Diagnóstico microbiológico del síndrome diarreico agudo, … · 2015-12-10 · Consideraciones del Sindrome diarreico. Diagnóstico microbiológico ... •Descripción etiológica

PCR Múltiple en infecciones gastrointestinales:

Diagnóstico microbiológico del síndrome diarreico agudo,

experiencia en la Universidad Católica

Dra. Paulette Legarraga

Departamento de Laboratorios Clínicos

Escuela de Medicina

Pontificia Universidad Católica de Chile

Temario

• Definiciones• Diagnóstico microbiológico tradicional• Rol de los NAATs/Paneles de PCR múltiple

• Caracterización etiológica síndrome diarreico agudo SDA • Cultivos tradicionales

LO QUE SE SABE

LO QUE HEMOS APRENDIDO

• ¿Cuál es el rol patógenico de ciertos microorgnismos?• ¿Costo-efectividad?

LO QUE AUN NO SE SABE…

Consideraciones del síndrome diarreico

• 1,7 billones de casos de diarrea reportadas al año

• Segunda causa de muerte en <5 años en el mundo

• 2,2 millones de muertes/año

Definición ≥ 3 deposiciones líquidas al día

Clasificación según duración

Aguda ≤14 días

Persistente >14 y <30 días

Crónica >30 días

Clasificación según etiología

Infecciosa Bacterias, Virus, parásitos

No infecciosa Intolerancia alimentaria, reacciones medicamentosas, síndrome de intestino irritable, Enfermedades inflamatorias intestinales

IDSA, American College of Gastroenterology

Consideraciones del Sindrome diarreico

Diagnóstico microbiológico “tradicional”

Bacteriológico: • Hektoen (Salmonella, Shigella) • Mc Conkey Sorbitol (E. coli O157)• TCBS (Vibrio spp)• Cultivo de Campylobacter• CNI Yersinia• AS Plesiomonas shigelloides• (PCR)

Parasitológico: • Observación microscópica• Inmunoensayos• (PCR)

Virus: • Inmunoensayos/Detección antígenos• (PCR)

Diagnóstico microbiológico tradicional

Alto costoBajo

rendimiento(2 a 5% ámbito ambulatorio )

Consenso Síndrome diarreico agudo: recomendaciones para el diagnóstico microbiológico. Rev. Chil. Infectol, 2002; 19(2)

(Coprocultivo)

Rol de los NAAT en el diagnóstico de diarrea

Infectious Diseases Society of America (IDSA). 2013. A guide to utilization of the microbiology Laboratory for Diagnosis of Infectious Diseases. Clin Infect

Dis;57(4):e22-e121

Rol de los NAAT en el diagnóstico de diarrea

Infectious Diseases Society of America (IDSA). 2013. A guide to utilization of the microbiology Laboratory for Diagnosis of Infectious Diseases. Clin Infect

Dis;57(4):e22-e121

Gray et al. Epidemiol Infect. (2014)

FilmArray® GI (Biofire)

xTAG ®GPP(Luminex)

Verigene® EP(Nanosphere)

N° Patógenosdetectados

Bacterias 13 8 7

Virus 5 3 2

Parásitos 4 3 -

TOTAL 22 14 9

Tiempo procesamiento1 muestra en 80

min24 muestras en 5

horas1 muestra en 2

horas

Equipo

TecnologíaPCR anidado+

curva de meltingPCR+ detección por hibridación perlas

PCR+ hibridación nanopartículas

SistemaCerrado/

automatizadoAbierto/ semi-automatizado

Cerrado/automatizado

Paneles moleculares disponibles(Aprobados FDA)

Otros paneles disponibles no aprobados por FDA: Seeplex® Diarrhea ACE detection; EntericBio Panel ®, RIDA®GENE GI, otros

Plataformas

Temario



LO QUE SE SABE


• ¿Cuál es el rol patógenico de E.coli?¿C. difficile?• ¿Costo-efectividad?


Algunas preguntas…

1. ¿Es necesario tener un examen tan amplio?

2. ¿Son la infecciones gastrointestinales mono opolimicrobiana microbianas?

