ExiPrep TM Dx Blood Genomic DNA Kitv1.2) Blood Genomic DNA kit... · 2 BQ-042-101-02 Revision : 1 (2015-11-06) ExiPrep TM Dx Blood Genomic DNA Kit 검사하기 위해 사용되고

K-4411

MT Promedt Consulting GmbH Altenhofstr. 80

D-66386 St. Ingbert. Germany. Tel +49 6894-58 10 20

ExiPrepTM

Dx

Blood Genomic DNA Kit

User’s Guide

ExiPrep TM

Dx Blood Genomic DNA Kit

ExiPrep

TM Dx Blood Genomic DNA Kit

임상검체로부터 genomic DNA를 추출할 수 있는 키트입니다.

사 용 설 명 서

Version No.: 1.2 (2016-03)

사용 전, 반드시 사용설명서에 있는 내용을 숙지하시기 바랍니다.

㈜ 바이오니아

대전광역시 대덕구 문평서로 8-11

Tel: +82-42-930-8777

Fax: +82-42-930-8688

Email: [email protected]

www.bioneer.co.kr

ExiPrep TM


.

의료기기법에 의한 표시 사항

1) 품목명: 유전자추출시약

2) 형명: ExiPrepTM Dx Blood genomic DNA kit

3) 품목분류번호: D06100.01[1]

4) 품목신고번호: 대전 제신 13-82호

5) 사용목적: 사용설명서의 1. 사용목적 참고

안전 경고 및 주의 사항

본 제품은 체외진단용 시약으로 진단 외의 목적으로 사용할 수 없습니다.

본 제품은 임상검체의 사용과 분자생물학 실험에 자격이 있고, 숙련된 검사자만이 사용해야 합니다.

본 제품은 반드시 ExiPrepTM16 Dx(대전 제신 11-23호) 또는 ExiStation™ Universal Molecular Diagnostic

System(제허 10-987호)를 사용하여 핵산추출을 수행해야 합니다.

사용한 제품 구성물은 일회용이므로 재사용하지 않도록 하며, 다른 Lot의 구성물과 혼합하여 사용하지 않도록

해야 합니다.

제품은 기재된 보증기간 내에서 안정성을 보증합니다. 제품의 사용기한은 제품 박스에 표시된 내용을 참고

바랍니다.

본 제품의 물질안전보건자료 (MSDS) 정보가 필요할 경우 바이오니아 고객서비스센터에 요청 바랍니다.

사용하기에 앞서 반드시 사용설명서를 숙지하시고 제품에 포함된 구성품들을 확인한 후 실험을 수행하시기

바랍니다.

실험에 사용되는 위험 물품들 (검체와 접촉된 tip, tube 등)은 사용설명서에 따라 취급하고 법적으로 지정된

방법으로 폐기해야 합니다.

모든 실험과정은 각 검사실의 안전규칙에 따라 진행해야 합니다.

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보증 및 책임

모든 바이오니아 제품은 엄격한 품질 관리 공정 아래에서 완제품 시험 과정을 거칩니다. 바이오니아는 보증

기간 (제품표시) 동안 제품의 품질을 보증합니다.

바이오니아는 본 사용설명서에 제시된 사용법과 다른 방법을 사용하여 발생된 문제에 대해서는 책임을 지지

않습니다. 효율적인 시장보고 및 처리를 위하여 고객은 발생된 문제점을 30일 이내에 바이오니아에 상세하게

전달하여야 합니다.

법적 고지문

본 제품으로 수행되는 일부 응용 프로그램은 특정 국가에서의 기존 특허와 관련하여 사용이 제한될 수

있습니다.

본 제품의 일부 사용 용도는 특정 국가의 기존 특허에 의하여 그 사용이 제한될 수 있습니다. 해당 제품의

구매는 특허에 대한 권한을 포함 또는 제공하고 있지 않습니다. 사용자는 국가 및 사용 용도에 따라서 권한

취득이 필요합니다. 당사는 특허 권한과 관련된 무단 사용을 금합니다.

문의 사항 및 A/S 접수

제품에 대한 문의 사항 및 A/S 접수는 e-mail([email protected])을 이용해 주시기 바랍니다.

상표

AccuPower®, ExiStation™, Exicycler™ 96, ExiSpin™, ExiPrep™ 16 Dx 은 바이오니아의 등록 상표입니다.

Copyright © 2016 by Bioneer Corporation. All Rights Reserved.

mailto:[email protected]

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목 차

1. 사용 목적.. . .. . . .. . .. . . .. . .. . .. . . . .. . .. . .. . . .. . . . . .. . . .. . .. . .. . . . .. . .. . .. . . .. . .. . .. . .1

2. 서론. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .1

3. 제품의 특징과 원리. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .2

4. 제품의 구성. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .3

4.1 키트 구성품. . . . . . . . .. . . .. . . . . . . . . . . . . . .. . . . . . . . . .. . . . . .. . . . . . . . . . . . . . .. . . . . . . . . ..3

4.2 사용 장비. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .4

5. 보관법..... ......... ........ ....... ....... . ......... ....... . ...... ........ ......... ....4

6. 부가적으로 필요한 기자재..............................................................4

7. 유의 사항 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 5

8. 실험 전 준비사항.......................................................................5

8.1 작업대 선정...........................................................................5

8.2 권장 시료 수량.. ... .... .. .... ... .... ... ... .... ... .... ... .... ... .... ... ... .... ... ..6

