Upload
others
View
0
Download
0
Embed Size (px)
Citation preview
Genetic parameter
Talerngsak Angkuraseranee
Department of animal science
Faculty of Natural Resources
Prince of Songkla University
Statistics for animal breeding
Animal
breeding
GeneticStatistic
Heritability (h2)
Repeatability (r)
Genetic Correlation (rgg)
Phenotypic Correlation (rpp)
Genetic Parameter : คาคงท หรอคาส าคญทางพนธศาสตร
ทเปนตวแทนของประชากร
Question : คาพารามเตอรทางคณตศาสตรทบอกถงขนาดความ
แตกตางระหวางสตวแตละฝง คออะไร
Answer : คาความแปรปรวน (Variance)
สมการแสดงอทธพลทมผลตอลกษณะปรากฏ
P = A + D + I + E
สมการแสดงในรปองคประกอบของความแปรปรวน
V = VA + VD + VI + VE
Genetic Parameter
P
G
V
Vh 2
1. Heritability, h2
คอ สดสวนระหวาง genetic variance กบ phenotypic variance เปนคาทบงบอกถงสดสวนของพนธกรรมทมอทธพลตอลกษณะปรากฏ
Heritability in broad sense
สดสวนของความผนแปรอทธพลเนองจากทางพนธกรรมทกอยางกบของลกษณะปรากฏ
2
2222
P
IDAh
Additive, Dominance and Epistasis gene effects
Heritability in narrow sense
สดสวนของความผนแปรของอท ธพลเ นองจากAdditive gene effect กบลกษณะปรากฏ
2
22
P
A
P
A
V
Vh
คณสมบตของคาอตราพนธกรรม
คา h2 มคาระหวาง 0-1
เปนคาเฉพาะของลกษณะใดลกษณะหนง ในประชากรหนง และภายใตสภาพแวดลอมหนง
มคาแตกตางกนถาใชวธวเคราะหแตกตางกน
คา h2 เปนคาในเชงเปรยบเทยบในประชากรนน ๆ
ตวอยาง คาอตราพนธกรรมของความหนาไขมนสนหลง = 0.45
ในสกรฝงหนงทมคาเฉลยความหนาไขมนสนหลง = 2.0 ซม.
ไมไดหมายความวา
อทธพลของพนธกรรม = (2.0)(0.45) = 0.9 ซม.
อทธพลของสภาพแวดลอม= (2.0)(0.55) = 1.1 ซม.
จากตวอยาง
คาอตราพนธกรรมของความหนาไขมนสนหลง = 0.45 ในสกรฝงหนงทมคาเฉลยความหนาไขมนสนหลง = 2.0 ซม. และมสกรตวหนงของฝงนมความหนาไขมนสนหลง = 2.7 ซม.
หมายความวาสกรตวนไดรบอทธพลจากพนธกรรมความหนาไขมนสนหลงของสกร =
= 2.7 –2.0= 0.7 ซม.
xxi
ความหนาไขมนสนหลงทมคามากกวาคาเฉลยของฝง
เปนผลเนองจากอทธพลของพนธกรรมและสภาพแวดลอม คอ
%55%45
%45
45.02
EA
A
VV
V
h
สวนตางของความหนาไขมนสนหลงทมคามากกวาคาเฉลยของฝงเปนผล คอ
45% เปนผลเนองจากพนธกรรม
55% เปนผลจากสภาพแวดลอม
ดงนน สกรตวนไดรบอทธพลทางพนธกรรม
= 0.7 * 45%
= 0.315 ซม.
