Upload
trankien
View
302
Download
5
Embed Size (px)
Citation preview
Opis
1. CV - Farcasanu Ileana Cornelia – engleza
2. CV - Farcasanu Ileana Cornelia – romana
3. Fisa de verificare a îndeplinirii standardelor minimale - Farcasanu IC - criterii noi
4. Lista de lucrari
5. Sumar - Teza de Abilitare (engleza) - Farcasanu IC
6. Sumar - Teza de Abilitare (romana) - Farcasanu IC
Page 1/4 - Curriculum vitae of Surname(s) First name(s)
For more information on Europass go to http://europass.cedefop.europa.eu © European Union, 2004-2010 24082010
Europass Curriculum Vitae
Personal information
First name(s) / Surname(s) Ileana Cornelia FARCASANU
Address(es) Polona 23A, Ap 4, 010553 Bucharest, Romania
Telephone(s) +40-21-2113348 Mobile: +40-721067169
Fax(es)
E-mail [email protected]; [email protected]
Nationality Romanian
Date of birth 25.07.1960
Gender F
Occupational field Academic, Research
Work experience
Dates 2006-onwards
Occupation or position held Associate professor
Main activities and responsibilities Teaching, research Molecular mechanisms involved in stress tolerance Natural compounds with anti-oxidant activity Bioremediation
Name and address of employer University of Bucharest, Faculty of Chemistry
Type of business or sector Academic
Dates 2001-2006
Occupation or position held Lecturer
Main activities and responsibilities Teaching, research Bioremediation Natural compounds with anti-microbial potential
Name and address of employer University of Bucharest, Faculty of Chemistry
Type of business or sector Academic
Dates 2005
Occupation or position held Invited researcher
Main activities and responsibilities Research
Name and address of employer Hiroshima University, Graduate School of Advanced Sciences of Matter, Department of Molecular Biotechnology (Japan)
Type of business or sector Academic
Dates 2002-2003
Occupation or position held Postdoctoral research assistant
Page 2/4 - Curriculum vitae of Surname(s) First name(s)
For more information on Europass go to http://europass.cedefop.europa.eu © European Union, 2004-2010 24082010
Main activities and responsibilities Research Molecular studies of mechanisms involved in regulation of tolerance to sodium and heavy metals in Arabidopsis thaliana
Name and address of employer University of Glasgow, Institute of Biology and Life Science (IBLS), Department of Biochemistry and Molecular Biology (UK)
Type of business or sector Academic
Dates 1999-2001
Occupation or position held Postdoctoral researcher
Main activities and responsibilities Research Molecular mechanisms involved in the unfolded protein response in yeast and mammalian cells
Name and address of employer Employed by the Japan Science and Technology Corporation (JST) at Nara Institute of Science and Technology (NAIST), Japan
Type of business or sector Academic
Dates 1990-2001
Occupation or position held Professor’s assistant
Main activities and responsibilities Academic advising, research Asymmetric organic syntheses mediated by yeast
Name and address of employer University of Bucharest, Faculty of Chemistry
Type of business or sector Academic
Dates 1985-1990
Occupation or position held Researcher
Main activities and responsibilities Research
Name and address of employer The National Institute of Oncology, Bucharest, Romania
Type of business or sector Academic
Education and training
Dates 1996-1999
Title of qualification awarded Doctor of Engineering
Principal subjects/occupational skills covered
Molecular biology, Biotechnology, Biochemistry
Name and type of organisation providing education and training
Hiroshima University, Graduate School of Engineering, Department of Fermentation Technology, Japan, Funded by The Ministry of Culture and Education in Japan (Monbusho)
Dates 1994-1996
Title of qualification awarded Master of Engineering
Principal subjects/occupational skills covered
Molecular biology, Biotechnology, Biochemistry
Name and type of organisation providing education and training
Hiroshima University, Graduate School of Engineering, Department of Fermentation Technology, Japan, Funded by The Ministry of Culture and Education in Japan (Monbusho)
Dates 1979-1984
Title of qualification awarded Master of Science
Principal subjects/occupational skills covered
Biochemistry
Name and type of organisation providing education and training
Polytechnic University of Bucharest, Faculty of Technological Chemistry, Department of Biochemistry
Personal skills and competences
Mother tongue(s) Romanian
Page 3/4 - Curriculum vitae of Surname(s) First name(s)
For more information on Europass go to http://europass.cedefop.europa.eu © European Union, 2004-2010 24082010
Other language(s)
Self-assessment Understanding Speaking Writing
European level (*) Listening Reading Spoken interaction Spoken production
English C2 Proficient user C2 Proficient user C2 Proficient user C2 Proficient user C2 Proficient user
French B2
Independent user
B2 Independent
user B1
Independent user
B1 Independent
user B1
Independent user
Japanese A1 Basic user A1 Basic user A1 Basic user A1 Basic user A2 Basic user
(*) Common European Framework of Reference for Languages
Organisational skills and competences
Principal Investigator in national research grants. 1. “Cellular and Molecular Biotechnologies for Medical Aplications“ (FSE POSDRU nr:
89/1.5/S/60746, approximate value: 200000 euros 2010-2013). PI in Partner group. 2. “Molecular mechanisms involved in Saccharomyces cerevisisae cellular response to
heavy metal and oxidative stress“ (PNII/IDEAS_985 nr: 176/2007, approximate value: 180000 euros, 2007-2010).
3. “Biochip with Multi-Alergens obtained through MicroArray Technology(MAMA)“ PI in Partner group (PNII/Partnership nr: 11-023/2007, approximate value: 80000 euros, 2007-2010) PI in Partner group.
4. “Manipulation of yeast tolerance to heavy metal stress as a primary tool for heavy metal bioremdiation through growing cells“, (CNCSIS 1643 nr: 13GR/28. 05. 2007, approximate value: 50000 euros, 2007-2009).
Technical skills and competences Laboratory experience includes: molecular cloning methods, standard yeast, bacteria, and plant genetic techniques, standard microbiological techniques, primers design, PCR gene analysis, gene fusion techniques, microbial and mammalian cell cultures, transfection, RT-PCR, drug selection, drug tests (on yeast and mammalian cell culture), kinetics of drug transport within cell, cation transport kinetics, yeast two-hybrid system, gene reporter assay, synthesis, extraction, purification and identification of natural compounds.
Computer skills and competences MS Office
Driving licence B
Additional information Hirsch Index 8, total number of citations: 290 (as of Google Scholar)
- Independent Evaluator FP7 for calls Marie Curie-People (IEF, IIIF, IOF) 2007-2012 - Evaluator independent FP7 for calls Marie Curie-People (Reintegration, IRG, ERG) 2009-2010 - Invited reviewer for: PlosOne, Current Microbiology, Applied Microbiology and Biotechnology, Applied Energy, Molecules, Pakistan Journal of Pharmaceutical Sciences, Revue Roumaine de Chimie, etc.
Page 4/4 - Curriculum vitae of Surname(s) First name(s)
For more information on Europass go to http://europass.cedefop.europa.eu © European Union, 2004-2010 24082010
Annexes Selected publications 1. Mitrica R, Dumitru I, Ruta LL, Ofiteru AM, Farcasanu IC, The dual actionction of
epigallocatechin gallate (EGCG), the main constituent of green tea, against the deleterious effects of visible light and singlet oxygen-generating conditions as seen in yeast cells. Molecules, 17, 10355-10369 (2012).
2. Dumitru I, Ene CD, Ofiteru AM, Paraschivescu C, Madalan AM, Baciu I, Farcasanu IC, Identification of [CuCl(acac)(tmed)], a copper(II) complex with mixed ligands, as a modulator of Cu,Zn superoxide dismutase (Sod1p) activity in yeast. J Biol Inorg Chem, 17, 961-974 (2012).
3. Ofiteru AM, Ruta LL, Rotaru C, Dumitru I, Ene CD, Neagoe A, Farcasanu IC, Overexpression of the PHO84 gene causes heavy metal accumulation and induces Ire1p-dependent unfolded protein response in Saccharomyces cerevisiae cells. Appl Microbiol Biotechnol, 94, 425-455 (2012).
4. Farcasanu IC, Matache M, Neagoe A, Iordache V. Hyperaccumulation: a key to heavy metal bioremediation. In: Bio-Geo-Interactions in Contaminated Soils (Editors: Erika Kothe, Ajit Varma), Springer Publishing, Berlin, Soil Biol 31, 251-278, (2012).
5. Neagoe A, Iordache V, Farcasanu IC. The Role of Organic Matter in the Mobility of Metals in Contaminated Catchments. In: Bio-Geo-Interactions in Contaminated Soils (Editors: Erika Kothe, Ajit Varma), Springer Publishing, Berlin, Soil Biol 31, 297-325, (2012).
6. Farcasanu IC, Matache M. Sacchromyces cerevisiae’s three B-s: Bakery, Brewery, Bioremediation. In: Bioremediation: Biotechnology, Engineering and Environmental Management (Editor Alexander C. Mason), Nova Publishiers, ISBN: 978-1-61122-730-7, (2012).
7. Manolescu BN, Berteanu M, Dumitru L, Dinu H, Iliescu A, Farcasanu IC, Oprea E, Vlădoiu S, Popa O, Ianaș O, Dynamics of inflammatory markers in post-acute stroke patients undergoing rehabilitation. Inflammation, 34, 551-558 (2011).
8. Popa CV, Dumitru I, Ruta LL, Danet AF, Farcasanu IC, Exogenous oxidative stress induces Ca release in the yeast Saccharomyces cerevisiae. FEBS J, 277, 4027-4038 (2010).
9. Ruta L, Paraschivescu C, Matache M, Avramescu S, Farcasanu IC, Removing heavy metals from synthetic effluents using "kamikaze" Saccharomyces cerevisiae cells. Appl Microbiol Biotechnol, 85, 763-761 (2010).
10. Manolescu BN, Oprea E, Farcasanu IC, Berteanu M, Cercasov C, Homocysteine and vitamin therapy in stroke prevention and treatment: a review. Acta Biochim Pol, 57, 467-477 (2010).
11. Matache M, DobrotaC, Bogdan N, Dumitru I, Ruta L, Paraschivescu C, Farcasanu IC, Baciu I, Funeriu DP, Synthesis of fused dihydro-pyrimido[4,3-d]coumarins using Biginelli multicomponent reaction as key step. Tetrahedron, 65, 5949-5957 (2009).
12. Oprea E, Radulescu V, Balotescu C, Lazar V, Bucur M, Mladin P, Farcasanu IC, Chemical and biological studies of Ribes nigrum L. buds essential oil. Biofactors, 34, 3-12 (2008).
13. Gruia MI, Oprea E, Gruia I, Negoita V, and Farcasanu IC, The Antioxidant Response Induced by Lonicera caerulaea Berry Extracts in Animals Bearing Experimental Solid Tumors. Molecules, 13, 1195-1206 (2008).