8.3 부속품의 세척 및 관리법 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .6

9. 실험 시 주의 사항 및 예방법..............................................................8

10. 시료의 취급방법 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 9

10.1 시료의 채취. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .9

10.2 시료의 보관.. . . .. . . .. . .. . . . .. . . .. . . .. . .. . . .. . . . . . . .. . .. . . . .. . . .. . . .. . .. . . .. . . .. .9

10.3 시료의 운반.. . . .. . . .. . .. . . . .. . . .. . . .. . .. . . .. . . .. . . .. . .. . . . .. . . .. . . .. . .. . . .. . . .. .9

10.4 시료의 저해 물질........................................ ..........................9

11. 실험 진행 순서도 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 10

12. 핵산 추출 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .10

1 2 . 1 실 험 준 비 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 1 1

1 2 . 2 B u f f e r C a r t r i d g e 준 비 및 시 료 의 분 주 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 1 4

1 2 . 3 장비 구동 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 1 9

12.4 구동 후 진행 사항.. . ... . .. .. .. . .. .. .. . .. .. .. .. . .. .. ... . .. .. .. . .. .. .. . .. .. .. .. .21

13. 장비 구동 번호 목록..........................................................................23

14. 문제 해결 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 24

15. 참고 문헌 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 25 16. 기호 설명 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 26

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1. 사용 목적

ExiPrepTM Dx Blood Genomic DNA kit (K-4411)는 사람의 전혈에 존재하는 게놈 DNA를 ExiPrep™16 Dx

(A-5050)를 이용하여 신속, 정확하게 추출할 수 있는 모든 시약 및 소모품을 포함하고 있습니다. 본 제품은

동시에 16개의 임상 시료에서 1시간 30분 내에 사람의 전혈에 존재하는 DNA를 신속하게 추출할 수 있습니다.

2. 서론

전혈은 사람의 혈액을 기준으로 할 때, 혈액형을 구분하는데도 쓰이지만 다양한 질병을 진단하는데도 쓰일

수 있습니다. 더욱이 추후에 발생할 수 있는 잠재적 질병들도 검출하는데 쓰일 수 있습니다.

전혈은 크게 세포성, 비세포성 성분으로 구분될 수 있습니다. 전혈은 게놈 DNA와 RNA를 포함하여 보통

유전적 질병을 검사하고 예측하는데 사용될 수 있습니다.

기존의 진단법은 외부로 나타난 증상이나 면역학적 방법 등을 사용하여 진단하기 때문에 검사 감도가 낮거나

심지어 부정확한 결과를 얻게 되는데 반하여, Genomic DNA를 이용한 유전자 검사는 질병의 근원이 되는

유전자 이상을 파악하기 때문에 질병의 증상이 나타나기 전에 미리 확인할 수 있으며, 발병을 예측하는 것도

가능합니다. 이렇게 검사된 유전자 질환은 조기에 치료할 수 있기 때문에 수많은 생명을 구할 수 있고,

치명적인 질병의 발생을 예방할 수 있습니다. 또한, 유전자 검사를 통해 얻어진 결과는 환자뿐만 아니라 그

환자가족의 가족력을 파악할 수 있도록 도움을 줄 수 있습니다.

산전 검사와 같은 신생아 검사는 년간 수십 만 명 신생아들의 대사이상이나 다운증후군과 같은 기형을

검사하기 위한 목적으로 사용되고 있습니다. 유전자 검사는 암을 포함한 유전자 질환의 진단에도 유용하지만,

친자 감식과 같은 목적에 정확히 사용되기도 합니다. 또한 최근 들어 폐암, 비만, 심혈관 질환, 당뇨병 등을

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검사하기 위해 사용되고 있으며, 알코올분해능력, 고지혈증, 치매, 골다공증, 요통을 검사하기 위한

영역으로까지 확대되고 있습니다.

3. 제품의 특징 및 원리

ExiPrep™ Dx Blood Genomic DNA Kit(K-4411)는 진단을 위해 사람의 전혈 시료의 게놈 DNA를 추출하기

위해 다음과 같이 설계되어 있습니다.

혈액 내 게놈 DNA는 Buffer Cartridge ②에 의해 세포가 용해됩니다. Buffer Cartridge ② (Binding

Buffer)에는 Guanidine이 포함되어 있어 혈액 내 게놈 DNA와 물 분자를 분리하게 됩니다. 분리된 게놈 DNA는

실리카 자성 물질과 결합할 수 있는 시약을 사용하여 실리카 자성 물질 표면에 결합하게 됩니다. 이후 Buffer

Cartridge ①에 들어 있는 세척용 시약이 실리카 자성 물질과 결합되어 있는 혈액 내 게놈 DNA를 제외한

불순물을 완전히 제거합니다. 최종적으로 추출용 시약을 사용하여 실리카 자성 입자 표면에 결합된 고순도의

DNA를 실리카 자성입자로부터 용출시켜 혈액 내 게놈 DNA를 추출하게 됩니다.

[실리카 자성 입자를 사용한 DNA의 추출하는 과정]

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제품의 구성

※ 본 키트의 모든 구성은 96 test용 입니다.