3. ¿Cuáles son los principales agentes etiológicos del SDAen diarrea aguda en adultos ambulatorios?

4. ¿Cuál es la sensibilidad de los cultivos tradicionales?

5. ¿Cambia conductas?

6. ¿costo?

Nuestra experiencia

• Estudio prospectivo desde diciembre 2014 hasta Octubre 2015

• Descripción etiológica del síndrome diarreico agudo bacteriano en adultos ambulatorios que consultan al servicio de urgencia mediante un PCR múltiple

IDSA Guidelines for the management of infectious diarrhea. Clin Infect Dis 2001; 32: 331-351

Diarrea aguda: 3 o más deposiciones líquidas por día, > 24 horas y < 14 días de duración

Caracterización etiológica del síndrome diarreico agudo en adultos en un hospital universitario mediante un PCR múltiple

Materiales y métodos

Paciente

FilmArray panel GI procesado antes de 48

horas

Coprocultivo + Tinción de Hucker

1 muestra PAF (guardada)

Patógenos estudiados

Nuestro estudio

Salmonella/ShigellaAgar Hecktoen

CampylobacterTinción de Hucker

VibrioAgar TCBS

A. coprocultivo

B. Estudio según resultado de FilmArray

PARÁSITOS Observación microscópica y tinción de Zielh-Neelsen

Clostridium difficile o cultivo negativo

PCR específico ( C. difficile, Salmonella, Campylobacter, Shigella, verotoxina 1 y 2)

BACTERIASBúsqueda en coprocultivo o medio especial (Salmonella, Shigella, Campylobacter, Yersinia, Vibrio, Plesiomonas)

Resultados

1. Positividad de las muestras por PCR múltiple2. Co-infecciones3. Agentes etiológicos: bacterianos (mención de algunos

especiales), virales y parasitarios4. Resultados de los métodos convencionales (sensibilidad)5. Conducta clínica

Resultados FilmArray

174 muestras procesadas

111 muestras positivas(65,3%)

60 muestras negativas(34,3%)

3 Inhibidas(1,7%)

Resultados


111 muestras positivaspor FilmArray (65,3%)

19 de 22 patógenos

No se detectaron V. cholerae, Cyclospora cayetanesis ni Entamoebahistolytica

Resultados



19 de 22 patógenos


83 (74,7%) Bacterias

Resultados



19 de 22 patógenos



27 (24,3%) Virus

Resultados



19 de 22 patógenos



27 (24,3%) Virus

14 (12,6%) Parásitos

Distribución co-infecciones

3

1

8

83 (74,7%)BACTERIAS

71

14 (12,6%)PARASITOS

10

27 (24,3%)VIRUS

18

¡¡Parece que se nos contaminó!!

• El 37% de la muestras (41/111) presenta dos o más microorganismos

63

21,6

10,8

1,8 1,8 0,90

10

20

30

40

50

60

70

1 2 3 4 5 6

Porcentaje de infecciones según número de microorganismos

37%

Co-infecciones

Agentes etiológicos

45,0%

24,3%

20,7%

9,9%

9,0%

9,0%

2,7%1,8% 0,9% 0,9%

E.coli

Virus

Campylobacter

Cryptosporidium

Salmonella

C. difficile

Giardia

Plesiomonas

Vibrio

Yersinia

IDSA Guidelines for the management of infectious diarrhea. Clin Infect Dis 2001; 32: 331-351


Distribución E. coli

45,0%

24,3%

20,7%

9,9%

9,0%

9,0%

2,7%1,8% 0,9% 0,9%

E.coli

Virus

Campylobacter

Cryptosporidium

Salmonella

C. difficile

Giardia

Plesiomonas

Vibrio

Yersinia

35,6%

31,5%

15,1%

11%

6,8%

EPEC

EAEC

ETEC

EC shiga toxina

EI/Shigella

45%

• 73 E. coli en 50 pacientes• Sólo 11 de ellas como patógeno único

E. coli shiga-toxina positivo

• 8 muestras positivas

• 2 positivas para E. coli O157

• Ambos pacientes hospitalizados

en ambos se suspende la terapia antibiótica

1 de ellos con anemia y hematuria leve


Agentes etiológicosClostridium difficile

• 10 muestras positivas para C. difficile

• Se obtuvo muestra para confirmación en 6 de ellas

• Resultados GenXpert: – 4 positivas

– 1 negativa

– 1 rechazada por muestra formada

• ¿Falsos positivos?

