Corporate Template 4:3 for Internal Use...3 Proprietary & Confidential ① 「TaqMan Assays」のプルダウンより、検索対象のAssay (Gene Expression)を選択 ② Search

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2018年10月版

thermofisher.com TaqMan® Assay Search マニュアル Gene Expression Assay編

2 Proprietary & Confidential

Applied Biosystems TaqMan Assays 検索ツール www.thermofisher.com/taqman • Applied Biosystemsブランド製品(Gene Expression Assay、Advanced miRNA

Assay、Lipid Biopsy Assayなどの全てのTaqMan Assays、TaqMan Arrayのプレデザインやコンテンツパネルなど)の検索が、このツール一つで可能です。

• アッセイごとに最新の文献を検索できます。 • Gene Pathway Mapを使えば、関連遺伝子での検索がスムーズにできます。 • Invitrogenブランド製品(プライマーやsiRNA、CRISPR gRNA)も一緒にご注文いただけます。

※ご注文には「thermofisher.com」のアカウントが必要になります。お持ちで

ない方はこちらから作成ください。https://www.thermofisher.com/order/catalog/ja/JP/adirect/lt?cmd=FullRegistrationData&GroupKey=103&Command=updateExecute&anonymousHomePageMsg=OnlineOrderingPageDisplay

検索ツールについて

http://www.thermofisher.com/taqman

https://www.thermofisher.com/order/catalog/ja/JP/adirect/lt?cmd=FullRegistrationData&GroupKey=103&Command=updateExecute&anonymousHomePageMsg=OnlineOrderingPageDisplay






① 「TaqMan Assays」のプルダウンより、検索対象のAssay (Gene Expression)を選択 ② Search boxに対象情報を入力例：Assay ID、遺伝子名、遺伝子IDなど ③ Searchの実行 ※ ①の選択後、「Build a search」が有効になり、より詳細な検索も可能になる。(→P.23-27参照)

Gene Expression Assay検索トップページ

① ②

※

③


検索結果

検索結果のフィルタリングが可能です(→P.5-8参照)

Assayの詳細情報をこちらで確認ください (→P.10-21参照)

選択したAssayに対する一括変更が可能です (→P.22参照)

検索結果数が確認できます (→P.9参照)


プルダウンからAssayタイプの絞り込みが可能です。 • Best coverage: Best Coverage Assayのみを表示 • Inventoried: 在庫ありAssayのみを表示 • 3’ Most: 最も3’末端側にデザインされたAssayを表示 • Detects genomic data: ゲノムDNAを検出するAssayを表示 • Qualified: 微生物を検出するAssayなどコントロールサンプルで検証済みのAssayを表示

検索結果 (1) 検索結果のフィルタリング



プルダウンから生物種の絞り込みが可能です。生物種のチェックボックスにチェックすると、その生物種が検索対象となります。複数の生物種へのチェックも可能です。



プルダウンからAssayデザインの絞り込み可能。 • Probe spans exons: プローブがエクソンジャンクション上にデザインされたAssayを表示 • Both primers and probe map within a single

exon: プローブとプライマーが1つのエクソン上にデザインされたAssayを表示

• Amplicon spans exons and probe does not span exons: 増幅領域はエキソンジャンクション上だが、プローブはエキソン内にデザインされたAssayを表示 • Non-standard annotation: 融合遺伝子の転写産物や人工遺伝子、原核生物やミトコンドリア配列など典型的なエキソン-イントロンの構造ではない配列を対象としたAssayを表示



プルダウンから生物種の種交叉性の絞り込みが可能です。生物種のチェックボックスにチェックすると、その生物種に対して種交叉性があるAssayが除外され、Cross-activitiyを示さないAssayが表示されます。遺伝子導入動物を作製する際に導入遺伝子が宿主遺伝子と相同性が高い場合、偽検出の可能性があるAssayを避けることができます。


検索結果 (2) 検索結果数の確認

① Search boxに入力したキーワードに関連したAssay数と、遺伝子名で絞り込んだAssay数が表示されます。

② Search boxのキーワードに関連したAssayを含むArray Plateの表示に切り替え可能です。

③ Search boxのキー

ワードに関連した遺伝子Pathwayの表示に切り替わります。パスウェイ画像上のタンパク質をクリックして、その遺伝子に関連するアッセイ製品を検索します。

① ② ③


検索結果 (3) Assay情報確認

①

① Assay ID • 最初の2文字: 生物種を示しています。 • 8桁の数字: 任意に割り当てられ、数字が大きいと新しいデザインになります。 • 末尾の英数字: デザイン領域を示しています。(→P.11-12参照)


末尾の英数字 • _m1: プローブがエクソンジャンクション上にデザインされており、ゲノムDNAは検出されません。

※一部の_m1Assayではゲノムデータベースの塩基配列の更新により、ゲノムDNAが検出される可能性があります。アッセイデザインの詳細をご確認ください。 • _s1: 1つのエクソン上にプライマーおよびプローブがデザインされており、ゲノムDNAが含まれると検出します。

• _g1: プローブがエクソンジャンクション上にデザインされている、または1つのエクソン上にプライマーおよびプローブがデザインされています。ゲノム DNA を検出する可能性があります。

• mH,_sH,_gH: 相同性の高い遺伝子ファミリーのある特定の転写産物に対してデザインされており、ターゲット遺伝子から10-15Ct値差(同一コピー数が存在した場合1,000～30,000倍の差に相当)で類似の転写産物を検出する可能性があり、特異性が完全には保たれていないことを示します。



末尾の英数字 • _u: Assayによって検出する増幅領域は２つのExon間にありますが、プローブがどちらかのエクソン上にデザインされているので、ゲノムDNAが検出される可能性があります。

