation plasmidique. Ces nouvelles β-lactamases, incluant par exemple les

BLSE de types TEM, SHV, OXA, CTX-M ; les carbapénémases et céphalosporinases

plasmidiques, sont à l’origine de plusieurs échecs thérapeutiques et causent de sérieux

problèmes de santé publique (LAMNAOUER, 2002).

Conclusion

Conclusion

Page 65

CONCLUSION

Notre travail consiste en une étude rétrospective et prospective des principales

infections rencontrées dans la région de Touggourt et la recherche de leur antibiorésistance.

Il ressort des résultats de l’enquête rétrospective réalisée pour une période allant de

2006 à 2013 que parmi les 3578 cas d’infections recensés, 17% sont enregistrés en 2008 et

que la majorité des souches isolées proviennent des patients admis en chirurgie générale

(57,52%).

E.coli est l’espèce prédominante avec un taux de 37,29%, dont la majorité est prélevée

à partir des échantillons d’urines (83,09%) provenant majoritairement de femmes (76%).

L’étude prospective réalisée au niveau de l'hôpital Slimane AMIRAT de Touggourt

nous a permit d’isoler 18 souches dont la majorité sont proviennent des patients hospitalisés

en chirurgie générale (61.11%). Ces souches sont surtout d’origine pyogènes (61%) et

urinaires (33%).

E. coli, espèce la plus rencontrée dans nos échantillons (28%) est essentiellement

prélevée des hommes dont la tranche d’âge est de 50ans et plus.

L’évaluation de la résistance aux antibiotiques Ofloxacine (OFX), Cefoxitine (FOX),

Colistime (CT), Céfotaxime (CTX), permit de sélectionner 14 souches résistantes à ces

antibiotiques (77,77%), E. coli est l’espèce la plus résistante (35,71%)

Les mesures tendant à prévenir et à maitriser les conséquences de cette résistance en

milieu hospitalier doivent agir sur les facteurs qui conditionnent son émergence et son

évolution

Il s'agit en 1er

lieu, de diminuer la pression de sélection exercée par l'utilisation

importante de l'antibiothérapie en sensibilisant les acteurs du secteur de la santé au fait qu’une

antibiothérapie n’est pas automatique (pas quand c'est viral) ;

D'améliorer les conditions d'usage des antibiotiques en respectant la durée du

traitement et en évitant l'automédication surtout pour les populations à risque,

De faire en sorte qu'il y est une coopération permanente entre médecins, techniciens et

chercheurs en organisant chaque année des colloques nationaux et internationaux,

Conclusion

Page 66

En fin, une recherche active de nouvelles molécules, fondées sur une connaissance

approfondie de mécanismes génétiques et biochimiques de la résistance.

Cette étude ne reste que préliminaire, elle pourrait être complétée en:

Etudiant un plus grand nombre de souches, incluant des bactéries Gram positif et

Gram négatif, et de rendre ainsi l'étude statistique plus fiable, en traitant d'autres facteurs de

risque dans l'acquisition de la résistance (antibiothérapie, préalable ou de longue durée,

sondage….), et en testant les souches vis-à-vis des nouvelles générations d'antibiotique.

Au laboratoire vous prouver nous dire comment on recherche une β-lactamase à

spectre élargie. On à deux tests:

Iodométrique: c'est une détection rapide basée sur la réduction du complexe iodo-

amidon+ gélose / on fait des puits et lecture après 30 mn. Modification ou non autours

de la coloration, Couvalin 1985.

Acidimétrique: modification du pH après l'hydrolise du benzyl pénicilline dans l'eau

distillée et on ajoute quelque gouttes de NaOH avec un indicateur colorés, puis on

prépare une suspension à pH 8 et ajoutes des gouttes de la solution révélatrice et

lecture: modification ou non de la coloration.

Appliquant des techniques de biomol s’avère aussi nécessaire, pour déterminer les

déférents mécanismes de résistance aux antibiotiques des souches et identifier le support

génétique pour toutes les souches résistantes afin d'évaluer leur émergence.



Page 54


A

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Annexes

Annexes

Page 54

ANNEXE I

Composition des milieux de culture utilisée

Milieu de Chapman:(Formule en g/l d’eau distillée)

(JOFFIN et GUY, 2006).