14. Farcasanu IC, Paraschivescu C, Ruta L, Oprea E, Avramescu S, Manipulation of Ni2+ tolerance of Sacchromyces cerevisiae cells: a primary step to bioremediation by removal and recovery of Ni2+ from contaminated waters. Rev Roum Chim, 53, 647–651 (2008).
15. Farcasanu IC, Oprea E, Paraschivescu C, Ruta L, Avramescu A, Characterization of Sacchromyces cerevisiae mutants resistant to high concentrations of Co2+: a primary step to bioremediation by removal and recovery of Co2+ from contaminated waters. Rev Chim, 59, 1041-1045 (2008).
16. Farcasanu IC, Gruia MI, Paraschivescu C, Baciu I, and Oprea E, Ethanol extracts of Lonicera caerulea and Sambucus nigra berries exhibit antifungal properties upon heat-stressed Saccharomyces cerevisiae cells. Rev Chim, 57, 79-82 (2006).
17. Farcasanu IC, Mizunuma M, Nishiyama F, and Miyakawa T, Role of L-histidine in conferring tolerance to Ni2+ in Sacchromyces cerevisiae cells. Biosci Biotechnol Biochem, 69, 2343-2348 (2005).
PhD Thesis: “Studies on the regulatory mechanisms of cellular homeostasis of the essential trace element manganese in yeast”. Hiroshima University, Japan (1999).
Pagina 1 / 5 - Curriculum vitae al Fărcaşanu Ileana Cornelia
Pentru mai multe informaţii despre Europass accesaţi http://europass.cedefop.eu.int © Comunităţile Europene, 2003 20060628
Curriculum Vitae Europass
Informaţii personale
Nume / Prenume Fărcaşanu Ileana Cornelia
Adresa(e) Polonă 23A, Ap. 4, Sector 1 010553 Bucureşti (Romania)
Telefon(oane) +40 212113348 Mobil +40 721067169
E-mail(uri) [email protected]; [email protected]
Naţionalitate(-tăţi) română
Data naşterii 25/07/1960
Sex Femeiesc
Domeniu ocupaţional Academic, cercetare
Experienţa profesională
Perioada 01/10/2006 → prezent
Funcţia sau postul ocupat Conferenţiar
Activităţi si responsabilităţi principale - Activități didactice (predare, coordonare activitate de cercetare) - Cercetare (Tematică: Manipularea toleranţei celulelor faţă de condiţii de stres; Elucidarea unor mecanisme de răspuns faţă de condiţiile de stres; Bioremedierea sistemelor contaminate cu metale grele)
Numele şi adresa angajatorului Universitatea din Bucureşti, Facultatea de Chimie Şos. Panduri 90-92, 050663 Bucureşti (România)
Tipul activităţii sau sectorul de activitate Academic
Perioada 01/01/2001 - 30/09/2006
Funcţia sau postul ocupat Lector
Activităţi si responsabilităţi principale - Activități didactice (predare, coordonare activitate de cercetare) - Cercetare (Tematică: Screening de compuşi cu acţiune antioxidantă; Compuşi naturali cu potenţial terapeutic)
Numele şi adresa angajatorului Universiatea din Bucureşti, Facultatea de Chimie Şos. Panduri 90-92, 050663 Bucureşti (România)
Tipul activităţii sau sectorul de activitate Academic
Perioada 05/05/2005 - 07/07/2005
Funcţia sau postul ocupat Cercetător invitat
Activităţi si responsabilităţi principale Cercetare: - Studiul la nivel molecular al toleranţei fată de metale grele a celulelor de Saccharoyces cerevisiae. - Stabilirea unor metode de screening pentru investigarea activităţii antioxidante compuşilor naturali.
Pagina 2 / 5 - Curriculum vitae al Fărcaşanu Ileana Cornelia
Pentru mai multe informaţii despre Europass accesaţi http://europass.cedefop.eu.int © Comunităţile Europene, 2003 20060628
Numele şi adresa angajatorului Universitatea din Hiroshima, AdSM, Departamentul de Biotehnologie Moleculară 1-3-1 Kagamiyama, 739-8530 Higashi-Hiroshima (Japonia)
Tipul activităţii sau sectorul de activitate Cercetare
Perioada 01/12/2002 - 30/11/2003
Funcţia sau postul ocupat Cercetător asociat
Activităţi si responsabilităţi principale Studiul molecular al mecanismelor implicate în reglarea toleranţei faţă de sodiu si metale grele la plante.
Numele şi adresa angajatorului Universiitatea din Glasgow, IBLS, Departamentul de Biochimie si Biologie Moleculară Bower Building, G12 8QQ, Glasgow (Regatul Unit)
Tipul activităţii sau sectorul de activitate Cercetare
Perioada 01/04/1999 - 24/12/2000
Funcţia sau postul ocupat Cercetător postdoc
Activităţi si responsabilităţi principale Mecanisme implicate în recunoaşterea proteinelor incorect pliate în reticulul endoplasmatic
Numele şi adresa angajatorului NAIST (Institutul Naţional pentru Ştiinţă şi Tehnologie din Nara) 8916-5 Takayama, 630-0192 Ikoma, Nara (Japonia)
Tipul activităţii sau sectorul de activitate Cercetare, angajat de Corporaţia Japoneză pentru Ştiinţă şi Tehnologie (JST)
Perioada 01/04/1993 - 31/03/1999
Funcţia sau postul ocupat Bursier Monbusho
Activităţi si responsabilităţi principale Studiul unor mecanisme utilizate de drojdia Saccharomyces cerevisiae pentru reglarea homeostatică a microelementelor.
Numele şi adresa angajatorului Universitatea din Hiroshima, Facultaea de Inginerie Kagamiyama 1-4-1, 739-8527 Higashi-Hiroshima (Japonia)
Tipul activităţii sau sectorul de activitate Academic, cercetare
Perioada 01/02/1990 - 01/01/2001
Funcţia sau postul ocupat Asistent universitar
Activităţi si responsabilităţi principale -Studiul unor compuşi naturali cu potenţial terapeutic - Sinteze stereospecifice mediate de microorganisme
Numele şi adresa angajatorului Universitatea din Bucureşti, Facultatea de Chimie Şos. Panduri 90-92, 050663 Bucureşti (România)
Tipul activităţii sau sectorul de activitate Academic
Perioada 01/01/1985 - 31/01/1990
Funcţia sau postul ocupat Biochimist
Activităţi si responsabilităţi principale Imunologia cancerului: antigene asociate tumoral
Numele şi adresa angajatorului Institutul Oncologic Bucureşti (IOB) Şos. Fundeni 252, Bucureşti (România)
Tipul activităţii sau sectorul de activitate Cercetare
Educaţie şi formare
Perioada 01/04/1996 - 31/03/1999
Calificarea/diploma obţinută Doctor în Inginerie
Disciplinele principale studiate/competenţele profesionale
dobândite
Biologie moleculară, biotehnologie, biochimie
Numele şi tipul instituţiei de învăţământ/furnizorului de formare
Universitatea din Hiroshima (Facultatea de Inginerie) 1-4-1 Kagamiyama, 739-8527 Higashi-Hiroshima (Japonia)
Perioada 01/04/1994 - 31/03/1996
Pagina 3 / 5 - Curriculum vitae al Fărcaşanu Ileana Cornelia
Pentru mai multe informaţii despre Europass accesaţi http://europass.cedefop.eu.int © Comunităţile Europene, 2003 20060628
Calificarea/diploma obţinută Master în Inginerie
Disciplinele principale studiate/competenţele profesionale
dobândite
Biologie moleculară, Tehnologia fermentaţiei, Biochimie
Numele şi tipul instituţiei de învăţământ/furnizorului de formare
Universitatea din Hiroshima (Facultatea de Inginerie) 1-4-1 Kagamiyama, 739-8527 Higashi-Hiroshima (Japonia)
Perioada 15/09/1979 - 15/06/1984
Calificarea/diploma obţinută Master în Ştiinţe
Disciplinele principale studiate/competenţele profesionale
dobândite
Biochimie
Numele şi tipul instituţiei de învăţământ/furnizorului de formare
Institutul Politehnic Bucureşti (Facultatea de Tehnologie Chimică) Şos Polizu, Bucureşti (Romania)
Aptitudini şi competenţe personale
Limba maternă Română
Limbi străine cunoscute
Autoevaluare Înţelegere Vorbire Scriere
Nivel european (*) Ascultare Citire Participare la conversaţie
Discurs oral
Engleză C2
Utilizator experimentat
C2 Utilizator
experimentat C2
Utilizator experimentat
C2 Utilizator
experimentat C2
Utilizator experimentat
Franceză B2
Utilizator independent
B2 Utilizator
independent B1
Utilizator independent
B1 Utilizator
independent B1
Utilizator independent
Japoneză B1
Utilizator independent
B1 Utilizator
independent B2
Utilizator independent
B1 Utilizator
independent A2
Utilizator elementar
(*) Cadrului european comun de referinţă pentru limbi
Competenţe şi aptitudini organizatorice Director de proiect:
1) Contract CNCSIS 1643 “Manipularea toleranţei celulelor de Saccharomyces cerevisiae faţă de concentraţii crescute de metale grele ca instrument primar pentru bioremediere prin îndepărtatrea şi reciclarea metalelor grele”, 2007-2008, director proiect 2) Contract de cercetare exploratorie IDEI (PN II, IDEI, ID_965) „Mecanisme moleculare implicate in raspunsul celulelor de Saccharomyces cerevisisae la conditii de stres metalic si stres oxidativ”, 2007-2010, director proiect 3) Contract de cercetare exploratorie PARTENERIATE (PNII nr: 11-023/2007) “Biochip with Multi-Alergens obtained through MicroArray Technology(MAMA)“, director partener 2009-2010 4) Contract FSE POSDRU nr: 89/1.5/S/60746 “Cellular and Molecular Biotechnologies for Medical Aplications“, director partener
Competenţe şi aptitudini tehnice Experienţa de laborator include: tehnici de biologie moleculară, tehnologia ADN recombinant, metode standard de clonare moleculară, tehnici standard de genetica drojdiilor, bacteriilor si plantelor, izolare, purificare şi cuantificare de acizi nucleici, Southern, Northern, Western blotting, primer design, analiză PCR, RT-PCR, tehnici de fuzionare a genelor, obţinere pe scară largă a proteinelor recombinante, selecţie de substanţe fungicide, cinetica transportului de cationi la microorganisme, determinare a interacţiilor între proteine "in vivo" prin metoda "yeast two-hybrid", expresia proteinelor recombinante în drojdii şi bacterii, culturi celulare, sinteze oragnice, etc.
