Décomposition de graphes pour la reconstruction de réseaux phylogénétiques

V. Berry (MAB) et C. Paul (VAG, HdR)

Candidat AMN : Philippe Gambette (LIAFA)

Des arbres aux réseaux phylogénétiques

• Les réseaux phylogénétiques sont plus expressifs que les arbres en permettant la visualisation :– des transferts horizontaux de gènes, – des recombinaisons ou – des hybridations.

• De récents résultats utilisent des techniques issues des graphes. Nous étudierons en particulier les méthodes de décomposition.

• Philippe Gambette: candidat AMN– Stage DEA sur les 2-intervalles avec Habib

au LIAFA– Stage de recherche dans le groupe

Algorithms for Bioinformatics à l’Université de Tübingen (5 mois) sur le logiciel Splitstree (http://www.splitstree.org)

• C. Paul et V. Berry ont déjà publié ensemble sur des problèmes algorithmiques liés à la phylogénie.

Publications récentes

• Multipolar consensus for phylogenetic trees, C. Bonnard, V. Berry, N. Lartillot, Systematic Biology, in press.

• Extending the maximum agreement subtree and maximum compatible tree problems to the supertree context. V.Berry, F.Nicolas, Journ. Discrete Algorithms, to appear.

• From constrained to unconstrained maximum agreement subtree in linear time.V.Berry, Z.S. Peng and H.F. Ting, Algorithmica, in press.

• Improved parametrized complexity of Maximum Agreement Subtree and Maximum Compatible Tree problems. V.Berry and F. Nicolas, IEEE/ACM Trans. on Comp. Biol. and Bioinf., 3(3), 2006.

• Fast Computation of Supertrees for Compatible Phylogenies with Nested Taxa. V. Berry, C. Semple, Systematic Biology, 55(2), U108-U126, Apr 2006.

• On the Approximation of Computing Evolutionary Trees. V.Berry, F.Nicolas, S.Guillemot and C.Paul, COCOON'05: 11th Annual International Conference on Computing and Combinatorics, LNCS 3595, pp. 115-125, 2005.

• Improved layout of phylogenetic networks. P.Gambette, D.Huson, to appear in TCBB.