BAB IPENDAHULUAN

1.1. Maksud dan Tujuan Percobaan1.1.1. Maksud PercobaanAgar praktikkan dapat mengetahui reaksi reaksi biokimia yang terjadi dalam mikroorganisme1.1.2. Tujuan Praktikuma. Mengetahui dan dapat mengidentifikasi reaksi biokimia dalam hidup mikroorganismeb. Menentukan adanya reaksi biokimia yang terjadi dalam mikroorganismec. Mengetahui cara cara identifikasi dalam reaksi biokimia.

1.2. Prinsip PercobaanMahasiswa diajarkan dan dibimbing teknik teknik dalam proses identifikasi dari reaksi biokimia yang terjadi pada mikroorganisme. Kemampuan mikroorganisme untuk mengurai senyawa tertentu dan mensintesa senyawa yang baru merupakan sifat khas masing masing mikroorganisme. Hal inilah yang menentukan sifat yang sangat penting untuk mikroorganisme dalam hal kemampuannya tersebut melalui pengujian hidrolisis polisakarida, protein dan lemak, fermentasi karbohidrat, produksi H2S, pencairan gelatin, uji katalase, uji methyl red, tes utilisasi sitrat, tes urease, uji pencairan agar dan tes lisin dekarboksilasi. Percobaan ini menggunakan 4 jenis bateri yaitu Salmonella thyposa, Bacillus subtilis, Escherecichia coli dan Staphylococcus aureus.