3.1 키트 구성품

[ExiPrepTM Dx Blood Genomic DNA kit 구성품]

제품명 # 구 성 수 량

ExiPrepTM Dx Blood

Genomic DNA Kit

(K-4411)

1 Buffer Cartridge ① 6 ea

2 Buffer Cartridge ② 6 ea

3 Disposable filter tip 96 ea 4 사용 설명서 1 ea

5 0.2ml Elution Tube 12 ea

6 0.2ml Elution Tube Cap 12 ea

7 Sample Loading Tube 96 ea

8 Waste Tray 3 ea

9 Protection Cover 12 ea

10 Contamination Shield Filter Papers 12 ea

[ExiPrep™ Dx Blood Genomic DNA kit 의 구성품 목록]

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4.2 사용 장비

ExiPrep™ Dx Blood Genomic DNA kit 는 ExiPrep™ 16 Dx 또는 ExiStation™ Universal Molecular Diagnostic

System에 사용 가능합니다. ExiPrep™ 16 Dx 장비를 사용한 실험 과정은 사용설명서의 12. 핵산 추출 을

참고해주시고 ExiStation™ Universal Molecular Diagnostic System의 경우 자사 Real-Time PCR Kit의

사용안내서를 참조해 주시기 바랍니다.

4. 보관법

ExiPrep™ Dx Blood Genomic DNA kit 는 Buffer Cartridge 시스템의 형태로

제공됩니다. Buffer Cartridge는 핵산검출을 위한 Binding buffer, Washing buffer, Elution

buffer와 실리카 자성 입자 용액이 포함되어 있습니다.

모든 Buffer Cartridge는 누수, 증기, 교차오염 방지를 위해 필름으로 코팅되어 있으며, Buffer Cartridge는

개봉 전 15℃~35℃조건에서 보관하여야 합니다.

운송 또는 보관 중 10℃ 이하의 낮은 온도에 노출되면, 경우에 따라 용액 내 침전이 발생하여 제품 성능에

영향을 줄 수 있습니다. 이러한 경우 사용 전 반드시 35℃ 이상에서 30분 이상 보관하여 침전물을 완전히

용해시킨 후 사용하십시오.

5. 부가적으로 필요한 기자재 (키트 내 제공되지 않음)

핵산 추출에 적합한 일회용 장갑

핵산 추출에 필요한 용량의 pipettes

멸균된 filtered pipette tips

1.5 mL microcentrifuge tubes

Vortex mixer

탁상용 원심분리기 centrifuge

ExiPrep™16 Dx (Cat. No.: A-5050, 바이오니아. 한국)

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6. 유의 사항

본 제품은 체외진단용 시약으로 진단 외의 목적으로 사용할 수 없습니다.

본 제품은 반드시 ExiPrep™16 Dx 또는 ExiStation™ Universal Molecular Diagnostic

System를 사용하여 핵산 추출을 수행해야 합니다.

생물학적으로 유해한 시약 및 임상 검체를 다룰 때는 반드시 장갑과 마스크를 착용합니다. 사용한 키트

소모품은 Buffer Cartridge를 제외하고는 모두 일회용이므로 재사용하지 않도록 하며, 다른 lot의 구성물과

혼합하여 사용하지 않도록 해야 합니다. 실험과정을 생략하거나 원하는 결과를 얻기 위해 임의로 변경하지

않아야 합니다. 멸균된 filter pipette tip을 이용하여 실험을 수행합니다. 임상 검체 또는 양성대조물질(Positive

Control, PC)는 다른 시약을 보관하는 냉동고와 분리하여 냉동 저장할 것을 권장합니다.

본 키트는 임상 시료를 전문적으로 다룰 수 있으며 진단 시험을 수행할 자격이 있는 실험자가 사용하도록

설계되었습니다. 또한 실험자는 사용설명서에 나와 있는 실험 수행을 정확히 진행할 수 있는 기본적인 실험

능력을 갖추고 있어야 합니다.

7. 실험 전 준비사항

본 준비 사항을 숙지하여 실험자와 실험실의 안전에 유의하며 내부 환경 오염에 주의하시기 바랍니다.

7.1 작업대 선정

유압 벤치는 양압 적용 작업대와, 음압 적용 작업대로 나뉩니다. 양압 적용작업대는 (e.g.clean bench etc.)

외부로부터 필터링된 공기가 작업공간으로 들어오므로, 작업공간 내부를 깨끗한 환경으로 유지할 수

있습니다. 음압 적용 작업대 (e.g. Biosafety Cabinets, fume hoods etc.)는 실험공간의 공기를 바깥으로

내보냅니다. 다시 말해서, 내부의 공기가 바깥으로 나갑니다. 이러한 공기의 흐름은 실험환경이 오염되는

위험한 물질로부터 보호합니다.

본 키트 내에 포함된 소모품과 Buffer Cartridge를 개봉 시, 이 작업은 외부오염물질 유입의 방지를 위해

반드시 양압 적용 작업대를 사용하여야 합니다.

반면, 임상샘플을 다룰 시 이는 작업수행자와 관련 실험자들의 안전이 가장 중요하므로, 임상샘플과

용기를 밀봉하여 음압 벤치 내에서 수행하여야 합니다. 우선적으로 벤치는 biosafety cabinet 과 같은 다룰

병원체의 분류에 따라 등급이 지정됩니다

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7.2 권장 시료수량

실험을 위해 필요한 모든 소모품들이 한 번에 2 strip (16 wells)을 실험할 수 있는 양으로 제공됩니다.

