DIŞKI HARİCİNDEKİGASTROİNTESTİNAL SİSTEM

ÖRNEKLERİNİN DEĞERLENDİRİLMESİ

DIŞKI HARİCİNDEKİGASTROİNTESTİNAL SİSTEM

ÖRNEKLERİNİN DEĞERLENDİRİLMESİProf. Dr. Meltem Yalınay Çırak

Gazi Üniversitesi Tıp FakültesiTıbbi Mikrobiyoloji Anabilim Dalı

Klinik Mikrobiyoloji UygulamalarıKlinik Örnekten Sonuç Raporuna “Gastrointestinal Sistem Örnekleri”

17 Aralık 2010 Ankara

Olgu 1

45 yaşında erkek hasta, 2 aydan beri devameden kusma ve üst karın ağrısı. Kahve ve alkolalınca durumu kötüleşmekte. Epigastrikhassasiyet. Rektal muayenede dışkıda gizli kanpozitif. Hemogram hafif hipokromik mikrositikanemi

45 yaşında erkek hasta, 2 aydan beri devameden kusma ve üst karın ağrısı. Kahve ve alkolalınca durumu kötüleşmekte. Epigastrikhassasiyet. Rektal muayenede dışkıda gizli kanpozitif. Hemogram hafif hipokromik mikrositikanemi

• Tanı: Peptik ülser• Örnek: Mide biyopsi örneği• Mikroorganizma: Helicobacter pylori

HelicobacterHelicobacter pyloripylori Mikrobiyolojik TanısıMikrobiyolojik Tanısı

Helicobacter pylori saptanmasıİnvaziv yöntemlerNon-invaziv yöntemler

Antimikrobiyal duyarlılık testleri

Helicobacter pylori saptanmasıİnvaziv yöntemlerNon-invaziv yöntemler

Antimikrobiyal duyarlılık testleri

İnvazivİnvaziv yöntemleryöntemler

KültürHistopatolojik tanıÜreaz testleriMoleküler yöntemler

KültürHistopatolojik tanıÜreaz testleriMoleküler yöntemler

KültürMide biyopsi örneği

• 2 korpus 2 antrum örneği (endoskopiden 2 haftaönce antibiyotik ve PPI ilaçların kesilmesi)

• Taşıma besiyeri (%20 gliserol içeren- Brucella buyyon)• 2 ml steril serum fizyolojik• Hemen gönderilmeli, bekleyecekse +4 oC'de, 5 saate

kadar

• 2 korpus 2 antrum örneği (endoskopiden 2 haftaönce antibiyotik ve PPI ilaçların kesilmesi)

• Taşıma besiyeri (%20 gliserol içeren- Brucella buyyon)• 2 ml steril serum fizyolojik• Hemen gönderilmeli, bekleyecekse +4 oC'de, 5 saate

kadar

Mikroskopik inceleme

Mide biyopsi örneği

Örnek alınması ve hazırlanması

• Doku nazikçe kıyılır• %5-7 at veya koyun kanı içeren Brucella, beyin

kalp infüzyon veya triptik soy agar• 37oC'de mikroaerofilik atmosferde (%5-10

karbondioksit, %80-90 nitrojen, %5-10 oksijen)5-7 gün

Örnek alınması ve hazırlanması

• Doku nazikçe kıyılır• %5-7 at veya koyun kanı içeren Brucella, beyin

kalp infüzyon veya triptik soy agar• 37oC'de mikroaerofilik atmosferde (%5-10

karbondioksit, %80-90 nitrojen, %5-10 oksijen)5-7 gün

• Vankomisin 6 mg/l• Trimetoprim 2,5 mg/l• Sefsulodin 2,5 mg/l• Polimiksin B 50000 IU/l• Amfoterisin B 2 mg/l

• Vankomisin 6 mg/l• Trimetoprim 2,5 mg/l• Sefsulodin 2,5 mg/l• Polimiksin B 50000 IU/l• Amfoterisin B 2 mg/l

1. Örnek alınması2. Örnekteki bakteri yoğunluğu3. Örneğin transport şekli4. Örneğin ekimden önce uygun şekilde

hazırlanması5. Antibiyotik kullanımı6. PPI kullanımı7. Kanama

Kültürde Başarıyı Etkileyen Faktörler!!!!Kültürde Başarıyı Etkileyen Faktörler!!!!Kültürde Başarıyı Etkileyen Faktörler!!!!Kültürde Başarıyı Etkileyen Faktörler!!!!