Competenţe şi aptitudini de utilizare a calculatorului
Utilizator MS Office, programe bioinformatice
Pagina 4 / 5 - Curriculum vitae al Fărcaşanu Ileana Cornelia
Pentru mai multe informaţii despre Europass accesaţi http://europass.cedefop.eu.int © Comunităţile Europene, 2003 20060628
Permis de conducere B
Alte informații Hirsch Index 8, număr total de citări: 290 (cf. Google Scholar)
Hirsch Index 8, număr total de citări: 290 (cf. Google Scholar) - Evaluator independent FP7 la programele People-Marie Curie (Mobilități, IEF, IIIF, IOF) 2007-2012 - Evaluator independent FP7 la programele People-Marie Curie (Reintegrare, IRG, ERG) 2009-2010 - Referent pentru reviste de specialitate: PlosOne, Current Microbiology, Applied Microbiology and Biotechnology, Applied Energy, Molecules, Pakistan Journal of Pharmaceutical Sciences, Revue Roumaine de Chimie, etc.
Pagina 5 / 5 - Curriculum vitae al Fărcaşanu Ileana Cornelia
Pentru mai multe informaţii despre Europass accesaţi http://europass.cedefop.eu.int © Comunităţile Europene, 2003 20060628
Anexe Publicații relevante 1. Mitrica R, Dumitru I, Ruta LL, Ofiteru AM, Farcasanu IC, The dual actionction of
epigallocatechin gallate (EGCG), the main constituent of green tea, against the deleterious effects of visible light and singlet oxygen-generating conditions as seen in yeast cells. Molecules, 17, 10355-10369 (2012).
2. Dumitru I, Ene CD, Ofiteru AM, Paraschivescu C, Madalan AM, Baciu I, Farcasanu IC, Identification of [CuCl(acac)(tmed)], a copper(II) complex with mixed ligands, as a modulator of Cu,Zn superoxide dismutase (Sod1p) activity in yeast. J Biol Inorg Chem, 17, 961-974 (2012).
3. Ofiteru AM, Ruta LL, Rotaru C, Dumitru I, Ene CD, Neagoe A, Farcasanu IC, Overexpression of the PHO84 gene causes heavy metal accumulation and induces Ire1p-dependent unfolded protein response in Saccharomyces cerevisiae cells. Appl Microbiol Biotechnol, 94, 425-455 (2012).
4. Farcasanu IC, Matache M, Neagoe A, Iordache V. Hyperaccumulation: a key to heavy metal bioremediation. In: Bio-Geo-Interactions in Contaminated Soils (Editors: Erika Kothe, Ajit Varma), Springer Publishing, Berlin, Soil Biol 31, 251-278, (2012).
5. Neagoe A, Iordache V, Farcasanu IC. The Role of Organic Matter in the Mobility of Metals in Contaminated Catchments. In: Bio-Geo-Interactions in Contaminated Soils (Editors: Erika Kothe, Ajit Varma), Springer Publishing, Berlin, Soil Biol 31, 297-325, (2012).
6. Farcasanu IC, Matache M. Sacchromyces cerevisiae’s three B-s: Bakery, Brewery, Bioremediation. In: Bioremediation: Biotechnology, Engineering and Environmental Management (Editor Alexander C. Mason), Nova Publishiers, ISBN: 978-1-61122-730-7, (2012).
7. Manolescu BN, Berteanu M, Dumitru L, Dinu H, Iliescu A, Farcasanu IC, Oprea E, Vlădoiu S, Popa O, Ianaș O, Dynamics of inflammatory markers in post-acute stroke patients undergoing rehabilitation. Inflammation, 34, 551-558 (2011).
8. Popa CV, Dumitru I, Ruta LL, Danet AF, Farcasanu IC, Exogenous oxidative stress induces Ca release in the yeast Saccharomyces cerevisiae. FEBS J, 277, 4027-4038 (2010).
9. Ruta L, Paraschivescu C, Matache M, Avramescu S, Farcasanu IC, Removing heavy metals from synthetic effluents using "kamikaze" Saccharomyces cerevisiae cells. Appl Microbiol Biotechnol, 85, 763-761 (2010).
10. Manolescu BN, Oprea E, Farcasanu IC, Berteanu M, Cercasov C, Homocysteine and vitamin therapy in stroke prevention and treatment: a review. Acta Biochim Pol, 57, 467-477 (2010).
11. Matache M, DobrotaC, Bogdan N, Dumitru I, Ruta L, Paraschivescu C, Farcasanu IC, Baciu I, Funeriu DP, Synthesis of fused dihydro-pyrimido[4,3-d]coumarins using Biginelli multicomponent reaction as key step. Tetrahedron, 65, 5949-5957 (2009).
12. Oprea E, Radulescu V, Balotescu C, Lazar V, Bucur M, Mladin P, Farcasanu IC, Chemical and biological studies of Ribes nigrum L. buds essential oil. Biofactors, 34, 3-12 (2008).
13. Gruia MI, Oprea E, Gruia I, Negoita V, and Farcasanu IC, The Antioxidant Response Induced by Lonicera caerulaea Berry Extracts in Animals Bearing Experimental Solid Tumors. Molecules, 13, 1195-1206 (2008).
14. Farcasanu IC, Paraschivescu C, Ruta L, Oprea E, Avramescu S, Manipulation of Ni2+ tolerance of Sacchromyces cerevisiae cells: a primary step to bioremediation by removal and recovery of Ni2+ from contaminated waters. Rev Roum Chim, 53, 647–651 (2008).
15. Farcasanu IC, Oprea E, Paraschivescu C, Ruta L, Avramescu A, Characterization of Sacchromyces cerevisiae mutants resistant to high concentrations of Co2+: a primary step to bioremediation by removal and recovery of Co2+ from contaminated waters. Rev Chim, 59, 1041-1045 (2008).
16. Farcasanu IC, Gruia MI, Paraschivescu C, Baciu I, and Oprea E, Ethanol extracts of Lonicera caerulea and Sambucus nigra berries exhibit antifungal properties upon heat-stressed Saccharomyces cerevisiae cells. Rev Chim, 57, 79-82 (2006).
17. Farcasanu IC, Mizunuma M, Nishiyama F, and Miyakawa T, Role of L-histidine in conferring tolerance to Ni2+ in Sacchromyces cerevisiae cells. Biosci Biotechnol Biochem, 69, 2343-2348 (2005).
Teză doctorat: “Studies on the regulatory mechanisms of cellular homeostasis of the essential trace element manganese in yeast”. Hiroshima University, Japan (1999).
Dosar Abilitare Candidat: Fărcășanu Ileana Cornelia COMISIA BIOLOGIE ȘI BIOCHIMIE
1
Fișa de verificare a îndeplinirii standardelor minimale
(Conform Ordinului 6.560/2012, Anexa 19)
A. Condiții preliminarii obligatorii
1. Calificare profesională
- Master în Științe (Master of Science), Institutul Politehnic București, iunie
1984 (specializarea Biochimie)
- Master în Inginerie (Master of Engineering), Universitatea din Hiroshima
(Japonia), 1996
- Postdoc, Nara Institute of Science and Technology (NAIST; Japonia) 1999-
2000
- Postdoc, University of Glasgow, IBLS (UK), 2002-2003
2. Calificare științifică
- Doctor în Inginerie (Doctor of Engineering), Universitatea din Hiroshima
(Japonia), 1999
Teza de doctorat cu titlul „Studies on the regulatory mechanisms of cellular homeostasis of
the essential trace element manganese in yeast”. Hiroshima, Japonia (1999),
Coordonator: Profesor Dr. Tokichi Miyakawa
3. Coordonator de proiecte de cercetare
1) “Manipularea toleranței celulelor de Saccharomyces cerevisiae fața de
concentrații crescute de metale grele ca instrument primar pentru
bioremedierea prin îndepartarea și reciclarea metalelor grele”, CNCSIS
1643, Contract nr. 13GR /28.05.2007, 200 000 lei, 2007-2009. Director
proiect
2) “Mecanisme moleculare implicate în răspunsul celulelor de Saccharomyces
cerevisiae la condiţii de stres metalic şi stres oxidativ” Program PNII-IDEI,
Contract nr: 176/2007, 2007-2010, valoare contract 721.965,17 RON.
Director proiect
3) ”Biochip-uri cu Multi-Alergeni obținute prin Tehnologia MicroArray
(MAMA). Program PNII-Parteneriate, Contract nr. 11-023/2007,
280.000RON. Director partener 2009-2010
4) ”Biotehnologii celulare şi moleculare cu aplicaţii în medicină”, FSE
POSDRU /89/1.5/S/60746, 1.057.542 RON, 2010-2013. Director
partener
Dosar Abilitare Candidat: Fărcășanu Ileana Cornelia COMISIA BIOLOGIE ȘI BIOCHIMIE
2
B. Criterii și standarde
C1. Evaluarea acivității de cercetare
Tabel 1. Parametrii luați în calcul și modul de cuantificare
Nr.
crt.
Parametru Mod de calcul Nr
puncte
1. Articole în reviste ISI, ca autor principal Formula (1)
1) Farcasanu IC, Hirata D, Tsuchiya E, Nishiyama F, Miyakawa T. Protein phosphatase 2B of Saccharomyces cerevisiae is required for tolerance to manganese,
in blocking the entry of ions into the cells. Eur J Biochem. 1995, 232:712-7. Actual FEBS J
2) Farcasanu IC, Ohta N, Miyakawa T. The fate of Mn2+ ions inside Saccharomyces
cerevisiae cells seen by electron paramagnetic resonance. Biosci Biotechnol Biochem. 1996 60:468-71.
3) Farcasanu IC, Mizunuma M, Hirata D, Miyakawa T.Involvement of histidine
permease (Hip1p) in manganese transport in Saccharomyces cerevisiae. Mol Gen Genet. 1998, 259:541-8. Actual MOL GENET GENOMICS
4) Farcasanu IC, Hirata D, Tsuchiya E, Mizuta K, Miyakawa T. Involvement of
thioredoxin peroxidase type II (Ahp1p) of Saccharomyces cerevisiae in Mn2+ homeostasis. Biosci Biotechnol Biochem. 1999, 63:1871-1881.
5) Farcasanu IC, Mizunuma M, Nishiyama F, Miyakawa T.Role of L-histidine in conferring tolerance to Ni2+ in Sacchromyces cerevisiae cells.Biosci Biotechnol
Biochem. 2005, 69:2343-2348.
6) Farcasanu IC, Gruia MI, Paraschivescu C, Baciu I, and Oprea E: Ethanol Extracts
of Lonicera caerulea and Sambucus nigra Berries Exhibit Antifungal Properties
upon Heat-Stressed Saccharomyces cerevisiae Cells. Revista de Chimie, 2006;
57:79-82. 7) Stan D, Mihailescu C, Paraschivescu C, Oprea E, Farcasanu IC: Electroforeza
proteinelor, o importantă metodă în diagnosticul de laborator clinic. Rev Chim 2006;
57:308-311. 8) Farcasanu IC, Paraschivescu C, Ruta L, Oprea E, Avramescu S: Characterization of
Sacchromyces cerevisiae Mutants Resistant to High Concentrations of Co2+: A
Primary Step to Bioremediation by Removal and Recovery of Co2+ from Contaminated Waters, Rev Chim 2008; 59: 1041-1044.