따라서 시약보다 소모품을 먼저 소모하여 부족해지는 상황을 방지하기 위하여 적어도 8 well strip 단위

이상의 실험 진행을 권장합니다.

소량의 샘플로 실험을 진행해야 하는 경우, 바이오니아 각 지역 대리점을 통해 추가적으로 소모품을

주문하여 주시기 바랍니다.

7.3 부속품의 세척 및 관리법

대부분의 오염은 실험자의 부주의한 요인으로 인해 발생합니다. 본 사용설명서에서는 키트 사용시 발생될

수 있는 오염의 발생을 최소화 할 수 있는 가이드를 제공해 드립니다.

폐액, 플라스틱 소모품, 전염성 물질에 닿은 폐기물 등은 실험실 및 해당 국가에서 지정하는 안전

수칙에 따라 폐기하시기 바랍니다.

Waste tray

1. 실험 후 발생된 폐액은 지정된 용기에 폐기합니다.

2. 폐수 시설이 갖춰진 장소에서 Waste Tray를 세척합니다.

Hole Puncher (6 Hole Punch or Multi Punch)

Hole Puncher 의 경우 반복된 사용으로 오염이 발생할 수 있습니다.

Hole Puncher는 양압 적용 작업대 내에서만 사용을 권장하며 외부 노출을 삼가시기 바랍니다. 다음에

제시된 세척방법에 따라 오염발생을 방지 하시기 바랍니다.

1. Hole Puncher 모서리 부분을 핵산을 분해할 수 있는 세척용액으로 세척합니다. (e.g. 5% nitric acid

etc.)

Hole Punch 모서리 부분이 날카로우므로 다치지 않도록 주의하여 다루시기 바랍니다.

2. 증류수로 Hole Puncher를 충분히 세척합니다.

3. 양압 적용 작업대에서 건조시킵니다.

Tip protector

1. 핵산 세척 용액을 묻힌 lint-free헝겊이나 Tissue wiper을 이용하여 Tip protector를 닦습니다.

2. 증류수로 lint-free헝겊이나 Tissue wiper을 이용하여 Tip protector를 닦습니다.

3. 양압 적용 작업대에서 충분히 건조시킵니다.

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Contamination shield

1. Contamination Shield의 필터를 지정된 폐기물 용기에 폐기합니다.

2. Contaminatnion Shield를 세척액 (e.g. ethanol, soap 등)을 묻힌 lint-free헝겊 이나 Tissue wiper를

이용하여 닦습니다.

3. 증류수로 lint-free헝겊이나 Tissue wiper를 이용하여 닦습니다.

4. 양압 적용 작업대에서 충분히 건조시킵니다.

5. Contamination Shield를 기기에 장착합니다.

Elution tube rack

1. Elution Tube Rack을 세척액(e.g. 에탄올 등)으로 세척합니다. 필요에 따라 면봉을 이용하여 Well

안쪽도 닦습니다.

2. 증류수로 세척합니다.

3. Elution Tube Rack을 흡습지 위에 뒤집어 털어내면서 Well 내부 잔류 물질을 모두 제거한 후, 양압

적용 작업대에서 건조시킵니다.

Disposable tip rack

1. Disposable Tube Rack을 세척액(e.g. 에탄올 등)으로 씻습니다. 필요에 따라 면봉을 이용하여 Well



3. Disposable Tip Rack을 흡습지 위에 뒤집어 털어내면서 Well 내부 잔류 물질을 모두 제거한 후,

양압 적용 작업대에서 건조시킵니다.

Sample tube rack

1. 추출 후 Sample Tube Rack에 배출된 소모품들은 모두 지정된 폐기물 용기에 폐기합니다.

2. Sample Tube Rack을 세척액(e.g. 에탄올 등)으로 세척합니다. 필요에 따라 면봉을 이용하여 Well



4. Sample Tube Rack을 뒤집어 흡습지 위에 털어내면서 Well 내부 잔류 물질을 모두 제거한 후, 양압

적용 작업대에서 건조시킵니다.

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8. 실험 시 주의 사항 및 예방법

Buffer Cartridge ①

유해성∙위험성 분류 :

인화성 액체: 구분 2

심한 눈손상성/눈 자극성 : 구분 2

발암성 : 구분 1A

생식세포 변이원성: 구분 1B

생식독성 : 구분 1A

특정표적장기 독성(1회 노출) : 구분 3 (호흡기계 자극)

특정표적장기 독성(1회 노출) : 구분 3 (마취작용)

특정표적장기 독성(반복 노출): 구분 1

유해∙위험문구 : H225, H319, H335, H336, H340, H350, H360, H372

예방 : P201,P202, P210, P233, P240, P241, P242, P243, P260, P261, P264, P270,

P271, P280, P281

대응 : P303+P361+P353, P304+P340, P305+P351+P338, P308+P313, P312, P314,

P337+P313, P370+P378

저장 : P403+P233, P403+P233, P403+P235, P405

폐기 : P501

Buffer Cartridge ②

유해성∙위험성 분류 :

인화성 액체 : 구분 2

급성 독성 (경구) : 구분 4

피부 부식성/피부 자극성 : 구분2

심한 눈손상성/눈 자극성 : 구분 2

발암성 : 구분 1A

생식세포 변이원성 : 구분 1A

생식독성 : 구분 1A

특정표적장기 독성(1회 노출) : 구분 3 (호흡기계 자극)

특정표적장기 독성 (1회 노출) : 구분 3 (마취작용)

특정표적장기 독성 (반복 노출) : 구분 1

유해∙위험 문구 : H225, H302, H315, H319, H335, H336, H340, H350, H360, H372

예방 : P201,P202, P210, P233, P240, P241, P242, P243, P260, P261, P264, P270,

P271, P280, P281

대응 : P301+P312, P302+P352, P303+P361+P353, P304+P340, P305+P351+P338,

P308+P313, P312, P314, P321, P330, P332+313, P337+P313, P370+P378

저장 : P403+P233, P403+P235, P405

폐기 : P501

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9. 시료의 취급 방법

모든 시료는 감염성 물질로 취급하여야 합니다.