BAB IITINJAUAN PUSTAKA

2.1. Uraian Umum2.1.1. Teori UmumJasad hidup dapat tumbuh dan berkembang karena adanya ribuan reaksi biokimia yang berlangsung di dalam sel. Reaksi reaksi biokimia tersebut pada dasarnya dapat dikelompokkan menjadi dua golongan reaksi besar, yaitu reaksi biosintetik atau anabolik dan reaksi degradatif atau katabolik.Reaksi biosintetik merupakan reaksi biokimia yang dilakukan oleh sel untuk menyusun komponen komponen sel, misalnya asam asam amino, asam nukleat dan lain lain. Sedangkan reaksi degradatif adalah reaksi biokimia perombakan senyawa kimia untuk diubah menjadi senyawa lain, baik untuk produksi energi seluler maupun sebagai prekursor dalam biosintesis komponen komponen sel. Reaksi biosintesis dan degradatif merupakan serangkaian reaksi yang saling berkaitan satu sama lain dan secara umum dikenal sebagai proses metabolism jasad hidup.(Yuwono, 2008)Metabolisme adalah reaksi kimia yang berlangsung di dalam organisme hidup dan merupakan reaksi yang sangat terkoordinasi, mempunyai tujuan serta mencakup berbagai kerja sama dari banyak sistem multienzim. Metabolisme memiliki empat fungsi spesifik, yaitu untuk memperoleh energi kimia dari degradasi makanan yang kaya akan energi dari lingkungan, untuk mengubah molekul nutrisi menjadi prekursor unit pembangun sel, untuk menggabungkan unit unit pembangun menjadi biomolekul dan untuk mendegradasi bimolekul yang diperlukan sel. Hasil dari proses metabolisme disebut sebagai metabolit, yang terdiri atas primer dan sekunder (Pratiwi, 2008).Sebenarnya dalam beberapa hal identifikasi mikroorganisme dapat dilakukan hanya menggunakan preparat olesan secara langsung. Sifat karakteristik berarti sifat morfologik atau sifat biokimia sebagai hasil ekspresi informasi genetik. Sifat sifat morfologik atau susunan sel sel, jumlah dan susunan flagella, spora, reaksi gram dan lain lainnya. Sedangkan yang berhubungan dengan sifat sifat biokimia mikroorganisme akan mencerminkan ada tidaknya aktivitas enzim tertentu atau suatu enzim yang dikandungnya. Adanya enzim enzim tersebut memberikan kemampuan sel dalam berbagai aktivitas seperti penggunaan sumber energi, menghasilkan produk produk tertentu, kemampuan untuk menguraikan berbagai substrat. Karakteristik yang dicari biasanya bersifat positif atau negatif sehingga hasil apapun dapat bersifat unik dan diferensial. Beberapa mikroorganisme mungkin akan memberikan hasil negatif atau positif yang dapat diamati setelah inkubasi beberapa lama (Djide, 2008).Sifat metabolisme bakteri dalam uji biokimia biasanya dilihat dari interaksi metabolit metabolit yang biasanya dihasilkan dengan reagen reagen imia. Uji lain dapat dilakukan dengan cara melihat kemampuannya menggunakan senyawa tertentu sebagai sumber karbon dan sumber energi. Uji uji biokimia ditunjukkan untuk memastikan bakteri yang dianalisa benar benar bakteri yang diharapkan. Oleh karena itu, uji biokimia bertujuan untuk memperkecil kesalahan, karena beberapa spesies memiliki sifat sifat yang hamper sama (Haryani, 2012).2.1.2. Uji Biokimiaa. Uji Fermentasi KarbohidratFermentasi karbohidrat dapat terjadi secara aerob pada permukaan agar dan secara anaerob pada dasar agar. Pada permukaan agar, glukosa dimetabolisme melalui jalur Embdenmeyerhof menghasilkan asam piruvat yang kemudian didegradasi sempurna dalam siklus asam sitrat menjadi CO2, H2O dan energi. Sedangkan pada dasar agar uji, katabolisme glukosa akan menghasilkan produk akhir berupa asam asam organik, alkohol, CO2, H2 dan energi. Pengujian dilakukan dengan menggoreskan suspensi isolate pada medium LIA dan TSIA lalu diinkubasi selama 18 24 jam (Haryani, 2012).b. Uji KatalaseIsolat dari agar miring diambil satu ose, kemudian dioleskan pada gelas objek yang telah diberi alkohol. Lalu ditetesi dengan larutan H2O2 3 %. Jika terbentuk gelembung gas berarti positif (Haryani, 2012).Katalase adalah enzim yang ditemukan pada berbagai macam bahan seperti pada makanan berupa daging, ikan dan susu. Katalase juga ditemukan pada kebanyakan bakteri aerobik, dapat menguraikan H2O2 yang racun menjadi H2 dan O2.(Singgih, 2012)c. Uji Metil MerahGlukosa merupakan suatu monosakarida heksosa, adalah zat yang dioksidasi oleh semua organisme saluran cerna untuk mendapatkan energi. Hasil akhir dari proses itu berbeda beda tergantung pada enzim spesifik yang ada pada bakteri tersebut. Dalam uji ini indikator pH metil merah mendeteksi adanya sejumlah asam sebagai produk akhir. Uji ini berguna untuk membedakan E.coli dan E.aeroginosa (Embit, 2003).d. Tes UreaseUrea dihidrolisis menjadi karbon dioksida dan ammonia oleh enzim urease. Amonia yang terbentuk kemudian menyebabkan medium menjadi alkalis, reaksi ini dideteksi oleh indikator fenol red dimana perubahan warna dari kuning menjadi ungu (Merck, 1988).e. Tes Utilisasi CitrateUji sintesis agar ditemukan oleh Simmons (1926) untuk mendeteksi mikroorganisme (umumnya enterobakteria dan jamur) dengan kemampuan mereka memetabolisme sitrat menjadi dasar sumber karbohidrat.Metabolisme sitrat dilanjutkan dan ditunjukkan dengan alkalisasi medium yang dilanjutkan dengan perubahan warna pada pH indikator bromtimol biru menjadi lebih biru.(Merck, 1988)f. Tes Lysine DekarboksilaseUji agar yang dikenalkan oleh Edwards dan Fife (1961) untuk mendeteksi Lysine Decarboxsylase (LDC) dan produksi hydrogen sulfide (H2S) dalam mengidentifikasi enterobakteri, khususnya Salmonella dan Arizona.Lysine dekarboxsylase oleh mikroorganisme LDC positif menghasilkan cadaverin anime yang menyebabkan pH indikator brocressol berwarna ungu berubah menjadi violet sebagai dekarboksilasi yang hanya terjadi pada medium asam di bawah pH 6.(Merck, 1988)g. Uji Produksi H2SUji medium biakan yang ditemukan oleh Kliger (1957) untuk mendeteksi bakteri gram negatif intestinal. Kliger Iron Agar (KIA) dua gula yang dimodifikasi yang ditemukan oleh Bader dan Horz (1951) dengan menambahkan 0,3 % urea untuk dijadikan agar agar urea.(Merck, 1988)Uji ini digunakan untuk membedakan antara anggota kelompok enterobakteria dan kelompok lainnya. H2S diproduksi oleh beberapa jenis mikroorganisme melalui proses pemecahan asam amino yang mengandung unsur belerang, seperti lisin dan metionin. H2S juga diproduksi melalui reduksi senyawa senyawa belerang organik misalnya tiosulfat, sulfit atau sulfat.(Hadioetomo, 1993)h. Uji Pengenceran GelatinUntuk menentukan perhitungan bakteri dari air dan untuk mendeteksi degradasi gelatin dari mikroorganisme. Dimana mikroorgaisme mendegradasi kultur medium yang berada di sekitar koloni mereka (Merck, 1988).i. Uji Hidrolisis Polisakarida, Protein dan LemakHidrolisis polisakarida, protein dan lemak terjadi pada bakteri yang menghidrolisis pati menjadi molekul maltosa, glukosa dan dekstrin. Jika bakteri yang dapat menghidrolisis pati, maka daerah sekeliling koloni menjadi kuning bening atau bening kekuning kuningan. Bakteri yang dapat menghidrolisis protein adalah bakteri yang mempunyai enzim protease ekstraseluler Karena tidak semua bakteri memiliki enzim protease ekstraseluler (Hadioetomo, 1993).