Peptones………………………………………………………………………………10g

Extrait de viande de bœuf ………………………………………………..…………..1,0g

Chlorure de sodium……………………………………………………….…………75, 0g

Mannitol…………………………………………………………….……………….10, 0g

Rouge de phénol…………………………………………………………………….0, 025g

Agar………………………………………………………………………...…………15,0g

pH=7,4

Milieu Gélose Nutritive :(Formule en g/l d’eau distillée)


Peptones…………………………………………………………………………….…5,0g

Extrait de viande ………………………………………………………………....…..1,0g

Extrait de levure………………………………………………………………………2,0g

Chlorure de sodium……………………………………......………………………….5,0g

Agar…………………………………………………………………....……………..15,0g

pH=7,4

Milieu Hektoen : (Formule en g/l d’eau distillée)


Protéose-peptone…………………………………………………………..………..12,0g

Extrait de levure…………………………………………………….………………..3,0g

Lactose…………………………………………………………....………………….12,0g

Saccharose……………………………………………………………………………12,0g

Salicine…………………………………………………………..……………………2,0g

Citrate de fer III et d’ammonium………………………………….…………………1,5g

Sels biliaires…………………………………………………………………………...9,0g

Fuschine acide……………………………………………………………………...…0,1g

Bleu de bromothymole……………………………………………………………..…0,065g

Chlorure de sodium…………………………………………………………………….5,0g

Thiosulfate de sodium………………………………………………………………….5, 0g

Agare…………………………………………………………………………………..13,0g

PH=7,5

Annexes

Page 55

Milieu de gélose au sang :(Formule en g/l d’eau distillée)

(JOSEPH et GUIRAUD ,1998)

Protéose peptone………………………………………………………………..15g

Extrait de foie…………………………………………………………………..2,5g

Chlorure de sodium…………………………………………………………….5g

Gélose……………………………………………………………………….…12g

PH=7,5

Milieu de Muller-Hinton :(Formule en g/l d’eau distillée)


Extrait de viande de bœuf ………………………………………....300g

Peptone de caséine………………………………………………....17,5g

Amidon……………………………………………………………….1,5g

Gélose…………………………………………………………………10g

pH=7,4

Bouillon Gélose Tamponnée


Peptone…………………………………………………………….20,0g

Extrait de viande …………………………………………………. 2,0g

Glucose………………………………………………………………4,0g

Chlorure de sodium………………………………………………....2,5g

Dihydrogénophosphate de potassium ……………………………...0,7g

Hydrogénophosphate de sodium……………..……………………...0,7g

pH=7,4

Annexes

Page 56

Annexes

Page 54

Annexes

Page 54

Tableau des Concentration et diamètres critiques pour les diverses classes

d’antibiotiques (CASFM, 2012)

Antibiotiques Charge du

disque

Concentrations

critique: (mg/l)

S R

Diamètres

critique: (mm)

S R

PENICILLINES

Pénicilline G 6µg (10 UI) ≤ 0.25 ˃2 ≥ 29 ˂ 18

Ampicilline 10µg ≤ 2 ˃ 8 ≥ 21 ˂ 16

Amoxycilline 25µg ≤ 2 ˃ 8 ≥ 23 ˂ 16

CEPHALOSPORINES

(voie parentérale)

Cefoxitine 30µg ≤ 8 ˃ 32 ≥ 22 ˂ 15

Céfotaxime 30µg ≤ 1 ˃ 2 ≥ 26 ˂ 23

AMINOSIDES

Gentamicine

-Streptocoques, entérocoques

-autre bactéries

Kanamycine

Streptocoques, entérocoques

-autre bactéries

PHENICOLES

Chloramphénicol

LINCISAMIDES

Lincomycine

GLYCOPEPTIDES

Vancomycine

POLYPEPTIDES

Colistine

FLUROQUINILONES

Ofloxacine

500 µg

15 µg (10UI)

1000 µg

30 UI

30µg

15 µg

30µg

50µg

5 µg

≤ 250

≤ 2

≤ 250

≤ 8

≤ 8

≤ 2

≤ 4

≤ 2

≤ 0.5

˃ 500

˃ 4

˃ 500

˃16

˃16

˃ 8

˃ 8

˃ 2

˃1

≥17

≥18

≥14

≥17

≥ 23

≥ 21

≥17

≥15

≥ 25

˂ 11

˂ 16

˂ 10

˂ 15

˂ 19

˂ 17

-

˂ 15

˂ 22

Annexes

Page 55

Formulaire

Date d’isolement :

Code :

Date d’hospitalisation :

Motif d’hospitalisation :

Sexe :

Age :

Mode d’admission (direct, mutation, transfert) :

Hospitalisation dans les 03 mois précédents :

Chirurgie antérieure :

Dispositif invasif :

Antibiothérapie préalable:

Antibiotiques administrés : Date de début :

Prélèvement (type) :

Souche identifiée :

Milieu d’isolement :

Méthode d’identification :

Antibiogramme réalisé :

ATB

Diamètre

R/S/I

Résumé :

Au cours de cette étude qui s’est déroulée dans l’EPH de Slimane AMIRAT de Touggourt durant la période de Mars à Mai

2014. L'étude rétrospectives a révélé la présence de diverses infections d'origine bactérienne dont le maximum est atteint en