9.1 시료의 채취

ExiPrepTM Dx Blood Genomic DNA kit(K-4411)는 사람의 전혈로부터 게놈 DNA를 추출하는데 최적화된

제품입니다. 게놈 DNA는 채혈한 검체로부터 일주일 이내에 추출되어야 합니다.

방부제가 첨가되지 않은 용기만을 사용하여야 합니다. (Heparin, EDTA 등의 혈액응고 방지제 제외)

9.2 시료의 보관

혈액 검체는 상온에서 1 일간 보관 가능하며 2~8℃ 조건에서는 최대 7 일까지 보관이 가능합니다.

장기간 보관을 위해서는 혈액을 1 회 실험분량으로 분주하여 -20℃ ~ -80℃ 에서 보관해야 합니다.

9.3 시료의 운반

모든 시료는 누출로 인한 감염 가능성을 없애기 위해 쉽게 부서지지 않는 운반용기에 의해 운반되어야

합니다. 또한 타 지역으로의 운반 시에는 해당 지역/국가의 생물학적 위험물 운송 지침에 따라야 합니다.

10.4 시료 내 저해물질

임상 검체들은 일부 PCR 저해제를 포함할 수 있습니다. 게놈 DNA 추출시 이 저해물질들을 효과적으로

제거할 수 있습니다.

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11. 실험 진행 순서도

[ExiPrepTM Dx Blood Genomic DNA kit 실험 순서도]

12. 핵산 추출

핵산 추출을 진행하기 위해서 하단의 ExiPrep™ Dx Blood Genomic DNA Kit 와 ExiPrep™ 16 Dx 장비

사용법을 잘 따라주시기 바랍니다. 추출 과정은 시료 전처리, 핵산 추출 준비, 시료의 분주 및 ExiPrep™ 16 Dx

장비 구동을 통한 핵산 추출로 진행됩니다. 추출된 게놈 DNA는 자동으로 Elution tube에 분주됩니다.

.

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12.1 실험 준비

① ExiPrep™ 16 Dx 정면에 위치한 전원을 눌러서 장비를 켭니다. LCD 화면의 ‘STARTING’ 버튼을

눌러 장비 초기화를 진행합니다.

[ExiPrep™16 Dx LCD 화면의 ’STARTING’ 버튼 및 전원 버튼]

② LCD 화면의 ‘MISC SET’ 버튼을 누르고 Contamination Shield의 filter paper를 부착합니다. 그리고

준비된 Contamination Shield를 붙이고 나서 Tip Protector를 장비에 장착한 후 ‘MISC SET’버튼을

다시 누릅니다.

[ExiPrep™16 Dx LCD 화면의 ’MISC SET’ 버튼]

[Contamination Shield를 장착하는 모습]

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[Tip Protector를 장착하는 모습]

부속품

Setup Tray

Hole Punch

Sample Tube Rack

Elution Tube Rack

Disposable Tip Rack

소모품

Buffer Cartridges ① and ②

Sample Loading Tubes

Disposable Tips

Elution Tubes

Elution Tube Caps

Protection Cover

Waste Tray

③ 준비 과정 흐름도:

시약 및 구성품 상태 확인 → Buffer Cartridge 준비 → Elution Tube Rack 준비 → Tip 장착 → 전

처리가 완료된 sample을 sample loading tube에 분주 → 기기에 카트리지 및 소모품 장착 후,

필요한 프로그램 설정하여 실행.

④ 실험대에 Setup Tray를 올려 놓습니다.

⑤ Setup tray 위에 ‘Elution tube rack’, ‘Disposable tip rack’ 및 ‘Buffer Buffer Cartridge ①, ②’을

장착합니다.

[Elution tube rack, Disposable tip rack, Buffer Cartridge ①, ② 장착법]

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⑥ 필요량의 Disposable Tip을 Disposable Tip Rack에 올바르게 채웁니다.

[Disposable Tip 장착법]

⑦ Elution Tube Rack에 적절한 수의 Elution tube를 그림과 같이 장착합니다. 이때 각 Strip 별로

대응하는 Well 위치 등을 따로 표시 할 것을 권장합니다. (상.하 열 Sample No., 등)

[Elution tube 장착법]

⑧ Elution tube rack에 Protection Cover를 장착합니다.

[Protection Cover 장착법]

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12.2 Buffer Cartridge 준비 및 시료의 분주

12.2.1 Buffer Cartridge 준비

① Buffer Cartridges ① and ②의 비닐포장을 제거합니다.

날카로운 날 사용 시(e.g. 칼 또는 가위 등), 다치지 않도록 조심하여 다루도록 합니다.

② 실험을 진행할 작업대(e.g. Clean Bench) 위를 깨끗이 정리합니다.