1. Örnek alınması2. Örnekteki bakteri yoğunluğu3. Örneğin transport şekli4. Örneğin ekimden önce uygun şekilde

hazırlanması5. Antibiyotik kullanımı6. PPI kullanımı7. Kanama

Kültür

Mide biyopsi örnekleriEndoskopiNarrow band imagingEndosistoskopiKonfokal lazer endomikroskopi (topikalakriflavin, IV fluoresein)

Diğer (gastrik sıvı, kan, karaciğer vs.)String test (gastrik mukus)Oro-gastrik fırçalama

Mide biyopsi örnekleriEndoskopiNarrow band imagingEndosistoskopiKonfokal lazer endomikroskopi (topikalakriflavin, IV fluoresein)

Diğer (gastrik sıvı, kan, karaciğer vs.)String test (gastrik mukus)Oro-gastrik fırçalama

Fenotipik tanımlamaAntimikrobiyal duyarlılıkGenomik çalışmalar için en uygun örnek

Duyarlılık %77-95Özgüllük %100

Histopatolojik tanıDirekt boyama

Hematoksilen-EozinWarthin-Starry gümüşlemeAkridin oranjGiemza

Floresans antikorFISH (Fluorescence in situ hybridization)

16S rRNA geni

Direkt boyamaHematoksilen-EozinWarthin-Starry gümüşlemeAkridin oranjGiemza

Floresans antikorFISH (Fluorescence in situ hybridization)

16S rRNA geni

Duyarlılık %93-98Özgüllük %95-98

Üreaz testleri

Agar esaslı (CLO test-1 saatte %70-80 duyarlılık,24 saatte %90-95 duyarlılık)

Üre ve pH’ya duyarlı boyaYanlış pozitif üre parçalayan diğer organizmalarYanlış negatif az sayıda mikroorganizma

Agar esaslı (CLO test-1 saatte %70-80 duyarlılık,24 saatte %90-95 duyarlılık)

Üre ve pH’ya duyarlı boyaYanlış pozitif üre parçalayan diğer organizmalarYanlış negatif az sayıda mikroorganizma

Strip- esaslı (PyloriTek-2 saatte %99 duyarlılık

%95 özgüllük)

Strip- esaslı (PyloriTek-2 saatte %99 duyarlılık

%95 özgüllük)

Moleküler yöntemlerPCR esaslı yöntemlerle H.pylori saptanması (standart PCR, RT-PCR, gerçek zamanlı PCR)(2 korpus, 2 antrum)

H.pylori enfeksiyonlarının tanısında ve antimikrobiyal direncin gösterilmesindeH.pylori kantitasyonu (103 hedef kopya)

Sonuç süresi: 48 saat

PCR esaslı yöntemlerle H.pylori patojenik faktörlerininsaptanması

cagPAIvacAbabA2, sabAoipA, dupA, iceA

PCR esaslı yöntemlerle H.pylori saptanması (standart PCR, RT-PCR, gerçek zamanlı PCR)(2 korpus, 2 antrum)

H.pylori enfeksiyonlarının tanısında ve antimikrobiyal direncin gösterilmesindeH.pylori kantitasyonu (103 hedef kopya)

Sonuç süresi: 48 saat

PCR esaslı yöntemlerle H.pylori patojenik faktörlerininsaptanması

cagPAIvacAbabA2, sabAoipA, dupA, iceA

Duyarlılık %95-99Özgüllük %95-98Cirak MY, Akyön Y, Megraud F. Diagnosis ofHelicobacter pylori. Helicobacter. 2007 Oct;12 Suppl1:4-9.