9) Farcasanu IC, Paraschivescu C, Ruta L, Oprea E, Avramescu S: Manipulation of
Ni2+ tolerance of Saccharomyces cerevisiae cells: a primary step to bioremediation by removal and recovery of Ni2+ from contaminated waters, Rev Roum Chim 2008;
53: 647-651. 10) Oprea E, Radulescu V, Balotescu C, Lazar V, Bucur M, Mladin P, Farcasanu IC.
Chemical and biological studies of Ribes nigrum L. buds essential oil. Biofactors.
2008, 34:3-12.
11) Gruia MI, Oprea E, Gruia I, Negoita V, Farcasanu IC. The antioxidant response
induced by Lonicera caerulaea berry extracts in animals bearing experimental solid
tumors. Molecules. 2008;13:1195-1206. 12) Ruta L, Paraschivescu C, Matache M, Avramescu S, Farcasanu IC. Removing
heavy metals from synthetic effluents using "kamikaze" Saccharomyces cerevisiae
cells. Appl Microbiol Biotechnol. 2010; 85:763-771. 13) Popa CV, Dumitru I, Ruta LL, Danet AF, Farcasanu IC. Exogenous oxidative
stress induces Ca2+ release in the yeast Saccharomyces cerevisiae. FEBS J. 2010;
277:4027-4038. 14) Ofiteru AM, Ruta LL, Rotaru C, Dumitru I, Ene CD, Neagoe A, Farcasanu IC.
Overexpression of the PHO84 gene causes heavy metal accumulation and induces
Ire1p-dependent unfolded protein response in Saccharomyces cerevisiae cells. Appl Microbiol Biotechnol. 2012; 94:425-435.
15) Dumitru I, Ene CD, Ofiteru AM, Paraschivescu C, Madalan AM, Baciu I, Farcasanu
IC. Identification of [CuCl(acac)(tmed)], a copper(II) complex with mixed ligands, as a modulator of Cu,Zn superoxide dismutase (Sod1p) activity in yeast. J Biol Inorg
Chem. 2012;17:961-974.
16) Mitrica R, Dumitru I, Ruta LL, Ofiteru AM, Farcasanu IC. The dual action of
epigallocatechin gallate (EGCG), the main constituent of green tea, against the
deleterious effects of visible light and singlet oxygen-generating conditions as seen
in yeast cells. Molecules. 2012;17:10355-10369.
10+5x1,1829+60
10+5x0.3827+6
10+5x0,9224 +12
10+5x0.3827 +12
10+5x0.3827 +6
10+5x0,0347+3
10+5x0,0347
10+5x0,0347+1
10+5x0,0649
10+5x0,8025+4
10+5x0,5183+13
10+5x0,9108+14
10+5x1,1829+7
10+5x0,9108
10+5x1,0286
10+5x0,5183+2
75,9145
17.9135
26,612
23,9135
17,9135
13,1735
10,1735
11,1735
10,3245
18,0125
25,5915
28,554
22,9145
14,554
15,143
14,5915
Dosar Abilitare Candidat: Fărcășanu Ileana Cornelia COMISIA BIOLOGIE ȘI BIOCHIMIE
3
Total: 346,473
2. Articole în reviste ISI, ca și contributor Formula (2)
1) Kimata Y, Kimata YI, Shimizu Y, Abe H, Farcasanu IC, Takeuchi M, Rose MD,
Kohno K. Genetic evidence for a role of BiP/Kar2 that regulates Ire1 in response to
accumulation of unfolded proteins. Mol Biol Cell. 2003;14:2559-2269 2) Matache M, DobrotaC, Bogdan N, Dumitru I, Ruta L, Paraschivescu C, Farcasanu
IC, Baciu I, Funeriu DP Synthesis of fused dihydro-pyrimido[4,3-d]coumarins
using Biginelli multicomponent reaction as key step. Tetrahedron 2009; 65: 5949-5957.
3) Manolescu BN, Oprea E, Farcasanu IC, Berteanu M, Cercasov C. Homocysteine
and vitamin therapy in stroke prevention and treatment: a review. Acta Biochim Pol. 2010;57:467-477.
4) Manolescu BN, Berteanu M, Dumitru L, Dinu H, Iliescu A, Fărcășanu IC, Oprea E,
Vlădoiu S, Popa O, Ianăș O.Dynamics of inflammatory markers in post-acute stroke patients undergoing rehabilitation. Inflammation. 2011; 34:551-558.
5) Almajan GL, Barbuceanu SF, Farcasanu I, Draghici C. Synthesis and
Characterization of New 2, 5-disubstituted-1, 3, 4-oxadiazoles as Possible Biological Active Compounds. Rev Chim 2011; 62:386-390
6) Popa CV, Farcasanu IC, Jipa S, Zaharescu T, Danet AF, Chemiluminescence
Determination of the Total Antioxidant Capacity of Rosemary Extract . Rev Chim 2012; 62:715-719.
7) Paraschivescu CC, Matache M, Dobrota C, Nicolescu A, Maxim C, Deleanu C,
Farcasanu IC, Hadade ND. Unexpected Formation of N-(1-(2-Aryl-hydrazono)isoindolin-2-yl)benzamides and Their Conversion into 1,2-(Bis-1,3,4-
oxadiazol-2-yl)benzenes. J Org Chem. 2013 Feb 21. [Epub ahead of print]
0,7x(10+5x2,7215
+108)
0,7x(10+5x0,7273 +4)
0,7x(10+5x0,4208+22)
0,7x(10+5x0,5598+3)
0,7x(10+5x0,0347)
0,7x(10+5x0,0347+1)
0,7x(10+5x1,0569)
92,12525
12,34555
23,8728
11,0593
7,12145
7,82145
10,69915
Total: 165.045
3. Articole în reviste BDI ca autor principal
1) Farcasanu IC, Nishiyama F, and Miyakawa T: Particle-induced X-ray emission
(PIXE): a tool for multielement analysis in the yeast cells. Analele Universităţii din
Bucureşti, Seria de Chimie, XIII, 39-43 (2004).
2) Farcasanu IC, Nishiyama F, and Miyakawa T: Particle-induced X-ray emission
(PIXE): a practical approach to determine the manganese accumulation by yeast mitochondria. Analele Universităţii din Bucureşti, Seria de Chimie, XIV, 39-43
(2005).
3) Farcasanu IC, Oprea E: Ethanol Extracts of Salvia officinalis exhibit antifungal properties against Saccharomyces cerevisiae cells. Analele Universităţii din
Bucureşti, Seria de Chimie, XV (2006)
1x5
1x5
1x5
Total: 15
4. Articole în alte reviste ca autor principal 1) Farcasanu R, Vasile I, Farcasanu IC, Removal of petroleum hydrocarbons and
derivatives from soil. Rev. Danube Env. Ed. Centre, III, 7-9 (2005). 2) Gruia MI, Farcasanu IC, Producerea speciilor reactive ale oxigenului şi rolul
antioxidanţilor în bolile degenerative. Revista Română de Oncologie, Vol. 42 (3)
(2005).
1
1
Total: 2
5. Cărți în editurile universităților din Consorțiu 1) Farcasanu IC, Cretu I, Organic Chemistry. Chemistry of compounds with mixed
functional groups. Editura Universităţii din Bucureşti (2004), ISBN 973-575-966-7
2) Cretu I, Farcasanu IC, Compounds with mixed functional groups: problems and exercises. Editura Universităţii din Bucureşti (2005), ISBN 973-575-986-1.
3) Farcasanu IC, Gruia MI, Biochimie medicală, Editura Universităţii din Bucureşti
(2005), ISBN 973-737-023-6. 4) Farcasanu IC, Gruia MI, Brasoveanu LI, Biochimie medicală, Lucrări de laborator,
Editura Universităţii din Bucureşti (2005), ISBN 973-737-034-1
5) Manolescu BN, Farcasanu IC, Teste comentate de biochimie, Editura Universităţii din Bucureşti (2011), ISBN 978-973-737-915-3
6) Neagoe A, Iordache V, Farcasanu IC, Remedierea zonelor poluate, , Editura
Universităţii din Bucureşti (2011), ISBN 978-973-737-907-8
50:2
50:2
50:2
50:3
50:2
50:3
25
25
25
16,33
25
16.33
Total: 132,66
6. Capitole în cărți/volume în edituri internaționale 1) Farcasanu IC, Matache M, Neagoe A, Iordache V. Hyperaccumulation: a key to
heavy metal bioremediation. In: Bio-Geo-Interactions in Contaminated Soils (Editors: Erika Kothe, Ajit Varma), Springer Publishing, Berlin, Soil Biol 31, 251-
20:3
6,67
Dosar Abilitare Candidat: Fărcășanu Ileana Cornelia COMISIA BIOLOGIE ȘI BIOCHIMIE
4
278, (2012). DOI: 10.1007/978-3-642-23327-2_13.
2) Farcasanu IC, Matache M. Sacchromyces cerevisiae’s three B-s: Bakery,
Brewery, Bioremediation. In: Bioremediation: Biotechnology, Engineering and
Environmental Management (Editor Alexander C. Mason), Nova Publishiers,
ISBN: 978-1-61122-730-7, (2012).
3) Neagoe A, Iordache V, Farcasanu IC. The Role of Organic Matter in the Mobility
of Metals in Contaminated Catchments. In: Bio-Geo-Interactions in Contaminated
Soils (Editors: Erika Kothe, Ajit Varma), Springer Publishing, Berlin, Soil Biol 31,
297-325, (2012). DOI: 10.1007/978-3-642-23327-2_15.
20:3
20:3
6,66
6,66
Total: 20
Total: 681,178
Tabel 2.
Parametru Punctaj minim abilitare Punctaj candidat
1-2 (Recunoaștere internațională) 150 511,518
1-6 (Performanță totală) 320 681,178
C2. Contribuția la dezvoltarea cunoașterii în domeniu
Articole reprezentative pentru activitatea de cercetător independent (articolele
reprezentative sunt atașate in extenso)
Articole
1. Mitrica R, Dumitru I, Ruta LL, Ofiteru AM, Farcasanu IC, The dual actionction of
epigallocatechin gallate (EGCG), the main constituent of green tea, against the
deleterious effects of visible light and singlet oxygen-generating conditions as seen in
yeast cells. Molecules, 17, 10355-10369 (2012).
2. Dumitru I, Ene CD, Ofiteru AM, Paraschivescu C, Madalan AM, Baciu I, Farcasanu
IC, Identification of [CuCl(acac)(tmed)], a copper(II) complex with mixed ligands, as
a modulator of Cu,Zn superoxide dismutase (Sod1p) activity in yeast. J Biol Inorg
Chem, 17, 961-974 (2012).
3. Ofiteru AM, Ruta LL, Rotaru C, Dumitru I, Ene CD, Neagoe A, Farcasanu IC,
Overexpression of the PHO84 gene causes heavy metal accumulation and induces
Ire1p-dependent unfolded protein response in Saccharomyces cerevisiae cells. Appl
Microbiol Biotechnol, 94, 425-455 (2011).