Buffer Cartridge의 well을 확인하고 모든 용액이 well의 바닥부터 차 있도록 합니다. 필요 시 Buffer

Cartridge를 잡고 손목을 흔들어 털어주면 well 벽에 있는 버퍼가 바닥으로 내려오게 됩니다.

③ 작업대 안에서 Buffer Cartridge ①, ② 의 투명 아크릴 뚜껑을 엽니다.

④ 아래 그림과 같이 Hole Puncher를 이용하여 샘플 위치에 맞추어 Sealing 필름에 구멍을 뚫어 줍니다.

[Hole Puncher 사용 방법]

⑤ Buffer Cartridges ① and ② 사용할 만큼의 구멍을 뚫은 후 아크릴 뚜껑을 덮어 놓습니다.

시료 준비 전까지 최대한 외부요인에 의한 오염으로부터 방지하기 위해 시료 주입 전까지 뚜껑을

덮어 놓습니다.

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12.2.2 시료의 분주

① 샘플 로딩을 수행할 작업대(Biosafety Cabinet., etc.)를 깨끗하게 정리합니다.

② 필요한 수의 Sample Loading Tube를 준비하여 Rack hole에 아래 그림과 같이 장착합니다.

ExiStation System으로 분자진단 검사시에는 IPC(Internal Positive Control)가 건조된 Sample Tube(-

20℃ 보관)를 사용합니다. IPC 는 ExiStation 분자진단시스템에서 핵산추출 및 증폭의 이상여부를

점검할 수 있습니다. (KA-3010: Sample loading tube - DNA IPC, 냉동고에서 꺼낸 즉시 사용)

[Sample Loading Tube 준비 방법]

③ 사용할 임상 검체를 준비합니다.

④ 용기에서 꺼낸 샘플의 뚜껑을 열어 Sample Loading Tube에 200ul 분주합니다.

검체의 점도와 특성 때문에 충분한 Vortexing 등으로 Mixing 하여 분주하는 것을 권장합니다.

[시료의 분주 방법]

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⑤ 분주된 Sample Tube를 Sample Tube Rack에 위치에 맞게 장착합니다.

쏟아지는 것을 방지하기 위해 수직을 유지하여 이동시킵니다.

⑥ 다른 샘플을 꺼내 위와 같이 Sample Loading Tube에 200ul 분주하고 Sample tube를 Sample Tube

Rack에 알맞은 위치에 장착합니다.

⑦ 4 ~ 6번 과정을 반복하여 모든 샘플을 로딩합니다.

샘플 로딩 중, 장갑으로 인한 오염이 의심되면 장갑을 교체하여 로딩해주시기 바랍니다.

⑧ Setup Tray에 Sample Tube Rack와 Waste Tray를 장착합니다.

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12.2.3 장비에 장착

① ExiPrep™16 Dx 문을 열고 Base Plate를 손으로 당겨 끝까지 꺼냅니다.

② 아래에서 설명한 것과 같이 Buffer Cartridge부터 각각의 부속품을 차례로 Base Plate에 장착합니다.

(1) base plate의 heating block 부분에 맞추어 Buffer Cartridge

②을 장착합니다.

: Buffer Cartridge ②가 heating block 부분에 정확히 장착

되지 않을 경우 실험 결과에 이상이 발생하거나 장비 오작동의

원인이 될 수 있습니다

(2) base plate에 Buffer Cartridge ①을 장착합니다.

: 이때 Buffer Cartridge ①을 base plate 왼쪽 모서리 부분

에 최대한 밀착시킨 뒤 Buffer Cartridge ①의 오른편을 눌러 확

실히 장착되도록 합니다.

(3) base plate에 Sample tube Rack을 장착합니다.

Sample tube Rack의 앞면과 옆면이 정확하게 위치하도록 장

착해 주시기 바랍니다.

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(4) Sample tube Rack과 Buffer Cartridge ② 사이에 Waste tray

를 장착합니다.

(5) base plate에 Elution tube rack을 장착합니다.

: Protection cover를 Elution tube rack에 잘 장착했는지 확

인합니다.

(6) base plate에 Disposable tip rack 을 장착합니다.

: 장착한 tip과 tube, Buffer Cartridge ①과 ②에 뚫어 둔

sample loading well 위치가 정확히 일치하는지 확인합니다.

③ Buffer Cartridge의 아크릴 덮개를 벗겨 냅니다.

④ ExiPrep™16 Dx 장비에 base plate를 밀어 넣은 후 door를 닫습니다.

: 아크릴 덮개를 벗겨 냈는지, 모든 부속품이 정확한 위치에 있는지 확인합니다. Sample loading

tube을 모두 사용하지 않는 경우에는 핵산 추출이 끝날 때까지 아크릴 덮개를 버리지 않고 장비

위쪽에 두시기 바랍니다.

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12.3. 장비 구동

① ‘START’ 버튼을 눌러 ‘PREP SETUP’ 화면으로 들어 갑니다.

② 시료 및 얻고자 하는 핵산의 종류에 따라 본 키트의 사용설명서 내에 “장비 구동 번호 목록”을

참고하여 3자리의 장비 구동번호를 입력합니다.

③ 입력한 3자리의 장비 구동 번호에 대한 ‘Prep Type’과 ‘Sample SRC’가 맞는지 확인합니다.

④ ‘Enter’ 버튼을 눌러 ‘Elution Volume’ 선택 메뉴로 이동합니다.