2008 (17%) où les patients de sexe féminin (76%) des service chirurgie générale (57.52%) sont les nombreux, la tranche

d'âge prédominante était celle de 50 ans et plus (22%) et les principaux germes rencontrés par ordre d'importance sont

Staphylocoque chez les patients du service chirurgie générale (44%), Enterobacter et E. coli (29%) patients de service

médecine interne, Streptocoques (33.33%) patients de pavillon d'urgence et pour la majorité des souches prélèves chez les

femmes est rendu possible grâce au nombre important d'ECBU exigés à ces patients. L'étude prospective a permis de

recenser 18 souches à partir des prélèvements de pus (61%), d’urines (33%), de sang (6%), à partir des patients hospitalisés

dans différents services, où la chirurgie générale est le service le plus touché (61,11%). L’espèce bactérienne la plus isolée

est E. coli (28%). L’évaluation de la sensibilité de ces souches vis-à-vis ces antibiotiques (FOX, OFX, CTX, CT), a permit

de sélectionner 14 souches résistantes à ces antibiotiques (77,77%). E. coli est l’espèce la plus résistante (35,71%).

L’analyse des données a montré que le sexe et l’âge du patient sont probablement des facteurs de risque dans la

colonisation/infection par une souche résistante.

Mots clés : EPH Touggourt, Prélèvements, Souches bactériennes, Patients hospitalisés, Antibiorésistance.

Summary

During this study which proceeded in the HPE of Slimane AMIRAT of Touggourt during the period from March

to May 2014. The retrospective study revealed the presence of various infection of bacterial origin of which the maximum

is reached in 2008 (17%) or patients of female sex (76%) of the service general emergency (57.52%) are the numerous

ones, the prevalent age bracket was 50 years and more (22%) and the principal meeting germs by order of importance are

Staphylococcus among patients of the general emergency (44%),Enterobater and E. coli (29%) in internal medicine,

Streptocoques (33.33%) in emergency sevice and for the majority of the strains taken among women is du to the significant

number of ECBU require for these patient. In the exploratory study, we have counted 18 strains starting from the specimens

of wound (61%), of urines (33%), of blood (6%), starting from the hospitalized patients in various services, where the

general emergency is the service the most touched (61.11%). The most isolated bacterial species is E. coli (28%). The

evaluation of the sensitivity of these strains terrier opposite these antibiotics (FOX, OFX, CTX, CT), allowed us to select

14 strains resistant to these antibiotics (77.77%). E. coli is the most resistant species (35.71%).

The data analysis showed that the sex and the age of the patient are probably risk factors in colonization/infection by a

resistant strain.

Keywords: HPE Touggourt, Specimens, Bacterial strains, Hospitalized patients, Resistance, Antibiotic.

ملخص

. 2014يٍ خالل انذراست انتي قًُا بها بانًؤسست االستشفائيت انعًىييت سهيًاٌ عًيزاث تقزث خالل فتزة انًًتذة يٍ يارس إنً ياي

حيث المرضى (٪17) 2008كشفت دراسة استعادية وجود االلتهابات البكتيرية المختلفة، ويتم الوصول إلى الحد األقصى في عام

والبكتيريا (٪22) سنة فأكثر 50عديدة، كان السائد في الفئة العمرية (٪57.52)من خدمات الجراحة العامة (٪76)من النساء

من المرضى من )E. coli( 29٪، (٪44) في قسم الجراحة العامة Enterobacterالرئيسية التي واجهتها في النظام أهمية هي

من المرضى في قسم الطوارئ وبالنسبة لغالبية السالالت التي تم جمعها يرصد Streptocoque(33.33٪) خدمات الطب الداخلي،

عزلة من عينات القيح 18حددت دراسة استطالعية .بين النساء ممكنا بفضل عدد كبير من تحليل البول المطلوبة في هؤالء المرضى

من المرضى في المستشفيات في أقسام مختلفة حيث الجراحة العامة هو قسم األكثر تضررا (٪6)، والدم (٪33)والبول (61٪)

، ( (FOX, OFX, CTX, CT)انً تقييى حساسيت هذِ انسالالث تقييم E. coli28%األنواع البكتيرية األكثر عزلة هو . (61.11٪)

%(.35.71)َىع األكثز يقاويت لهي ا E. Coli(, %77.77) سالالث يقاويت نهذِ انًضاداث انحيىيت 14يسًح بتحذيذ

.يقاويت انعذوي بسالنت/وأظهز انتحهيم اإلحصائي نهبياَاث أٌ انجُس وانعًز نهًزيض عهً األرجح عىايم انخطز في االستعًار

مقاومة المضادات الحيوية و اع تقزث، اخذ انعيُاث، انسالالث انبكتيزيت، انًزضً في انًستشفً، المفتاحيةالكلمات

Documents

Chapitre I Les infections et les agents causals