4. Manolescu BN, Berteanu M, Dumitru L, Dinu H, Iliescu A, Farcasanu IC, Oprea E,
Vlădoiu S, Popa O, Ianaș O, Dynamics of inflammatory markers in post-acute stroke
patients undergoing rehabilitation. Inflammation, 34, 551-558 (2011).
5. Popa CV, Dumitru I, Ruta LL, Danet AF, Farcasanu IC, Exogenous oxidative stress
induces Ca release in the yeast Saccharomyces cerevisiae. FEBS J, 277, 4027-4038
(2010).
6. Ruta L, Paraschivescu C, Matache M, Avramescu S, Farcasanu IC, Removing heavy
metals from synthetic effluents using "kamikaze" Saccharomyces cerevisiae cells.
Appl Microbiol Biotechnol, 85, 763-761 (2010).
Dosar Abilitare Candidat: Fărcășanu Ileana Cornelia COMISIA BIOLOGIE ȘI BIOCHIMIE
5
7. Manolescu BN, Oprea E, Farcasanu IC, Berteanu M, Cercasov C, Homocysteine and
vitamin therapy in stroke prevention and treatment: a review. Acta Biochim Pol, 57,
467-477 (2010).
8. Matache M, DobrotaC, Bogdan N, Dumitru I, Ruta L, Paraschivescu C, Farcasanu
IC, Baciu I, Funeriu DP, Synthesis of fused dihydro-pyrimido[4,3-d]coumarins using
Biginelli multicomponent reaction as key step. Tetrahedron, 65, 5949-5957 (2009).
9. Oprea E, Radulescu V, Balotescu C, Lazar V, Bucur M, Mladin P, Farcasanu IC,
Chemical and biological studies of Ribes nigrum L. buds essential oil. Biofactors, 34,
3-12 (2008).
10. Gruia MI, Oprea E, Gruia I, Negoita V, and Farcasanu IC, The Antioxidant Response
Induced by Lonicera caerulaea Berry Extracts in Animals Bearing Experimental Solid
Tumors. Molecules, 13, 1195-1206 (2008).
11. Farcasanu IC, Paraschivescu C, Ruta L, Oprea E, Avramescu S, Manipulation of Ni2+
tolerance of Sacchromyces cerevisiae cells: a primary step to bioremediation by
removal and recovery of Ni2+
from contaminated waters. Rev Roum Chim, 53, 647–
651 (2008).
12. Farcasanu IC, Oprea E, Paraschivescu C, Ruta L, Avramescu A, Characterization of
Sacchromyces cerevisiae mutants resistant to high concentrations of Co2+
: a primary
step to bioremediation by removal and recovery of Co2+
from contaminated waters.
Rev Chim, 59, 1041-1045 (2008).
13. Farcasanu IC, Gruia MI, Paraschivescu C, Baciu I, and Oprea E, Ethanol extracts of
Lonicera caerulea and Sambucus nigra berries exhibit antifungal properties upon
heat-stressed Saccharomyces cerevisiae cells. Rev Chim, 57, 79-82 (2006).
14. Farcasanu IC, Mizunuma M, Nishiyama F, and Miyakawa T, Role of L-histidine in
conferring tolerance to Ni2+
in Sacchromyces cerevisiae cells. Biosci Biotechnol
Biochem, 69, 2343-2348 (2005).
Invited Reviews
1. Farcasanu IC, Matache M, Neagoe A, Iordache V. Hyperaccumulation: a key to heavy
metal bioremediation. In: Bio-Geo-Interactions in Contaminated Soils (Editors: Erika
Kothe, Ajit Varma), Springer Publishing, Berlin, Soil Biol 31, 251-278, (2012). DOI:
10.1007/978-3-642-23327-2_13.
2. Neagoe A, Iordache V, Farcasanu IC. The Role of Organic Matter in the Mobility of
Metals in Contaminated Catchments. In: Bio-Geo-Interactions in Contaminated Soils
(Editors: Erika Kothe, Ajit Varma), Springer Publishing, Berlin, Soil Biol 31, 297-325,
(2012). DOI: 10.1007/978-3-642-23327-2_15.
3. Farcasanu IC, Matache M. Sacchromyces cerevisiae’s three B-s: Bakery, Brewery,
Bioremediation. In: Bioremediation: Biotechnology, Engineering and Environmental Management (Editor Alexander C. Mason), Nova Publishiers, ISBN: 978-1-61122-730-
7, (2012).
C3. Evaluarea acivității didactice
Fiind angajată la Universitatea din București, Facultatea de Chimie din 1991, de-a lungul
timpului am avut o activitate didactică susținută, alcătuită în pribncupal din activitate de
predare (11 cursuri diferite din 2005), lucrări de laborator didactic, îndrumarea activității de
cercetare a studenților
Dosar Abilitare Candidat: Fărcășanu Ileana Cornelia COMISIA BIOLOGIE ȘI BIOCHIMIE
6
C3.1. Activitatea de predare. Lista cursurilor predate în perioada 2005-20013 este
prezentată mai jos.
1) „Chimia compuşilor organici cu funcţiuni mixte”, Curs Licenţă seriile pre-Bologna, secţia
Chimie – Engleză: 2005-2006, 2006-2007
2) „Compuşi bioorganici şi coloranţi”, Curs Licenţă seriile Bologna, secţia Chimie: 2009-2010
3) „Biochimie generală”, Curs Licenţă seriile pre-Bologna şi Bologna, Secţia Biochimie
Tehnologică: 2005-2006; 2006-2007; 2007-2008; 2008-2009; 2009-2010, 2010-2011, 2011-
2012, 2012-2013.
4) „Biochimie şi biologie moleculară”, Curs Licenţă seriile Bologna, Secţia Biochimie
Tehnologică: 2008-2009; 2009-2010, 2010-2011.
5) „Biologie celulară”, Curs Licenţă seriile Bologna, Secţia Biochimie Tehnologică: 2011-2012;
2012-2013.
6) „Proteine și acizi nucleici”, Curs opțional Licenţă seriile Bologna, Secţia Biochimie
Tehnologică: 2011-2012; 2012-2013.
7) „Introducere în Biochimie”, Curs facultativ Licenţă, secţiile Chimie şi Chimia mediului: 2007-
2008; 2008-2009, 2009-2010.
8) „Biochimie medicală”, Curs Master I seriile pre-Bologna, specializarea Chimie terapeutică:
2005-2006, 2006-2007; 2007-2008.
9) „Biocatalizatori în sinteza unor substanţe bioactive”, Curs Master I, seriile pre-Bologna,
specializarea Enzimologie aplicată: 2007-2008.
10) „Enzime imobilizate” Curs Master I, seriile pre-Bologna, specializarea Enzimologie aplicată:
2007-2008.
11) „Noţiuni aprofundate în Biochimie”, Curs Master I, seriile Bologna, specializarea
Biomolecule: 2008-2009.
C.3.2. Coordonare lucrări practice de laborator (cu scop didactic)
1) „Biologie celulară”, Lucrări practice Licenţă seriile Bologna, Secţia Biochimie Tehnologică:
2011-2012; 2012-2013.
2) „Proteine și acizi nucleici”, Lucrări practice Licenţă seriile Bologna, Secţia Biochimie
Tehnologică: 2011-2012; 2012-2013.
3) „Biochimie medicală”, Lucrări practice Master I seriile pre-Bologna, specializarea Chimie
terapeutică: 2005-2006, 2006-2007.
4) „Enzime imobilizate” Lucrări practice I, seriile pre-Bologna, specializarea Enzimologie
aplicată: 2007-2008.
C.3.3. Coordonare de lucrări de licență și masterat
În perioada 2007-2012 am coordonat actrivitatea a 49 studenți în activitatea de elaborare a
tezelor de licență (24) și master (25). Toți studenții din lista de mai jos au promovat.
Tabel 1. Lista studenţilor îndrumaţi de conf. dr. IC Fărcăşanu în activitatea de efectuare şi elaborare a lucrărilor
de licenţă şi de dizertaţie în perioada 2005-2012, în cadrul Faculății de Chimie, Universitatea din București
Nr. crt. Nume şi Prenume Nivel de studii Secţie Promoţie
1. Soare Cornelia Licenţă Chimie 2007
2. Stoica Petruţa Licenţă BTH 2007
3. Roşca Oana Licenţă BTH 2007
4. Cachiţ Angelica Licenţă BTH 2007
5. Flăutaru Ramona Master Chimie Terapeutică 2007
6. Soare Gica Master Chimie Terapeutică 2007
7. Orăşteanu Alina Master Chimie Terapeutică 2007
8. Comănescu Constantina Licenţă BTH 2008
9. Ochea Ana Licenţă BTH 2008
10. Rădulescu Cristina Licenţă BTH 2008
11. Calu Larisa Licenţă BTH 2008
Dosar Abilitare Candidat: Fărcășanu Ileana Cornelia COMISIA BIOLOGIE ȘI BIOCHIMIE
7
12. Zamfir Lucian Licenţă BTH 2008
13. Popa Cristina Licenţă BTH 2008
14. Zabara Alexandru Licenţă BTH 2008
15. Popa Cristina Licenţă BTH 2008
16. Chiriţoiu Marioara Licenţă BTH 2008
17. Chiriţoiu Gabriela Licenţă BTH 2008
18. Enciu Simona Master Chimie Terapeutică 2008
19. Gheorghe Roxana Master Chimie Terapeutică 2008
20. Isac Simona Master Chimie Terapeutică 2008
21. Morcov Silvia Master Chimie Terapeutică 2008
22. Panait Elena Master Chimie Terapeutică 2008
23. Crasanda AnaMaria Licenţă BTH 2009
24. Neaţă Dana Licenţă BTH 2009
25. Rotaru Codruţa Licenţă BTH 2009
26. Stănescu Andrada Licenţă BTH 2009
27. Strîmbeanu Andreea Licenţă BTH 2009
28. Tudor Andreea Licenţă BTH 2009
29. Ureche Cristina Licenţă BTH 2009
30. Stoica Petruţa Master Chimie Terapeutică 2009
31. Bărbulescu Camelia Master Enzimologie Aplicată 2009
32. Cachiţ Angelica Master Enzimologie Aplicată 2009
33. Logofătu Liliana Master Enzimologie Aplicată 2009
34. Roşca Oana Master Enzimologie Aplicată 2009
35 Vasile Alina Licenţă BTH 2010
36 Remeș Anca Licenţă BTH 2010
37 Lupșeneanu Alexandra Master Biomolecule 2010
38 Vasile Otilia Master Biomolecule 2010
39 Torcatoru Andrei Master Biomolecule 2010
40 Grigore Claudia Master Chimie Terapeutică 2010
41 Stoica Cătălina Master Chimie Terapeutică 2010
42 Craiu Camelia Master Chimie Terapeutică 2011
43 Ionițescu Aurora Master Chimie Terapeutică 2011
44 Ochea Ana Master Chimie Terapeutică 2011
45 Tudor Andreea Master Chimia Medicamentelor și
Produselor cosmetice
2011
46 Rotaru Codruța Master Chimia Mediului 2011
47 Marin Valentina Licenţă BTH 2012
48 Savin Simona Master Chimia Medicamentelor și Produselor cosmetice
2012
49 Tatia Rodica Master Chimia Medicamentelor și
Produselor cosmetice
2012
C.3.4. Elaborare de suporrturi de curs
1) Farcasanu IC, Cretu I, Organic Chemistry. Chemistry of compounds with mixed functional
groups. Editura Universităţii din Bucureşti (2004), ISBN 973-575-966-7
2) Cretu I, Farcasanu IC, Compounds with mixed functional groups: problems and exercises.