⑤ ‘Elution Volume’ 선택 후 ‘OK’ 버튼을 눌러 ‘PREP SETUP’을 완료합니다.

⑥ LCD 화면에 나온 ‘CHECK LIST’에 따라 base plate에 모든 rack 및 Buffer Cartridge가 올바르게

장착되어 있는지 확인한 뒤 ‘OK’ 버튼을 눌러 추출 과정을 시작합니다.

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⑦ ‘Running Mode’ 화면에 시료 및 얻고자 하는 핵산의 종류를 다시 확인한 후 ‘RUN’ 버튼을 누릅니다.

⑧ 화면에 ‘Work Completion’이 나타나는 것을 확인 후 base plate를 조심스럽게 당겨낸 다음 Buffer

Cartridge 및 모든 rack을 꺼냅니다. 이후 base plate를 밀어 넣은 후 door를 닫습니다.

⑨ ‘START’ 버튼을 눌러 UV 살균을 실시 합니다. 살균과정에는 15분이 걸리며 진행막대로 진행 수준을

확인 가능합니다.

⑩ Tip Protector및 Contamination shield를 장착 해제 합니다.

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12.4. 구동 후 진행 사항

추출액을 ExiPrepTM16 Dx 장비에서 회수하는 과정 중에 시료의 순서나 결과확인에 혼동을 막기 위하여

하단의 설명에 따라 진행하시기 바랍니다. 하단 내용의 수행은 UV 멸균 장치가 있는 실험대에서 진행해

주시기 바랍니다.

① 핵산 추출이 완료된 후 Elution Tube Rack을 분리합니다.

② Protection Cover Separation Tool를 사용해 하단의 설명에 따라 Protection Cover를 제거해 주시기

바랍니다.:

: Protection Cover Separation Tool로 하단의 설명에 따라 진행 시에 최대한 조심스럽게 진행하여

Protection Cover가 튀어 오르지 않도록 주의하시기 바랍니다.

(1) Elution Tube Rack을 Protection Cover Separation Tool 에 조심스럽게 둡니다.

(2) 사진과 동일하게 Protection Cover Separation Tool을 잡습니다.

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(3) 엄지 손가락을 힘을 주고 잡고 있는 상태에서 조심스럽게 나머지 손가락으로

Protection Cover Separation Tool을 아래로 밉니다. Protection Cover를 밀지 않도록

주의해주시기 바랍니다.

: Protection Cover Separation Tool을 가볍게 상하좌우로 몇 번 움직여

Protection Cover가 완전히 분리되도록 합니다.

(4) 마지막으로 Protection Cover에 elution tube가 걸려 있는지 확인합니다.

③ elution tube를 닫은 뒤 짧게 원심분리 진행하여 층이 분리될 경우 상층액만 사용하시기 바랍니다.

④ Buffer Cartridge부터 시작하여 모든 rack에서 나온 폐액 및 폐기물은 폐기물 용기에 버리시기 바랍니다.

: 만약 Buffer Cartridge에서 사용하지 않은 sample loading well이 있을 경우 70% ethanol로 적신

헝겊이나 페이퍼타월로 Cartridge 표면에 필름지를 잘 닦아 주시기 바랍니다. 이후 아크릴 덮개를 다시

씌우고 클린 벤치와 같은 양압장치 실험대에 사용 전까지 보관해 두시기 바랍니다.

⑤ ‘Misc Set’ 버튼을 눌러 Contamination Shield를 빼낸 뒤 다시 한번 ‘Misc Set’ 버튼을 누릅니다. 이후

Contamination Shield에 있는 Contamination Shield Filter Paper를 제거합니다.

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13. 장비 구동 번호 목록

No. Prep Type Sample source

1 01 Genomic DNA Whole blood

1 02 Genomic DNA Animal tissue

1 03 Genomic DNA FFPE tissue

1 04 Genomic DNA Plant tissue

1 05 Genomic DNA Plant seed

1 06 Genomic DNA Rice

1 07 Genomic DNA Cultured cell

1 08 Genomic DNA Gram (+) bacteria

1 09 Genomic DNA Gram (-) bacteria

1 10 Genomic DNA Yeast

1 11 Genomic DNA Fungi

1 12 Genomic DNA Plasma

1 13 Genomic DNA Serum

1 14 Genomic DNA Buffy coat

1 15 Genomic DNA Sputum

1 16 Genomic DNA BAL

1 17 Genomic DNA Saliva

1 18 Genomic DNA Swab

1 19 Genomic DNA Urine

1 20 Genomic DNA Stool

1 21 Genomic DNA Cell free body fluid

1 22 Genomic DNA Pleural fluid

1 23 Genomic DNA CSF

1 24 Genomic DNA EPS

1 25 Genomic DNA Respiratory sample

1 26 Genomic DNA Amniotic fluid

1 27 Genomic DNA Forensic sample

1 28 Genomic DNA Bone marrow

1 29 Genomic DNA Bone

1 30 Genomic DNA Dried blood spot

[구동 번호 목록표]

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14. 문제 해결

문제상황 원인 해결방안

Kit

상태

Buffer

Cartridge의

이상

Kit의 이동,

보관시

뒤집힘 혹은

기움으로

인한 Buffer

용액 불균형

Cartridge를 Plate Spin down 가능한 원심분리기로 Down

하거나 Buffer Cartridge를 잡고 밑으로 내려가도록

털어주고 사용합니다.