การค านวณคาอตราพนธกรรม
ขนอยกบขอมลทม ขอมลของสตวและเครอญาต
1. Half-sib analysis2. Full-sib analysis3. Regression of offspring on parent
การค านวณคาอตราพนธกรรม
ใชขอมลของพนองรวมพอแตตางแมกน
SireDam 1 Dam 2
Off 1(X) Off 2(Y)
โอกาสท X และ Y จะมยนเหมอนกนโดยผานทางพอ = 1โอกาสท X และ Y จะมยนเหมอนกนโดยผานทางแม = 0
1.Half-sib analysis (HS)
Half-sib เปนลกของพอตวเดยวกนทผสมกบแมหลายๆ ตวและแตละคผสมมลก 1 ตว เพราะฉะนนคาเฉลยของ genotypic value ของกลมลกจะเทากบ 1/2 additive gene ของพอ
ในทางพนธศาสตร ความแปรปรวนของพอ คอ ความแปรปรวนรวมระหวางพนองรวมพอแตตางแม
A
HS
V
AVCOV
4
1
)2
1(
2
22
2
2
2
2
4)(
4
4
1
P
S
P
A
sA
AS
HSS
HSh
V
Vh
V
V
COV
Half-sib analysis (HS) : Heritability
A B C D E F G
3.60 4.07 3.51 4.20 3.59 3.83 4.10
3.97 4.12 3.65 4.27 4.21 4.07 3.97
3.76 3.96 3.89 4.11 3.92 4.63 3.93
- 3.74 4.26 4.18 3.87 - 3.87
- - 3.74 - - - -
แมโคนมจ านวน 27 ตว เปนลกของพอโคจ านวน 7 ตวมบนทกขอมลของลกษณะเปอรเซนตไขมนนมดงน
EX. Half-sib analysis (HS) : Heritability
SOV df SS MS EMS
ระหวางพอพนธ s-1 SSs MSs w2+k s
2
ระหวางลกภายในพอพนธ n-s SSw MSw w2
ทงหมด n-1 SSt
s=จ านวนพอ n=จ านวนสตวทงหมด k=จ านวนลก/พอ
Step 1 : ANOVA
Step 2: Calculation
Step 2: Calculation
Step 2: Calculation
SOV df SS MS EMS
ระหวางพอพนธ 6 0.57 0.095 w2+3.84 s
2
ระหวางลกภายในพอพนธ 20 1.07 0.054 w2
ทงหมด 26 1.64
s = จ านวนพอ n = จ านวนสตวทงหมด k = จ านวนลก/พอ
Step 3 : ANOVA
011.0
84.3
054.0095.0
84.3
095.0
095.084.3
095.084.3
054.0
2
2
22
22
22
2
2
S
S
WS
WS
SW
W
WW MS
Step 4 : Variance
68.0
054.0011.0
)011.0(4
4)(
2
22
P
SHSh
เพราะฉะนน คาอตราพนธกรรมของลกษณะเปอรเซนตไขมนนมส าหรบโคนมฝงน มคาประมาณไดเทากบ 0.68
Step 5 : Heritability
ใชขอมลของพนองรวมพอและแมเดยวกน
Sire Dam
Off 1(X) Off 2(Y)
โอกาสท X และ Y จะมยนเหมอนกนโดยผานทางพอ = 1โอกาสท X และ Y จะมยนเหมอนกนโดยผานทางแม = 1
2.Full-sib analysis (FS)
Full-sib เปนลกของพอและแมเดยวกน เพราะฉะนนคาเฉลยของ genotypic value ของกลมลกจะเทากบคาเฉลย additive gene ของพอและของแมทไดรบถายทอดมา
A
AA
FS
V
VV
AAVCOV
2
1
)(4
1
2
'
'
)(
Variance
222
22 4
WDS
SSh
222
22 4
WDS
DDh
222
222 )(2
WDS
DSDSh
Full-sib analysis (FS) : Heritability
ฝงไกพนธ White rock สมเลอกพอพนธมา 5 ตว ใชอตราพอพนธ 1 ตวผสมกบแม 3 ตว และแมพนธแตละตวใหลกไก ท าการวดน าหนกลกไกเมออาย 8 สปดาห จ านวน 3 ตว
EX. Full-sib analysis (FS) : Heritability
Sire Dam Weight (g.) Yij. Yi..
