+BioinformticaAnlise Funcional

Gabriel da Rocha FernandesUniversidade Catlica de Braslia

gabrielf@ucb.br - fernandes.gabriel@gmail.com

+Objetivos

2

nIdentificar as funes dos genes.

nCaracterizar os processos celulares.

nMapear em vias metablicas.

nElucidar o funcionamento do organismo.

+Ferramentas

nFerramenta de alinhamento:n BLASTnHMMER

nBase de dados:nCOGn KEGG Orthologyn PFamnGene Ontology

3

+Dicas

nProcurar por Hits que tenham descrio clara.n Evitar: hypothetical protein, putative..

nBuscar em vrias bases de dados.nAumentar a quantidade de entradas anotadas.nHits no identificados em uma base podem ser anotados por outra.

nObservar a cobertura do alinhamento.n BLAST faz alinhamento local.nNo classificar uma protena como um todo baseado apenas em

alinhamento a um unico domnio.

4

+Processo

5

270!!Predio dos genes!

270!!BLAST! Base de dados!

+Blast2GO

6

+KEGG Mapper

7

+iPath

npathways.embl.de

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+Pfam

9