PCR esaslı yöntemlerleH.pylori saptanması

mide biyopsi örneklerinde16S RNA geniureAglmM (ureC)26 kDa antijen (tsaA)

bakterinin ve klaritromisin direncine neden olan 23SRNA’daki mutasyonların gerçek zamanlı PCR ilegösterilmesi

mide biyopsi örneklerinde16S RNA geniureAglmM (ureC)26 kDa antijen (tsaA)

bakterinin ve klaritromisin direncine neden olan 23SRNA’daki mutasyonların gerçek zamanlı PCR ilegösterilmesi

Helicobacter pylori’de makrolid direncinden sorumlu 23SrDNA mutasyonlarının moleküler “beacon” ile saptanması

FAM kanalı

Meltem Yalınay Çırak, Doruk Engin, Selahattin Ünal, Şükrü Dumlu, Sevgi Türet

FAM kanalı

JOE kanalı

Antimikrobiyal Duyarlılık Testleri

GlikopeptidlerSefsulodinPolimiksinlerNalidiksik asitTrimetoprimSulfonamidlerNistatinAmfoterisin BSiklohekzimid

β-laktamlarFosfomisinMakrolidlerAminoglikozidlerTetrasiklinlerKloramfenikolRifampinFlurokinolon5-nitroimidazolNitrofuran

İntrensek olarakDİRENÇLİ

GlikopeptidlerSefsulodinPolimiksinlerNalidiksik asitTrimetoprimSulfonamidlerNistatinAmfoterisin BSiklohekzimid

β-laktamlarFosfomisinMakrolidlerAminoglikozidlerTetrasiklinlerKloramfenikolRifampinFlurokinolon5-nitroimidazolNitrofuran

İntrensek olarakDİRENÇLİ DUYARLI

pH’a göre MIC90 (mg/L)Etken madde

7.5 6.0 5.5

Penisilin 0.03 0.5 0.5Ampisilin 0.06 0.25 0.5Sefaleksin 2 16 32Eritromisin 0.06 2 8Klaritromisin 0.03 0.06 0.25Siprofloksasin 0.12 0.5 2Tetrasiklin 0.12 0.25 0.5Nitrofurantoin 1 2 2Metronidazol 2 2 2Bizmut subsitrat 16 8

Çeşitli antibiyotiklerin H. pylori MIC90 dağılımı

pH’a göre MIC90 (mg/L)Etken madde

7.5 6.0 5.5

Penisilin 0.03 0.5 0.5Ampisilin 0.06 0.25 0.5Sefaleksin 2 16 32Eritromisin 0.06 2 8Klaritromisin 0.03 0.06 0.25Siprofloksasin 0.12 0.5 2Tetrasiklin 0.12 0.25 0.5Nitrofurantoin 1 2 2Metronidazol 2 2 2Bizmut subsitrat 16 8

Goodwin, C. S., P. Blake, and E. Blincow. 1986. The minimum inhibitory and bactericidal concentrations ofantibiotics and anti-ulcer agents against Campylobacter pyloridis. J. Antimicrob. Chemother. 17:309–314.

Fenotipik Yöntemler

Agar dilüsyon yöntemi (CLSI)Klaritromisin

0.25 µG/ml duyarlı>0.5 µG/ml dirençli

– Amoksisilin0.25-0.5 µG/ml

Tetrasiklin2 µG/ml

– Rifabutin1 µG/ml

– Siprofloksazin1 µG/ml

Agar dilüsyon yöntemi (CLSI)Klaritromisin

0.25 µG/ml duyarlı>0.5 µG/ml dirençli

– Amoksisilin0.25-0.5 µG/ml

Tetrasiklin2 µG/ml

– Rifabutin1 µG/ml

– Siprofloksazin1 µG/ml

Glupczynski, Y., N. Broutet, A. Cantagrel, L. P. Andersen, T. Alarcon, M. Lopez Brea, and F. Megraud. 2002. Comparison of the E test andagar dilution method for antimicrobial suceptibility testing of Helicobacter pylori.Eur. J. Clin. Microbiol. Infect. Dis. 21:549–552.