A 1 965 813 765 2543
2 803 640 714 2157
3 644 753 705 2102 6802
B 4 740 798 941 2479
5 701 847 909 2457
6 909 800 853 2563 7498
C 7 696 807 800 2303
8 752 863 739 2354
9 686 832 796 2314 6971
D 10 979 798 788 2565
11 905 880 770 2555
12 797 721 765 2283 7403
E 13 909 756 775 2340
14 887 935 937 2759
15 873 811 925 2608 7707
SOV df SS MS EMS
ระหวางพอพนธ S-1 SSs MSs w2+k2D
2 +k3S2
ระหวางแมภายใน พอพนธ D-S SSD MSD w
2+k1D2
ระหวางลกภายใน พอพนธ n-D SSw MSw w
2
ทงหมด n-1 SST MST
S = จ านวนพอ k3 = จ านวนลกตอพอD = จ านวนแม n = จ านวนลกทงหมดk1 = จ านวนลกตอแมในชนของแมk2 = จ านวนลกตอแมในชนของพอ
Step 1 : ANOVA
Step 2: Calculation
Step 2: Calculation
Step 2: Calculation
Step 2: Calculation
Step 2: Calculation
SOV df SS MS EMS
ระหวางพอพนธ 4 63,209 15,802 w2+3D
2 +9S2
ระหวางแมภายใน พอพนธ 10 88,113 8,811 w
2+3D2
ระหวางลกภายใน พอพนธ 30 165,632 5,524 w
2
ทงหมด 44 317,054
Step 3 : ANOVA
Step 4 : Variance
51.0
)(2
59.0
4
42.0
55241095776
)776(4
4
222
222
222
22
222
22
WDS
DSDS
WDS
DD
WDS
SS
h
h
h
Step 5 : Heritability
อตราพนธกรรมของลกษณะน าหนกเมออาย 8 สปดาหในฝงไก white rock ฝงน มคาค านวณจากองคประกอบของ variance ของพอ แม และพอ+แม มคาเทากบ 0.42 0.59 และ 0.51 ตามล าดบ
h2 แตกตางกนขนอยกบวธการวเคราะหhS
2 มคานอยทสดhD
2 มคามากทสด เนองจากมอทธพล maternal effect เขามาเกยวของ
hS+D2 มคาอยระหวางกลาง
Y
X(ลกษณะของพอหรอแม)
b
วเคราะห regression ลกษณะของลกตอลกษณะของพอหรอแม
3. Regression of offspring on parent
ในทางพนธกรรม ความสมพนธรวมของลกษณะใดลกษณะหนงระหวางลกกบพอหรอแม มคาเทากบ
bh
h
V
V
V
COVb
P
A
X
XY
2
2
1
2
1
2
2
ฝงไกพนธ White Rock พอพนธจ านวน 17 ตวมลกไกทเกดจากแตละพอ น าหนกทงพอและลกเมออาย 8 สปดาห ดงแสดงในตาราง
EX. Regression : Heritability
Wt.S(X) Wt.O(Y) Wt.S(X) Wt.O(Y)
601 910 882 994
733 983 895 1030
793 976 952 1021
795 1050 953 1078
818 1080 961 964
838 1040 979 976
854 1040 995 1110
880 1025 997 1041
1040 1035
i
i
i
e
b
x
y ลกษณะในลกหรอคาเฉลยของลกษณะในลกจากพอพนธ i
คาสงเกตของพอตวท i
สมประสทธ regression
ความคลาดเคลอน
iii ebxay
Regression model
353,17
806,319,15
506,375,13
966,14
2
2
2
i
ii
i
i
y
yx
x
x
bh
Heritability
Calculation
Calculation
43.0
)215.0(2
2
215.0
506,12
609,2
2
bh
b
สรป อตราพนธกรรมส าหรบลกษณะน าหนกเมอ 8 สปดาหในฝงไก White Rock ฝงนมคาเทากบ 0.43
Heritability
Heritability estimates
of some economically important traits
Beef