2.2. Uraian Khusus2.2.1. Uraian Bakteria. Escherichia coli1) KlasifikasiKingdom:ProkarioteDivisi :ProteobacteriaKelas :SchizomycetesOrdo :EnterobacterialesFamili:EnterobacteriaceaeGenus :EscherichiaSpesies :Escherichia coli2) MorfologiBakteri ini berbentuk batang, gram negatif, fakultatif aerob, tumbuh baik pada media sederhana. Dapat melakukan fermentasi laktosa dan fermentasi glukosa serta menghasilkan gas.(Entjang, 2001)b. Staphylococcus aureus1) KlasifikasiKingdom:ProtistaDivisi :FirmicutesKelas :FirmibacteriaOrdo :EubacterialesFamili:MurococcaceaeGenus :StaphylococcusSpesies :Staphylococcus aureus2) MorfologiBentuk coccus, gram positif, formasi staphylae, mengeluarkan endotoxin, tidak bergerak, tidak mampu membentuk spora, fakultatif anaerob, mati pada suhu 60oC. Merupakan flora normal pada tubuh dan saluran pernafasan bagian atas.(Entjang, 2001)c. Bacillus subtilis1) KlasifikasiKingdom:ProtistaDivisi :ProvitaKelas :BacteriaOrdo :EubacterialesFamili:EubacteriaceaeGenus :Bacillus Spesies :Bacillus subtilis2) MorfologiBacillus merupakan bakteri gram positif, kemoautotrof dengan sel berbentuk batang. Sebagian besar motil dengan flagellum khas lateral. Membentuk endospora tidak lebih dari satu dalam satu sel sporangium. Metabolisme dengan respirasi sejati atau fermentasi sejati atau kedua duanya. (Adji, 2007)d. Salmonella thyphy1) KlasifikasiKingdom:ProtistaDivisi :ProtophytaKelas :SchizomycetesOrdo :EubacterialesFamili:EubacteriaceaeGenus :Salmonella Spesies :Salmonella thyphy2) MorfologiBerbentuk batang, gram negatif, fakultatif aerob, bergerak dengan flagel, mudah tumbuh pada perbenihan biasa dan tumbuh baik pada perbenihan yang mengandung empedu. (Entjang, 2010)