Sıvı dilüsyon yöntemiBreakpoint duyarlılık testiDisk diffüzyon testiE-test (Epsilometer-test)

Sıvı dilüsyon yöntemiBreakpoint duyarlılık testiDisk diffüzyon testiE-test (Epsilometer-test)

Genotipik yöntemler

Antibiyotik İlgili gen

Makrolid……………………………………….. rrn 23SMetronidazol………………………………….. rdxA, frxAKinolon………………………………………… gyrARifampin………………………………………. rpoBAmoksisilin……………………………………. pbp1Tetrasiklin……………………………….......... rrn 16S

Helicobacter pylori’de antibiyotik direnci ile ilişkili genler

Antibiyotik İlgili gen

Makrolid……………………………………….. rrn 23SMetronidazol………………………………….. rdxA, frxAKinolon………………………………………… gyrARifampin………………………………………. rpoBAmoksisilin……………………………………. pbp1Tetrasiklin……………………………….......... rrn 16S

PCR-RFLPGerçek zamanlı PCR3’ mismatched PCR3’ mismatched reverse PCRINNO-LIPASekanslama, pirosekanslamaOligonucleotide ligation assayDNA enzyme immunoassayMicroelectronic chip assayFISH

PCR-RFLPGerçek zamanlı PCR3’ mismatched PCR3’ mismatched reverse PCRINNO-LIPASekanslama, pirosekanslamaOligonucleotide ligation assayDNA enzyme immunoassayMicroelectronic chip assayFISH

Yöntem Maliyet

İnvaziv testlerMoleküler testler ++++Kültür +++Histopatoloji +++Üreaz ++

NoninvazivÜNT +++Fekal antijen testler +++Seroloji +

Testler ve Maliyet

Yöntem Maliyet

İnvaziv testlerMoleküler testler ++++Kültür +++Histopatoloji +++Üreaz ++

NoninvazivÜNT +++Fekal antijen testler +++Seroloji +

Olgu 2

5 yaşında erkek hasta, öksürük, kilo kaybı vegece terleme şikayeti ile başvuruyor. Akciğermuayenesinde diffüz olarak azalan nefes almasesleri ve akciğer grafisinde konsolidasyon,mediastinal lenfadenopati görülmekte, hastabalgam çıkaramıyor

5 yaşında erkek hasta, öksürük, kilo kaybı vegece terleme şikayeti ile başvuruyor. Akciğermuayenesinde diffüz olarak azalan nefes almasesleri ve akciğer grafisinde konsolidasyon,mediastinal lenfadenopati görülmekte, hastabalgam çıkaramıyor

• Tanı: Akciğer tüberkülozu (çocukluk çağı) (%5-40)

• Örnek: Açlık mide sıvısı• Mikroorganizma:

– Mycobacterium tuberculosis

• Tanı: Akciğer tüberkülozu (çocukluk çağı) (%5-40)

• Örnek: Açlık mide sıvısı• Mikroorganizma:

– Mycobacterium tuberculosis

• Örnek: Açlık mide sıvısı (Balgam, BAL)• Klasik tanı yöntemleri

– Mikroskobik inceleme (EZN, florokrom boyalar)– Kültür yöntemleri

• Geleneksel kültür yöntemleri• Hızlı tanı yöntemleri

• Moleküler tanı yöntemleri• İmmünolojik tanı yöntemleri• Duyarlılık testleri

• Örnek: Açlık mide sıvısı (Balgam, BAL)• Klasik tanı yöntemleri

– Mikroskobik inceleme (EZN, florokrom boyalar)– Kültür yöntemleri

• Geleneksel kültür yöntemleri• Hızlı tanı yöntemleri

• Moleküler tanı yöntemleri• İmmünolojik tanı yöntemleri• Duyarlılık testleri

Tüberkülozun kesin tanısıbakteriyolojiktir.

Tüberkülozun kesin tanısıbakteriyolojiktir.

