GARP para torpes

Algunos trucos no documentados de GARP, necesarios para no sucumbir a la

frustración

Truquitos aportados por Elisa Liras, en la réplica del IV taller de modelización de nichos ecológicos GBIF (27-30/05/08)

1. GARP necesita agrupar las variables ambientales (VEs) en conjuntos llamados “Dataset” (de igual manera que DIVA necesita agruparlas en “Stacks”)

Load Layers > from ASCII raster grid

2. Buscamos la carpeta donde previamente hemos guardado las VEs y la máscara (“mask.asc”, que puede ser una copia renombrada de cualquier VE) que indica el ámbito geográfico de análisis. Estos ficheros los hemos podido generar con DIVA-GIS (donde importamos los archivos .bil de WORLDCLIM y los convertimos después a .asc)

4. GARP carga todos los ficheros .asc de ese directorio e identifica a la máscara como tal.

5. Es necesario dar un nombre de identificador y un título, pues si no GARP nos dará problemas (este es el truco tonto no documentado número 1)

6. Graba el “dataset” con File > Save (genera un fichero .dxl)

7. Cargar los puntos de presencia (upload data points). Si no quieres problemas, constrúyete un fichero excel con estos puntos (tres columnas: nombre de la especie, latitud y longitud)

8. Cargar el conjunto de variables (“dataset”, fichero formato .dxl que se creó con el Desktop Manager)

Dataset > Scan Directory y luego localizar el archivo en Environmental layers > Dataset

9. Configura las especificaciones sobre cómo construir y evaluar los modelos (ojo con los “runs”, que requieren tiempo; para empezar es mejor probar con pocos)

11. Truco tonto no documentado número 2: el directorio de salida.

-- Por una deficiencia de programación no se puede especificar una ruta a una carpeta vacía, sino a un archivo dentro de una carpeta (crea un archivo, localízalo con este cuadro de diálogo y borra después el nombre del archivo).

-- Importante: después borra todo el contenido de esa carpeta.

4

5

1

2

3

12. No esperes más para hacer el modelo: Model > run (ahora tienes tiempo para un café)

13. En la carpeta de resultados aparece:

-- un fichero .xls con la descripción de cada modelo (el manual es necesario para interpretar los índices)

-- ficheros .bmp con las imágenes de los resultados de los modelos

-- ficheros .asc con los valores de cada modelo para cada celdilla (valores entre 0 y 1, donde 1 es la máxima adecuación o “probabilidad” de presencia)

14. Las predicciones finales se deben obtener como suma de las predicciones de los modelos por separado (las que se representan en los ficheros .bmp y se encuentran en los .asc). Para ello podemos sumar los ficheros de tipo raster (.asc) con cualquier programa de SIG. Con DIVA se hace así:

Data > Import to Gridfile > Multiple Files

15. Construye un “stack” en DIVA que agrupe los ficheros recién importados:

Stack > Make stack

16. y bautízalo:

17. Suma los valores predichos para las celdas por todos los modelos

Stack > Calculate…

17. Suma los valores predichos para las celdas por todos los modelos

Stack > Calculate…

18. Las áreas coloreadas de rojo son aquellas que más modelos concordaban en dar como adecuadas (la máxima puntuación en este ejemplo es 3 porque sólo se corrieron tres bloques de iteraciones –”runs”--).

19. Fase de toma de decisiones y redacción de artículo

Para “me ha gustado el resultado” haz clic aquí

Para “esto no hay cristiano que lo entienda”

haz clic aquí