ลกษณะ อตราพนธกรรม (%)ชวงหางการใหลก 10อายเมอเจรญพนธ 40เสนรอบวงอณฑะ 50น าหนกแรกเกด 40น าหนกหยานม 30อตราการเจรญเตบโตหลงหยานม 45น าหนกเมออาย 1 ป 40ขนาดโครงรางของ hip เมออาย 1 ป 40น าหนกโตเตมท 50เกรดคณภาพซาก 40
ลกษณะ อตราพนธกรรม (%)จ านวนครงตอการผสมตด 5น าหนกแรกเกด 50ปรมาณน านม 25ปรมาณไขมนนม 25ปรมาณโปรตนนม 25ปรมาณของแขงไมรวมไขมนนม 25การวางต าแหนงเตานม 20การไวตอเตานมอกเสบ 10ความเรวในการใหนม 30น าหนกโตเตมท 35
Dairy
ลกษณะ อตราพนธกรรม (%)จ านวนลกแฝด 13น าหนกแรกเกด 30น าหนกหยานม 27อตราการเจรญเตบโตหลงหยานม 40น าหนกโตเตมท 40น าหนกขน 40พนทหนาตดสนใน 50ความหนาไขมนแทรก 50
Goat
ลกษณะ อตราพนธกรรม (%)ขนาดครอกแรกเกด 14ขนาดครอกมชวต 15น าหนกขนาดครอกแรกเกด 14น าหนกหยานมทงครอก 24ความหนาไขมนสนหลง 46พนทหนาตดสนใน 45
Swine
ลกษณะ อตราพนธกรรม (%)อายเมอเจรญพนธ 35ผลผลตไขทงหมด 25น าหนกไข 40น าหนกตว 40ความยาวแขง 45การฟกไข 10การมชวตรอด 10
Poultry
ประโยชนของคาอตราพนธกรรม
บอกความแมนย าในการคดเลอก
ใชค านวณคาการผสมพนธ
ใชก าหนดลกษณะและจ านวนลกษณะในแผนการปรบปรงพนธ
ก าหนดระบบการผสมพนธ
ปรบปรงพนธกรรมหรอสภาพแวดลอม
Heritability กบการตดสนใจ
สง ปานกลาง ต า
Heterosis Heterosis
พจารณาระบบผสมขาม
ควรเนนการปรบปรงสภาพแวดลอม
คดเลอกภายในฝง
ความสมพนธกบลกษณะอน
Selection index
ไมม ไมมม ม
ม
สดสวนของลกษณะปรากฏทเปนผลของพนธกรรมทงหมดและสภาพแวดลอมถาวร
P
EPIDA
ETEPIDA
EGP
V
VVVVr
VVVVV
VVV
Repeatability
P1
P2
Pn
Et1
Et2
EP
G
Etn
rP1P2
rP2Pn
rP1Pn
EP
Et
การประเมนเชนเดยวกบคาอตราพนธกรรม คอ ตองมขอมลการใหผลผลตของสตวมาวเคราะหคาความแปรปรวนตางๆ ออกมา
สตว ลกษณะ อตราซ า(%)โคนม ปรมาณน านม 40-60
เปอรเซนตไขมนนม 40-70ระยะการใหลก 20-35ชวงหางการใหลก 4-20
โคเนอ น าหนกแรกเกด 20-30น าหนกหยานม 30-55น าหนกเมออาย 1 ป 25อตราการเจรญเตบโตกอนหยานม 18-20อตราการเจรญเตบโตถงอาย 1 ป 7-10
Repeatability
สตว ลกษณะ อตราซ า(%)สกร จ านวนลกแรกเกด 7-20
จ านวนลกหยานม 9-20น าหนกครอกแรกเกด 25-40น าหนกครอกเมอหยานม 15
ไก น าหนกไข 80-90น าหนกเปลอกไข 60-80น าหนกตวเมอ 8 สปดาห 55น าหนกตวเมอ 8 สปดาห 94จ านวนไข 83
Repeatability
ใชในการท านายการใหผลผลตครงตอไปหรอ Most Probable Producing Ability (MPPA)
s
r
n
Srn
nr)(
)1(1
ผลผลตครงตอไปของสตวตวนนทคาดวาจะเปนคาเฉลยของลกษณะนนในฝงสตวจ านวนขอมลหรอจ านวนครงทสตวใหผลผลตอตราซ าคาเฉลยของสตวนนทตองการร MPPA
ประโยชน : Repeatability
ตวอยาง คาอตราซ าของลกษณะจ านวนลกตอครอกของสกรเทากบ 10เปอรเซนต แมสกรสาวใหลกครอกแรกจ านวน 15 ตว โดยในสกรฝงนมคาเฉลยลกษณะจ านวนลก 10 ตว คาดวาแมสกรตวนจะใหลกครอกตอไปจ านวนกตว
5.10
)1015(1.0)11(1