Mikrobiyolojik tanı yöntemleri

Klasik tanı yöntemleriMikroskobik incelemeKültür yöntemleri

Geleneksel kültür yöntemleriHızlı tanı yöntemleri

Moleküler tanı yöntemleriİmmünolojik tanı yöntemleriDuyarlılık testleri

Klasik tanı yöntemleriMikroskobik incelemeKültür yöntemleri

Geleneksel kültür yöntemleriHızlı tanı yöntemleri

Moleküler tanı yöntemleriİmmünolojik tanı yöntemleriDuyarlılık testleri

Klasik Tanı yöntemleriÖrnek alınması ve işlenmesiMikroskopik inceleme

BoyamaEhrlich-Ziehl-NeelsenKinyounFlorokrom

Kültür yöntemleriGeleneksel kültür yöntemleri

KatıSıvı

Hızlı tanı yöntemleriKatıSıvı

Tanımlama

Örnek alınması ve işlenmesiMikroskopik inceleme

BoyamaEhrlich-Ziehl-NeelsenKinyounFlorokrom

Kültür yöntemleriGeleneksel kültür yöntemleri

KatıSıvı

Hızlı tanı yöntemleriKatıSıvı

Tanımlama

Örnek alınması ve işlenmesiERİŞKİN

BalgamEndotrakeal aspirasyonBronkoalveolar lavaj sıvısıAkciğer biyopsi örneğiPlevral sıvıGastrik aspirasyon sıvısıLenf noduKemik iliğiBOSKanKaraciğerPeritoneal sıvıİdrarDışkı

ÇOCUK

Gastrik aspirasyon sıvısı[Kapsül yutma test (string test)]Balgamİndükte balgamNasofaringeal aspirasyonBronkoalveolar lavaj sıvısıKan Kemik iliğiBOSİnce iğne biyopsi materyaliİdrarDışkı

ERİŞKİN

BalgamEndotrakeal aspirasyonBronkoalveolar lavaj sıvısıAkciğer biyopsi örneğiPlevral sıvıGastrik aspirasyon sıvısıLenf noduKemik iliğiBOSKanKaraciğerPeritoneal sıvıİdrarDışkı

ÇOCUK

Gastrik aspirasyon sıvısı[Kapsül yutma test (string test)]Balgamİndükte balgamNasofaringeal aspirasyonBronkoalveolar lavaj sıvısıKan Kemik iliğiBOSİnce iğne biyopsi materyaliİdrarDışkı

Açlık mide sıvısıMide aspirasyon sıvısı

• 3 gün üst üste alınan örnek (1 ml, yataktankalkmadan aç karnına, 15-20 ml serumfizyolojik verilip geri alınarak)

• Örnek içine 1 damla brom timol ve %4 sodyumhidroksitle titre edilir

• 4 saat içinde işleme konulmayacaksa 100 mgsodyum karbonat içeren steril kaplara alınmalı

• 3 gün üst üste alınan örnek (1 ml, yataktankalkmadan aç karnına, 15-20 ml serumfizyolojik verilip geri alınarak)

• Örnek içine 1 damla brom timol ve %4 sodyumhidroksitle titre edilir

• 4 saat içinde işleme konulmayacaksa 100 mgsodyum karbonat içeren steril kaplara alınmalı

Örnek alınması ve işlenmesi

HomojenizasyonDekontaminasyon

N-Asetil-L Sistein-NaOH (NaCl-OH)%4’lük NaOH%5’lik oksalik asitSülfürik asit metoduSetilpiridinyum klorid-sodyum klorid metodu (CPC)

Konsantrasyon

HomojenizasyonDekontaminasyon

N-Asetil-L Sistein-NaOH (NaCl-OH)%4’lük NaOH%5’lik oksalik asitSülfürik asit metoduSetilpiridinyum klorid-sodyum klorid metodu (CPC)

Konsantrasyon

Mikroskopik inceleme

Duyarlılık %50-80Lokal infiltrasyon %32Kaviter tüberküloz %52

AIDS(+) tüberküloz %45AIDS (-) tüberküloz %81

Özgüllük %99.8

Duyarlılık %50-80Lokal infiltrasyon %32Kaviter tüberküloz %52

AIDS(+) tüberküloz %45AIDS (-) tüberküloz %81

Özgüllük %99.8

Boyama

Ehrlich-Ziehl-NeelsenKinyounFlorokrom (auromin-rodamin)

