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インストール法虎の巻
吉川勝徳・松田史生
大阪大学大学院情報科学研究科
2014/11/8
第２回代謝工学研究部会技術交流会
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インストールするソフトウェアなど
• GNU Octave
– 数値解析ソフトウェア
– 商用ソフトMatlabに類似
• Woctave
– OctaveにGUI環境を付与
• COBRA toolbox
– FBAに使用するプログラム群
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インストールファイルリスト
• Octave-3.6.4-vs2010-setup.exe
– Octaveインストールファイル
• 「WOctave_1_3_3_bin」フォルダ
– WOctaveプログラム
– 「program」フォルダ
• 実習で使用するプログラム類
• 「cobra」フォルダ
– cobra_2.0.5.zipを解凍し、glpk.mの名前を変更したもの
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Octaveのインストール (２)
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Octaveのインストール (3)
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Octaveのインストール (4)
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Octaveのインストール (5)
クリックすると自動出来にダウンロードが始まので、デスクトップに保存
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Octaveのインストール (6)
• ダウンロードしたファイル「octave-3.6.4-vs2010-
setup.exe」を実行
• セットアップは基本的にデフォルトの設定でOK
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Octaveのインストール (7)
• インストール先は変更可
• パス上に日本語が含まれない方がトラブルが生じにくい
• C:¥Software¥Octave-3.6.4なら問題なし
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Octaveのインストール (8)
• セットアップ終了
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Octaveのインストール (9)
ここにコマンドを打つ
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WOctaveのインストール(1)
• 下記URLに移動
• http://sourceforge.net/projects/woctave/
クリックすると自動的にダウンロードが始まので、デスクトップに保存
(Woctave_1_3_3_bin.zip)
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WOctaveのインストール(2)
• Zipファイルをダブルクリック
• ファイルを全て展開
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WOctaveのインストール(3)
• 展開先のフォルダを指定
• 今回はデスクトップ
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WOctaveのインストール(4)
• 「¥WOctave_1_3_3_bin¥Release」の、「Woctave.exe」を実行
「Woctave.exe」を実行
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WOctaveのインストール(5)
• Octaveの保存場所が指定されていないというエラーが出る
• 「OK」をクリック
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WOctaveのインストール(6)
• WOctaveが起動する
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• Octaveのパスを設定し、再起動
WOctaveのインストール(7)
(1)クリック
(2) 「C:¥Software¥
Octave-3.6.4¥bin」を選択
(3) 「OK」をクリックし、プログラムを手動で
再起動
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WOctaveのインストール(8)
フォルダ
変数コマンド入力場所
エディタ
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WOctaveのインストール(9)
動作確認「1+1」と入力し、「ans = 2」となればOK
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openCOBRA
• openCOBRA
– The COnstraints Based Reconstruction and Analysis
(COBRA)
• http://opencobra.sourceforge.net/openCOBRA/
– ゲノムスケール代謝モデルを用いたシミュレーションに関連するプログラム
• MatlabとPython用
– Octaveでは一部の関数について使用可能
• 代謝モデルのインポート(Octave一部非対応)
• 遺伝子破壊シミュレーション
• 代謝反応の追加
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COBRAのインストール(1)
クリック
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COBRAのインストール(2)
クリック
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OctaveでCOBRA toolboxを使用するために (1)
1. WOctave_1_3_3_bin¥Release¥に「program」フォルダを新たに作成する。
2. 作成した「program」内へ、cobra_2.0.5.zipを解凍してできた「cobra」フォルダを移動する。WOctave_1_3_3_bin¥Release¥program¥cobra
¥
3. 下記フォルダを開く
– WOctave_1_3_3_bin¥Release¥program¥cobra¥exte
rnal¥toolboxes¥glpkmex
4. 「glpk.m」のファイル名を「_glpk.m」に変更
– Octaveには、もともとglpkが含まれているため
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実習で使用する関数とCOBRA toolboxを使用するために
1. WOctaveを実行し、左上のFolderから、現在のパスを下記に変更
– WOctave_1_3_3_bin¥Release¥program
クリック
選択してＯＫ
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実習で使用する関数とCOBRA toolboxを使用するために
1. 右下のTerminalで下記を入力
addpath(genpath(pwd))
changeCobraSolver('glpk')
2. 下記の結果が得られればOK
– ans = 1
• データファイル等は当日配布いたします。