유통기한,

보관온도의

이상으로

뚜껑부분의

Sealing이

부푼 현상

Kit의 유통기한 및 보관장소의 온도를 확인합니다. 보관시

35℃ 이상 올라간 적이 있다면 에탄올이 들어간 위치가

부풀 수 있습니다. 이 경우 카트리지 부푼 정도를 판단하여

사용여부를 결정해야합니다. 만약 해당위치 2열 외

부분까지 부풀었다면 용액이 서로 섞였을 가능성이 있어

Kit의 성능을 장담할 수 없습니다.

시료

상태

혈액의 끈적임,

응고에 의한

덩어리발생

응고방지제의

이상 혹은

부족

혈액을 강하게 흔들거나 Vortexing 한 후 Loading 합니다.

그래도 응고부분이 풀리지 않으면 그부분을 피하여

Pipetting 합니다.

용혈 현상

시료

보관상태

이상

강하게 Vortex한 후 Loading 합니다. 백혈구도 영향을 받을

수 있으므로 Prep된 DNA의 농도가 낮을 경우 Sample

Volume을 10ul 높여 다시 Prep을 진행합니다.

장비

구동

중

에러

장비동작

진행 안됨

장비의 이상

혹은 전원

이상, 잘못된

Protocol

업데이트

프로토콜을 재업데이트하고 아무것도 넣지 않는 상태로

작동시켜 정상적으로 종료되는지 확인합니다.(약 1시간

40분)

ExiPrepTM

16 Dx User’s Manual의 ‘Trouble Shooting’ 을

참조하시고 필요시 고객서비스센터에 수리의뢰를

요청합니다.

장비의 동작중

충돌

Tip Loading

중 충돌,

Buffer

Cartridge

뚜껑 미제거,

기기내 Kit의

잘못된 장착,

잘못된

Protocol

업데이트

충돌 확인시 LCD 화면의 작동 모드에서 ‘STOP’ 혹은

‘Pause’를 클릭하고 충돌일어난 위치랑 장비 및 Kit의

손상여부를 확인합니다. 손상시 동작을 중지시키고 장비가

초기화되면 Kit를 모두 제거하고 재실험하는 것을

권장합니다. Tip이 Syringe Block에 꽂혀있는 경우 모든 kit

제거 후 장비 Display 초기 ‘Menu’의 ‘MISC SET’ 버튼으로

Syringe Block을 앞으로 가져오고 Tip을 버릴 바구니를

밑에 두고 ‘Setup’-‘TIP OUT’ 버튼으로 제거할 수

있습니다.

만약 초기화 및 Kit 제거불량 등의 이상이 발생하여 진행이

불가능하면 업체에 수리의뢰를 요청합니다.

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결과

이상

Elution 된

용액이 불투명,

Bead 혼입

혈액색소

제거 불량,

혈액검체의

점도가 높음

먼저 Sample의 상태를 점검하고 Spectrophotometer

등으로 해당 DNA의 농도와 Purity 측정시 30ng/ul 이상에

260/280 비율이 1.8에 가깝다면 DNA는 이상없이

추출되었으나 Genotyping 등의 qPCR실험시 색소가

Inhibitor로 작용할 수 있으므로 20ng/ul 이하가 되지

않도록 희석하여 Loading하거나 추출을 다시 하는 것을

권장합니다.

농도 이상

Sample의

이상 혹은

Prep 과정의

이상, Kit

성능저하

Sample을 확인하며 상기 ‘시료 상태’의 원인이 예상되면

Hard Vortexing 후에 10ul더 Loading 하여 다시

추출합니다.

해당 Prep Protocol 번호를 확인하고(101번), 재실험시

농도가 마찬가지로 낮다면 Protocol을 재업데이트해야

합니다.

Prep kit의 유통기한, 보관조건과 Buffer Cartridge의

변성상태를 확인하고 상기 ‘Kit 상태’의 원인을 참조합니다.

Purity 이상

단백질, 염의

불충분한

제거, EtOH

혼입, Kit

성능저하

농도가 20ng/ul 이하시 Purity 수치(기준 260/280 : 1.8,

260/230 : 1.5) 가 평균보다 낮아질 수 있습니다. 현저히

Purity 수치가 낮다면 (260/280 : 1.5, 260/230 : 0.5) 다음

PCR 등의 실험에 영향을 주므로 다시 추출하는 것을

권장합니다.

Prep kit의 유통기한, 보관조건과 Buffer Cartridge의

변성상태를 확인하고 상기 ‘Kit 상태’의 원인을 참조합니다.

15. 참고 문헌

Debomoy K. Lahiri. et al., (1992), J. Biochemical and Biophysical Methods, 25, 4, 193-205.

Berensmeier S., (2006), Appl Microbiol Biotechnol, 73, 3, 495-504.

Xie X, et al., (2007),JMMM, 311, 1, 416-420.

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16. 기호 설명

제품번호

N개 test 분량이 포함됨

유통기한

보관 온도

생산 배치 표기

경고

제조사

주의, 생물학적 위험성이

내포되어 있음

재사용 금지

사용설명서 참조

Conformite

Europeenne Mark

체외진단의료기기

Authorized

Representative

in the European

Community

8-11 Munpyeongseo-ro, Daedeok-gu, Daejeon, 34302, Republic of Korea

+82-42-930-8777 (Korea: 1588-9788)

+82-42-930-8688

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