5000-10000 basil/ml

EZN

UcuzUygulaması kolayPPV >90Özgüllük >98

Florokrom boyalar

PahallıDaha duyarlıToksik

EZN

UcuzUygulaması kolayPPV >90Özgüllük >98

Florokrom boyalar

PahallıDaha duyarlıToksik

EZN boyamayönteminin her haftapozitif bir suş

Florokrom boyayönteminin ise herhafta pozitif ve negatifsuşlar ile çalışılarakkalite kontrolüyapılmalı

EZN boyamayönteminin her haftapozitif bir suş

Florokrom boyayönteminin ise herhafta pozitif ve negatifsuşlar ile çalışılarakkalite kontrolüyapılmalı

EZN(x1000)

Florokrom(x250)

Sonuç

ARB (-)/ 300 alan ARB (-)/ 30 alan ARB (-)

1-2 ARB/ 300 alan 1-2 ARB/ 30 alan Şüpheli

Boyama yöntemine göre ARB Kantitasyonu

1-2 ARB/ 300 alan 1-2 ARB/ 30 alan Şüpheli

1-9 ARB/ 100 alan 1-9 ARB/ 10 alan 1+

1-9 ARB/ 10 alan 1-9 ARB/ alan 2+

1-9 ARB/ alan 10-90 ARB/ alan 3+

>9 ARB/ alan >90 ARB/ alan 4+

Kültür yöntemleri

10 basil/mlDuyarlılık %80-93Özgüllük %98

Tür tanımlamaDuyarlılık testleriGenomik çalışmalar

10 basil/mlDuyarlılık %80-93Özgüllük %98

Tür tanımlamaDuyarlılık testleriGenomik çalışmalar

Kültür yöntemleri

Geleneksel kültür yöntemleriKatı (Yumurta bazlı ve agar bazlı)Sıvı

Hızlı tanı yöntemleriKatıSıvı (otomatize sistemler)

Geleneksel kültür yöntemleriKatı (Yumurta bazlı ve agar bazlı)Sıvı

Hızlı tanı yöntemleriKatıSıvı (otomatize sistemler)

Geleneksel kültür yöntemleri

KatıYumurta bazlı bütün yumurta veya yumurta sarısı,

patates unu, tuz ve gliserolLöwenstein-Jensen besiyeri (18-24 gün- 8 hafta)Petragnani besiyeriAmerican Trudeau Society besiyeri

Agar bazlıMiddlebrook 7H10 (10-12 gün)Middlebrook 7H11

SıvıMiddlebrook 7H9MODS (Microscopic Observation Drug SusceptibilityAssay - Mikroskobik inceleme İlaç Duyarlılığı Testi)

KatıYumurta bazlı bütün yumurta veya yumurta sarısı,

patates unu, tuz ve gliserolLöwenstein-Jensen besiyeri (18-24 gün- 8 hafta)Petragnani besiyeriAmerican Trudeau Society besiyeri

Agar bazlıMiddlebrook 7H10 (10-12 gün)Middlebrook 7H11

SıvıMiddlebrook 7H9MODS (Microscopic Observation Drug SusceptibilityAssay - Mikroskobik inceleme İlaç Duyarlılığı Testi)

Hızlı tanı yöntemleriKatı

TK besiyeri

Sıvı (Otomatize kültür sistemleri)

BACTECMGITMB/BacTBifazik Septi-check AFBESP MYCO

KatıTK besiyeri

Sıvı (Otomatize kültür sistemleri)

BACTECMGITMB/BacTBifazik Septi-check AFBESP MYCO

TK besiyeri(Salubris)

Kolorimetrik esaslı sistemKullanımı kolay, renk değişikliği ile kısa süredesonuç (2 hafta)Ko-enfekte olan hastalar ve çocuklardan alınanher türlü örnek

Kolorimetrik esaslı sistemKullanımı kolay, renk değişikliği ile kısa süredesonuç (2 hafta)Ko-enfekte olan hastalar ve çocuklardan alınanher türlü örnek

Kocagoz T, O’Brien R, Perkins M,A new colorimetric culture system for the diagnosis of tuberculosis.