Editura Universităţii din Bucureşti (2005), ISBN 973-575-986-1.
3) Farcasanu IC, Gruia MI, Biochimie medicală, Editura Universităţii din Bucureşti (2005),
ISBN 973-737-023-6.
4) Farcasanu IC, Gruia MI, Brasoveanu LI, Biochimie medicală, Lucrări de laborator, Editura
Universităţii din Bucureşti (2005), ISBN 973-737-034-1
C.3.5. Membru în comisii de doctorat
- 7 comisii la Universitatea din București
- 1 comisie la Universitatea Politehnică din București
- 2 comisii la Universitatea A.I. Cuza din Iași
- 2 comisii la Universitatea Babeș-Bolyai din Cluj
- 2 comisii internaționale (India și Pakistan)
Dosar Abilitare Candidat: Fărcășanu Ileana Cornelia COMISIA BIOLOGIE ȘI BIOCHIMIE
8
C.3.6. Varia
- Evaluator FP7 la programele People-Marie Curie (Mobilități, IEF, IIIF, IOF) 2007-2012
- Evaluator FP7 la programele People-Marie Curie (Reintegrare, IRG, ERG) 2009-2010
- Referent pentru reviste de specialitate: PlosOne, Current Microbiology, Applied
Microbiology and Biotechnology, Applied Energy, Molecules, Pakistan Journal of
Pharmaceutical Sciences, Revue Roumaine de Chimie, etc.
Ileana Cornelia Fărcășanu Dosar Abilitare Comisia BIOCHIMIE ȘI BIOLOGIE
1
Lista de lucrări
a) Lista lucrărilor relevante pentru realizările profesionale ulterioare
obținerii titlului de doctor
1. Mitrica R, Dumitru I, Ruta LL, Ofiteru AM, Farcasanu IC. The dual actionction of
epigallocatechin gallate (EGCG), the main constituent of green tea, against the
deleterious effects of visible light and singlet oxygen-generating conditions as seen in
yeast cells. Molecules, 17, 10355-10369 (2012).
2. Dumitru I, Ene CD, Ofiteru AM, Paraschivescu C, Madalan AM, Baciu I, Farcasanu
IC. Identification of [CuCl(acac)(tmed)], a copper(II) complex with mixed ligands, as
a modulator of Cu,Zn superoxide dismutase (Sod1p) activity in yeast. J Biol Inorg
Chem, 17, 961-974 (2012).
3. Ofiteru AM, Ruta LL, Rotaru C, Dumitru I, Ene CD, Neagoe A, Farcasanu IC.
Overexpression of the PHO84 gene causes heavy metal accumulation and induces
Ire1p-dependent unfolded protein response in Saccharomyces cerevisiae cells. Appl
Microbiol Biotechnol, 94, 425-455 (2012).
4. Popa CV, Dumitru I, Ruta LL, Danet AF, Farcasanu IC. Exogenous oxidative stress
induces Ca2+
release in the yeast Saccharomyces cerevisiae. FEBS J, 277, 4027-4038
(2010).
5. Ruta L, Paraschivescu C, Matache M, Avramescu S, Farcasanu IC. Removing heavy
metals from synthetic effluents using "kamikaze" Saccharomyces cerevisiae cells.
Appl Microbiol Biotechnol, 85, 763-761 (2010).
6. Oprea E, Radulescu V, Balotescu C, Lazar V, Bucur M, Mladin P, Farcasanu IC.
Chemical and biological studies of Ribes nigrum L. buds essential oil. Biofactors, 34,
3-12 (2008).
7. Gruia MI, Oprea E, Gruia I, Negoita V, Farcasanu IC. The Antioxidant Response
Induced by Lonicera caerulaea Berry Extracts in Animals Bearing Experimental Solid
Tumors. Molecules, 13, 1195-1206 (2008).
8. Farcasanu IC, Paraschivescu C, Ruta L, Oprea E, Avramescu S. Manipulation of Ni2+
tolerance of Sacchromyces cerevisiae cells: a primary step to bioremediation by
removal and recovery of Ni2+
from contaminated waters. Rev Roum Chim, 53, 647–
651 (2008).
9. Farcasanu IC, Oprea E, Paraschivescu C, Ruta L, Avramescu S. Characterization of
Sacchromyces cerevisiae mutants resistant to high concentrations of Co2+
: a primary
step to bioremediation by removal and recovery of Co2+
from contaminated waters.
Rev Chim, 59, 1041-1045 (2008).
Ileana Cornelia Fărcășanu Dosar Abilitare Comisia BIOCHIMIE ȘI BIOLOGIE
2
10. Farcasanu IC, Gruia MI, Paraschivescu C, Baciu I, and Oprea E. Ethanol extracts of
Lonicera caerulea and Sambucus nigra berries exhibit antifungal properties upon
heat-stressed Saccharomyces cerevisiae cells. Rev Chim, 57, 79-82 (2006).
11. Farcasanu IC, Mizunuma M, Nishiyama F, and Miyakawa T. Role of L-histidine in
conferring tolerance to Ni2+
in Sacchromyces cerevisiae cells. Biosci Biotechnol
Biochem, 69, 2343-2348 (2005).
b) Teza de doctorat
“Studies on the regulatory mechanisms of cellular homeostasis of the essential trace element
manganese in yeast”. Hiroshima University, Japan (1999).
c) Cărți
1. Farcasanu IC, Cretu I. Organic Chemistry. Chemistry of compounds with mixed
functional groups. Editura Universităţii din Bucureşti (2004), ISBN 973-575-966-7
2. Cretu I, Farcasanu IC. Compounds with mixed functional groups: problems and
exercises. Editura Universităţii din Bucureşti (2005), ISBN 973-575-986-1.
3. Farcasanu IC, Gruia MI. Biochimie medicală, Editura Universităţii din Bucureşti
(2005), ISBN 973-737-023-6.
4. Farcasanu IC, Gruia MI, Brasoveanu LI. Biochimie medicală, Lucrări de laborator,
Editura Universităţii din Bucureşti (2005), ISBN 973-737-034-1
5. Manolescu BN, Farcasanu IC. Teste comentate de biochimie, Editura Universităţii
din Bucureşti (2011), ISBN 978-973-737-915-3
6. Neagoe A, Iordache V, Farcasanu IC. Remedierea zonelor poluate, , Editura
Universităţii din Bucureşti (2011), ISBN 978-973-737-907-8
d) Articole de tip review
1. Farcasanu IC, Matache M, Neagoe A, Iordache V. Hyperaccumulation: a key to
heavy metal bioremediation. In: Bio-Geo-Interactions in Contaminated Soils (Editors:
Erika Kothe, Ajit Varma), Springer Publishing, Berlin, Soil Biol 31, 251-278, (2012).
2. Neagoe A, Iordache V, Farcasanu IC. The Role of Organic Matter in the Mobility of
Metals in Contaminated Catchments. In: Bio-Geo-Interactions in Contaminated Soils
(Editors: Erika Kothe, Ajit Varma), Springer Publishing, Berlin, Soil Biol 31, 297-
325, (2012).
Ileana Cornelia Fărcășanu Dosar Abilitare Comisia BIOCHIMIE ȘI BIOLOGIE
3
3. Farcasanu IC, Matache M. Sacchromyces cerevisiae’s three B-s: Bakery, Brewery,
Bioremediation. In: Bioremediation: Biotechnology, Engineering and Environmental
Management (Editor Alexander C. Mason), Nova Publishiers, ISBN: 978-1-61122-
730-7, (2012).
e) Alte lucrări
1. Farcasanu IC, Hirata D, Tsuchiya E, Nishiyama F, Miyakawa T. Protein phosphatase
2B of Saccharomyces cerevisiae is required for tolerance to manganese, in blocking
the entry of ions into the cells. Eur J Biochem, 232, 712-717 (1995). Actual FEBS J
2. Farcasanu IC, Ohta N, Miyakawa T. The fate of Mn2+
ions inside Saccharomyces
cerevisiae cells seen by electron paramagnetic resonance. Biosci Biotechnol Biochem,
60, 468-471 (1996).
3. Farcasanu IC, Mizunuma M, Hirata D, Miyakawa T. Involvement of histidine
permease (Hip1p) in manganese transport in Saccharomyces cerevisiae. Mol Gen
Genet. 259, 541-548 (1998). Actual MOL GENET GENOMICS
4. Farcasanu IC, Hirata D, Tsuchiya E, Mizuta K, Miyakawa T. Involvement of
thioredoxin peroxidase type II (Ahp1p) of Saccharomyces cerevisiae in Mn2+
homeostasis. Biosci Biotechnol Biochem, 63, 1871-1881 (1999).
5. Kimata Y, Kimata YI, Shimizu Y, Abe H, Farcasanu IC, Takeuchi M, Rose MD,
Kohno K. Genetic evidence for a role of BiP/Kar2 that regulates Ire1 in response to
accumulation of unfolded proteins. Mol Biol Cell, 14, 2559-2269 (2003).
6. Farcasanu IC, Nishiyama F, and Miyakawa T: Particle-induced X-ray emission
(PIXE): a tool for multielement analysis in the yeast cells. Analele Universităţii din
Bucureşti, Seria de Chimie, XIII, 39-43 (2004).
7. Farcasanu IC, Nishiyama F, and Miyakawa T: Particle-induced X-ray emission
(PIXE): a practical approach to determine the manganese accumulation by yeast
mitochondria. Analele Universităţii din Bucureşti, Seria de Chimie, XIV, 39-43
(2005).
8. Farcasanu IC, Oprea E: Ethanol Extracts of Salvia officinalis exhibit antifungal
properties against Saccharomyces cerevisiae cells. Analele Universităţii din Bucureşti,
Seria de Chimie, XV (2006).
9. Matache M, DobrotaC, Bogdan N, Dumitru I, Ruta L, Paraschivescu C, Farcasanu
IC, Baciu I, Funeriu DP Synthesis of fused dihydro-pyrimido[4,3-d]coumarins using
Biginelli multicomponent reaction as key step. Tetrahedron, 65, 5949-5957 (2009)..
10. Manolescu BN, Oprea E, Farcasanu IC, Berteanu M, Cercasov C. Homocysteine and
vitamin therapy in stroke prevention and treatment: a review. Acta Biochim Pol, 57,
467-477 (2010).