2.2.2. Uraian Mediuma. Medium Milk AgarCaseine peptone5 gDekstrosa 1 gBaktenogikal agar1,5 gYeash ekstrak2,5 gSkimmed milk powder 1 g(Conda, 2012)b. Nutrient AgarGelatin peptone 5 gBactenogical agar 15 gBeef extract3 gAquadest 1 L(Conda, 2012)c. Manitol Salt AgarSodium cloride 75 gD manitol 10 gPhenol red 0,025 gPeptone mixture10 gBeef extract 1 gBactenogical agar 15 g(Conda, 2012)d. Medium GelatinPepton dari daging 5 gEkstrak daging3 gGelatin120 g(Conda, 2012)e. Simmons Citrate AgarAmmonium dihidrogen phosphate 1 gDi potassium hydrogen phosphate 1 gSodium chloride 5 gSodium citrate 2 gMagnesium sulfate 0,2 gBromthymol blue 0,08 gAgar 13 gAir 1 L(Conda, 2012)f. Kliger AgarPeptone from casein 15 gPeptone from meat 3 gMeat extract 3 gYeast extract3 gSodium chloride 5 gLactose 10 gD (+) glucose1 gAmmonium Iron (II) citrate0,5 gSodium thiosulfate0,5 gPhenol red 0,024 gAgar 12 gAir 1 L(Conda, 2012)g. Lysine Iron AgarPeptone from meat 5 gYeast extract 3 gD (+) glucose1 gL lysine monohydrochloride 10 gSodium thiosulfate0,04 gAmmonium Iron (II) citrate0,5 gBromcresol purple 0,02 gAgar 12,5 gAir 1 L(Conda, 2012)h. Urea Agar BaseGelatin peptone 1 gSodium chloride 5 gUrea 20 gDextrose 1 gMonopottasium phosphate 2 gPhenol red 0,012 gAir 100 mL(Conda, 2012)

2.2.3. Uraian Bahana. Hydrogen Peroksida (H2O2)H2O2 memiliki sifat antibakteri atau anti jamur. Merupakan asam lemak yang memiliki efek antiseptik. Hidrogen peroksida merupakan produk sampingan dari metabolisme dari O2 dan H2O.

2.2.4. Uraian Sampela. Air Sungai Karang MumusDaerah rawan banjir meliputi Daerah Aliran Sungai (DAS) terutama sungai Karang Mumus yang terletak di tengah kota Samarinda. Dari aktivitas struktur tersebut membentuk suatu tinggian atau hambatan aliran sehingga membentuk suatu genangan atau rawa.b. Air Sungai MahakamSungai Mahakam merupakan sungai utama yang mengaliri wilayah kota Samarinda. Sungai Mahakam berasal dari daerah hulu Kalimantan Timur dan bermuara di kota Samarinda dan banyak menghasilkan anak anak sungai, seperti sungai Karang Mumus dan sungai Dama.c. Air Sungai DamaSungai Dama merupakan salah satu percabangan atau anak dari sungai Mahakam, mengaliri sebagian besar pemukiman penduduk daerah Selili dan sekitarnya. Sehingga sungai Dama cenderung tercemari akibat banyaknya aktivitas warga Samarinda.

DAFTAR PUSTAKA

Adji, Dhirgo. 2007. Perbandingan Efektivitas Sterilisasi Alkohol 70 %, Inframerah, Otoklaf dan Ozon Terhadap Pertumbuhan Bakteri Bacillus subtilis. Jurnal SAINS. Volume 25 Nomor 1.

Conda. 2012. Microbiology Culture Media Mannual. Promadisa : Microbiological Culture Media and Diagnostic Reagents.

Djide, M. Natsir. 2008. Dasar Dasar Mikrobiologi Farmasi. Makassar : UNHAS.

Embit, Kaita Darma. 2003. Penuntun Praktikum Mikrobiologi Analisis. Bandung : ITB.

Entjang. 2001. Mikrobiologi dan Parasitologi. Bandung : PT. Citra Aditya Sakti.

Hadioetomo, R.S. 1993. Mikrobiologi Pertumbuhan Salmonella thypi In Vitro. Jurnal JKRN. Volume 5 Nomor 1.

Haryani. 2012. Fermentasi Karbohidrat Oleh Isolat Salmonella Sp dari Jaringan Pinggir Jalan. Jurnal Indonesia. Volume 3 Nomor 1.Merck. 1988. Handbook Culture Media Merk. Frank.

Natsir. 2008. Analisis Mikrobiologi Farmasi Laboratorium. Makassar : UNHAS.

Pratiwi, Sylvia. 2008. Mikrobiologi Farmasi. Jakarta : Erlangga.

Singgih, Fajar. 2012. Isolasi Bakteri dari Suatu Campuran dan Uji Biokimia. Jurnal Mikrobiologi Teknik. Volume 3 Nomor 1.

Yuwono, Tribowo. 2008. Biologi Molekular. Jakarta : Erlangga.