En la estructura de una protena es posible reconocer algunos
patrones estructurales comunes.
Las protenas que se encuentran en cualquiera de
susconformaciones funcionales y plegadas se denominan protenas
nativas.Interacciones qumicas que tienden a favorecer el
estadoplegado Enlace disulfuro Interacciones dbiles (no
covalentes): enlaces puente
de hidrogeno, interacciones inicas, interacciones
hidrofobicas.
Estructura secundaria
.
Los ngulos de giro de los enlaces se denominan
por convencin (phi) para el enlace N-C y
(psi) para el enlace C-C. Tambin por
convencin y adquieren un valor de 180
cuando el polipptido est en la conformacin
totalmente extendida y todos los grupos
peptidicos estn en el mismo plano.
Conformacin hlice
3,6 residuos de aa en cada giro de la hlice =-45 -50 o y = -60.
El giro de la hlice alfa en todas las proteinas es dextrogiro.
Secuencia de aminocidos
Gly adyacentes se repelan al igual que Lys y Arg, lo mejor es
que los aa cargados estn separados por tres residuos, los aa
aromticos tambin deben presentar un espaciamiento similar.
Los residuos de Pro desestabiliza la curvatura por el anillo
rgido donde la rotacin alrededor del enlace N-C no es posible.
La gly es tiene mas flexibilidad. La Asn, Ser, Thr, Cys
desestabilizan la hlice si se hallan muy cerca esto por su tamao
y forma.