11. Manolescu BN, Berteanu M, Dumitru L, Dinu H, Iliescu A, Fărcășanu IC, Oprea E,
Vlădoiu S, Popa O, Ianăș O.Dynamics of inflammatory markers in post-acute stroke
patients undergoing rehabilitation. Inflammation. 34, 551-558 (2011).
Ileana Cornelia Fărcășanu Dosar Abilitare Comisia BIOCHIMIE ȘI BIOLOGIE
4
12. Almajan GL, Barbuceanu SF, Farcasanu I, Draghici C. Synthesis and
Characterization of New 2, 5-disubstituted-1, 3, 4-oxadiazoles as Possible Biological
Active Compounds. Rev Chim, 62, 386-390 (2011).
13. Popa CV, Farcasanu IC, Jipa S, Zaharescu T, Danet AF, Chemiluminescence
Determination of the Total Antioxidant Capacity of Rosemary Extract . Rev Chim, 62,
715-719 (2012).
14. Paraschivescu CC, Matache M, Dobrota C, Nicolescu A, Maxim C, Deleanu C,
Farcasanu IC, Hadade ND. Unexpected Formation of N-(1-(2-Aryl-
hydrazono)isoindolin-2-yl)benzamides and Their Conversion into 1,2-(Bis-1,3,4-
oxadiazol-2-yl)benzenes. J Org Chem, 2013 Feb 21. [Epub ahead of print].
Ileana Cornelia Fărcășanu – Habilitation Thesis - Abstract
1
Engineering Yeast Cells:
From Bioremediation to Chemogenomics
ABSTRACT
Saccharomyces cerevisiae is a spectacular microorganism. It is one of the nature’s
wonders which undoubtedly reached perfection. It is so friendly and easily adaptable, it has
such elegant genetic manipulability and it shares so many fundamental characteristics with the
higher organisms that is has been adopted with enthusiasm by researchers from all over the
scientific world. It has so many qualities that it is no wonder that this humble but cheerful
organism was chosen to have the first genome to be ever sequenced. With more than 6,000
genes divided between 16 chromosomes, yeast has been one of the favorite model organisms
used to elucidate numerous fundamental biologic processes at molecular level. Since genome
sequencing completion in 1996, things went so fast that the scientific community now
benefits from the existence of exhaustive databases such as SGD (Saccharomyces cerevisiae
Genome Database) and from a wide variety of physical collections of strains and plasmids.
Due to various joined projects researchers have full access to whole sets of deletion mutants
(both haploid and diploid, both homozygous and heterozygous), GFP-fused gene collections
for protein visualization, TAP-fused gene collections for targeted protein purification, to say
nothing of the yeast-related systems used to identify virtually any protein-protein interactions
in the yeast two-hybrid system, or of the possibility to screen entire libraries of small
molecules against heterologous proteins conveniently expressed at the surface of yeast cell.
And the list goes on…
Being a PhD student in a top yeast laboratory (Professor Tokichi Miyakawa’s group at
Hiroshima University in Japan) I had the opportunity to witness the progression of research
right in the middle of the genomic period, time when the discovery of each individual gene
sequence and function was acquainted with great enthusiasm. During that “romantic” period
(1994-1999) I was specialized in yeast molecular biology and biotechnology, with a special
focus on elucidating the molecular mechanisms involved in heavy metal homeostasis using
yeast as a model organism.
Following my PhD studies, I had two post-doctoral positions (1999-2001, Nara
Institute of Science and Technology, NAIST, Japan, and 2002-2003, University of Glasgow,
IBLS, UK) each with a significant contribution to acquiring new expertise and complementary
experimental skills.
After a period dedicated solely to teaching (2003-2007), I finally had the opportunity
to start independent research. This was in full post genomic era, when many genomes
(including human) had already been sequenced. Working in a scientific environment
dedicated entirely to chemistry (University of Bucharest, Faculty of Chemistry), but being
constantly fascinated by the versatility of yeast, I have been constantly attempting to
introduce the Saccharomyces cerevisiae as an invaluable tool in chemistry research. Owing to
my first research grant gained as a principal investigator in 2007, I managed to equip
Ileana Cornelia Fărcășanu – Habilitation Thesis - Abstract
2
laboratories and therefore I could initiate a research group dedicated to yeast-related studies.
A small independent interdisciplinary group could be henceforth initiated, consisting of young
scientists (mainly PhD and master students in chemistry) whom I constantly trained to gain
complementary skills in biochemistry and molecular biology techniques. Since May 2010, I
joined a consortium involved in the European Structural Funding Postdoctoral Program FSE
POSDRU/89/1.5/S/60746 entitled “Cellular and Molecular Biotechnologies for Medical
Applications”. In this program, I directly coordinated two sub-projects entitled “The cellular
response to abiotic-like stress in S. cerevisiae“ and “Directional synthesis and screening of
stresso-protective compounds“ supervising the activity of two post-doctoral fellows (one
chemist and one biochemist) who joined the group in July 2010. Although my group is only
recently established, it is very dynamic and multidisciplinary, and eager to fully cooperate in
future projects. Under such circumstances, obtaining the Habilitation seems like the next
natural step in my scientific career.
My early and current independent works, as well as the future projects, are
summarized below.
Current research
1. Engineering yeast cells for heavy metal bioremediation
For bioremediation purposes, one of the key factors is obtaining organisms which can
accumulate the pollutant, thus separating it from the environment. Heavy metal
hyperaccumulation by yeast cells, a phenotype rather restricted to plants, was the ultimate
goal of our research, pursued through the following approaches:
1.1. Manipulation of heavy metal tolerance of yeast cells as a primary step in
bioremediation through growing cells. In this direction, the main focus was to obtain
metal hyperaccumulating cells by genetic manipulation of Saccharomyces cerevisiae,
a potentially eco-friendly microorganism, but with low accumulation abilities. We
ended up by using kamikaze cells (hyperaccumulating cells which die in the
accumulation process); a concept which was primarily used by our group (Ruta et al.,
2010).
1.2. Overexpression of genes encoding transmembrane proteins involved in the co-
transport of ligands and heavy metals. By overexpressing PHO84 (the gene which
encodes the protein which transports inorganic phosphate across the plasma
membrane) under certain genetic background we obtained truly hyperaccumulating
cells that took up metals at concentrations at least 1000 times higher than the
concentration in the environment. (Ofiteru et al. 2012).
Ileana Cornelia Fărcășanu – Habilitation Thesis - Abstract
3
2. Getting new insights into the molecular mechanisms involved in cell
response to oxidative stress
As the deleterious effects of heavy metals upon the living cell often relate to oxidative
stress, we attempt to highlight new aspects involved in oxidative stress response and to
identify new compounds with chemoprotective action against the oxidative stress.
2.1. Molecular mechanisms involved in cellular response to heavy metal and oxidative
stress. In this direction, research focused on calcium-mediated response and UPR-
pathway mediated response of yeast cells. Research is still on-going, and the most
notable result was to demonstrate the calcium-dependent response of yeast cells to
exogenous oxidative stress (Popa et al. 2010). Another interesting result was the
identification of certain notorious anti-oxidants (e. g., antocyanidins) as alleviators of
Cd-related oxidative stress (Oprea et al., in preparation).
2.2. Screening of chemicals for their anti-oxidant or pro-oxidant activity using yeast cells
with various defects in the response to oxidative stress. As there is mounting evidence
that anti-oxidants have dual antagonistic effects, we are attempting to identify the
conditions under which certain antioxidants become toxic, using a collection of yeast
knock-out mutants with defects in the oxidative stress defense (Mitrica et al., 2012).
2.3. Screening of metal coordination compounds with potential SOD-mimetic activity. We
recently established a color test for the rapid screening of coordination compounds
with superoxide dismutase (SOD)-like activity and found that certain Cu(II) complex
compounds with mixed ligands exhibited superoxide dismutase-mimetic activity in
cells devoid of native SOD, otherwise modulating the activity of Cu,Zn-SOD within
the yeast cells (Dumitru et al., 2012).
3. Future projects
The plans for future independent research summarized below are based on preliminary
results and will involve collaborations with research groups from our faculty (the organic
chemistry group) and from the Institute of Biochemistry of the Romanian Academy. The
research will be carried out mainly in the laboratories existent within the Faculty of Chemistry
(University of Bucharest) and will focus on attracting new funding (national and international
grants) as well as new young researchers, predominantly undergraduate, master and doctoral
students.
3.1. Getting new insights into calcium-related processes starting from an
abnormal phenotype observed by our group
By overexpressing the gene which encodes a stretch-activated calcium channel we
obtained yeast cells with abnormal morphology, a starting point in identifying new
components involved in calcium homeostasis and calcium-related processes. Two types of
screening (genomic and chemogenomic) are envisaged.
Ileana Cornelia Fărcășanu – Habilitation Thesis - Abstract
4
3.2. Screening chemicals using yeast genomic techniques
(chemogenomics)
Groups of chemicals will be screened against collection of genomic knock-out mutants
using HIP-HOP assays and microarray technologies.
3.3. Screening for interactions between small molecules and specific
proteins using yeast techniques (yeast two hybrid system and yeast
cell surface display)
Theoretically, the physical interaction between the subunits of any oligomeric protein
can be highlighted by cloning the genes which encode the subunits into the appropriate
vectors used in the yeast two-hybrid system. We plan to use this system to screen collections
of chemicals which potentially interfere with the protein-protein interaction of targeted
protomers. In an alternative approach we plan to screen collection of chemicals on proteins of
interest (mainly enzymes) displayed on the surface of yeast cells by arming technology.
3.4. Obtaining new heavy metal hyperaccumulating strains by targeting
metal-binding peptides or proteins to the inner face of yeast cell
membrane
Starting from a plasmid which targets GFP to the inner face of the membrane when
transformed into yeast cells, we plan to fuse various oligo-nucleotides or genes to this
construct to allow attachment of heavy-metal binding peptides or proteins to the inner face of
the cell membrane.
Ileana Cornelia Fărcășanu – Teză de Abilitare_Sumar
1
Manipularea celulelor de Saccharomyces cerevisiae:
de la bioremediere la chemogenomică
SUMAR
Saccharomyces cerevisiae este unul dintre cele mai interesante microorganisme. Fără riscul
de a exagera, această specie este una din minunile naturii. Fiind un microorganism prietenos,
complet nepatogen și ușor adaptabil, s-a impus ca un instrument biotehnologic de neprețuit.
Datorită faptului că este foarte ușor de manipulat genetic și pentru că are în comun cu
organismele superioare o serie de procese biochimice fundamentale, acest organism unicelular
eucariot a fost adoptat cu entuziasm de cercetătorii din întreaga arie a științelor vieții. Acest
microorganism prezintă atât de multe avantaje pentru cercetători încât nu e de mirare că a avut
privilegiul de a fi prima specie căreia i s-a secvențializat complet genomul.
Cu mai mult de 6000 de gene repartizate în 16 cromozomi, celulele de S. cerevisiae au
reprezentat unul din dintre modelele preferate de cercetători, utilizate în studiile menite să
elucideze la nivel molecular numeroase procese biologice fundamentale.