Int J Tuberc Lung Dis. 2004 Dec;8(12):1512.

Sıvı(Otomatize kültür sistemleri)

BACTEC 460 TB Sistemi (radyometrik esaslı sistem) (BectonDickinson Microbiology Systems, Sparks, MD)

Mycobacteria Growth Indicator Tube (MGIT) 960 Sistemi(floresans esaslı sistem)

BACTEC 9000 MB Sistemi (floresans esaslı sistem)

BacT/ALERT MB (MB/BacT) Sistem (kolorimetrik esaslı sistem)(Organon Teknika, Durham, NC)

BACTEC 460 TB Sistemi (radyometrik esaslı sistem) (BectonDickinson Microbiology Systems, Sparks, MD)

Mycobacteria Growth Indicator Tube (MGIT) 960 Sistemi(floresans esaslı sistem)

BACTEC 9000 MB Sistemi (floresans esaslı sistem)

BacT/ALERT MB (MB/BacT) Sistem (kolorimetrik esaslı sistem)(Organon Teknika, Durham, NC)

Avantaj1-4 hafta

İlaç duyarlılık süresinikısaltır

Tür tanımlama süresinikısaltır

İş yükünü azaltır

DezavantajPahallı

Özel ekipman gerekmekte

Avantaj1-4 hafta

İlaç duyarlılık süresinikısaltır

Tür tanımlama süresinikısaltır

İş yükünü azaltır

Tanımlama yöntemleri

Kord faktör oluşumuMacConkey agarda, kanlı agarda üreme testiNAP (p-nitro-α-acetylamino-β- hydro-xypropiophenone) testi

Biyokimyasal testlerNiasin testiNitrat redüksiyonuKatalaz testiPirazinamidaz testi,Thiophene-2 karboksilik asit hidrazid testi

Moleküler testler (PCR-RFLP, Spoligotipleme,Nükleik asithibridizasyon, dizi analizi)HPLC (>50 ayırım, M.tuberculosis ve M. bovis’i, ayıramaz)

Kord faktör oluşumuMacConkey agarda, kanlı agarda üreme testiNAP (p-nitro-α-acetylamino-β- hydro-xypropiophenone) testi

Biyokimyasal testlerNiasin testiNitrat redüksiyonuKatalaz testiPirazinamidaz testi,Thiophene-2 karboksilik asit hidrazid testi

Moleküler testler (PCR-RFLP, Spoligotipleme,Nükleik asithibridizasyon, dizi analizi)HPLC (>50 ayırım, M.tuberculosis ve M. bovis’i, ayıramaz)

Moleküler Tanı

• Gerçek zamanlı PZR (IS 6110)

Sonuç süresi: 24-48 saat

Mycobacterium tuberculosis pozitif örnek

Mycobacterium tuberculosis negatif örnek

Olgu 3

4 yaşındaki kız çocuk kreşte yediği pastadan 3saat sonra şiddetli kusma, ishal, ateşşikayetleri ile acil servise başvuruyor. Acilserviste aynı kreşten 3 çocuk daha tedavialtında

4 yaşındaki kız çocuk kreşte yediği pastadan 3saat sonra şiddetli kusma, ishal, ateşşikayetleri ile acil servise başvuruyor. Acilserviste aynı kreşten 3 çocuk daha tedavialtında

• Tanı: Besin zehirlenmesi• Örnek: Gastrik içerik

Rektal sürüntü• En sık rastlanan patojen:

– Staphylococcus aureus

• Tanı: Besin zehirlenmesi• Örnek: Gastrik içerik

Rektal sürüntü• En sık rastlanan patojen:

– Staphylococcus aureus

Örnek: Gastrik içerikRektal sürüntü

Taşıma:Genel taşıma besiyeri (Stuart)

Mikroskobik inceleme: Gram boyama

Kültür: Kanlı agarKantitatif kültür

Örnek: Gastrik içerikRektal sürüntü

Taşıma:Genel taşıma besiyeri (Stuart)

Mikroskobik inceleme: Gram boyama

Kültür: Kanlı agarKantitatif kültür