• ¿Son clínicamente relevantes?– 50% requiere hospitalización (4/5 como patógeno único)

– 70% fue el único patógeno encontrado


Distribución VIRUS

45,0%

24,3%

20,7%

9,9%

9,0%

9,0%

2,7%1,8% 0,9% 0,9%

E.coli

Virus

Campylobacter

Cryptosporidium

Salmonella

C. difficile

Giardia

Plesiomonas

Vibrio

Yersinia

24,1%

24,1%24,1%

20,7%

6,9% Sapovirus

Rotavirus

Norovirus

Astrovirus

Adenovirus

24,3%

Parásitos

14 (12,6%) Parásitos

11 Cryptosporidium

3 Giardias

En 11 de los 14 casos el parásito fue el único microorganismo aisladoSensibilidad de la microscopía: 64,3%Muestra única!!!

90,9% (10/11)

33,3% (1/3)

Filmarray Microscopía

Rendimiento del coprocultivo174 muestras procesadas

111 muestras (+)por FilmArray (63,2%)

9 coprocultivos (+)→ 6,3% (9/111)

Bajo rendimiento general del coprocultivo

Resultados FilmArray

Resultados Coprocultivo

Sensibilidad cultivos tradicionales


17 (+) para Shigella/

Salmonella/Vibrio

53 % coprocultivos (+)

23 (+) Campylobacter

61% cultivo Campylobacter (+)

70% Cultivo

Salmonella

100% Cultivo Vibrio

No detectamos Plesiomonas

No detectamos Yersinia

2 Plesiomonas 1 Yersinia

Comparado con cultivo no se observaron falsos negativos en FilmArray

Algunas preguntas…

1. ¿Es necesario tener un examen tan amplio?

2. ¿Son la infecciones gastrointestinales mono opolimicrobiana microbianas?

3. ¿Cuáles son los principales agentes etiológicos del SDAen diarrea aguda en adultos ambulatorios?

4. ¿Cuál es la sensibilidad de los cultivos tradicionales?

5. ¿Cambia conductas?

6. ¿Alto costo?

¿Cambio en la conducta clínica?

• Ambos pacientes con E. coli O157 fueron hospitalizados (previo a conocer el resultado) y en ambos casos se suspendió tratamiento al conocer los resultados

• Todos los pacientes de esta serie recibieron tratamiento para C. difficile

• Un paciente con FilmArray repetidamente negativo → colonoscopía → cáncer

Costo

• Costo mayor que el de un coprocultivo solo

• ¿Es mayor el costo que un estudio completo?

Impresión global

• Fácil y rápido

• Resultados en 2 horas

• Mejor sensibilidad que los métodos tradicionales y buena especificidad

Entrega más información de la que el clínico pide!!!

Temario



LO QUE SE SABE


• ¿Tiene algún significado clínico las infecciones polimicrobianas?• ¿Cuál es el rol patógenico de E.coli?¿C. difficile?• ¿Costo-efectividad?


Aprendimos algo de nuestra experiencia

pero aún queda mucho por responder…

1. Porcentaje importante de infecciones múltiples• ¿Requieren tratamiento? ¿Son más graves?

2. Cómo interpretar los resultados positivos para C. difficile? Virus? Para E. coli? ¿Cuál es el rol de las E.coli?• Se estima una colonización en paciente asintomático por C. difficile

entre 7 a 15%

• Virus pueden ser eliminados por varias semanas post infección (hasta 8 semanas para Norovirus)

• Portación asintomática en población pediátrica de hasta un 78%

3. Tiene mayor costo pero ¿Es costo-efectivo?

Enserink R, et al. (2014) High Detection Rates of Enteropathogens in Asymptomatic Children Attending Day Care. PLoS ONE 9(2)

Gracias

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