De la finalizarea proiectului de secvențializare a genomului S. cerevisiae (1996)
lucrurile au cunoscut o dezvoltare galopantă, astfel încât în momentul de față comunitatea
științifică beneficiază de baze de date exhaustive de tipul SGD (Saccharomyces cerevisiae
Genome Database) precum și de existența unor colecții impresionante de linii mutante și
plasmide. Astfel, ca urmare a lansării unor proiecte trans-naționale, cercetătorii pot beneficia
de seturi complete de nul-mutanți (în formă haploidă sau diploidă, hetero- sau homozigotă),
colecții de plasmide care conțin gene fuzionate cu gena GFP (proteina verde fluorescentă)
construite în scopul determinării localizării intracelulare a tuturor proteinelor, colecții de
plasmide care conțin gene fuzionate cu TAP (tandem affinity purification) pentru purificarea
oricărei proteine de interes, etc. Celulele de S. cerevisiae sunt atât de bine și intens studiate
încât au devenit baza unor tehnici de interes general care permit identificarea interacțiilor
proteină-proteină (yeast two hybrid system) sau interacțiilor ligand-proteine prin screening-uri
chemo-genomice în diferite forme. Și lista poate continua.
Ca doctorand într-unul din laboratoarele emblematice de S. cerevisiae (grupul
profesorului Tokichi Miyakawa, Universitatea din Hiroshima, Japonia) am avut șansa să fiu
martoră la progresele uriașe care s-au făcut în plină eră genomică, perioadă în care
descoperirea fiecărei noi gene era primită cu mult entuziasm. În acea perioadă “romantică”
(1994-1999) m-am specializat în biologia moleculară și biotehnologia drojdiilor, cu accent pe
studii privind elucidarea mecanismelor moleculare implicate în homeostazia metalelor grele,
utilizând celule de S. cerevisiae ca organism model.
După absolvirea doctoratului, am urmat două stagii post-doctorale (1999-2001,
Institutul pentru Știință și Tehnologie din Nara, NAIST, Japonia și 2002-2003, Universitatea
din Glasgow, IBLS, Regatul Unit) urmate de o perioadă dedicată exclusiv activității didactice
(2001-2007, Universitatea din București, Facultatea de Chimie). Din 2008 am demarat o
activitate de cercetare independentă la Universitatea din București, în plină eră post-
Ileana Cornelia Fărcășanu – Teză de Abilitare_Sumar
2
genomică, în care multe genomuri inclusive cel uman fuseseră deja secvențializate. Fiind
angajată într-un mediu științific aproape exclusiv dedicat chimiei, dar fiind constant fascinată
de versatilitatea celulelor de S. cerevisiae, am încercat să aduc acest microorganism docil pe
tărâmul cercetărilor din domeniul chimiei. Grație primului contract de cercetare câștigat ca
cercetător principal în 2007, am reușit să echipez primul laborator de biologie moleculară din
Facultatea de Chimie și să inițiez activitatea unui grup de cercetare cu orientare spre studii în
care S. cerevisiae era actorul principal. Acest grup este alcătuit preponderant din tineri
cerecetători și studenți chimiști care necesită o continuă inițiere și formare în tehnici
complementare de biochimie și biologie moleculară. Activitatea mea de cerectător
independent este prezentată pe scurt în rândurile care urmează.
Activitatea prezentă
1. Manipularea celulelor de S. cerevisiae pentru bioremedierea
metalelor grele
În bioremediere, unul din factorii cheie este obținerea organismelor capabile de a
acumula substanțele poluante în așa fel încât să le separe de mediul contaminat. Obținerea
celulelor de S. cerevisiae hiperacumulatoare de metale grele (un fenotip caracteristic unui
grup restrâns de plante) a reprezentat scopul principal al cercetărilor noastre, scop urmărit
prin următoarele metode.
1.1.Manipularea toleranței celulelor de S. cerevisiae față de metalele grele, ca o primă etapă în
bioremediere prin intermediul celulelor în dezvoltare. În acest sens, principalul obiectiv a
fost obținerea celulelor hiperacumulatoare prin manipulalrea chimică și genetică a
celulelor de de S. cerevisiae, un organism prietenos cu mediul, dar care are tendințe foarte
slabe de a hiperacumula metale. Acest dezavantaj a putut fi surmontat prin utilizarea
celulelor kamikaze (celule hiperacumulatoare care mor în proces); conceptul de celule
kamikaze a fost utilizat în premieră de grupul nostru (Ruta et al., 2010).
1.2.Super-exprimarea genelor care codifică proteine trans-membranare implicate în co-
transportul metalelor grele și al anumitor liganzi chelatori. Prin super-exprimarea genei
PHO84 (care codifică proteina care co-transportă fosfat anorganic și ioni metalici
divalenți), în diferite fundaluri genetice de S. cerevisiae am reușit obținerea unor linii cu
adevărat hiperacumulatoare, capabile să acumuleze metale în concentrații de peste 1000
de ori concentrațiile din mediu (Ofiteru et al. 2012 ).
2. Noi aspecte privind mecanismele moleculare implicate în răspunsul
celular față de condițiile de stres oxidativ
Unul din efectele secundare dăunătoare ale metalelor grele asupra celulei vii este
reprezentat de inducerea stresului oxidativ. Prin urmare, am încercat să evidențiem noi
Ileana Cornelia Fărcășanu – Teză de Abilitare_Sumar
3
aspecte legate de răspunsul celular în stresul oxidativ și să identificăm noi compuși cu
activitate chemo-protectoare împotriva unui astfel de stres.
2.1.Mecanisme moleculare implicate în răspunsul celular față de stresul metalic și oxidativ. În
această direcție, studiile au fost direcționate către condiții în care pot fi determinate
răspunsurile celulare mediate de calciu sau răspunsuri determinate de apariția proteinelor
incorect pliate în celule de S. cerevisiae. Studiile sunt încă în derulare, iar cel mai notabil
rezultat a fost descrierea răspunsului celular mediat de calciu în condiții de stres oxidativ
exogen (Popa et al. 2010). Un alt rezultat important a fost identificarea unor antioxidanți
cunoscuți (antocianidine) ca inhibitori ai stresului oxidativ produs de ionii de cadmiu
(Oprea et al., manuscris în lucru).
2.2.Analiza pe scară largă (screening) a unor colecții de substanțe chimice prin prisma
activității lor atât antioxidante cât și pro-oxidante utilizând linii celulare de S. cerevisiae
deficiente în răspunsul față de stresul oxidativ. Deoarece cercetări recente demonstrează
că antioxidanții au un efect dublu, atât benefic cât și toxic, am inițiat studii prin care să
identificăm condițiile în care anumiți antioxidanți devin toxici, utilizând colecții de linii
nul-mutante de S. cerevisiae ce prezintă defecte în răspunsul față de stresul oxidativ
(Mitrica et al, 2012).
2.3.Analiza pe scară largă (screening) a unor colecții de compuși coordinativi ai metalelor
tranziționale cu potențială activitate SOD-mimetică. Recent am pus la punct un test rapid
și eficient de screening al activității compușilor coordinativi pentru determinarea
potențialei lor acțiuni SOD-mimetice. Prin teste complementare am stabilit că un compus
coodinativ de Cu(II) prezintă activitate SOD-mimetică în celule de S. cerevisiae care nu
exprimă Cu,Zn-SOD, același compus având însă activitate SOD-modulatoare în celule
normale. (Dumitru et al., 2012).
Proiecte de viitor
Toate planurile de viitor prezentate mai jos se bazează pe rezultate preliminare și
presupun activitatea întregului grup din subdepartamentul de Biochimie din Facultatea de
Chimie (Universitatea din București), independent sau în colaborare cu grupul de Chimie
Organică din același departament sau cu grupuri din alte Instituții (de exemplu Institutul de
Biochimie al Academiei Române). Activitatea de cercetare se va desfășura cu precădere în
laboratoarele Facultății de Chimie și va avea permanent în vedere atragerea de noi fonduri de
cercetare precum și de noi tineri cercetători.
3.1. Evidențierea a noi mecanisme moleculare implicate în biochimia
calciului, pornind de la un fenotip calciu-dependent al unor celule de
S. cerevisiae cu o morfologie specială
Prin supra-exprimarea unei gene care codifică un anumit tip de canale de calciu în S.
ceveisiae, am obținut celule cu morfologie anormală, celule care reprezintă punctul de plecare
într-o serie de studii menite să identifice noi componente moleculare implicate în homeostazia
Ileana Cornelia Fărcășanu – Teză de Abilitare_Sumar
4
calciului celular sau în alte procese dependente de calciu. În acest scop, sunt propuse spre
experimentare două tipuri de screening (genomic și chemo-genomic).
3.2. Screening-ul unor colecții de substanțe chimice prin intermediul unor
tehnici genomice (chemo-genomică)
Serii de substanțe chimice aparținând unor anumite clase de compuși vor fi analizate
pe colecții genomice de S. cerevisiae alcătuite din nul-mutanți (linii haploide sau diploide
heterozigote) utilizând tehnici HIP-HOP și microarray.
3.3. Screening-ul unor interacții între compuși chimici și proteine-țintă cu
ajutorul biotehnologiilor ce utilizează celule de S. cerevisiae (sistemul
“yeast two hybrid” și sistemul “yeast cell surface display”)
Teoretic, orice interacție dintre subunitățile unei proteine oligomere poate fi
evidențiată prin clonarea genelor care codifică protomerii respectivi în vectorii specifici unui
sistem de tip “yeast two hybrid”. Prin exprimarea lor în linii celulare de S. cerevisiae
modificate astfel încât să poată “raporta” aceste interacții, influența compușilor asupra acestei
interacții poate fi determinată prin analiza cantitativă a sistemului raportor. Intenția noastră
este să utilizăm un astfel de sistem pentru a analiza pe scară largă o serie de colecții de
compuși chimici care ar interacționa (amplificând sau atenuând) interacția fizică dintre
protomerii unei proteine oligomere țintă. Alternativ, vom efectua screening-uri pe colecții de
compuși chimici prin monitorizarea interacției lor cu proteine-țintă (în special enzime)
exprimate la suprafața celulelor de S. cerevisiae prin procedura “arming technology”.
3.4. Obținerea de noi linii hiperacumulatoare de metale grele prin legarea
unor peptide sau proteine cu afinitate mare pentru metale de fața
interioară a membranelor citoplasmtice
Pornind de la un plasmid specific celulelor de S. cerevisiae care atunci când este
exprimat în celule leagă țintit proteina verde fluorecentă (GFP) de fața internă a membranei
citoplasmatice, avem ca obiectiv obținerea unor produși de fuziune între gena pentru GFP
modificată și (i) secvențe nucleotidice proiectate pentru codificarea de oligopeptide cu
afinitate mare pentru ioni metalici divalenți sau (ii) gene care codifică proteine care leagă
metale, în scopul ancorării lor pe fața internă a membrane celulare.