)1.0(110
)()1(1
Srn
nr
คาดวาแมสกรตวนจะสามารถใหลกครอกท 2 จ านวน 10.5 ตว
Genetic (rgg
)
Phenotypic (rpp
)
E1
G1
E2
G2
h1
h2
P1
P2rgg
rpp
คาทอธบายถงลกษณะ 2 ลกษณะมความสมพนธกนอยางไรในดานการถายทอดทางพนธกรรม
มคาตงแต–1 ถง +1
คาเปนบวก หมายถง ความสมพนธรวมของอทธพลจากพนธกรรมตอลกษณะทงสองเปนแบบสนบสนนซงกนและกน (synergistic effect)
คาเปนลบ หมายถง ความสมพนธรวมของอทธพลจากพนธกรรมตอลกษณะทงสองเปนแบบตรงกนขาม (antagonistic effect)
ประเมนไดโดยวธเดยวกบการประเมนคาอตราพนธกรรม
Genetic (rgg
)
ใชในการประกอบการตดสนใจคดเลอกลกษณะตงแต 2 ลกษณะขนไปพรอมๆ กน
การวางแผนการคดเลอกปรบปรงพนธทจะตองพจารณาวาลกษณะทสนใจจะคดเลอกนนมความสมพนธกนหรอไม ในทางบวกหรอลบ
ใชในการสรางดชนการคดเลอก (selection index)
ประโยชน : Genetic (rgg
)
คาทอธบายถงลกษณะ 2 ลกษณะมความสมพนธกนอยางไรในทศทางใด ซงเปนผลมาจากพนธกรรมและจากสภาพแวดลอม
มคาตงแต –1 ถง +1
ใชในการสรางดชนการคดเลอก (selection index)
Phenotypic (rpp
)
ประโยชน : Phenotypic (rpp
)
MY FC SNF TP C L
ปรมาณน านม MY -0.35
%ไขมนม FC 0.25 0.50 0.57 0.37
%ของแขงไรไขมน SNF 0.55
%โปรตน TP 0.57 0.94 0.41
%เคซน C 0.56 0.82 0.96
%แลคโตส L 0.37 0.67 0.41 0.41
Genetic (rgg
) and Phenotypic (rpp
)
: Dairy
BW WW BWG FW YW CMA
น าหนกแรกเกด BW 0.58 0.38 0.64 -0.11
น าหนกหยานม WW 0.39 0.98 0.79 0.67
การเจรญเตบโตกอนหยานม BWG 0.23 0.97 0.73
น าหนกสดทายในคอก FW 0.42 0.65 0.63
น าหนกหนงป (ในทงหญา) YW 0.64
ความสามารถการเลยงลกของแม
CMA
Genetic (rgg
) and Phenotypic (rpp
)
: Beef
ADG FCR PC CL BF EM
อตราการเจรญเตบโต ADG -0.76 -0.19 0.14 -0.15 -0.11
ประสทธภาพการใชอาหาร FCR 0.73 0.01 -0.08 0.21 -0.34
%ซาก PC -0.17 -0.05 -0.04 0.28 0.36
ความยาวซาก CL 0.07 -0.04 -0.19 -0.30 -0.08
ความหนาไขมนสนหลง BF -0.07 0.19 0.19 -0.22 -0.28
พนทหนาตดเนอสน EM -0.03 -0.16 0.15 -0.05 -0.13
Genetic (rgg
) and Phenotypic (rpp
)
: Swine
AFE HDP EW BW V SG
อายเมอเรมไข AFE -0.4 0.4 0.4 0.7 -0.1
จ านวนวนทผลตไข HDP -0.3 -0.5 -0.1 0.4 0.1
น าหนกของไข EW 0.2 0.2 0.2 0.25 -0.2 0
น าหนกเมอโตเตมท BW -0.2 -0.1 0 0
ความอยรอด V -0.2
ความถวงจ าเพาะของไข SG
Genetic (rgg
) and Phenotypic (rpp
)
: Chicken
จงอธบายความหมายของค าตอไปน1. Heritability2. Repeatability3. Genetic correlation4. Phenotypic correlation5. Heritability in broad sense6. Heritability in narrow sense7. Half sib analysis8. Full sib analysis9. Regression offspring on parent10. Most Probable Producing Ability (MPPA)
แบบฝกหด Genetic parameter