• _ft: 染色体転座による融合した転写産物を検出します。一つのプライマーとプローブが片方のBreakpointに存在し、もう一つのプライマーが別のBreakpointに存在するため、ゲノムDNAは検出されません。

• _a1: どの生物種の配列にも含まれない合成コントロールを検出する為にデザインされたAssayです。



検索結果 (3) Assay情報確認 ②

② Assayの推奨情報 • Best coverage: Probeの設計位置、製品在庫の有無、増幅産物長、オフターゲットの検出有無、などの条件を踏まえて、最も推奨のAssayに表示される

(条件の詳細は14ページに記載) • Most citations: 論文への引用数から推奨のAssayに表示される


• Best coverage 当社では基準に基づいてAssayを評価し、Best coverageは下記の設計基準を最も満たしたAssayに表示されます。類似配列を持つ遺伝子産物(相同性遺伝子)を検出しませんエクソンジャンクションをはさむように設計しており、ゲノムDNAは検出されません Inventoried(在庫あり)のため、早い納期で納品できます短いアンプリコン設計のため、より高いPCR効率となりますオフターゲット配列を検出しないため、ターゲット配列の反応特異性が向上します (アッセイでゲノムにおける配列の加水分解が1回以上生じた場合はオフターゲットが検出される可能性があります) 複数の遺伝子配列と一致しないため、特異性が高くなります転写産物間で配列の多様性がある5‘ 末端非翻訳領域 (UTR)をターゲットとしていません




③

③ RefSeq数 • 検出対象のRefSeqの数を確認できます。

④ Probe • Assayのデザインを確認できます。両項目ともクリックすると、View Detailが開き、さらに詳細情報を確認できます。

④



⑤

⑤ Citation数 • Assayが引用された論文の数や論文のリストを確認することができます。

⑥ チェックボックス • 複数のAssayを選択する場合、このチェックボックスにチェックを入れます。

⑥


検索結果 (4) View Details

• Exon Boundary : Probeが設計されているRefSeq内のExon位置 • Assay Location : Probeの1塩基が該当するRefSeqの塩基配列の位置 • Amplicon Length : 増幅産物の長さ


検索結果 (5) Related Reagents

• Related Reagentsより試薬情報が確認できますが、日本国内では代理店経由のご注文のため、こちらから直接ご注文は行えませんのでご注意ください。

• 製品名をクリックすると製品webページへと移行します。


検索結果 (6) Related Controls

• オンラインオーダーが可能な内在性コントロール製品群が表示されます。蛍光ラベル及び容量をプルダウンメニューで選択し、カートに追加することができます。


検索結果 (7) View Assay Map

• View Assay Mapから、ゲノムマップ上のおおよその位置情報を確認することが可能です。


蛍光色素、サイズの選択

• Dye: プルダウンから蛍光色素の種類を指定してください。 FAM-MGB / VIC-MGB / VIC-MGB_PL ※PLはPrimer濃度を調製したPrimer Limitedの製品となります。 • Size: プルダウンから容量を指定してください。 XS 75反応 / S 250反応 / M 750反応 / L 2,900反応 • Availability: 在庫状況です。 Inventoried 在庫あり / Made-to-Order 受注生産品各項目の指定後、「Add to cart」からカートに加えてください。 ※注文手続きに関しては、別途のご注文マニュアルをご参照ください。


複数Assayに対する変更

複数Assayのカートへの一括追加や、選択したAssay情報をメールやファイルとして抽出することができます。

複数Assayの蛍光色素や容量の一括変更が可能です。

Assayのソートが可能です。

• チェックボックスをチェックしたAssayに対して一括処理ができます。


Build a search


• Single-tube assays TaqMan ProbeとPrimerのPre-mixの溶液タイプになります。1種類の遺伝子検出に使用でき、反応液を調製してご使用頂きます。 • Arrays TaqMan ProbeとPrimerをPlateに乾燥状態にしております。複数遺伝子を同時に測定可能で、 Master mixとサンプルcDNAを添加してご使用頂きます。

Build a search (1) フォーマットの選択


• All Gene Expression Assays: 全ての遺伝子発現解析用のAssayから検索します。 • Noncoding RNA Only: noncoding RNA検出用のAssayから検索します。 • Markers & Reporters: レポーター遺伝子、マーカー遺伝子検出のAssayから検索します。 • Controls: コントロール遺伝子のAssayから検索します。 • Fusion: Fusion遺伝子から検索します。 • Microbe Detection: 微生物の遺伝子検出用のAssayから検索します。

Build a search (2) Assayタイプの選択


• 各生物種のチェックボックスにチェックすると、検索対象の生物種を絞って検索可能です。

• Human, Mouse, Rat以外の生物種の場合はSearch boxより検索ください。

Build a search (3) 生物種の選択


• 複数の遺伝子に対するAssayを同時に測定したい場合は、「Enter multiple targets」から検索ください。以下の2通りの入力方法からご選択頂けます。

• Option1: 遺伝子情報をSearch boxに直接記入ください。

• Option2: テキストファイルなどをアップロードして検索ください。

Build a search (4) 複数遺伝子の同時検索


研究用にのみ使用できます。診断目的およびその手続き上での使用は出来ません。 © 2018 Thermo Fisher Scientific Inc. All rights reserved. All trademarks are the property of Thermo Fisher Scientific and its subsidiaries unless otherwise specified. TaqMan is a registered trademark of Roche Molecular Systems, Inc., used under permission and license. 本誌に記載の社名および製品名は、弊社または各社の商標または登録商標です。記述内容は改良のため予告なく変更される場合がありますので、ご了承下さい。

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